Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pelaksanaan kerja sama tiga daerah di Provinsi Maluku Utara yaitu antara Pemerintah Kota Ternate, Pemerintah Kota Tidore Kepulauan, dan Pemerintah Kabupaten Halmahera Barat. Penelitian ini fokus mengkaji berbagai program yang dilakukan oleh masing-masing pemerintah daerah dari tahun 2017-2019. Pendekatan studi kasus dengan metode kualitatif digunakan untuk mengambarkan permasalahan secara obyektif tentang pelaksanaan kerja sama tiga daerah. Data primer diambil melalui wawancara dan data sekunder diperoleh dari kajian dokumen kerja sama ini digunakan untuk analisis permasalahan di lapangan dengan teknik reduksi data, penyajian data, penarikan kesimpulan. Hasilnya ditemukan bahwa kesepakatan kerja sama yang ditandatangai tiga kepala daerah dalam bentuk MoU (Memorandum Of Understanding) ini tidak berjalan sesuai dengan rencana yang sudah disusun dalam dokumen kerja sama. Hanya Pemerintah Kota Ternate yang melaksanakan beberapa kegiatan untuk mendukung pelaksanaan kerja sama. Sedangkan Pemerintah Kota Tidore Kepulauan dan Pemerintah Kabupaten Halmahera Barat belum memasukan secara spesifik program kegiatan kerja sama di dalam rencana kerja dan anggaran (RKA) dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) tahun 2018 dan 2019.
