Many species within the Citrus genus are economically important crops throughout tropical and subtropical regions of the world. Molecular marker technologies have eased and improved the genetic analysis of plants and promise to greatly assist Citrus breeding programs. Several types of molecular markers have been used to characterize the Citrus genome, but this is the first time where Amplified Restriction Fragment Polymorphism (AFLP) and Selective Amplification of Microsatellite Polymorphic Loci (SAMPL) techniques are used to identify varieties within species that belong to Citrus genus such as, C. sinensis, C. clementina, C. paradisi, C. aurantium, and C. limon. Both techniques were used to identify accessions belonging to the CIDA - Murcia, collection (Spain).Key words: AFLP, citrus, molecular markers, SAMPL, variety differentiatioMuchas especies del género Citrus son cultivos de gran importancia económica en regiones tropicales y subtropicales del mundo. La aplicación de marcadores moleculares ha facilitado y potenciado el análisis genético de plantas pudiendo resultar herramientas de gran ayuda en los programas de mejoramiento de cítricos. Se han empleado diversos tipos de marcadores moleculares para la caracterización del genoma de cítricos, pero este es el primer trabajo de empleo de AFLPs (Polimorfismos para la longitud de los fragmentos amplificados) y SAMPLs (Amplificación selectiva de loci polimórficos de microsatélites), en la identificación de variedades pertenecientes a especies del género Citrus, como son C. sinensis, C. clementina, C. paradisi, C. aurantium, y C.limon. Ambas técnicas fueron utilizadas para la identificación de muestras pertenecientes a la colección del CIDA-Murcia (España).Palabras clave: AFLP, citrus, marcadores moleculares, SAMPL, diferenciación varieta
