Strategies to facilitate the development of uncloned or cloned infectious full-length viral cDNAs: Apple chlorotic leaf spot virus as a case study

Background Approaches to simplify and streamline the construction of full-length infectious cDNA clones (FL-cDNAs) are needed. Among desirable improvements are the ability to use total nucleic acids (TNA) extracts from infected hosts (to bypass viral purification limitations) for the direct one-step amplification of large FL-cDNAs, the possibility to inoculate plants with uncloned FL-cDNAs and the simplified cloning of these large molecules. Results Using the 7.55 kb genome of Apple chlorotic leaf spot trichovirus (ACLSV) approaches allowing the rapid generation from TNA extracts of FL-cDNAs under the control of the T7 promoter and the successful inoculation of plants using in vitro transcripts obtained from these uncloned amplification products have been developed. We also show that the yeast homologous recombination system permits efficient cloning of FL-cDNAs and the simultaneous one-step tailoring of a ternary Yeast-Escherichia coli-Agrobacterium tumefaciens shuttle vector allowing efficient inoculation of both herbaceous and woody host plants by agroinfiltration. Conclusions The fast and efficient strategies described here should have broad applications, in particular for the study "difficult" plant viruses, such as those infecting woody hosts, and potentially for other, non plant-infecting viral agents

Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine. Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collectiv

Energy Resolution Performance of the CMS Electromagnetic Calorimeter

The energy resolution performance of the CMS lead tungstate crystal electromagnetic calorimeter is presented. Measurements were made with an electron beam using a fully equipped supermodule of the calorimeter barrel. Results are given both for electrons incident on the centre of crystals and for electrons distributed uniformly over the calorimeter surface. The electron energy is reconstructed in matrices of 3 times 3 or 5 times 5 crystals centred on the crystal containing the maximum energy. Corrections for variations in the shower containment are applied in the case of uniform incidence. The resolution measured is consistent with the design goals

Discutindo a educação ambiental no cotidiano escolar: desenvolvimento de projetos na escola formação inicial e continuada de professores

A presente pesquisa buscou discutir como a Educação Ambiental (EA) vem sendo trabalhada, no Ensino Fundamental e como os docentes desta escola compreendem e vem inserindo a EA no cotidiano escolar., em uma escola estadual do município de Tangará da Serra/MT, Brasil. Para tanto, realizou-se entrevistas com os professores que fazem parte de um projeto interdisciplinar de EA na escola pesquisada. Verificou-se que o projeto da escola não vem conseguindo alcançar os objetivos propostos por: desconhecimento do mesmo, pelos professores; formação deficiente dos professores, não entendimento da EA como processo de ensino-aprendizagem, falta de recursos didáticos, planejamento inadequado das atividades. A partir dessa constatação, procurou-se debater a impossibilidade de tratar do tema fora do trabalho interdisciplinar, bem como, e principalmente, a importância de um estudo mais aprofundado de EA, vinculando teoria e prática, tanto na formação docente, como em projetos escolares, a fim de fugir do tradicional vínculo “EA e ecologia, lixo e horta”.Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educació

Etude de l'étiologie de maladies de dégénérescence des arbres fruitiers tempérés (caractérisation de nouveaux agents viraux associés aux genres Nepovirus et Foveavirus)

Plusieurs éléments d'informations ont été apportés sur l'étiologie de maladies des arbres fruitiers tempérés. Quatre agents viraux et plusieurs souches ou variants ont été caractérisés, soit par des techniques d'étude basée sur l'identification et la recherche directe de l'agent pathogène soit en utilisant des techniques moléculaires non spécifiques qui s'adressent à la forme réplicative des phytovirus à ARN simple brin : les ARNs bicaténaires (ARNdb). Par une approche traditionnelle, nous avons identifié un nouveau virus infectant naturellement l'abricotier. Le respect des postulats de Koch permet de définir l'Apricot latent ringspot virus comme appartenant au sous-groupe C du genre Nepovirus responsable de la maladie des taches annulaires latente de l'abricotier. A partir des ARNdb extraits de pêchers GF305 infectés, nous avons identifié deux isolats viraux, LA2 et Caserta 12, associés à deux maladies d'étiologie inconue : la maladie des anneaux de suie du pêcher (peach sooty ringspot) et la maladie de la moucheture étoilée du pêcher (peach asteroid spot). les informations partielles de séquences obtenues sur ces deux agents montrent qu'ils sont proches d'un virus du genre Foveavirus, l'Apricot latent virus. De la même façon en utilisant les ARNdb extraits de tissus de pêchers infectés par la marbrure nécrotique du cerisier (cherry necrotic mottle leaf), nous avons pu y associer deux virus, P1A et P1B, caractérisés et présents en infection mixte dans un des isolats, P1C124. Le virus P1A, cloné et séquencé dans sa totalité, est un nouvel isolat du cherry green ring mottle virus tandis que l'analyse de l'extrémité 5' de l'isolat P1B indique qu'il s'agit vraisemblablement d'une souche du Cherry necrotic rusty mottle virus. Tous ces virus appartiennent au nouveau genre de virus filamenteux les Foveavirus. Deux autres maladies ont également été abordées au cours de ce travail, la maladie de la crosse nécrotique du cerisier (cherry necrotic crook) et la maladie de la marbrure du cerisier (cherry mottling). Pour cette dernière nous avons pu mettre en evidence la présence d'ARNdb spécifiques de l'infection.TOULOUSE-ENSAT-Documentation (315552324) / SudocSudocFranceF

Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Background as of March 2019As a result of the health monitoring carried out by the members of ANSES's Expert Committee and our ANSES employees, we became aware of an alert concerning an emerging tomato virus: tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV).Tomato brown rugose fruit virus is an emerging tobamovirus first reported in 2014 in Israel and 2015 in Jordan on greenhouse tomatoes. In 2018, it was also reported in Mexico (where its eradication is under way), and in the United States where it was eradicated in the same year. Within the European Union (EU), it was reported in Germany in 2018 (North Rhine-Westphalia where its eradication is under way) and in Italy (Sicily) in early 2019. This virus was also the subject of an alert in the Bulletin de Santé du Végétal (BSV) for the Provence-Alpes-Côte d'Azur (PACA) region in December 2018. It was added to the alert list of the European and Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO) in January 2019 and was the subject of an alert sheet issued by ANSES's Laboratory for Plant Health (LSV_2019_03_0027).The main host plants of ToBRFV are tomato (Solanum lycopersicum) and pepper (Capsicum annuum). The damage observed on greenhouse tomato plants includes chlorosis, mosaic and mottling on the leaves and necrotic spots on peduncles, calyces and flower stalks. Fruits show yellowor brown spots with characteristic rugose symptoms, and may be deformed and ripen irregularly, making them non-marketable. The incidence of the disease varies between 10 and 100% of fruit depending on the site. Similar symptoms have also been observed on Capsicum annuum fruits inMexico. Viruses belonging to the genus Tobamovirus have a particularly effective means of spread. Transmission is mechanical, through simple direct contact between plants or via hands, work tools, clothing, pollinating insects, birds or irrigation water. Seeds can also transmit tobamoviruses. Lastly, these viruses are highly stable and can survive for several months on inert media without any loss of infectivity. These epidemiological characteristics make tobamoviruses a formidable threat to highdensity crops such as those grown in greenhouses.The long-lasting resistance carried by the Tm-2 and Tm-2 2 genes deployed in tomato varieties in production since the 1970s has led to a considerable reduction in the negative impacts associated with other tobamoviruses (tomato mosaic virus and tobacco mosaic virus). However, these genes are ineffective against ToBRFV. The lack of resistance in tomatoes therefore particularly jeopardises this production sector, which has so far been spared.1.2 Purpose of the requestIn view of the importance of the greenhouse tomato production sector in France, the high infectivity of this virus and the susceptibility of the tomato, the succession of reports at production sites on several continents and especially within the EU, and the lack of regulatory measures against thisvirus, which could lead to certain high risk pathways, you are asked to carry out an express risk assessment of ToBRFV in order to:(i) assess the probability of introduction and spread of ToBRFV and the scale of the potential economic impacts in metropolitan France, (ii) propose possible management measures in the event of an unacceptable risk to the production sector.Contexte en mars 2019Grâce à la veille sanitaire réalisée par les membres du Comité d’Experts Spécialisé de l’Anses et nos agents Anses, une alerte nous est parvenue concernant un virus émergent de la tomate : le Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV).Le Tomato brown rugose fruit virus est un tobamovirus émergent dont les premiers signalements datent de 2014 en Israël et de 2015 en Jordanie sur des tomates produites sous serre. En 2018, il a été également signalé au Mexique (où il est en cours d’éradication) et aux Etats-Unis où il a étééradiqué la même année. Au sein de l’Union européenne (UE), il a été signalé en Allemagne en 2018 (Rhénanie-du-Nord-Westphalie, où il est en cours d’éradication) et en Italie (Sicile) début 2019.Ce virus a fait également l’objet d’une alerte dans le bulletin de santé du végétal (BSV) – ProvenceAlpes-Côte d’Azur (PACA) en décembre 2018. Il a été ajouté à la liste d’alerte de l’OEPP (Organisation Européenne et Méditerranéenne pour la Protection des Plantes) en janvier 2019 et ila fait l’objet d’une fiche d’alerte émise par le Laboratoire de la Santé des Végétaux (LSV_2019_03_0027).Les plantes hôtes principales du ToBRFV sont la tomate (Solanum lycopersicum) et le piment (Capsicum annuum). Les dégâts observés sur tomate en production sous serre incluent des chloroses, des mosaïques et des marbrures sur les feuilles, ainsi que des taches nécrotiques sur les pédoncules, calices et pédoncules floraux. Les fruits présentent des taches jaunes ou brunes, avec des symptômes de rugosité caractéristiques, et peuvent être déformés et avoir une maturation irrégulière, et ainsi devenir non commercialisables. L’incidence de la maladie varie entre 10 et 100%de fruits atteints selon les sites. Des symptômes similaires ont également été observés sur les fruits de Capsicum annuum au Mexique.Le mode de dissémination des virus appartenant au genre Tobamovirus est particulièrement efficace. La transmission est mécanique par simple contact direct entre les plantes ou via les mains, les outils de travail, les vêtements, les insectes pollinisateurs, les oiseaux et l’eau d’irrigation. Lessemences peuvent également transmettre les tobamovirus. Enfin, ces virus sont très stables : ils peuvent en effet survivre plusieurs mois sur des supports inertes sans perte de pouvoir infectieux. Ces caractéristiques épidémiologiques rendent les tobamovirus redoutables dans les cultures à haute densité de plantation comme les cultures conduites sous serre.La résistance durable portée par les gènes Tm-2 et Tm-22 et déployée dans les variétés de tomates de production depuis les années 1970 a permis une réduction considérable des impacts négatifs liés à d’autres tobamovirus (tomato mosaic virus et tobacco mosaic virus principalement). Or, ces gènes sont inefficaces contre le ToBRFV. L’absence de résistance chez la tomate met donc particulièrement en péril cette filière de production jusque-là épargnée.Objet de la saisine : Compte tenu de l’importance de la filière de production de tomates sous serre en France, du fort caractère infectieux de ce virus et de la sensibilité de la tomate, de la succession des signalements dans des sites de production sur plusieurs continents et plus particulièrement au sein de l’UE et de l’absence de mesure réglementaire vis-à-vis de ce virus qui pourrait engendrer des filières d’entrée à risque, il vous est demandé de réaliser une évaluation de risque simplifiée du ToBRFV afin de : (i) évaluer la probabilité d’introduction et de dissémination du ToBRFV et l’ampleur des impacts économiques potentiels sur le territoire français métropolitain,(ii) proposer des options de mesures de gestion en cas de risque inacceptable pour la filière de production

Avis sur l'efficacité des méthodes visant à la destruction de végétaux contaminés par le virus de la sharka en verger de Prunus: Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective

Citation suggérée:Anses. (2021). Avis sur l’efficacité des méthodes visant à la destruction de végétaux contaminés par le virus de la sharka en verger de Prunus (saisine 2019-SA-0048). Maisons-Alfort : Anses, 66 pDepuis le 9 juillet 2021, la lutte obligatoire contre le virus Plum pox virus (PPV), agent causal de la maladie de la sharka, est encadrée par l’arrêté paru à cette date et abrogeant celui du 17 mars 2011 modifié ayant servi de cadre aux travaux d’expertise réalisés. Toutefois, les principes de lutte restant similaires entre les deux arrêtés, cette évolution ne remet en cause ni l’objet de la saisine, ni les résultats de ces travaux. La surveillance des espèces de Prunus sensibles (abricotiers, pêchers, pruniers) est définie en fonction d’un zonage, ainsi que les mesures d’assainissement à réaliser suite à la détection d’arbres infectés. Lorsqu’un arbre porteur du virus est détecté, la réglementation oblige à procéder à sa destruction. Le propriétaire a alors le choix de réaliser sous 10 jours, une coupe associée à une dévitalisation de l’arbre ou de procéder à son arrachage. Si le propriétaire choisit la coupe/dévitalisation de l’arbre, la souche restante doit être arrachée avant le 31 octobre de l’année en cours. En pratique, la majorité des arboriculteurs procèdent en cours de saison à la coupe et à la dévitalisation des arbres concernés puis à l’arrachage des souches en automne avant le 31 octobre.L’expérience remontée par les services déconcentrés de la DGAl indique que, dans certains cas, la mesure d’arrachage seule serait moins efficace qu’une coupe/dévitalisation suivie à l’automne de l’arrachage de la souche. En effet, suite à l’arrachage, des rejets peuvent par exemple être observés sur pruniers américano-japonais. Par ailleurs, suite à une coupe/dévitalisation correctement réalisée, l’arrachage des souches mortes peut également être problématique pour les exploitations (conduite culturale, matériel, climat, sol, irrigation) alors que leur présence n’est plus contaminante puisque l’arbre est détruit. A contrario, une coupe/dévitalisation mal réalisée peut permettre la reprise végétative et la production de repousses qui sont alors des sources potentielles de contaminations

Association of <em>Little cherry virus 1</em> (LChV1) with the Shirofugen stunt disease and characterization of the genome of a divergent LChV1 isolate.

Double-stranded RNAs purified from the V2356 ('Successa') sour cherry source of the Shirofugen stunt disease (SSD) were sequenced using a 454 pyrosequencing multiplex approach. The 15,646 reads obtained were assembled into 279 contigs, 5 of which, totaling almost 16.9 kbp and 5,332 reads (34% of sample reads), showed high Blast scores and homology to Little cherry virus 1 (LChV1). The five contigs were further assembled manually into three supercontigs spanning the full LChV1 genome with only two small gaps (17 and 55 bases). Completion of the sequencing of the viral genome was performed using targeted polymerase chain reaction and primers designed from the contigs. No evidence for the presence of other viral agents in the V2356 source could be obtained in the remaining contigs or singletons. The V2356 LChV1 isolate is only ≈76% identical with the reference complete LChV1 sequences and, in particular, with the ITMAR isolate associated with the Kwanzan stunting syndrome. However, it is highly homologous (97 to 100% identity) in two short genome regions with divergent LChV1 from North America, providing the first complete sequence for such divergent isolates. Although not providing a definite proof, the failure to detect any other viral agent in the V2356 SSD source and the identification of LChV1 in a second, independent, source of the disease suggests that LChV1 isolates could be responsible for the SSD syndrome