Esta pesquisa apresenta o desenvolvimento de método de busca e recuperação de informações em bases de dados especializadas para produção do conhecimento científico na área da Saúde, com ênfase na Saúde Baseada em Evidências. Recorremos, neste trabalho, a diferentes metodologias considerando as especificidades de cada etapa: pesquisa exploratória, método hipotético dedutivo e estudo de caso empírico qualitativo. Mobilizamos os fundamentos teórico-metodológicos da Ciência da Informação e da Saúde nos domínios da Organização e Recuperação da Informação e do Conhecimento, Web Semântica, Saúde Baseada em Evidências e Metodologia Científica, assim como realizamos dois experimentos: estudo de caso em Ortopedia e Traumatologia no sentido de identificar e estabelecer critérios para busca, recuperação, organização e seleção de informações de modo que possam integrar parte da metodologia de trabalhos científicos na área da Saúde; e análise dos tipos de busca e recuperação e dos mapeamentos entre Sistemas de Organização do Conhecimento (SOC) propostos no Metatesauro no escopo da Unified Medical Language System (UMLS) da US National Library of Medicine e no BioPortal da National Center for Biomedical Ontology, ambos na área biomédica. O UMLS disponibiliza acesso a 151 SOC, e o BioPortal, um conjunto de 302 ontologias. Apresentam-se propostas para construção de estratégias de busca com uso de Sistemas de Organização do Conhecimento mapeados e interoperados, bem como para realização de pesquisas bibliográficas para elaboração de trabalhos científicos na área da Saúde.This research presents the development of method for search and information retrieval in specialized databases aiming the production of scientific knowledge in healthcare, with emphasis on Evidence-Based Health. We have used, in this work, different techniques considering the specificities of each stage: exploratory research, hypothetical deductive method and qualitative empirical case study. It mobilizes the theoretical and methodological foundations in Information Science and Health, appling them to areas as knowledge organization and information retrieval, Semantic Web, Evidence-Based Health and Scientific Methodology. Two experiments were performed: a case study in Orthopedics and Traumatology in order to identify and establish criterions for search, retrieval, organization and selection of information, so that these criterions can integrate part of the methodology of scientific work in healthcare; and analysis of kinds of search and retrieval and mappings on Knowledge Organization Systems-KOS available in Metathesaurus, considering the scope of the Unified Medical Language System (UMLS) of the US National Library of Medicine (NLM), and in the BioPortal National Center for Biomedical Ontology, both in the biomedical field. The UMLS provides access to 151 KOS, and the BioPortal provides a set of 302 ontologies. We presented proposals for construction of search strategies by using Knowledge Organization System mapped and interoperate as well as for conducting literature searches for preparation of scientific papers in healthcare