Objetivo. Establecer la incidencia de infección respiratoria y los patrones de colonización faríngea en niños que asisten a guarderías. Material y métodos. Se realizó un estudio de cohorte en niños menores de cuatro años de edad, de uno u otro sexo, asistentes a la guardería del Hospital Infantil de México Federico Gómez, de la Ciudad de México, durante abril a octubre de 1999. Se registró la presencia de infección de vías aéreas superiores cada semana, y de colonización cada tres meses, mediante un exudado nasofaríngeo. Se hizo estadística descriptiva de las variables analizadas. Se determinaron tasas de infección respiratoria aguda. Resultados. Se estudiaron 85 niños, 40 del sexo femenino (47%) y 45 del sexo masculino (53%) durante un total de 9 090 niños/día de seguimiento. Tres niños tenían antecedentes de atopia (3.52%), seis niños antecedentes de asma (7.05%), y 39 eran expuestos a tabaquismo pasivo (45.88%). Se diagnosticaron 246 rinofaringitis (95.3%), nueve otitis media aguda (3.48%), tres bronquiolitis (1.16%), para un total de 258 eventos de infección respiratoria aguda. La tasa de incidencia global fue de 10.35 infecciones por niño/año de observación (IC 95% 8.7-12.0). La incidencia de otitis y bronquiolitis fue de 0.36 y 0.12 eventos por niño/año de observación. Se tomaron cultivos nasofaríngeos con una prevalencia de colonización para S. pneumoniae de 20.4%, H. influenzae no tipificable 13.1% y Moraxella catarrhalis 8.1%. Conclusiones. Los resultados no sólo demuestran una alta prevalencia de colonización debido a cepas invasivas, sino que también revelan una tasa de incidencia de infección respiratoria aguda del doble de lo reportado en estudios de comunidad. Estos resultados ayudan a caracterizar un problema pobremente documentado en nuestro país