Emanet, N., Investigation of Nairo, Phlebo and Flavivirus in Ticks Collected
around Istanbul Province Hacettepe University Graduate School Health
Scıences, MSc, thesis in Microbiology, Ankara, 2020. In this study, we aimed to
screen tick-borne viruses, to determine the epidemiology of tick-borne diseases and to
identify tick species in samples collected from around Istanbul province. Among
arboviruses under the order Bunyavirales, Nairoviridae, Peribunyaviridae families
and Flaviviridae family there are Nairovirus, Phlebovirus and Flavivirus genus which
include tick-borne viruses with significant global health impact, such as Crimean-
Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV), severe fever with thrombocytopenia
syndrome virus and tick-borne encephalitis virus. Arthropod surveillance provides
information on regional vector-borne or non-pathogenic virus circulation, for the
understanding virus epidemiology and risk assessment. In this study, we carried out
nairovirus, phlebovirus and flavivirus screening in ticks via generic PCR, around
Istanbul province which has a significant part of the urban population of Turkey. The
detected strains were characterized via sequencing. A total of 7154 ticks were collected
by flagging and animal sampling from 37 localities in Istanbul, Kırklareli, Edirne and
Tekirdağ provinces, during 2013, 2014, 2015 and 2018 years. Morphological
identification revealed Ixodes sp. (30.92%) to be the most abundant species, followed
by Hyalomma marginatum (14.29%), Hyalomma scupense (13.45%), Haemaphysalis
parva (9.40%), Rhipicephalus turanicus (8.17%) and others. The individuals were
pooled in a total of 572 specimens, according to species, sex and collection sites.
Nairovirus screening provided positive results in 0.7% (4/572) and phlebovirus
screening provided positive results in 3.3% (19/572) of the pools. However, flavivirus
RNA could not be detected in any tick pools. CCHFV and CCHFV-AP92 isolates were
detected in the region. In addition, we obtained data on new tick-borne phleboviruses
previously reported from Turkey. This is the first report from the region of tick-borne
phleboviruses.
Key words: Tick, Nairovirus, Phlebovirus, Flavivirus, PCREmanet, N., İstanbul İli ve Çevresinde Toplanan Kenelerde Nairo, Flebo ve
Flavivirusların Araştırılması, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Mikrobiyoloji Programı Yüksek Lisans Tezi, Ankara, 2020. Bu çalışmada, İstanbul
ili ve çevresinden toplanan örneklerde kene kaynaklı virüslerin taranması, kene
kaynaklı hastalıkların epidemiyolojisinin belirlenmesi ve kene türlerinin tespit
edilmesi amaçlanmıştır. Arbovirüsler içerisinde Bunyavirales takımında Nairoviridae,
Peribunyaviridae ailelerinde ve Flaviridae ailesinde yer alan Nairovirüs, Flebovirüs
ve Flavivirüs cinsleri, kenelerle bulaşma gösteren, aralarında Kırım-Kongo Kanamalı
Ateşi (KKKAV), trombositopeni sendromlu yüksek ateş ve kene kaynaklı ensefalit
virüsü gibi, tüm dünyada önemli sağlık sorunları oluşturmuş virüsleri içermektedir.
Belirli bir bölgede vektör kaynaklı ya da patojen olmayan virüs aktivitesinin bilinmesi,
hastalık riskinin değerlendirilebilmesi ve epidemiyolojik özelliklerin incelenebilmesi
için, eklembacaklıların sürveyansı önem taşımaktadır. Bu çalışmada, ülkemizde nüfus
yoğunluğu en fazla İstanbul ili ve çevresinden toplanan kene örneklerinde jenerik PZR
yöntemleri ile nairo-, flebo- ve flavivirüsler araştırılmış, saptanan virüsler DNA dizi
analizi ile tanımlanmış ve bulgular tartışılmıştır. Çalışma kapsamında 2013, 2014,
2015 ve 2018 yıllarında İstanbul, Kırklareli, Edirne ve Tekirdağ illerinden 37
lokasyondan bayraklama ve hayvan örneklemesi ile 7154 kene toplanmıştır.
Morfolojik incelemeler, örnekler arasında en sık saptanan türün Ixodes sp. (%30,92)
olduğunu göstermiş, bunu Hyalomma marginatum (%14,29), Hyalomma scupense
(%13,45), Haemaphysalis parva (%9,40), Rhipicephalus turanicus (%8,17) ve
diğerleri takip etmiştir. Toplanan örnekler; lokasyon, cinsiyet ve türe göre toplam 572
havuz olarak virüs taramasına alınmış, %0,7’sinde (4/572) nairovirüs ve %3,3’ünde
(19/572) flebovirüs pozitifliği saptanmıştır. Ancak havuzlarda flavivirüs RNA’sı tespit
edilememiştir. Bölgede KKKAV ve KKKAV-AP92 izolatı saptanmıştır. Bunun yanı
sıra ülkemizden daha önce bildirilmiş olan yeni kene kaynaklı flebovirüslere dair
veriler elde edilmiştir. Bu veriler kene kaynaklı flebovirüsler ile ilgili bölgeden
yapılmış olan ilk bildirimdir
