Agtmaal, M. van

Bestman, M.

Bodegom, P.M. van

Duijm, E.

Eekeren, N. van

Gomes, S.I.F.

Soudzilovskaia, N.A.

Speksnijder, A.

De samenstelling van de bacterie- en schimmelgemeenschap als geheel is specifiek voor elk onderdeel van de kringloop op een melkveebedrijf. Dat laat een verkennend onderzoek gefinancierd door de Triodos Foundation zien. Zo is de bacterie- en schimmelgemeenschap in de bodem heel anders dan die in de mest. In de mest en melk was er een verschil te zien tussen gangbare en biologische bedrijven

Eekeren,van, Nick

Agtmaal,van, Maaike

Bestman, Monique

Gomes, Sophia

Bodegom,van, Peter

Soudzilovskaia, Nadejda

Duijm, Elza

Speksnijder, Arjen

NARCIS 

Bacteriën en schimmels op melkveebedrijf in beeld

Leiden University Scholary Publications

ONDERZOEK & BELEID ONDERZOEK & BELEIDfocus  september 2020 27focus  september 2020264Milk MelkMestMestSilageSilageBodemBodemNMDS1NMDS2NMDS22BacteriënSchimmels00 2-2420-2-2 0 2 4-2De samenstelling van de bacterie- en schimmelgemeenschap als geheel is specifiek voor elk onderdeel van de kringloop op een melkveebedrijf. Dat laat een verkennend onderzoek gefinancierd door de Triodos Foundation zien. Zo is de bacterie- en schimmelgemeenschap in de bodem heel anders dan die in de mest. In de mest en melk was er een verschil te zien tussen gangbare en biologische bedrijven.Bacteriën en schimmels op melkveebedrijf in beeldNick van Eekeren, Maaike van Agtmaal, Monique Bestman Louis Bolk InstituutSofia Gomes, Peter van Bodegom, Nadejda A Soudzilovskaia Centrum van Milieuwetenschappen - Universiteit van LeidenElza Duijm, Arjen Speksnijder Naturalis Bacterie- en schimmelgemeenschap op het melkveebedrijfDe bacterie- en schimmelgemeenschap is voor alle onderdelen van de kringloop sterk verschil-lend. Met inzicht in de gemeenschap kan de balans worden verbeterd. Foto: Wilbert BeerlingFIGUUR 1   GEMEENSCHAPPEN IN DE KRINGLOOPWeergave van de posities van de bacterie- en schimmelgemeenschap ten opzichte van elkaar in de verschillende onderdelen van de kringloop. Bruin zijn gangbare bedrijven, blauw zijn biologische bedrijven, driehoekjes is op zand en rondjes zijn op veen.Bacteriën en schimmels zijn onderdeel van verschillende pro-cessen op een melkveebedrijf; bijvoorbeeld in de bodem voor mineralisatie en stikstofbinding, bij het inkuilproces, bij de fermentatie in de pens, maar ook bij de bereiding van zuivel-producten. Naast een positieve bijdrage kunnen ze ook veroorzaker zijn van ziektes en bederf. Meer inzicht in de bacterie- en schimmelgemeenschap op een melkveebe-drijf geeft mogelijk aanknopingspunten voor managementmaatregelen om een opti-male balans te zoeken in de bacterie- en Microben zijn overal Eén theelepel grond bevat alleen al 100 miljoen tot 1 miljard bacteriën en daar-naast ook nog schimmels, de eencellige archeae en protozoa, en ander micro-leven. Op en in ons lichaam is 50 procent van de cellen microbieel, dat wil zeggen micro-organismen. Het microbioom is het geheel van alle micro-organismen. In dit onderzoek is alleen naar bacteriën en schimmels gekeken.schimmelgemeenschap, zodat de positieve eigenschappen er uitspringen. Nieuwe tech-nieken zoals DNA-sequentie worden steeds goedkoper en maken het mogelijk om de bacterie- en schimmelgemeenschap in beeld te brengen.Opzet onderzoekHet onderzoek is opgezet om de gedachte te toetsen dat een bepaalde bacterie- en schimmelgemeenschap op een melkveebe-drijf in alle onderdelen van de kringloop zichtbaar is. Hiervoor is begin maart 2018 de bacterie- en schimmelgemeenschap onderzocht op 20 melkveebedrijven. Er zijn monsters genomen van de bodem onder het grasland, van de graskuil die op dat moment gevoerd werd, van de vers opgevangen mest/feces van vijf melkkoeien per bedrijf en van de tankmelk. Om zoveel mogelijk verschil-len te zien, zijn de 20 melkveebedrijven geselecteerd op basis van twee bodemtypes (10 op zand en 10 op veen) en twee bedrijfs-types (10 gangbare en 10 biologische bedrij-ven). Om het effect van het bedrijfstype goed te kunnen onderzoeken, werden bedrijven steeds per tweetal geselecteerd zodat gang-bare melkveebedrijven werden vergeleken ONDERZOEK & BELEID ONDERZOEK & BELEIDfocus  september 2020 29focus  september 202028met hun biologische buurman. De opzet en gebruikte methode van DNA-sequentie staat beschreven in Gomez et al., (2020). Algemeen: aantallen en soortenIn het totaal aantal monsters van bodem, graskuil, mest en melk werden 241.425 stukjes bacterie-DNA gemeten, behorende tot 1.446 ‘soorten’ bacteriën. De bacteriesa-menstelling van de monsters van de bodem was veel diverser dan die van de andere monstertypen. Van de schimmels zijn in totaal 2.974.303 stukjes DNA gemeten, behorende tot 1.727 ‘soorten’ schimmels. In het geval van schimmels waren de mon-sters van de bodemmonsters juist minder divers wat betreft samenstelling dan van de andere monstertypen.Microbiële gemeenschap totale kringloopIn figuur 1a en 1b is voor elk bedrijf weerge-geven hoe op basis van de bacterie- en schimmelgemeenschap de verschillende onderdelen van de kringloop ten opzichte van elkaar staan. Hoe dichter onderdelen Microbiële gemeenschap in bodemDe bacterie- en schimmelgemeenschap was verschillend voor zand- en veengrond. Dat is niet verassend omdat de bodemeigen-schappen die sturend zijn voor de aanwe-zigheid van bepaalde bacteriën en schim-mels in de bodem, zoals de pH en het orga-nische stofgehalte, sterk verschillen tussen zand en veen. Er werden geen significante verschillen gevonden in de bacterie- en schimmelgemeenschap in de bodem tussen gangbare en biologische bedrijven. Hoewel bekend is dat het stikstofbemestingsniveau een effect heeft op de bacterie- en schim-melgemeenschap, is grasland op zichzelf met haar constante milieu voor wat betreft voeding en de afwezigheid van grondbewer-king, en daarmee heel dominant in het effect op de bacterie- en schimmelgemeen-schap. Met name ook doordat de monsters zijn genomen aan het eind van de winter, dus voordat het nieuwe bemestingsseizoen was begonnen. Microbiële gemeenschap in graskuilEr zijn geen significante verschillen geme-ten tussen de bacterie- en schimmelge-meenschap van graskuilen op zand- en veengrond, of tussen gangbare en biologi-sche bedrijven. Hoewel statistisch niet ver-schillend, bestond de bacteriegemeenschap in graskuilen op gangbare bedrijven gemid-deld voor 48 procent uit Lactobacillaceae (melkzuurbacteriën) en voor 0,12 procent uit Clostridiaceae (boterzuurbacteriën); op biologische bedrijven voor 33 procent uit Lactobacillaceae en voor 9 procent uit Clost-ridiaceae. Daarnaast werden biologische bedrijven gekenmerkt door de aanwezig-heid van de orde van schimmels van de Hypocreales. Onderdeel van deze orde kun-nen fusariumschimmels zijn (niet aange-toond) die mycotoxine produceren. De bac-terie- en schimmelgemeenschap van de bedrijven kon niet gelinkt worden aan het gebruik van inkuilmiddelen (3 gangbare bedrijven en 1 biologisch bedrijf gebruikten inkuilmiddelen).Microbiële gemeenschap in de mestZowel de bacterie- als de schimmelge-meenschap in mest onderscheidde zich tussen gangbare en biologische bedrijven. Op beide type bedrijven werd de bacterie-gemeenschap gedomineerd door bijna 50 procent Ruminococcaceae. De diversiteit van bacteriën was hoger op biologische dan op gangbare bedrijven. Ander onderzoek ReferentieGomes SIF, PM van Bodegom, M van Agtmaal, NA Soudzilovskaia, M Bestman, E Duijm, A Speksnijder, Nick van Eekeren, 2020, Microbiota in Dung and Milk Differ Between Organic and Conventional Dairy Farms, Frontiers in Microbiology 11, 1746CONCLUSIES•  De samenstelling van de bacterie- en schimmelgemeenschap als geheel was  specifiek voor elk onderdeel van de kring-loop (bodem, graskuil, mest en melk) en had  nagenoeg geen overlap. Specifieke bacteriën en schimmels kwamen wel voor in alle onderdelen van de kringloop.•  De bacterie- en schimmelgemeenschap in de bodem van grasland was verschil-lend voor zand- en veengrond, maar niet voor gangbare en biologische bedrijven.•  Er zijn geen significante verschillen gemeten in de bacterie- en schimmelge-meenschap van graskuilen op zand- en veengrond, of op gangbare en biologische bedrijven.•  Zowel de bacterie- als de schimmelge-meenschap in mest onderscheidden zich tussen gangbare en biologische bedrijven.•  Voor wat betreft relatieve aantallen, was de schimmelgemeenschap in melk ver-schillend tussen gangbare- en biologi-sche bedrijven. bij elkaar staan, hoe meer de bacterie- of schimmelgemeenschap op elkaar lijken. Als je alle punten van de bedrijven per onderdeel verbindt, krijg je de grijze vlak-ken voor de verschillende onderdelen van de kringloop. In de figuren is duidelijk te zien dat de verschillende onderdelen van de kringloop niet of weinig overlappen. Dit wil niet zeggen dat individuele bacteriën of schimmels niet in de verschillende onder-delen van de kringloop voorkomen, maar dat de gemeenschap als geheel sterk anders is dan de gemeenschappen van de andere onderdelen van de kringloop. Voor bacteri-en lijkt de gemeenschap van mest en melk meer op elkaar dan van graskuil en bodem. Voor schimmels lijken de gemeenschappen van mest, graskuil en melk het meest op elkaar, en is bodem afwijkend. Onze gedachte dat de bacterie- en schimmelge-meenschap op een melkveebedrijf vergelij-king vertoont voor alle onderdelen van de kringloop, klopt dus niet. Dit is voor een deel ook wel logisch omdat de individuele onderdelen totaal andere milieus zijn. geeft aan dat dit gerelateerd kan zijn aan het lagere krachtvoerniveau op biologische bedrijven (gemiddeld 4,02 kg per koe per dag op biologische bedrijven en 6,27 kg per melkkoe per dag op gangbare bedrijven) en het lagere antibioticagebruik (0,16 Dier Dag Doseringen op biologische bedrijven en 1,59 Dier Dag Doseringen op gangbare bedrijven). Het onderscheid tussen gangba-re en biologische bedrijven zat hem niet in de dominante soorten, maar meer in de aanwezigheid van bacteriën als Prevotella, Succinivibrio, Aeromodales op gangbare bedrijven. De aanwezigheid van Prevotella-bacteriën is een indicatie van een hoger krachtvoerniveau op gangbare bedrijven. De aanwezigheid van Succinivibrio-bacteri-en kan een indicatie zijn van een efficiënte-re vertering op gangbare bedrijven ten opzichte van biologische. Het effect van een biologische bedrijfsvoering op de schimmelgemeenschap werd verklaard door het rantsoen (meer gras in het rant-soen en minder krachtvoer) en minder gebruik van antibiotica. Er waren geen spe-cifieke schimmelsoorten die zich onder-scheidden voor wat betreft aanwezigheid op gangbare of biologische bedrijven of in zand- of veengrond.Microbiële gemeenschap in de melkDe bacteriegemeenschap verschilde niet significant tussen gangbare- en biologische bedrijven, en tussen zand- en veengrond. De meest dominante bacteriën in melk waren de Ruminococcaceae (14 procent voor gangbare bederijven en 16 procent voor bio-logische bedrijven). Gangbare melk was sig-nificant verschillend van biologische melk door de aanwezigheid van Rhodobacterace-ae. Voor wat betreft relatieve aantallen was de schimmelgemeenschap wel verschillend tussen gangbare- en biologische bedrijven. De schimmelgemeenschap op biologische bedrijven werd gekenmerkt door Dothideo-mycetes, Tremellomycetes en Pleosporales. Deze schimmels worden vaker aangetoond op melkveebedrijven en op kaasplanken, maar groeien normaal op houtsnippers en plantresten. Mogelijk heeft dit met de bed-ding op biologische bedrijven te maken en met transfer van de schimmel via de spe-nen. Zowel de bacterie- als schimmelge-meenschap in melk werd beïnvloed door het rantsoen (aandeel gras en krachtvoer) en antibioticagebruik, maar er was ook een relatie met de melkproductie en het vet- en ureumgehalte in de melk.  DNA equentieDNA-sequentie is het verzamelwoord voor alle methoden om DNA te lezen en daarmee het genoom van een organisme in kaart te brengen. Dankzij deze techniek kunnen individuele organismen met elkaar vergeleken worden en het levert een grote voorspellende waarde op. Foto: Shutterstock

https://scholarlypublications.universiteitleiden.nl/access/item%3A3071368/download

Bacteriën en schimmels op melkveebedrijf in beeld

Abstract

Similar works

Full text

Available Versions

NARCIS

Leiden University Scholary Publications