DataFrames.jl: Flexible and Fast Tabular Data in Julia

DataFrames.jl is a package written for and in the Julia language offering flexible and efficient handling of tabular data sets in memory. Thanks to Julia's unique strengths, it provides an appealing set of features: Rich support for standard data processing tasks and excellent flexibility and efficiency for more advanced and non-standard operations. We present the fundamental design of the package and how it compares with implementations of data frames in other languages, its main features, performance, and possible extensions. We conclude with a practical illustration of typical data processing operations

Hypergraph Artificial Benchmark for Community Detection (h-ABCD)

The Artificial Benchmark for Community Detection (ABCD) graph is a recently introduced random graph model with community structure and power-law distribution for both degrees and community sizes. The model generates graphs with similar properties as the well-known LFR one, and its main parameter can be tuned to mimic its counterpart in the LFR model, the mixing parameter. In this paper, we introduce hypergraph counterpart of the ABCD model, h-ABCD, which produces random hypergraph with distributions of ground-truth community sizes and degrees following power-law. As in the original ABCD, the new model h-ABCD can produce hypergraphs with various levels of noise. More importantly, the model is flexible and can mimic any desired level of homogeneity of hyperedges that fall into one community. As a result, it can be used as a suitable, synthetic playground for analyzing and tuning hypergraph community detection algorithms.Comment: 18 pages, 6 figures, 2 table

Properties and Performance of the ABCDe Random Graph Model with Community Structure

In this paper, we investigate properties and performance of synthetic random graph models with a built-in community structure. Such models are important for evaluating and tuning community detection algorithms that are unsupervised by nature. We propose ABCDe, a multi-threaded implementation of the ABCD (Artificial Benchmark for Community Detection) graph generator. We discuss the implementation details of the algorithm and compare it with both the previously available sequential version of the ABCD model and with the parallel implementation of the standard and extensively used LFR (Lancichinetti--Fortunato--Radicchi) generator. We show that ABCDe is more than ten times faster and scales better than the parallel implementation of LFR provided in NetworKit. Moreover, the algorithm is not only faster but random graphs generated by ABCD have similar properties to the ones generated by the original LFR algorithm, while the parallelized NetworKit implementation of LFR produces graphs that have noticeably different characteristics.Comment: 15 pages, 10 figures, 1 tabl

Farmakoterapia w okresie poprzedzającym wystąpienie udaru i w ostrym udarze krwotocznym. Zastosowanie oraz wpływ leków na wyniki leczenia udaru krwotocznego mózgu w codziennej praktyce klinicznej – wyniki Szpitalnego Rejestru Udarów Mózgu w Polsce

Background and purpose Haemorrhagic stroke is associated with substantial mortality and disability, thus prevention and appropriate treatment of acute intracerebral haemorrhage is crucial. We aimed to evaluate the use and the early and late outcomes impact of drugs administered before and in acute haemorrhagic stroke in a real-world practice. Material and methods Haemorrhagic stroke patients hospitalized between 1st March 2007 and 29th February 2008 and reported in Polish Hospital Stroke Registry were analysed. Fully anonymous data were collected with standardized, authorized access, web-based questionnaire. Multivariate regression models were used to adjust for case-mix and evaluate the impact of drugs used prior to or in acute haemorrhagic stroke on outcomes. The early outcomes were defined as in-hospital mortality or poor outcome (death or dependency – modified Rankin Scale ≥ 3) at hospital discharge, while late outcomes covered one-year survival. Results A total of 3111 haemorrhagic stroke patients (mean age: 68.9 years; females: 46.7%) was reported. The analysis of pharmacotherapy showed low preventive use of hypotensive agents in hypertensive patients, high consumption of antibiotics and still overuse of vasoactive or neuroprotective compounds in acute haemorrhagic stroke. Regression models confirmed expected negative impact on stroke outcomes associated with oral anticoagulants but not antiplatelets and inconsistent impact of statins used prior to or in acute haemorrhagic stroke. Conclusions Preventive underuse of hypotensive compounds contribute substantially to haemorrhagic stroke risk. The high consumption of antibiotics and neuroprotective or vasoactive compounds in haemorrhagic acute stroke reflect the need to improved quality and evidence-based clinical practice.Wstęp i cel pracy Udar krwotoczny jest związany ze znaczną śmiertelnością oraz niepełnosprawnością chorych; wymaga zarówno skutecznej profilaktyki, jak i leczenia ostrej fazy. Celem badania była ocena farmakoterapii stosowanej przed zachorowaniem i w ostrej fazie udaru krwotocznego mózgu, w warunkach codziennej praktyki klinicznej. Materiał i metody Analizie poddano grupę chorych hospitalizowanych z powodu udaru krwotocznego mózgu od 1.03.2007 r. do 29.02.2008 r., zgłoszonych do Szpitalnego Rejestru Udarów Mózgu w Polsce. W pełni anonimowe dane gromadzono z wykorzystaniem strukturyzowanego kwestionariusza internetowego z autoryzowanym dostępem. Do oceny wpływu leków stosowanych przed zachorowaniem oraz w ostrej fazie udaru krwotocznego na rokowanie wykorzystano wieloczynnikową analizę regresji z uwzględnieniem wpływu innych czynników rokowniczych. Wczesne wyniki leczenia zdefiniowano jako śmiertelność wewnątrz szpitalną i niekorzystny efekt terapeutyczny (punktacja ≥ 3 w zmodyfikowanej skali Rankina) przy wypisie ze szpitala, natomiast odległe wyniki leczenia jako całkowitą śmiertelność w ciągu pierwszego roku od udaru. Wyniki Analizie poddano dane 3111 osób hospitalizowanych z powodu udaru krwotocznego (średnia wieku: 68,9 roku; kobiety: 46,7%). Analiza farmakoterapii wykazała mały odsetek chorych z nadciśnieniem tętniczym stosujących leki hipotensyjne przed udarem i względnie częste wykorzystanie w leczeniu ostrego udaru krwotocznego antybiotyków oraz leków wazoaktywnych i neuroprotekcyjnych. W modelach wieloczynnikowych potwierdzono niekorzystny wpływ na rokowanie leków przeciwzakrzepowych, ale nie przeciw-płytkowych, i obserwowano przeciwstawny efekt statyn stosowanych przed udarem i w trakcie hospitalizacji. Wnioski Zbyt rzadkie wykorzystanie leków hipotensyjnych w kontroli nadciśnienia tętniczego w okresie poprzedzającym hospitalizację istotnie wpływa na ryzyko udaru krwotocznego. Częste stosowanie antybiotyków oraz leków wazoaktywnych i neuroprotekcyjnych wskazuje na potrzebę dalszej poprawy jakości opieki w ostrym udarze krwotocznym

Farmakoterapia w okresie poprzedzającym wystąpienie udaru i w ostrym udarze niedokrwiennym. Zastosowanie oraz wpływ leków na wyniki leczenia udaru niedokrwiennego mózgu w codziennej praktyce klinicznej – wyniki Szpitalnego Rejestru Udarów Mózgu w Polsce

Background and purpose Stroke is a preventable disease and acute ischaemic stroke can be effectively treated. Specific pharmacotherapy is recommended in either prevention or acute ischemic stroke treatment. We aimed to evaluate the use and the early and late outcomes impact of drugs administered before and in acute ischaemic stroke in a real world practice. Material and methods Ischaemic stroke patients hospitalized between 1st March 2007 and 29th February 2008 and reported in Polish Hospital Stroke Registry were analysed. Fully anonymous data were collected with standardized, web-based questionnaire with authorized access. Multivariate regression models were used to adjust for case-mix and evaluate the impact of drugs used prior to or in acute ischaemic stroke on outcomes. The early outcomes were defined as in-hospital mortality or poor outcome (death or dependency – modified Rankin Scale ≥ 3) at hospital discharge, while late outcomes covered one-year survival. Results A total number of 26 153 ischaemic stroke patients (mean age: 71.8 years; females: 51.6%) was reported. The analysis of pharmacotherapy showed that preventive use of hypotensive agents, anticoagulants in atrial fibrillation, antiplatelets and statins is inadequate. Regression models confirmed some expected drug benefits and additionally revealed that antihypertensive drugs or aspirin used prior to stroke and oral anticoagulants or statins used in hospital were associated with better stroke outcome. Conclusions The prevention of ischaemic stroke needs to be monitored and improved. Evidence-based treatment of acute ischaemic stroke requires further promotion. The benefits of acute ischaemic stroke treatment with statins require to be confirmed in randomized controlled settings.Wstęp i cel pracy Udarowi mózgu można skutecznie zapobiegać. Dostępne są efektywne metody leczenia ostrego udaru niedokrwiennego. Zarówno w profilaktyce, jak i leczeniu ostrego udaru niedokrwiennego zalecana jest specyficzna farmakoterapia. Celem badania była ocena farmakoterapii stosowanej przed zachorowaniem oraz w ostrej fazie udaru niedokrwiennego mózgu, w warunkach codziennej praktyki klinicznej. Materiał i metody Analizie poddano grupę chorych hospitalizowanych z powodu udaru niedokrwiennego mózgu od 1.03.2007 r. do 29.02.2008 r., zgłoszonych do Szpitalnego Rejestru Udarów Mózgu w Polsce. W pełni anonimowe dane gromadzono z wykorzystaniem strukturyzowanego kwestionariusza internetowego z autoryzowanym dostępem. Do oceny wpływu leków (stosowanych przed zachorowaniem oraz w ostrej fazie udaru niedokrwiennego) na rokowanie wykorzystano wieloczynnikową analizę regresji z uwzględnieniem wpływu innych czynników rokowniczych. Wczesne wyniki leczenia zdefiniowano jako śmiertelność wewnątrzszpitalną i niekorzystny efekt terapeutyczny (punktacja ≥ 3 w zmodyfikowanej skali Rankina) przy wypisie ze szpitala, natomiast odległe wyniki leczenia jako całkowitą śmiertelność w ciągu pierwszego roku od udaru. Wyniki Analizie poddano dane 26 153 osób hospitalizowanych z powodu udaru niedokrwiennego (średni wiek: 71,8 roku; kobiety: 51,6%). Wykazano niewystarczające profilaktyczne stosowanie leków hipotensyjnych, przeciwzakrzepowych u chorych z migotaniem przedsionków, leków prze-ciwpłytkowych i statyn. W modelach wieloczynnikowych odnotowano spodziewane korzystne efekty farmakoterapii. Wykazano dodatkowo, że leki hipotensyjne i kwas acetylosalicylowy stosowane przed zachorowaniem oraz leki przeciwzakrzepowe i statyny w trakcie hospitalizacji są związane z korzystnymi wynikami terapeutycznymi. Wnioski Farmakologiczna profilaktyka udaru mózgu i leczenie ostrego udaru mózgu wymagają dalszego monitorowania i poprawy. Korzyści z zastosowania statyn w leczeniu ostrego udaru mózgu powinny być potwierdzone w badaniach klinicznych z randomizacją

Cost of Diabetes Type 2 in Poland (CODIP)

WSTĘP. Badanie Cost of Diabetes Type 2 in Poland (CODIP) to wieloośrodkowe, retrospektywne badanie, którego celem jest ocena całkowitych kosztów leczenia cukrzycy typu 2 w Polsce. Protokół badania jest porównywalny z protokołem badania Cost of Diabetes Type 2 in Europe (CODE-2), co umożliwia przeprowadzenie porównań międzynarodowych. MATERIAŁ I METODY. Badania ankietowe przeprowadzono wśród pacjentów ze zdiagnozowaną cukrzycą typu 2, wybranych losowo z baz danych przychodni podstawowej opieki zdrowotnej (POZ) i poradni specjalistycznych. W badaniu zastosowano dwa rodzaje kwestionariuszy: dla pacjenta i dla lekarza prowadzącego. Obie ankiety służyły zgromadzeniu informacji dotyczących charakterystyki klinicznej chorego, zużytych zasobów medycznych i niemedycznych oraz jakości życia. Całkowite koszty leczenia obliczono na postawie ceny detalicznej leków oraz kosztów jednostkowych procedur medycznych. Koszty pośrednie oszacowano metodą kapitału ludzkiego. Wartości podano w złotówkach (PLN), a także w euro (EUR) (wartość wg parytetu siły nabywczej na 2002 rok: 1 EUR = 2,05 PLN). WYNIKI. Uzyskano dane od 303 pacjentów (średnia wieku: 61 lat, średni okres od rozpoznania choroby: 10,86 roku, mężczyźni: 49%). Całkowite roczne koszty leczenia wyniosły 9227,20 PLN (4501,08 EUR), w tym koszty bezpośrednie - 2429,95 PLN (1185,35 EUR). Struktura kosztów bezpośrednich kształtowała się następująco: 11,1% - konsultacje lekarskie, 2,9% - konsultacje paramedyczne, 17,3% - doustne leki przeciwcukrzycowe, 29,1% - insulina, 29,6% - hospitalizacje, 0,8% - nagłe interwencje, 9,2% - badania laboratoryjne. Koszty pośrednie wiązały się głównie z wcześniejszym przejściem chorych na rentę lub emeryturę oraz z wydatkami poniesionymi na opiekę nad chorymi przez bliskich. WNIOSKI. Następstwa ekonomiczne cukrzycy typu 2 w Polsce są znaczące. Wydatki na leki, a zwłaszcza na insulinę, stanowią znaczną część kosztów bezpośrednich.INTRODUCTION. The Cost of Diabetes Type 2 in Poland (CODIP) is multicenter, bottom-up designed, retrospective study aimed at evaluation of total cost of diabetes type 2 in Poland. Study design reflects that of CODE-2 (Cost of Diabetes Type 2 in Europe) and allows for international comparison. MATERIAL AND METHODS. Patients diagnosed with type 2 diabetes mellitus were randomly selected from outpatients charts databases and surveyed. Both patient and practitioner questionnaires collected data from each patient on: clinical characteristic, medical and other resources used, quality of life. Total treatment costs were calculated using drug retail and medical procedures prices. Indirect costs were estimated by human capital approach. The impact of complications on total costs was evaluated. Values are expressed in PLN and also presented in Euro value (PPP ‘2002 value: 1 EUR = 2.05 PLN). RESULTS. 303 patients were enrolled (mean age: 61, mean time from diagnosis: 10.86 year, males: 49%). The total annual treatment costs amounted to 9227.20 PLN (4501.08 EUR), including 2429.95 PLN (1185.35 EUR) of direct costs. The direct cost structure: 11.1% physicians consultations, 2.9% paramedics, 17.3% oral antidiabetic drug, 29.1% insulins, 29.6% hospital costs, 0.8% emergency services, 9.2% laboratory tests. The indirect costs are mainly determined by early retirements or pension and relatives care costs. CONCLUSIONS. Economic impact of diabetes type 2 in Poland is considerable. Drug prescription patterns, especially for insulin, are responsible for large part of direct costs

Ostry zawał serca u pacjentów powyżej 70 lat leczonych za pomocą pierwotnej angioplastyki wieńcowej

Wstęp: Pierwotna angioplastyka wieńcowa (PTCA) jest jedną z metod leczenia reperfuzyjnego w ostrym zawale serca (AMI). Celem badania jest analiza porównawcza wyników leczenia AMI za pomocą pierwotnej PTCA u pacjentów w wieku > 70 rż. Materiał i metody: Analizą objęto 552 pacjentów (413 mężczyzn, 139 kobiet) w wieku 26&#8211; 78 lat (średnio 56 lat) z AMI, do 12 h od początku wystąpienia bólu wieńcowego, leczonych za pomocą pierwotnej PTCA. Grupę badaną stanowiło 108 pacjentów w wieku ponad 70 lat, zaś grupę kontrolną &#8212; 444 chorych w wieku poniżej 70 lat. W obu grupach oceniano przepływ w tętnicy dozawałowej przed zabiegiem, skuteczność zabiegu oraz częstość epizodów sercowo-naczyniowych w czasie obserwacji szpitalnej. Wyniki: Skuteczność zabiegu była porównywalna w obu badanych grupach (91,6% vs. 96,1%; p = 0,052), natomiast śmiertelność szpitalna była istotnie wyższa w grupie badanej (11% vs. 3,1%; p < 0,001). W grupie badanej istotnie częściej występowały zawały ściany przedniej (54,5% vs. 39,4%; p = 0,001), co wiązało się ze znamiennie częstszym stwierdzeniem, że tętnicą odpowiedzialną za zawał jest gałąź międzykomorowa przednia lewej tętnicy wieńcowej (50,9% vs. 38,7%; p = 0,021). W grupie badanej istotnie częściej występowała trójnaczyniowa choroba wieńcowa (26,8% vs. 16,6%). Pacjenci z grupy badanej charakteryzowali się znamiennie gorszą wyjściową frakcją wyrzutową lewej komory (47,4% vs. 42,5%; p = 0,001). Rozkład ocen przepływu (wg skali TIMI) w tętnicy odpowiedzialnej za zawał nie różnił się istotnie między grupami. Wnioski: Pierwotna PTCA jest skuteczną metodą leczenia AMI u starszych pacjentów, ale wiąże się z większą śmiertelnością szpitalną niż u osób młodszych

Ostry zawał serca u pacjentów powyżej 70 lat leczonych za pomocą pierwotnej angioplastyki wieńcowej

Wstęp: Pierwotna angioplastyka wieńcowa (PTCA) jest jedną z metod leczenia reperfuzyjnego w ostrym zawale serca (AMI). Celem badania jest analiza porównawcza wyników leczenia AMI za pomocą pierwotnej PTCA u pacjentów w wieku > 70 rż. Materiał i metody: Analizą objęto 552 pacjentów (413 mężczyzn, 139 kobiet) w wieku 26&#8211; 78 lat (średnio 56 lat) z AMI, do 12 h od początku wystąpienia bólu wieńcowego, leczonych za pomocą pierwotnej PTCA. Grupę badaną stanowiło 108 pacjentów w wieku ponad 70 lat, zaś grupę kontrolną &#8212; 444 chorych w wieku poniżej 70 lat. W obu grupach oceniano przepływ w tętnicy dozawałowej przed zabiegiem, skuteczność zabiegu oraz częstość epizodów sercowo-naczyniowych w czasie obserwacji szpitalnej. Wyniki: Skuteczność zabiegu była porównywalna w obu badanych grupach (91,6% vs. 96,1%; p = 0,052), natomiast śmiertelność szpitalna była istotnie wyższa w grupie badanej (11% vs. 3,1%; p < 0,001). W grupie badanej istotnie częściej występowały zawały ściany przedniej (54,5% vs. 39,4%; p = 0,001), co wiązało się ze znamiennie częstszym stwierdzeniem, że tętnicą odpowiedzialną za zawał jest gałąź międzykomorowa przednia lewej tętnicy wieńcowej (50,9% vs. 38,7%; p = 0,021). W grupie badanej istotnie częściej występowała trójnaczyniowa choroba wieńcowa (26,8% vs. 16,6%). Pacjenci z grupy badanej charakteryzowali się znamiennie gorszą wyjściową frakcją wyrzutową lewej komory (47,4% vs. 42,5%; p = 0,001). Rozkład ocen przepływu (wg skali TIMI) w tętnicy odpowiedzialnej za zawał nie różnił się istotnie między grupami. Wnioski: Pierwotna PTCA jest skuteczną metodą leczenia AMI u starszych pacjentów, ale wiąże się z większą śmiertelnością szpitalną niż u osób młodszych

Wyniki leczenia ostrego zawału serca u pacjentów transportowanych ze szpitali rejonowych na zabieg pierwotnej angioplastyki wieńcowej

Wstęp: Pierwotna angioplastyka wieńcowa (PTCA) jest uznaną metodą leczenia ostrego zawału serca (AMI). Natomiast jest niewiele danych dotyczących wyników leczenia zawału serca u pacjentów transportowanych ze szpitali rejonowych na zabieg pierwotnej PTCA. Celem pracy było porównanie wyników leczenia za pomocą pierwotnej PTCA pacjentów z AMI, transportowanych ze szpitali rejonowych, z wynikami leczenia chorych kierowanych bezpośrednio do ośrodka autorów w celu wykonania zabiegu pierwotnej PTCA. Materiał i metody: Analizą objęto 201 kolejnych pacjentów (152 mężczyzn, 49 kobiet) w wieku 26&#8211;78 lat (średnio 56 lat) z AMI, do 12 h od początku wystąpienia bólu zawałowego, leczonych za pomocą pierwotnej PTCA. Grupę badaną stanowiło 77 pacjentów transportowanych ze szpitali rejonowych, grupę kontrolą -124 chorych kierowanych bezpośrednio do ośrodka kardiologii inwazyjnej. Oceniano przepływ w tętnicy dozawałowej przed zabiegiem, skuteczność zabiegu, śmiertelność oraz częstość epizodów sercowo-naczyniowych w obu grupach w czasie obserwacji szpitalnej. Wyniki: Skuteczność zabiegu pierwotnej PTCA była podobna w obu badanych grupach (96,1% vs. 97,6%). Śmiertelność szpitalna w grupie badanej wyniosła 2,6%, w grupie kontrolnej - 5,6% (różnica nieznamienna). Nie było istotnych różnic w częstości ponownych zawałów serca (1,3% vs. 1,6%) i ponownych zabiegów PTCA (2,6% vs. 3,2%). Rozkład ocen przepływu (wg skali TIMI) w tętnicy odpowiedzialnej za zawał różnił się istotnie między grupami (p < 0,001). Średni czas transportu w grupie badanej był istotnie dłuższy niż w grupie kontrolnej (62 min vs. 17 min; p < 0,001). Wnioski: Wyniki szpitalne leczenia AMI za pomocą pierwotnej PTCA u chorych przewożonych ze szpitali rejonowych były porównywalne z wynikami leczenia chorych przyjmowanych bezpośrednio do ośrodka kardiologii inwazyjnej. Transport chorych ze szpitali rejonowych na zabieg pierwotnej PTCA był bezpieczny