La enfermedad diarreica es una importante causa de morbi-mortalidad en los niños menores de cinco años a nivel mundial. La frecuencia de los agentes etiológicos virales, bacterianos y parasitarios varía de acuerdo a la región geográfica. Las Escherichia coli patógenas son causas frecuentes de Enfermedad Diarreica Aguda (EDA) en niños menores de cinco años en países en vía de desarrollo. Siendo E. coli enterotoxigénica (ECET), enteropatogénica (ECEP) y enteroagregativa (ECEA) las cepas predominantes. Evidencia clínica y epidemiológica indica que cepas emergentes de E.coli con genotipos diferentes a las cepas clásicas se asocian a EDA moderada o severa, sin embargo, estudios sobre estas cepas son limitados y su frecuencia se desconoce en Colombia.El objetivo de este trabajo fue identificar cepas de E. coli emergentes en niños menores de 5 años con diarrea en Colombia.Para evaluar el papel de E. coli emergentes en EDA se diseñó estudio prospectivo de casos con diarrea y controles sanos en niños menores de 5 años en Bucaramanga, Colombia. El estudio fue aprobado por los comités de ética de cada institución participante. Heces fecales de casos y controles se evaluaron para la detección de patotipos de E. coli y otros agentes diarreagénicos, incluyendo virus, parásitos y bacterias.Los patotipos diarreagénicos de E. coli fueron identificados en 9.3% (29/311) de casos y en 10% (30/299) de controles. Todos los patotipos de E. coli con excepción de la E. coli productora de toxina Shiga se detectaron. Las diferencias entre los patotipos de E. coli de casos y controles no fue estadísticamente significativa. Se identificaron dos cepas de E. coli enteroinvasiva (EIEC) con adherencia agregativa y formación de biopelículas similares a E. coli enteroagregativa (ECEA). Adicionalmente, Rotavirus, Norovirus GI/GII, Astrovirus y Sapovirus fueron identificados en casos con frecuencias entre 0,3 a 9,6% y en controles de 0,7 a 2,3%. Salmonella, Campylobacter jejuni, Cryptosporidium parvum, Entamoeba histolytica y Giardia lamblia se detectaron tanto en casos y como en controles.Se concluye que los patotipos diarreagénicos de E. coli son frecuentes en niños con diarrea y sin diarrea. Se reportan ECEI emergentes con fenotipos de adherencia celular y formación de biopelículas similares a la ECEA
