Incorporação do Redmine como ferramenta de gestão dos processos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa.

O Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa Informática Agropecuária atua na área de análise de dados biológicos que requerem computação de alto desempenho, oferece treinamentos na área de bioinformática e fornece acesso a usuários internos e externos ao parque computacional. Para garantir a qualidade desses serviços, faz-se necessário mecanismos de controle e gestão

VPRO - um identificador de padrões de seqüências.

bitstream/CNPTIA/11542/1/ct81.pdfAcesso em: 28 maio 2008

Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas.

Conformação das cadeias laterais (rotâmeros); Dupla ocupância; Java Protein Dossier.bitstream/CNPTIA/9893/1/comuntec34.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier.

Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.bitstream/CNPTIA/9897/1/comuntec38.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural.

Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.bitstream/CNPTIA/9951/1/doc25.pdfAcesso em: 29 maio 2008

Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS.

Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.bitstream/CNPTIA/9895/1/comuntec36.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Utilização do software GRASP para gerar arquivo de coordenadas com valores de potencial eletrostático.

Com o intuito de disponibilizar um banco de dados de valores de potencial eletrostático para todas as estruturas de proteínas depositadas no PDB, foi utilizado o programa GRASP (Graphical Representation and Analysis of Structural Properties) (Nicholls et al., 1991) para geração deste banco de dados.bitstream/CNPTIA/9883/1/comuntec24.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Web semântica na Embrapa: o próximo desafio da gestão do conhecimento.

Um problema que enfrentamos hoje na Web é que junto com a informação que buscamos, retorna uma quantidade de informações irrelevantes. Projetada pelos idealizadores da Web, a Web Semântica propõe-se a estruturar a rede de forma que seus dados possam ser compreendidos por qualquer computador nela conectado, refinando essa busca e filtrando do conhecimento que nos interessa, aliviando a sobrecarga de informação com o aumento da precisão

Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier.

Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.bitstream/CNPTIA/9899/1/comuntec40.pdfAcesso em: 30 maio 2008

Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS.

HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.bitstream/CNPTIA/9896/1/comuntec37.pdfAcesso em: 30 maio 2008