Objetivo: Determinar la frecuencia de Campylobacter y Shigella como agentes etiológicos en diarrea aguda acuosa en niños menores de dos años atendidos en 4 centros de salud del distrito de La Victoria (Lima, Perú). Materiales y métodos: Es este estudio transversal analítico se realizaron coprocultivos bajo técnica microbiológica estándar a los niños menores de dos años con diarrea aguda acuosa atendidos en 4 centros de salud de La Victoria entre abril y octubre de 2001. Fueron excluidos aquellos niños con disentería y aquellos que habían recibido tratamiento antibiótico previo a la atención. Resultados: se estudiaron un total de 248 casos, de los cuales 48 (19,4%) coprocultivos fueron positivos: 33 (13.3%) a Campylobacter, 12 (4,8%) a Shigella y 3 (1,2%) a Salmonella. No se identificaron otros patógenos. Las especies de Shigella identificadas fueron: Shigella flexneri en 9 (75,0%) casos y Shigella sonnei en 3 (25,0%). La única especie de Campylobacter identificada fue Campylobacter jejuni siendo el biotipo I el más frecuente (84,6%). Conclusiones: Campylobacter y Shigella juegan un importante papel como agentes etiológicos causantes de diarrea aguda acuosa en niños menores de dos años