Generalizing the use of the canonical transformation for the solution of multivariate mixed model equations

The canonical transformation converts t correlated traits into t phenotypically and genetically independent traits. Its application to multiple trait BLUP genetic evaluations decreases computing requirements, increases the convergence rate of iterative solvers and simplifies programming. This paper presents alternative ways to retain, at least partly, these desirable characteristics in situations where the canonical transformation is theoretically impossible: when some traits are missing in some animals (including when a reduced animal model is used), when more than one random effect is included in the model and when different traits are described by different models.La transformation canonique remplace t caractères corrélés par t caractères génétiquement et phénotypiquement indépendants. Son application dans des évaluations génétiques de type BL UP multicaractères diminue les besoins informatiques, accroît la vitesse de convergence d’algorithmes de résolution itérative et simplifie la programmation. Cet article présente différentes manières de conserver au moins partiellement ces caractéristiques favorables dans les situations où la transformation canonique est théoriquement impossible, c’est-à-dire quand certains caractères sont manquants pour certains animaux (y compris lorsqu’un modèle animal réduit est utilisé), quand plus d’un effet aléatoire est inclus dans le modèle et quand différents caractères sont décrits par différents modèles

Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for production traits in three selected turkey strains

Genetic parameters related to growth, carcass composition and egg production were estimated on three (two female and one male) commercial strains of turkey using the method of restricted maximum likelihood (REML). In order to account for the sexual dimorphism in turkeys, body weight (BW, measured at 12 and 16 weeks of age) was considered as a sex-limited trait. As many as seven traits were analyzed simultaneously in one strain. Egg numbers were normalized using a Box-Cox transformation. Three different genetic models were used. The first one was a linear mixed model with a direct genetic effect. Model 2 accounted in addition for a dam’s environmental effect, while model 3 introduced a maternal genetic effect. The heritability estimates of BW were very high, especially for female traits (0.77 for female BW16 and 0.68 for male BW16 in strain B). Sexual dimorphism was less heritable (0.23, 0.16, and 0.14 for the 16 weeks body weight sex difference in the three strains considered). One of the female strains exhibited a strongly negative genetic correlation (-0.5) between female BW and egg number. The elevated values of the estimates probably originated from the method used, which accounted for the bias due to the sequential selection that had been carried out, and from the choice of the base population. Use of models 2 and 3 resulted in slightly lower heritability estimates than model 1, due to low maternal effects. The latter, however, offered a reasonable compromise between quality and computational cost of the evaluations.Les paramètres génétiques de caractères relatifs à la croissance (poids corporels à 12 et 16 semaines), la teneur en gras (mesure ultrasonique) et la ponte ont été estimés à l’aide de la méthode du maximum de la vraisemblance restreinte (REML) dans trois souches de dindes sélectionnées. Les caractères de poids ont été séparés selon les sexes, afin de rendre compte du dimorphisme sexuel important dans l’espèce et jusqu’à sept caractères ont ainsi été analysés simultanément dans une des souches. Les données de ponte ont été normalisées à l’aide d’une transformation de Box-Cox. Trois modèles génétiques différents ont été utilisés. Le premier est un modèle linéaire mixte incluant la valeur génétique additive individuelle comme effet aléatoire. Dans les autres on ajoute un effet maternel d’abord considéré comme un effet essentiellement de milieu (modèle 2) puis uniquement génétique (modèle 3). Les héritabilités sont très fortes pour les poids corporels, plus élevées pour les poids femelles que pour les poids mâles (0,77 pour les femelles à 16 semaines dans la lignée B contre 0,68 pour les mâles). Le dimorphisme sexuel est un caractère plus faiblement héritable (0,23; 0,16; et 0,14 pour la différence de poids entre mâles et femelles à 16 semaines dans les trois lignées). Dans une des lignées femelles, la corrélation génétique est fortement négative (-0,5) entre le poids des femelles et le nombre d’oeufs pondus. Les valeurs élevées des paramètres génétiques s’expliquent probablement par la méthode employée qui permet de prendre en compte le biais important lié à la sélection de type séquentiel. Le choix de la population de base permet également d’expliquer ces valeurs inhabituelles. Les modèles 2 et 3 donnent des estimées légèrement moins élevées pour les héritabilités que le modèle 1, à cause de la faiblesse des effets maternels. Le modèle 1 permet néanmoins un bon compromis entre simplicité des calculs et qualité de la description

Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for production traits in three selected turkey strains

Genetic parameters related to growth, carcass composition and egg production were estimated on three (two female and one male) commercial strains of turkey using the method of restricted maximum likelihood (REML). In order to account for the sexual dimorphism in turkeys, body weight (BW, measured at 12 and 16 weeks of age) was considered as a sex-limited trait. As many as seven traits were analyzed simultaneously in one strain. Egg numbers were normalized using a Box-Cox transformation. Three different genetic models were used. The first one was a linear mixed model with a direct genetic effect. Model 2 accounted in addition for a dam’s environmental effect, while model 3 introduced a maternal genetic effect. The heritability estimates of BW were very high, especially for female traits (0.77 for female BW16 and 0.68 for male BW16 in strain B). Sexual dimorphism was less heritable (0.23, 0.16, and 0.14 for the 16 weeks body weight sex difference in the three strains considered). One of the female strains exhibited a strongly negative genetic correlation (-0.5) between female BW and egg number. The elevated values of the estimates probably originated from the method used, which accounted for the bias due to the sequential selection that had been carried out, and from the choice of the base population. Use of models 2 and 3 resulted in slightly lower heritability estimates than model 1, due to low maternal effects. The latter, however, offered a reasonable compromise between quality and computational cost of the evaluations.Les paramètres génétiques de caractères relatifs à la croissance (poids corporels à 12 et 16 semaines), la teneur en gras (mesure ultrasonique) et la ponte ont été estimés à l’aide de la méthode du maximum de la vraisemblance restreinte (REML) dans trois souches de dindes sélectionnées. Les caractères de poids ont été séparés selon les sexes, afin de rendre compte du dimorphisme sexuel important dans l’espèce et jusqu’à sept caractères ont ainsi été analysés simultanément dans une des souches. Les données de ponte ont été normalisées à l’aide d’une transformation de Box-Cox. Trois modèles génétiques différents ont été utilisés. Le premier est un modèle linéaire mixte incluant la valeur génétique additive individuelle comme effet aléatoire. Dans les autres on ajoute un effet maternel d’abord considéré comme un effet essentiellement de milieu (modèle 2) puis uniquement génétique (modèle 3). Les héritabilités sont très fortes pour les poids corporels, plus élevées pour les poids femelles que pour les poids mâles (0,77 pour les femelles à 16 semaines dans la lignée B contre 0,68 pour les mâles). Le dimorphisme sexuel est un caractère plus faiblement héritable (0,23; 0,16; et 0,14 pour la différence de poids entre mâles et femelles à 16 semaines dans les trois lignées). Dans une des lignées femelles, la corrélation génétique est fortement négative (-0,5) entre le poids des femelles et le nombre d’oeufs pondus. Les valeurs élevées des paramètres génétiques s’expliquent probablement par la méthode employée qui permet de prendre en compte le biais important lié à la sélection de type séquentiel. Le choix de la population de base permet également d’expliquer ces valeurs inhabituelles. Les modèles 2 et 3 donnent des estimées légèrement moins élevées pour les héritabilités que le modèle 1, à cause de la faiblesse des effets maternels. Le modèle 1 permet néanmoins un bon compromis entre simplicité des calculs et qualité de la description

Cimetidine, C10H16N6S, formC: crystal structure and modelling of polytypes using suoperspace approach

An efficient method for modelling a polytypic family is presented with the example of cimetidine in the form C polymorph. The method exploits the (3 + 1)-dimensional superspace model, which is a powerful tool for the description, prediction and understanding of polytype modifications in small-molecule crystallography, as illustrated with this pharmaceutical example

Perfil logístico de Colombia

El presente documento ofrece un estudio del perfil logístico de Colombia con la finalidad de dar a conocer el estado de arte de las ciudades, puertos e infraestructura principal para facilitar la toma de decisiones de los empresarios. Para el desarrollo de este trabajo se determinaron a partir de un análisis competitivo del país; las principales ciudades y puertos; logrando establecer un inventario de maquinaria y equipo e infraestructura logística; enmarcados en retos ya establecidos en las políticas públicas.This document provides a profile study logistics Colombia in order to present the state of art of the cities, ports and infrastructure in facilitating the decision making of managers. For the development of this work were determined from a competitive analysis of the country's major cities and ports, making an inventory of machinery and equipment and logistics infrastructure; framed challenges established in public policy

Influence of contact angle on slow evaporation in two-dimensional porous media

We study numerically the influence of contact angle on slow evaporation in two-dimensional model porous media. For sufficiently low contact angles, the drying pattern is fractal and can be predicted by a simple model combining the invasion percolation model with the computation of the diffusive transport in the gas phase. The overall drying time is minimum in this regime and is independent of contact angle over a large range of contact angles up to the beginning of a transition zone. As the contact angle increases in the transition region, the cooperative smoothing mechanisms of the interface become important and the width of the liquid gas interface fingers that form during the evaporation process increases. The mean overall drying time increases in the transition region up to an upper bound which is reached at a critical contact angle \Theta_c. The increase in the drying time in the transition region is explained in relation with the diffusional screening phenomenon associated with the Laplace equation governing the vapor transport in the gas phase. Above \Theta_c the drying pattern is character- ized by a flat traveling front and the mean overall drying time becomes independent of the contact angle. Drying time fluctuations are studied and are found to be important below \Theta_c, i.e., when the pattern is fractal. The fluctuations are of the same order of magnitude regardless of the value of contact angle in this range. The fluctuations are found to die out abruptly at \Theta_c as the liquid gas interface becomes a flat front