Stacked Denoising Autoencoders and Transfer Learning for Immunogold Particles Detection and Recognition

In this paper we present a system for the detection of immunogold particles and a Transfer Learning (TL) framework for the recognition of these immunogold particles. Immunogold particles are part of a high-magnification method for the selective localization of biological molecules at the subcellular level only visible through Electron Microscopy. The number of immunogold particles in the cell walls allows the assessment of the differences in their compositions providing a tool to analise the quality of different plants. For its quantization one requires a laborious manual labeling (or annotation) of images containing hundreds of particles. The system that is proposed in this paper can leverage significantly the burden of this manual task. For particle detection we use a LoG filter coupled with a SDA. In order to improve the recognition, we also study the applicability of TL settings for immunogold recognition. TL reuses the learning model of a source problem on other datasets (target problems) containing particles of different sizes. The proposed system was developed to solve a particular problem on maize cells, namely to determine the composition of cell wall ingrowths in endosperm transfer cells. This novel dataset as well as the code for reproducing our experiments is made publicly available. We determined that the LoG detector alone attained more than 84\% of accuracy with the F-measure. Developing immunogold recognition with TL also provided superior performance when compared with the baseline models augmenting the accuracy rates by 10\%

Modelling the distribution of a commercial NE-Atlantic sea cucumber, Holothuria mammata : demographic and abundance spatio-temporal patterns

Funding: This study was financed by the Operational Programme Mar2020, MAR-02.01.01-FEAMP-0052, “Newcumber – Avanços para o cultivo sustentável de pepinos do mar”. It received further financial support from Fundação para a Ciência e Tecnologia (projects UIDB/04292/2020, UIDB/00006/2020, CoastNet – PINFRA/22128/2016, AB with the Scientific Stimulus Programme – CEECIND/00095/2017 and FA with the individual research grant 2020.09563.BD). This publication was financed by Portuguese national funds through FCT – Fundação IP under project reference UIDB/04292/2020, and by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Program under grant agreement N810139: Project Portugal Twinning for Innovation and Excellence in Marine Science and Earth Observation – PORTWIMS.There is an increasing demand for sea cucumbers, for human consumption, mainly from Asian markets and, as a consequence, NE-Atlantic species are now new targets for exploitation and exportation. Holothuria mammata is one of the most valuable species in Europe. However, the lack of historical economic interest in this species in most European countries has also led to a lack of studies concerning biological and ecological aspects on wild populations and this is a major issue for stock management. This study aims to determine the temporal and spatial patterns of distribution of H. mammata, considering its abundance and demographic structure in a NE-Atlantic area, SW Portugal, as a function of environmental conditions. For that, a population from a marine protected area was followed for 1 year at 1.5-month intervals. Throughout the coastal area, six sites were selected and at each sampling campaign three random transects per site and substrate (rock and sand) in which all H. mammata individuals were counted and measured. For each site and survey several environmental parameters of interest, from the water column, the sediment and substrate cover, were also measured. Generalized Linear Models were used to model the spatial and temporal distribution of the species according to environmental conditions, to determine the species’ habitat preferences. The distribution models indicate that abiotic and biotic parameters of the water column are not the main drivers shaping the distribution of H. mammata. The species has a patchy distribution, and its habitat preferences depend on environmental stability, the presence of shelter and habitat complexity, which is more important for smaller, more vulnerable, individuals, while bigger size classes tend to venture more into less stable environments in an opportunistic fashion. The knowledge of these population traits is determinant to develop stock management measures, which are now urgent to prevent the depletion of commercial sea cucumber populations in the NE-Atlantic. Sustainable fisheries policies should be developed and start by considering to delimit fishing areas and periods, considering the species spatial and temporal distribution patterns.Publisher PDFPeer reviewe

Incidência de Choques em Portadores de Desfibriladores Cardíacos Implantáveis: Fatores de Risco

Introduçao: O cardiodesfibrilador implantável (CDI) é indicado na prevençao primária e secundária da morte súbita cardíaca. No portador de CDI, a complicaçao mais comum é o choque inapropriado. Objetivo: avaliar retrospectivamente a incidência de choques apropriados e inapropriados e seus fatores de riscos (objetivo primário) e o grau de aceitaçao do dispositivo pelos pacientes (objetivo secundário). Casuística e método: foram estudados 54 pacientes portadores de CDI implantados no período outubro de 1999 a abril de 2006. Pacientes que receberam choques apropriados e inapropriados foram analisados, isolada e conjuntamente, em relaçao aos seguintes fatores: fraçao de ejeçao do ventrículo esquerdo (FE), sexo, uso de amiodarona, tipo de CDI, tipo de prevençao e cardiopatia envolvida. Para a análise estatística, utilizou-se o teste exato de Fisher. Resultados e discussao: as patologias mais incidentes foram as cardiopatias isquêmica (33,3%), arritmogênica hereditária (22,2%) e chagásica. A incidência de choques apropriados foi de 38,9% e de choques inapropriados, de 13%. A prevençao secundária foi responsável por 85,2% dos implantes, doze (22,2%) dos quais foram de CDI unicamerais. Vinte e dois pacientes (40,7%) apresentavam FE normal e 70% faziam uso de amiodarona. O tempo médio de seguimento foi de 21,1 meses.Vinte e nove por cento dos pacientes eram mulheres. Nesta casuística, quando comparada a incidência de choques apropriados e inapropriados, isoladamente ou em conjunto, com FE, sexo e tipo de prevençao, nao houve diferença com significância estatística. Isoladamente, os portadores de cardiopatia arritmogênica hereditária apresentaram tendência a maior incidência de choques apropriados isoladamente (p=0,11) e choques apropriados e inapropriados em conjunto (p=0,142). Foi possível constatar que a incidência de choques inapropriados foi maior entre os pacientes que nao utilizavam amiodarona (50,0%) do que entre aqueles que a usavam (5,3%) com p significativo (p=0,003). Em relaçao ao tipo de CDI, observou-se que nos portadores de CDI unicamerais, a incidência de choques inapropriados (33,3%) foi superior a dos portadores de CDI bicamerais (7,5% com p=0,041). Na populaçao estudada, os achados sugerem que a nao utilizaçao da amiodarona e o CDI unicameral sao fatores que aumentam a incidência de choques inapropriados. Observou-se tendência de maior número de choques entre os portadores de cardiopatia arritmogênica hereditária. Constatouse, por fim, que a maior incidência de choques piorava a aceitaçao do dispositivo pelos pacientes

Avaliação de eficiência de estratégias de hedge para o risco de preço do café do Brasil com o uso de contratos da BM&FBOVESPA

Brazil is the world’s largest coffee producer and exporter. However the new prices and volatility scenario since the 2008 crisis and the increasing competition of new players entry have expressed the need for use of market mechanisms for managing price risk. Among the alternatives illustrated are the futures markets, in particular the coffee futures contracts at BM&FBOVESPA, Brazil. Our aim was to evaluate the efficiency of no hedge, simple (naïve) hedge, static and dynamic hedge calculated by GARCH-BEKK strategies in managing price risk in the leading Brazilian coffee producing regions. The efficiencies of static and dynamic hedging strategies were superior to the other, although the latter allows the calibration of intertemporal hedging rates, reducing operational costs. Also, the use of BM&FBOVESPA coffee futures contracts for hedging might increase market liquidity, enabling various operational alternatives design.O Brasil é o maior produtor e exportador mundial de café. Entretanto o novo regime de preços e volatilidade a partir da crise de 2008, bem como o aumento da concorrência pela entrada de novos players expressaram a necessidade de uso de mecanismos de mercado para gestão de risco de preço. Entre as alternativas, ilustravam-se os mercados futuros, em particular os contratos futuros de café da BM&FBOVESPA, do Brasil. Objetivou-se avaliar a eficiência das estratégias sem hedge, hedge simples (naïve), hedge estático e hedge dinâmico calculado pelo modelo GARCH-BEKK na gestão de risco dos preços do café das principais regiões produtoras brasileiras. A eficiência dos hedges estático e dinâmico foi superior à das outras estratégias, embora o último possibilite a calibragem das taxas de hedge intertemporais, diminuindo os custos operacionais. Também, o uso dos contratos futuros de café da BM&FBOVESPA para hedge aumentará a liquidez do mercado, possibilitando a esquematização de várias alternativas operacionais

Agronomic characteristics of Prata type banana plants under different irrigation systems

O objetivo deste trabalho foi avaliar as características agronômicas de bananeiras tipo Prata em três ciclos de produção, sob diferentes sistemas de irrigação, em condições semiáridas. Adotou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, com seis tratamentos em arranjo fatorial 3x2: três sistemas de irrigação – aspersão convencional, microaspersão e gotejamento – e dois genótipos – 'Prata-Anã' e PA42-44. Utilizaram-se quatro repetições e parcelas com seis plantas úteis. À época do florescimento, avaliaram-se: altura de planta; perímetro de pseudocaule; número de folhas vivas; comprimento e largura da terceira folha; área foliar total e índice de área foliar. À colheita, avaliaram-se: massa do cacho e das pencas; massa média das pencas; massa das três primeiras pencas; número de pencas e de frutos; massa, comprimento e diâmetro de fruto; e número de folhas vivas. O sistema de irrigação por gotejamento proporciona menor vigor, expresso pelo porte e perímetro do pseudocaule, para bananeiras tipo Prata, em comparação aos sistemas de irrigação por aspersão e microaspersão. A 'Prata-Anã' apresenta maior número de frutos e de pencas por cacho, enquanto seu híbrido PA42-44 apresenta maior massa, comprimento e diâmetro do fruto.The objective of this work was to evaluate the agronomic characteristics of Prata banana plants during three production cycles, under different irrigation systems, in semi-arid conditions. A randomized block design was adopted with six treatments, in a 3x2 factorial arrangement: three irrigation systems – conventional sprinkler, microsprinkler and drip – and two genotypes – 'Prata-Anã' and its hybrid PA42-44. Four replicates in plots with six useful plants were used. Plant height, pseudostem perimeter, number of alive leaves, length and width of the third leaf, total leaf area, and leaf area index were evaluated at flowering. Weight of bunch and hands, mean weight of hands, weight of the three first hands, number of hands and fruits per bunches, and weight, length and diameter of fruits and number of alive leaves were evaluated during the harvest season. The drip irrigation system provides smaller vigor to banana Prata, in comparison to conventional and to micro sprinkler systems, as can be seen by the size and perimeter of the pseudostem. The cultivar Prata-Anã shows a larger number of fruit and hands per brunch, while its hybrid PA42-44 shows larger weight, length and fruit diameter

Incidência de Choques em Portadores de Desfibriladores Cardíacos Implantáveis: Fatores de Risco

Introduçao: O cardiodesfibrilador implantável (CDI) é indicado na prevençao primária e secundária da morte súbita cardíaca. No portador de CDI, a complicaçao mais comum é o choque inapropriado. Objetivo: avaliar retrospectivamente a incidência de choques apropriados e inapropriados e seus fatores de riscos (objetivo primário) e o grau de aceitaçao do dispositivo pelos pacientes (objetivo secundário). Casuística e método: foram estudados 54 pacientes portadores de CDI implantados no período outubro de 1999 a abril de 2006. Pacientes que receberam choques apropriados e inapropriados foram analisados, isolada e conjuntamente, em relaçao aos seguintes fatores: fraçao de ejeçao do ventrículo esquerdo (FE), sexo, uso de amiodarona, tipo de CDI, tipo de prevençao e cardiopatia envolvida. Para a análise estatística, utilizou-se o teste exato de Fisher. Resultados e discussao: as patologias mais incidentes foram as cardiopatias isquêmica (33,3%), arritmogênica hereditária (22,2%) e chagásica. A incidência de choques apropriados foi de 38,9% e de choques inapropriados, de 13%. A prevençao secundária foi responsável por 85,2% dos implantes, doze (22,2%) dos quais foram de CDI unicamerais. Vinte e dois pacientes (40,7%) apresentavam FE normal e 70% faziam uso de amiodarona. O tempo médio de seguimento foi de 21,1 meses.Vinte e nove por cento dos pacientes eram mulheres. Nesta casuística, quando comparada a incidência de choques apropriados e inapropriados, isoladamente ou em conjunto, com FE, sexo e tipo de prevençao, nao houve diferença com significância estatística. Isoladamente, os portadores de cardiopatia arritmogênica hereditária apresentaram tendência a maior incidência de choques apropriados isoladamente (p=0,11) e choques apropriados e inapropriados em conjunto (p=0,142). Foi possível constatar que a incidência de choques inapropriados foi maior entre os pacientes que nao utilizavam amiodarona (50,0%) do que entre aqueles que a usavam (5,3%) com p significativo (p=0,003). Em relaçao ao tipo de CDI, observou-se que nos portadores de CDI unicamerais, a incidência de choques inapropriados (33,3%) foi superior a dos portadores de CDI bicamerais (7,5% com p=0,041). Na populaçao estudada, os achados sugerem que a nao utilizaçao da amiodarona e o CDI unicameral sao fatores que aumentam a incidência de choques inapropriados. Observou-se tendência de maior número de choques entre os portadores de cardiopatia arritmogênica hereditária. Constatouse, por fim, que a maior incidência de choques piorava a aceitaçao do dispositivo pelos pacientes

Type I Interferon Transcriptional Signature in Neutrophils and Low-Density Granulocytes Are Associated with Tissue Damage in Malaria

Neutrophils are the most abundant leukocyte population in the bloodstream, the primary compartment of Plasmodium sp. infection. However, the role of these polymorphonuclear cells in mediating either the resistance or the pathogenesis of malaria is poorly understood. We report that circulating neutrophils from malaria patients are highly activated, as indicated by a strong type I interferon transcriptional signature, increased expression of surface activation markers, enhanced release of reactive oxygen species and myeloperoxidase, and a high frequency of low-density granulocytes. The activation of neutrophils was associated with increased levels of serum alanine and aspartate aminotransferases, indicating liver damage. In a rodent malaria model, we observed intense recruitment of neutrophils to liver sinusoids. Neutrophil migration and IL-1beta and chemokine expression as well as liver damage were all dependent on type I interferon signaling. The data suggest that type I interferon signaling has a central role in neutrophil activation and malaria pathogenesis

CARACTERÍSTICAS FITOTÉCNICAS E NUTRICIONAIS DE BANANEIRAS SUBMETIDAS A FONTES DE FERTILIZANTES PARA O MANEJO ORGÂNICO

Objetivou-se com este trabalho avaliar o estado nutricional e características agronômicas de bananeiras tipo prata sob adubação orgânica, no quarto ciclo de produção, em solos de elevada fertilidade construída. Os tratamentos, duas cultivares (Prata-Anã e BRS Platina) e cinco doses de adubação compostas por esterco bovino e farinha de rocha Naturalplus® foram dispostos em esquema fatorial 2 x 5, em delineamento em blocos casualizados, com três repetições. Foram avaliados: os teores de nutrientes nas folhas; altura de plantas; perímetro do pseudocaule; número de folhas; massa do cacho (kg) e pencas (kg); massa média das pencas (kg) e fruto (g) e massa das cinco primeiras pencas (kg); número de pencas; número de frutos por cacho e penca; massa (g), diâmetro (mm) e comprimento interno e externo do fruto (cm). Doses crescentes de K2O incrementam os teores de N, P e Cu para cultivares Prata-Anã e BRS Platina, que diferem entre si quanto aos teores de Fe, Zn e S. A ‘Prata-Anã’ se destaca com número de folhas e frutos por penca, enquanto a ‘BRS Platina’ maior massa média das pencas e do fruto e comprimento do fruto. As doses aplicadas não influenciam a produção das cultivares BRS Platina e Prata-Anã no quarto ciclo em solos de elevada fertilidade construída.Palavras chave: farinha de rocha; esterco bovino; sustentabilidade. PHYTOTECHNICAL AND NUTRITIONAL CHARACTERISTICS OF BANANA SUBMITTED TO FERTILIZER SOURCES FOR ORGANIC MANAGEMENT ABSTRACT:The objective of this work was to evaluate the nutritional status and agronomic characteristics of silver - type banana under organic fertilization, in the fourth cycle of production, in soils with high fertility. The treatments, two cultivars (Prata-Anã and BRS Platina) and five fertilizer doses composed of bovine manure and Naturalplus® rock flour were arranged in a 2 x 5 factorial scheme, in a randomized block design, with three replications. Leaf nutrient contents were evaluated; plant height; perimeter of the pseudostem; number of leaves; mass of the bunch (kg) and hands (kg); average mass of the hands (kg) and fruit (g) and mass of the first five hands (kg); number of leaves; number of fruits per bunch and hands; mass (g), diameter (mm) and internal and external length of the fruit (cm). Increasing doses of K2O increases N, P and Cu contents for Prata-Anã and BRS Platina cultivars, which differ in Fe content, Zn and S. The ‘Prata-Anã’ stands out with the highest number of leaves and fruits per hands, whereas the 'BRS Platina' presents higher average mass of the fruit and the length of the fruit. The applied doses do not influence the production of the cultivars BRS Platina and Prata-Anã in the fourth cycle in soils with high constructed fertility.Keywords: rock dust; bovine manure; sustainability

Ocorrência de Eventos Tromboembólicos após Choque em Portadores de Cardiodesfibriladores Implantáveis

Eventos tromboembólicos sao complicaçoes possíveis durante o implante ou o seguimento de portadores de desfibriladores cardíacos implantáveis (CDI). Este estudo descreve quatro casos de eventos tromboembólicos nao fatais de uma série de 125 pacientes submetidos ao implante de CDIs, no período de outubro de 1999 a dezembro de 2007. Em dois casos, o evento foi causado por acidente vascular cerebral, em um, por ataque isquêmico transitório e, em outro, por embolia pulmonar. Sao discutidas as possíveis causas dos eventos tromboembólicos, a necessidade do teste de desfibrilacao intraoperatório e do uso de anticoagulacao nos portadores de CDI

Ocorrência de Eventos Tromboembólicos após Choque em Portadores de Cardiodesfibriladores Implantáveis

Eventos tromboembólicos sao complicaçoes possíveis durante o implante ou o seguimento de portadores de desfibriladores cardíacos implantáveis (CDI). Este estudo descreve quatro casos de eventos tromboembólicos nao fatais de uma série de 125 pacientes submetidos ao implante de CDIs, no período de outubro de 1999 a dezembro de 2007. Em dois casos, o evento foi causado por acidente vascular cerebral, em um, por ataque isquêmico transitório e, em outro, por embolia pulmonar. Sao discutidas as possíveis causas dos eventos tromboembólicos, a necessidade do teste de desfibrilacao intraoperatório e do uso de anticoagulacao nos portadores de CDI