The fruits of organically and conventionally produced coffee are subject to contamination from several species of fungi, and that may be related to poor beverage quality and mycotoxin production. The aim of this study was to identify the biodiversity of isolated filamentous fungi in the coffee beans produced on organic and conventional farms within the same area. Two hundred and twelve isolates belonging to eleven different genders were identified from the fifteen samples analyzed. The main gender found was Aspergillus, with isolation of fungi from the Sections Circumdati, Nigri, Flavi and Versicolores. The samples that obtained the greatest index of contamination were those that didn’t pass through the disinfection process with 1% sodium hypochlorite. The samples of coffee beans from organic cultivation exhibited the greatest degree of richness and diversity within a single location with very similar climatic conditions. Thus, organic coffee production requires greater care due to the increased incidence of filamentous fungi.Os frutos de café produzidos de forma orgânica ou convencional estão sujeitos à contaminação de diversas espécies de fungos que podem estar relacionados à má qualidade da bebida e à produção de micotoxinas. Realizou-se este estudo para identificar a biodiversidade de fungos filamentosos isolados nos grãos de café produzidos em fazendas orgânicase convencionais de uma mesma localidade. Das 15 amostras analisadas, foram identificados 212 isolados, pertencentes a 11 diferentes gêneros. O principal gênero encontrado foi o Aspergillus, sendo isolados fungos das Seções Circumdati, Nigri, Flavi e Versicolores. As amostras que obtiveram o maior índice de contaminação foram as que não passaram pelo processo de desinfecção com hipoclorito de sódio a 1%. As amostras de grãos de café de cultivo orgânico apresentaram o maior índice de riqueza e diversidade dentro de uma mesma localidade, com condições climáticas muito próximas. Sendo assim, a produção de café orgânico necessita de maiores cuidados devido ao aumento na incidência de fungos filamentosos
