Pelabuhan Branta, Pamekasan merupakan salah satu pintu gerbang ekonomi di Pulau Madura, sebagai tempat penghubung perpindahan barang kebutuhan pokok dari Probolinggo maupun sebaliknya. Pelabuhan ini juga digunakan sebagai sarana penunjang kegiatan perikanan tangkap di perairan selatan Kabupaten Pamekasan. Faktor keselamatan kapal dalam melakukan kegiatan di pelabuhan terhadap pendangkalan dalam area pelabuhan yang diakibatkan oleh sedimentasi perlu diperhatikan. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui sebaran sedimen dasar dan perubahan dasar perairan berdasarkan hasil model. Pemodelan untuk mengetahui perubahan dasar perairan dilakukan menggunakan perangkat lunak MIKE21 modul Sand Transport dengan memasukkan data-data hasil survei lapangan seperti batimetri, pasang surut, arus, gelombang, debit sungai dan karakteristik sedimen dasar. Pemodelan dilakukan selama 31 hari (Oktober 2019). Analisa ukuran butir didapatkan bahwa sedimen dasar di Perairan Pelabuhan Branta berupa pasir, lanau pasiran dan lanau. Hasil pemodelan menunjukkan terjadi sedimentasi pada perairanh dekat pantai sebesar 0,0008 m – 0,02 m, dan terjadi erosi pada daerah laut sebesar 0,0023 m
