Biodegradation of nonionic surfactants based on PEG in Pseudomonas mendocina VKM B-1729

Degradation of nonionic surfactants - acyl and alkyl derivatives of PEG - in bacterial cells of Pseudomonas mendocina VKM-1729 was studied. The key step of conversion of the compounds tested was their cleavage into hydrophobic and PEG (PEG) moieties. Aliphatic moieties of detergents were utilized by the bacteria; PEG was accumulated in the environment and then transformed into carboxy derivatives. Cleavage of acyl-PEG resulted from hydrolysis mediated by lipases and produced a fatty acid. An aliphatic aldehyde was a hydrophobic intermediate of cleavage of alkyl-PEG, and the reaction obviously included an oxidation step

Классификация последовательностей на основе коротких мотивов

Sequence classification problems often arise in such areas as bioinformatics and natural language processing. In the last few year best results in this field were achieved by the deep learning methods, especially by architectures based on recurrent neural networks (RNN). However, the common problem of such models is a lack of interpretability, i.e., extraction of key features from data that affect the most the model’s decision. Meanwhile, using of less complicated neural network leads to decreasing predictive performance thus limiting usage of state-of-art machine learning methods in many subject areas. In this work we propose a novel interpretable deep learning architecture based on extraction of principal sets of short substrings — sequence motifs. The presence of extracted motif in the input sequence is a marker for a certain class. The key component of proposed solution is differential alignment algorithm developed by us, which provides a smooth analog of classical string comparison methods such as Levenshtein edit distance, and Smith–Waterman local alignment. Unlike previous works devoted to the motif based classification, which used CNN for shift-invariant searching, ours model provide a way to shift and gap invariant extraction of motifs.Задачи, связанные с классификацией последовательностей символов некоторого алфавита, часто возникают в таких областях, как биоинформатика и обработка естественного языка. Методы глубокого обучения, в особенности модели на основе рекуррентных нейронных сетей, в последние несколько лет зарекомендовали себя как наиболее эффективный способ решения подобных задач. Однако существующие подходы имеют серьезный недостаток — низкую интерпретируемость получаемых результатов. Крайне сложно установить какие именно свойства входной последовательности ответственны за её принадлежность к тому или иному классу. Упрощение же таких моделей с целью повышения их интерпретируемости, в свою очередь, приводит к снижению качества классификации. Такие недостатки ограничивают применение современных методов машинного обучения во многих предметных областях. В настоящей работе мы представляем принципиально новую, интерпретируемую архитектуру нейронных сетей, основанную на поиске набора коротких подпоследовательностей — мотивов, наличие которых влияет на принадлежность последовательности к определенному классу. Ключевой составляющей предлагаемого решения является разработанный нами алгоритм дифференцируемого выравнивания, являющийся дифференцируемым аналогом таких классических способов сравнения строк, как редакционное расстояние Левенштейна и алгоритм Смита–Ватермана. В отличие от предыдущих работ, посвященных классификации последовательностей на основе мотивов, новый метод позволяет не только выполнять поиск в произвольной части строки, но и учитывать возможные вставки

Perkov reaction in series of mixed bis(1,1,3-trihydroperfluoropropyl) alkyl phosphites

Mixed bis(1,1,3-trihydroperfluoropropyl) alkyl phosphites react under mild conditions with chloral to simultaneously give stable phosphoranes with a P-C bond and vinyl phosphates. © 1983 Plenum Publishing Corporation

Fluoroalkoxy-derivatives of trivalent phosphorus: Synthesis and reactivity

The review surveys and gives a systematic account of the electronic structures, syntheses, and chemical properties of fluoroalkyl derivatives of trivalent phosphorus (phosphites, thiophosphites, and amidophophites). The methods of preparation and reactivities of fluoroalkyl phosphites are compared with those of unsubstituted phosphites. The bibliography includes 420 references. © 1996 Russian Academy of Sciences and Turpion Ltd

Pentaalkoxyphosphoranes in the reactions of alkylene(1,1,3-trihydroperfluoropropyl) phosphites with chloral and bromal

For the first time, stable pentaalkoxyspirophosphoranes were isolated in addition to phosphoranes with P-C bond in the reactions of alkylene-(1,1,3-trihydroperfluoropropyl)phosphites with chloral or bromal. © 1987 Plenum Publishing Corporation

Хирургические методы стабилизации грудной клетки при множественных переломах ребер

Closed chest injury occupies one of the leading places among all injuries. Rib fractures can lead to the formation of floating fragments of the chest wall, the “costal valve”. With multiple rib fractures, surgical methods of chest stabilization have been used since the beginning of the 20th century, which have become more popular in recent decades.  Surgical treatment can significantly reduce pain, accelerate the recovery of respiratory function. In turn, a decrease in pain reduces the incidence of pneumonia, the need for mechanical ventilation and tracheostomy, and the period of hospitalization. There are four main surgical methods of treatment: 1) chest traction methods; 2) external fixation devices; 3) methods of permanent internal fixation; 4) plate osteosynthesis. We also separated the group of techniques performed via thoracoscopic access and the technique using biodegradable materials. Surgical options in the treatment of patients with multiple rib fractures have not been exhausted and are likely to improve with advances in technology. Закрытая травма груди занимает одно из лидирующих мест среди всех повреждений. Переломы ребер могут приводить к формированию флотирующих фрагментов грудной стенки — «реберному клапану». При множественных переломах ребер с начала ХХ века использовались хирургические методы стабилизации грудной клетки, которые в последние десятилетия стали более популярными.  Хирургическое лечение позволяет значительно уменьшить болевой синдром, ускорить восстановление респираторной функции и тем самым снизить частоту развития пневмонии, потребность в искусственной вентиляции легких и трахео­стомии и сократить период нахождения в стационаре. Различают четыре основные хирургические методики лечения, использующие: 1) тракцию грудной клетки; 2) аппараты внешней фиксации; 3) постоянную внутреннюю фиксацию; 4) накостный остеосинтез пластинами. В данном исследовании были дополнительно выделены методика, осуществляемая через торакоскопический доступ, и методика, использующая биоразлагаемые материалы. Хирургические возможности в лечении пациентов со множественными переломами ребер не исчерпаны и, вероятно, будут совершенствоваться по мере достижений в технологической сфере.

Reactions of triphenyl phosphite with di- and tribromoacetaldehydes

The reaction of triphenyl phosphite and di- and tribromoacetaldehydes proceeds through initial halophilic attack with subsequent formation of triphenyl phosphate and tetraphenylphosphonium bromide. © 1989 Plenum Publishing Corporation

Tris(fluoroalkoxy)methylphosphonium salts in the synthesis of methylphosphoranes

The reactions of phosphites containing electron-withdrawing fluoroalkyl groups with methyl triflate gave tris(fluoroalkoxy)methylphosphonium triflates, which react with alcohols to give either tetrakis(fluoroalkoxy)methylphosphoranes (in the case of fluoroalcohols) or alkylation products - ethers and bis(fluoroalkoxy)methylphosphonates (in the case of unsubstituted alcohols). The structures of the phosphonium salts and phosphoranes were supported by1H and31P NMR spectroscopy. © 1991 Plenum Publishing Corporation

Reaction of 2-tert-butoxy-4,5-benzo-1,3,2-dioxaphospholane with tribromoacetaldehyde

The reaction of 2-tert-butoxy-4,5-benzo-1,3,2-dioxaphospholane with tribromo-acetaldehyde proceeds by initial halophilic attack on the bromine atom, leading to a product with retention of the P-Br bond (pyrocatechol bromophosphate) and an anion exchange product (pyrocatechol dibromovinylphosphate), and by initial attack at the carbon atom of the C=O group, which is accompanied by the elimination of isobutylene to form an α-hydroxyphosphonate. © 1990 Plenum Publishing Corporation

Synthesis of 1,4,2-dioxaphosphepanes by the reaction of 2-fluoroalkoxy-4-oxo-5,6-benzo-1,3,2-dioxaphosphorinanes with chloral

The reaction of 2-fluoroalkoxy-5,6-benzo-1,3,2-dioxaphosphorinanes with chloral leads to the formation of ring expansion products with a P-C bond, namely, 2-fluoroalkoxy-2,5-dioxo-3-trichloromethyl-6,7-benzo-1,4,2-dioxaphosphepanes with high stereoselectivity. © 1992 Plenum Publishing Corporation