Šaranski ribnjaci su, pored pastrmskih ribnjaka jedan od dva najzastupljenija vida akvakulture na našim prostorima. Konzumni šaran može da dostigne dužinu od preko 30 cm i masu preko 6 kg. Meso šarana bogato je polinezasićenim masnim kiselinama koje imaju korisno delovanje u ishrani. Šaran iz akvakulture, dobro je prilagođen na uslove životne sredine, koji su slični onima u prirodnom staništu. Naseljava bentos i pelagijal, rastresiti mulj i vegetaciju širokih, usporenih vodotokova. Šaran je omnivor i hrani se rečnim rakovima, insektima, crvima, larvama i submerznim biljkama. Pored makroozooplanktna i makrozoobentosa, mikroskopski vidljive alge, bakterije, gljive i virusi prisutne su u ekosistemu šaranskih ribnjaka. Bakterije mogu biti korisne, bezopasne, štetne ili patogene. E. coli i Enterobacteriaceae važni su pokazatelji fekalnog zagađenja vode i rizika po zdravlje gajenih životinja. Zdrave jedinke šarana u svom crevnom sistemu imaju korisne bakterije, saprofite, koje u uslovima optimalnog metabolizma, postaju dominantne. Saprofitnu mikrofloru crevnog sistema šarana čine, sa više od 99 % Bacillus spp., Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp., Saccharomycetes, itd. Aerobne i fakultativno aerobne bakterije čine oko 1 % crevne mikroflore. Različite su bakterije koje izazivaju oboljenja gajene ribe. Aeromonas spp. su Gram- negativne bakterije koje naseljavaju prirodno stanište slatkovodnih i morskih ekosistema a i deo su oportunističke saprofitne mikroflore gastrointestinalnog trakta. Aeromonas spp. vrlo je čest izolat iz hemoragičnih lezija i nekrotičnih delova tkiva. Kod šarana, Aeromonas salmonicida dovodi do oboljenja, poznatijeg kao eritrodermatitis. Septikemije kod šarana mogu izazvati pokretljive aeromonade, A. hydrophila, A. sobria i A.caviae. U slučaju oboljenja šarana, gde je veoma velika gustina populacije ribe u ribnjaku, lako dolazi do širenja bolesti, a sama bolest teško se iskorenjuje, uz velike ekonomske gubitke.
Enterobakterije obuhvataju rodove Escherichia, Salmonella, Klebsiella, Edwardsiella i Yersinia. Ukupno je ispitivano po 6 uzoraka ribe (koža i mišić), hrane za ribe, mulja i vode, tokom 4 godišnja doba, tokom trogodišnjeg perioda.
Uzorci kože i mišića šarana ispitivani su prema metodama propisanim u Pravilniku o metodama vršenja mikrobioloških analiza i superanaliza životnih namirnica (Sl. list SFRJ br.25/80). Na ovaj način uzorci su ispitani na prisustvo Salmonella spp., Proteus spp., E.coli, Clostridium spp. i Staphylococcus aureus. Odgovarajućim ISO i ostalim mikrobiološkim metodama utvrđivano je prisustvo Aeromonas hydrophila, Vibrio parachaemoliticus., Yersinia enterocolitica., P. aeruginosa, odnosno E. coli, koliformnih bakterija i intestinalnih enterokoka. Ukupan broj bakterija izolovanih iz kože i mišića kretao se od 3.11 log10 CFU/g do 4.72 log10 CFU/g. E.coli izolovana je iz barem jednog uzorka kože od šest ispitivanih, tokom svih uzorkovanja. Ostali patogeni mikroorganizmi nisu izolovani iz tkiva. Ukupan broj koliformnih bakterija u vodi nije prelazio 198 bakterija/100 ml, dok su u mulju nađeni predstavnici rodova Aeromonas i Clostridium, pored E.coli. Hrana za ribe bila je mikrobiološki ispravna po kriterijumima važećeg Pravilnika. Na osnovu ovih pokazatelja može se zaključiti da je proizvodnja šarana u veštačkom sistemu akvakulture omogućila dobijanje mikrobiološki ispravnog mesa iz ujednačenog ekosistema najsličnijeg prirodnom staništu rečnog šarana C. carpio
