Prochilodus magdalenae es un pez endémico de Colombia de gran importancia económica. Actualmente se encuentra amenazado, siendo prioridad la implementación de estrategias que permitan mejorar sus condiciones naturales para evitar su extinción. Una estrategia es la implementación de programas de repoblación; sin embargo, estos no son basados en criterios científicos, ya que las granjas piscícolas no tienen en cuenta las herramientas genéticas, lo que favorece el cruzamiento de reproductores emparentados y esto trae como consecuencia la reducción de la variabilidad genética. Además, no existe un método estandarizado de reproducción artificial para la producción de larvas. El objetivo de la presente investigación fue evaluar el efecto del tipo de reproducción artificial (húmedo y seco) y la variabilidad genética individual de los reproductores en la producción de larvas de bocachico con fines de repoblación. Los indicadores de producción fueron la fecundidad, tasa de fertilización, tasa de eclosión y supervivencia de las larvas. Los mejores resultados se observaron con el método húmedo, seleccionándolo para evaluar el efecto genético. Para esto se realizaron tres tipos de cruces variando la heterocigosidad individual de los reproductores previamente caracterizados (HoHo0.6). Como resultado se observó que la fecundidad, tasa de fertilización, tasa de eclosión y supervivencia de las larvas son parámetros condicionados por la calidad genética del reproductor (p<0.05). De la misma manera, la calidad genética de las larvas es dependiente del nivel de heterocigosidad individual de los reproductores seleccionados para los cruces (p<0.05), registrando una pérdida de heterocigosidad (variabilidad genética) de reproductores (Ho=0.190, 0.444, 0.730) a larvas (Ho=0.198, 0.203, 0.392) a medida que se avanza en la obtención de progenies, es decir, a pesar de que los reproductores presentan una mayor variabilidad genética, las progenies expresaron una baja heterocigosidad observada