As lagunas Manguaba e Mundaú, juntamente com os canais que as interligam constituem o Complexo Estuarino-Lagunar Mundaú/Manguaba (9° 34 38 9° 45 30 S e 35° 44 00 35° 58 13 W), o mais produtivo ecossistema aquático do estado de Alagoas. Essas lagunas foram investigadas, visando relacionar a estrutura e dinâmica da comunidade fitoplanctônica com o seu estado trófico e parâmetros ambientais. Coletas de material fitoplanctônico e para análise físico-químicas foram realizadas em 8 estações fixas, durante maré vazante e enchente nos períodos chuvoso (maio a julho/2002) e seco (setembro e novembro/2002). Amostras foram coletadas com garrafas de Van Dorn para o estudo da densidade fitoplanctônica (preservadas com lugol), clorofila a e variáveis físico-químicas e rede de plâncton com 45µm de abertura de malha, para o estudo do microfitoplâncton (preservadas com formol neutralizado a 4%). Foram também realizados experimentos de enriquecimento com as espécies bioindicadoras Microcytis aeruginosa (Kützing) Kützing e Anabaena spiroides Klebahn. O regime de salinidade variou de mesoalino a limnético na Laguna Mundaú e de Oligoalino a limnético na Laguna Manguaba. A transparência da água foi maior no período seco. Os teores de oxigênio dissolvido estiveram entre 1,7 ml.L-1 e 7,8 ml.L-1, com taxas de saturação entre saturado e supersaturado. As concentrações de nutrientes dissolvidos apresentaram amplas variações, sendo significativamente mais elevadas no período chuvoso. Apenas o nitrato não apresentou diferença significativa com relação aos períodos estudados. A razão N:P foi mais elevada no período chuvoso, porém, sempre inferior a 16:1 e o índice de estado trófico (IET) classificou as lagunas como eutróficas e hipereutróficas nos dois períodos. A densidade fitoplanctônica total variou entre 110.000 Cél.L-1 a 9.915.000 Cél.L-1 e a clorofila a entre 4,2 mg.m3 a 221,8 mg.m3. Foram identificados 155 táxons, predominando a divisão Bacillariophyta. A espécie mais abundante e freqüente na Laguna Mundaú foi a diatomácea Skeletonema costatum (Greville) Cleve e na Laguna Manguaba foi a diatomácea Cyclotella meneghiniana Kützing e as cianofíceas Microcystis aeruginosa e Anabaena spiroides. Os indicadores biológicos de eutrofização foram as cianofíceas Anabaena spiroides, Microcytis aeruginosa e Skeletonema costatum que constituíram blooms durante todo ano, indicando elevado processo de eutriofização nas duas lagunas. A diversidade específica e a equitabilidade foram mais altas no período chuvoso. Os valores de diversidade oscilaram entre 0,17 bits Cel.L-1 e 4,81 bits Cel.L-1. A predominância das espécies dulciaquícolas, (51%), evidenciou a maior influência do fluxo limnético no ambiente estudado. Os resultados dos bioensaios demonstraram que o fosfato foi o nutriente que governou o crescimento das microalgas Anabaena spiroides e Microcytis aeruginosa, sugerindo, que as florações das referidas microalgas nas lagunas Mundaú e Manguaba estão sendo ocasionadas, provavelmente, pelo elevado teor deste nutriente no ambient