Novel insights into the DNA interstrand cross-link repair in Schizosaccharomyces pombe: characterisation of Fan1 through standard and high-throughput genetic analysis

FAN1/MTMR15 (Fanconi anemia-associated nuclease 1 / Myotubularin-related protein 15) is a protein originally identified from a set of size-fractionated human brain cDNA libraries coding for large proteins in vitro (Nagase et al., 1999). FAN1 is widely conserved across eukaryotes, with the notable exception of S. cerevisiae (Smogorzewska et al., 2010; MacKay et al., 2010; Kratz et al., 2010; Liu et al., 2010; Shereda et al., 2010). Recent work has shown that FAN1 is a novel component of the Fanconi Anemia repair DNA pathway in higher eukaryotes (Smogorzewska et al., 2010; MacKay et al., 2010; Kratz et al., 2010; Yoshikiyo et al., 2010; Liu et al., 2010; Shereda et al., 2010). My work presents a biochemical and genetic characterisation of the FAN1 Schizosaccharomyces pombe ortholog Fan1. I show that, in contrast with the situation in higher eukaryotes, Fan1 in S. pombe does not strongly interact with components of the mismatch repair pathway. The disruption of fan1 causes a mild sensitivity to interstrand cross-linking agents, dramatically augmented by the concomitant deletion of the nuclease Pso2, suggesting a role for Fan1 in the resolution of DNA interstrand cross-links. Further genetic interactions are explored by use of an automated high-throughput screen, where a non-epistatic relationship is found with Pli1, a component of the SUMOylation pathway. Finally, I show that three conserved residues in the VRR_nuc nuclease domain are required for Fan1 activity in DNA repair. Taken together, the data presented points at a role for S. pombe Fan1 in the resolution of adducts created by DNA interstrand cross-linking agents

Invenção e Cognição

Resenh

Revisão bibliográfica baseada em evidências

O trato gastrointestinal humano é colonizado por numerosas espécies de bactérias (a microbiota) que têm como função auxiliar a digestão, assistir na disponibilização de nutrientes, facilitar a maturação do epitélio do cólon e proteger de patógenos oportunistas. Fatores ambientais como a dieta, os probióticos, vírus e fármacos (principalmente os antibióticos) podem alterar esta composição, levando à disbiose, situação na qual as bactérias comensais não conseguem controlar as patogénicas. Esse desequilíbrio faz parte do processo patogénico de diversas doenças intestinais, como a síndrome do intestino irritável, doença celíaca e doença inflamatória intestinal. Estudos recentes revelaram que também têm influência em patologias extraintestinais como a obesidade, a síndrome metabólica e cardiovascular, a alergia, a asma, doenças neuropsiquiátricas como o autismo e o mal de Parkinson, e até no processo de envelhecimento. Atualmente, muitas pesquisas e estratégias terapêuticas estão focadas na compreensão da patogénese e na restauração do balanço do ecossistema intestinal. Uma destas estratégias é o transplante de microbiota fecal, procedimento que muda diretamente a microbiota intestinal, com o objetivo de normalizar a sua composição com consequente benefício terapêutico. Apesar de existirem relatos do uso desta técnica no século IV, só em 2013 foi elaborado um estudo randomizado que provou que o transplante fecal era mais eficaz que o uso de antibióticos em algumas doenças. Recentemente, esta técnica foi aprovada para o tratamento de infeções recorrentes e refratárias por Clostridioides difficile, com taxas de cura na ordem dos 90 por cento. Esta revisão sistemática tem como objetivo reunir as novas informações sobre o transplante de microbiota fecal, sistematizar as técnicas existentes, os métodos, riscos e benefícios associados, a sua aplicabilidade e sucesso terapêutico. Para isso fez-se uma pesquisa bibliográfica com recurso a banco de dados da plataforma PubMed, bem como a literatura técnica que se considere relevante.Human gastrointestinal tract is colonized by numerous species of bacterias (microbiome) that have many functions as digestion auxiliary, assist nutrients availability, facilitate the maturation of the colon epithelium and protect from opportunistic pathogens. Environmental factors such as diet, probiotics, viruses and medications (mainly antibiotics) can change this composition, causing dysbiosis, situation in which commensal bacteria can’t control the opportunist pathogens. This imbalance is part of pathological process of several intestinal diseases, such as irritable bowel syndrome, celiac disease and inflammatory bowel disease. Recent studies have revealed that it can also influence in extra-intestinal diseases such as obesity, metabolic and cardiovascular syndrome, allergy, asthma, neuropsychiatric diseases such as autism and Parkinson’s disease, and even in ageing process. Currently many researches and therapeutical strategies are focused on understanding pathogenesis and in restoration of intestinal ecosystem balance. One of these strategies is fecal microbiome transplantation, a procedure that directly changes the intestinal microbiome, with the aim of normalize it composition and consequently therapeutic benefit. Although there have already been reports of the use of this technique in the fourth century, only in 2013 a randomized study was developed to prove that fecal microbiome transplantation was more effective than antibiotics in some diseases. Since then this technique was approved to treat recurrent and refractory infections by Clostridioides difficile with 90 percent of cure rate. This bibliographic revision aims to gather new informations about fecal microbiome transplantation, systematize current techniques, methods, risks and associated benefits, applicability and therapeutical success. For this, a bibliographic search was made using PubMed platform database, as well as a technical literature that is considered relevant

Memórias traduzidas: docência compartilhada no processo de formação inicial de professores.

The authors explore analytically their memories of shared experience of teaching during the initial training class for beginner teachers. Contexts to recover from fragments of what selective memory allows revitalized. Reflections are woven into what dimensions as the strangeness, power, insecurity and personal beliefs are being gradually revealed, worked, giving way to partnership, complicity and reaffirmation of commitment to education. This work highlights the contributions that the use of memory offers reflective processes to make education but triggered later times. Thus discloses an alternative to more analytical processes to trigger on what we do in education, especially in the field of teacher education.Ayudados por el uso de la memoria, los autores exploran analíticamente la experiencia compartida de la enseñanza mientras la realización de un curso de formación inicial de profesores, recuperando contextos hasta fragmentos do que la memoria selectiva permite revitalizar. Son tejidas reflexiones en que dimensiones como el extrañamiento, el poder, la inseguridad y las creencias personales se revelan poco a poco una vez trabajados, dando lugar a la colaboración, a la complicidad y a la reafirmación del compromiso con la educación. Este trabajo pone de relieve las contribuciones que el uso de la memoria ofrece a los procesos reflexivos de hacer de la educación, aún que desencadenados tiempos más tarde. De este modo se demuestra otra alternativa para desencadenar procesos de análisis sobre el que hacer en educación, especialmente en el campo de la formación de profesores.Amparados pelo recurso da memória, os autores exploram analiticamente a experiência de docência compartilhada durante a realização de um curso de formação inicial de professores, reconstruindo desde contextos até fragmentos do que a memória seletiva permite reatualizar. São tecidas reflexões em que dimensões como o estranhamento, o poder, a insegurança e as crenças pessoais vão sendo aos poucos desvelados, trabalhados, dando lugar à parceria, cumplicidade e à reafirmação do compromisso com a educação. O trabalho evidencia as contribuições que o recurso da memória oferece aos processos reflexivos de se fazer educação, ainda que acionados tempos mais tarde. Demonstra, assim, uma alternativa a mais para desencadear processos analíticos sobre o que se faz em educação, principalmente no campo da formação de professores

O estatuto da leitura e da escrita na formação de profesores: reminiscencias memoriais da experiencia docente

Vive-se um tempo em que a fragmentação, a fragilidade e a insolidez permeiam a realidade. O mundo do espetáculo e das imagens parece avançar e substituir o mundo das palavras, com a conseqüente contaminação da educação em todos os níveis. Neste quadro, é interessante pensar o lugar da leitura e da escrita como processos que se têm modificado ao longo da história, mas que parecem resistir e constituir- se num lugar privilegiado de continuidade e permanência. Neste contexto, procurar-se-á resgatar os pontos mais significativos de experiências realizadas nos últimos anos, a partir do exercício de ler e escrever, em diferentes campos curriculares com estudantes em cursos de formação de professores. Com a distância que o tempo nos dá, procuramos avaliar a pertinência, hoje, de um ensino que aposta na utilização da leitura e escrita como ferramentas fundamentais para a produção de conhecimento

The long and winding road: the journey taken by headache sufferers in search of help

Aim: To outline the pathways a cohort of first attendees to our headache clinics had taken over the years in search of explanations and treatment for their headaches. To establish a greater awareness of the shortcomings and failures in their medical journey in the hope that better headache management will emerge in primary care. // Background: At first attendance in primary care most headache sufferers will not receive a firm diagnosis. Treatments provided are often ineffective and so many patients embark on a somewhat random self-made journey searching for a remedy. If they reach a Headache Clinic the most common diagnoses are ‘chronic migraine’ and ‘medication overuse headache’. They are either no better or worse than when their headaches first started despite their efforts. // Method: We undertook a prospective questionnaire-based study of over 200 patients on first attendance at each of our headache clinics, three based in District General Hospitals and one in a tertiary referral centre. We documented the patients’ headache characteristics, the ‘burden’ of their headaches, functional handicap and the financial costs incurred seeking help before referral. We also documented what our patients understood about their headache disorder and the treatments previously tried. // Findings: Most patients had not been given a formal diagnosis in primary care and many remained unconvinced of the benign nature of their headache problem and wanted further investigations. A few had sought help from headache charities. Many had unrealistic attitudes to their problem and medication overuse was rife. A few patients had been offered triptans in primary care. Key deficiencies in the primary care management of these patients included failure to provide a formal headache diagnosis, inadequate understanding of the nature and mechanism of headaches and failure to follow a resilient management strategy. We provide a more effective management pathway in primary care

Análise de agroecossistemas no assentamento rural Monte Alegre, Motuca/SP

No Brasil, os imóveis rurais com mais de mil hectares, correspondentes a 14% do total, possuem 50% de toda a área dos imóveis rurais do país. (Brasil, INCRA, 1996, apud WANDERLEY, 2000). Esta concentração fundiária se  agrava com a significativa dimensão das áreas improdutivas, que correspondem aproximadamente a 60% das terras apropriadas, o que indica a existência de grandes áreas rurais socialmente “desertificadas”, isto é, sem vida social ou nas quais a vida social é extremamente reduzida (WANDERLEY, 2000).Trabalhos acadêmicos das mais variadas origens  demonstram, de forma definitiva, as enormes vantagens da agricultura familiar comparativamente às grandes propriedades rurais. As unidades familiares, a par de atenderem melhor aos interesses sociais do País, são mais produtivas, asseguram melhor a preservação ambiental e são economicamente viáveis. A maioria dos países desenvolvidos teve na agricultura familiar um sustentáculo do seu dinamismo econômico e uma saudável distribuição da riqueza nacional. Todos eles, em algum momento da história, promoveram a reforma agrária e a valorização da agricultura familiar (INCRA/FAO, 2000, apud SERRA 2005)

Análise de agroecossistemas no assentamento rural Monte Alegre, Motuca/SP

No Brasil, os imóveis rurais com mais de mil hectares, correspondentes a 14% do total, possuem 50% de toda a área dos imóveis rurais do país. (Brasil, INCRA, 1996, apud WANDERLEY, 2000). Esta concentração fundiária se  agrava com a significativa dimensão das áreas improdutivas, que correspondem aproximadamente a 60% das terras apropriadas, o que indica a existência de grandes áreas rurais socialmente “desertificadas”, isto é, sem vida social ou nas quais a vida social é extremamente reduzida (WANDERLEY, 2000).Trabalhos acadêmicos das mais variadas origens  demonstram, de forma definitiva, as enormes vantagens da agricultura familiar comparativamente às grandes propriedades rurais. As unidades familiares, a par de atenderem melhor aos interesses sociais do País, são mais produtivas, asseguram melhor a preservação ambiental e são economicamente viáveis. A maioria dos países desenvolvidos teve na agricultura familiar um sustentáculo do seu dinamismo econômico e uma saudável distribuição da riqueza nacional. Todos eles, em algum momento da história, promoveram a reforma agrária e a valorização da agricultura familiar (INCRA/FAO, 2000, apud SERRA 2005)

SETD2-dependent histone H3K36 trimethylation is required for homologous recombination repair and genome stability

Modulating chromatin through histone methylation orchestrates numerous cellular processes. SETD2-dependent trimethylation of histone H3K36 is associated with active transcription. Here, we define a role for H3K36 trimethylation in homologous recombination (HR) repair in human cells. We find that depleting SETD2 generates a mutation signature resembling RAD51 depletion at I-SceI-induced DNA double-strand break (DSB) sites, with significantly increased deletions arising through microhomology-mediated end-joining. We establish a presynaptic role for SETD2 methyltransferase in HR, where it facilitates the recruitment of C-terminal binding protein interacting protein (CtIP) and promotes DSB resection, allowing Replication Protein A (RPA) and RAD51 binding to DNA damage sites. Furthermore, reducing H3K36me3 levels by overexpressing KDM4A/JMJD2A, an oncogene and H3K36me3/2 demethylase, or an H3.3K36M transgene also reduces HR repair events. We propose that error-free HR repair within H3K36me3-decorated transcriptionally active genomic regions promotes cell homeostasis. Moreover, these findings provide insights as to why oncogenic mutations cluster within the H3K36me3 axis. © 2014 The Authors