ABSTRACT: (see part I) The study initiated with 69 patients, out of which, 55 were available at the completion of the trial. Methods: evaluations were made at the beginning 3, 6, 12 and 24 months. The initial exam included the following criteria: socio demographic (age, gender, tobacco use and family grouping). The clinical criteria included were: probing depth, clinical attachment, superficial bleeding, probing bleeding and sub gingival micro flora. Microbiological samples were taken from 6 different sites at the beginning, 12 and 18 months. The statistical analysis included the Chi square and Student’s T test for paired averages in time, both with a level of significance of 5%. Also a logistic regression analysis was done to find predictive variables of response to treatment. The purposes of this study were to determine the microbial composition of periodontal pockets, and to evaluate the response of non responsive patients to a second alternative therapy with systemic antimicrobials, two years after its application and comparison with the responsive patients. Results: three months after treatment the changes (loss or gain) in clinical attachment (CA) allowed us to classify the patients as: Responsive (R) to 57 patients (82.6%) and Non Responsive (NR) to 12 (17.4%). The variables analyzed did not show individual or group association with the type of response to treatment, with the exception of supra gingival index plaque > 2 (P = 0.05). Conclusions: follow up after two years indicated that the alternative treatment was beneficial for the NR that behaved during this period in the same way as the R, both showing stability in the CA. The prevalent bacteria were Porphyromona gingivalis (P .g.), Porphyromona sp (P sp.) and Prevotella Intermedius (P i.). 45% of the responsive patients showed enteric bacteria while the non responsive had 78%.RESUMEN: (ver parte I:) El estudio se inició con 69 pacientes, de los cuales terminaron 55. Métodos: se realizó evaluación al comienzo, a los 3, 6, 12 y 24 meses, de las características sociodemográficas (edad, género, tabaquismo y agrupación familiar) y de los parámetros clínicos (profundidad sondeable, nivel de inserción, sangrado superficial, sangrado al sondaje y microflora subgingival). Se tomaron muestras microbiológicas de 6 sitios al inicio, 12 y 18 meses. En el análisis estadístico se utilizó la prueba Chi cuadrado y la t-student para comparar los promedios en el tiempo, ambos con un nivel de significancia del 5%. Se realizó análisis de regresión logística para buscar variables predictoras de la respuesta al tratamiento. Los objetivos de la presente investigación fueron determinar la composición microbiana de las bolsas periodontales y evaluar la respuesta de los pacientes malos respondedores a una segunda terapia alternativa con antimicrobianos sistémicos, dos años después de aplicarla y compararla con la de los buenos respondedores. Resultados: tres meses después del tratamiento, los cambios (pérdida o ganancia) en el nivel de inserción (NI), permitieron clasificar a los pacientes en buenos respondedores (BR) a 57 (82,6%) y malos respondedores (MR) a 12 (17,4%). Las variables estudiadas no mostraron asociación individual o agrupada con el tipo de respuesta al tratamiento excepto el índice de placa supragingival ≥ 2 (P = 0,05). Conclusiones: el seguimiento a dos años, indica que la terapia alternativa fue beneficiosa para los MR que se comportaron durante este período de igual manera que los BR, ambos mostrando estabilidad en su NI. Las bacterias mas prevalentes fueron: Porphyromonas gingivalis (P. g.), Prevotella intermedia (P. i.), Porphyromonas sp (P.s p.) El 45% de los pacientes presentaron entéricos y los MR 78%
