Generación de cuestionarios Moodle con R + exams + Sweave

El paquete exams de R tiene como objetivo la generación automática de cuestionarios. Cada cuestionario se caracteriza por tener variantes –tantas como elija el equipo docente- que comparten un enunciado común pero disponen de diferentes datos. El código fuente se redacta en formato Sweave, es decir, una combinación de instrucciones LaTeX y código R mientras que el formato de salida incluye, entre otros, PDF, HTML y XML. El taller se centra en este último formato que permite de forma relativamente sencilla generar actividades para la plataforma de aprendizaje Moodle. En la sesión se practican los tres pasos necesarios para generar un quiz: 1) elaboración del código fuente, 2) obtención del fichero XML, 3) importación a Moodle y configuración del cuestionario. A partir de ejemplos de complejidad creciente se muestra la potencialidad de esta herramienta para implementar actividades on-line en un rango de asignaturas de estadística que abarca desde primer ciclo hasta máster

Avaluació continuada a Disseny Experimental i Anàlisi de Dades mitjançant qüestionaris generats amb R i importats a Moodle

Projecte 2015PID‐UB/032En aquest projecte hem incidit en la potencialitat del paquet exams de R per tal de dissenyar la gran majoria de les activitats on-line obligatòries i implementar-les mitjançant la plataforma Moodle de l’assignatura de Disseny Experimental i Anàlisi de Dades (DEAD, per abreujar) que és una assignatura troncal de quart curs a tots els graus de la Facultat de Biologia. Per una part, amb l’ús d’exams, es pot crear un informe reproduïble amb R i Latex que produeix moltes variants de qüestionaris, cadascuna amb diferents dades associades. Per altre, el grau de complexitat és elevat degut a les tècniques estadístiques avançades com diferents dissenys d’experiments, models de regressió, etc. Per tant, aquestes activitats tenen dues components essencials: individualització i acreditació automàtica. Això comporta que l’aprenentatge continuat de l’alumne sigui fluid i personalitzat sense produir un col·lapse al professor. Segons els resultats dels indicadors avaluats, els objectius proposats de creació de material s’ha assolit satisfactòriament però l’ús per part dels estudiants d’aquestes activitats durant el curs ha sigut dispers

Projecte 2014PID‐UB/021

En aquest projecte hem explorat les funcionalitats del paquet exams de R per tal d’implementar activitats individualitzades en Moodle. El mòdul exams permet incorporar en el banc de Moodle diferents tipus de preguntes, les més senzilles i habituals són les numèriques i les multichoice, si bé pels propòsits d’aquest projecte destaquen especialment les cloze. L’avantatge principal d’utilitzar exams en lloc de redactar directament les preguntes des del propi Moodle és que una mateixa pregunta amb exams pot tenir moltes variants, cadascuna amb diferents dades associades. Un cop s’integra la pregunta en un qüestionari del campus, aquest subministra aleatòriament a cada estudiant una d’aquestes variants corregint automàticament les respostes. El projecte tenia un perfil principalment exploratori de les capacitats d’exams però hem avançat força en el seu maneig de forma que hem pogut proposar als alumnes cinc activitats. No hem apreciat problemes tècnics rellevants, la participació dels estudiants ha resultat majoritària i molt satisfactòria tenint en compte el seu caràcter voluntari. La nostre conclusió és que aquesta tecnologia resulta molt eficient per dotar a qualsevol curs d’Estadística d’activitats individualitzades sota el paraigües Moodle. Estem disposats en un proper projecte PMID a dissenyar amb exams totes les activitats on-line obligatòries de l’assignatura

Biblioteca d'aplicacions Shiny en assignatures introductòries d'Estadística

Projecte 2016PID-UB/020L’assignatura d'Estadística és una assignatura de primer cicle a molts plans d'estudis de la UB. En el cas de la Facultat de Biologia, els plans d’estudis dels graus de Bioquímica, Biotecnologia, Ciències Ambientals, Ciències Biomèdiques i Biologia inclouen una assignatura d’Estadística troncal a primer curs amb plans docents equivalents. Des de 2014 es va iniciar una migració per usar R enlloc del programari Java desenvolupat pel grup Statmedia per les dificultats creixents en l’ús dels applets de Java. R és un llenguatge i entorn de programació per l'anàlisi estadístic i gràfic, de software lliure i multi-plataforma que s’ha estes el seu us tant a nivell acadèmic com en la majoria d’àmbits de recerca, per més informació https://www.r-project.org/. Aquest llenguatge es basa en paquets que tenen funcionalitats diferents i que són creats per la comunitat. El paquet Shiny crea un entorn web per a facilitar la visualització dels programes fets en R, per més informació http://shiny.rstudio.com/. Estadística és una assignatura de primer cicle on es presenten els conceptes bàsics de probabilitat i estadística. El nostre projecte planteja crear una biblioteca d'aplicacions Shiny per tal d’ajudar a visualitzar els conceptes bàsics de probabilitat i estadística, facilitant per tant la seva comprensió. Es farà servir tant a les classes magistrals com per fomentar l'aprenentatge autònom atès que els alumnes tindran tot el material on-line a lliure disposició

Pràctiques d'estadística individualitzades integrant R+exams+Sweave en el banc de preguntes Moodle

Projecte 2014PID‐UB/056En aquest projecte hem utilitzat el paquet “exams” de R per tal d’implementar les pràctiques de les assignatures Estadística de primer curs dels graus de Bioquímica, Biotecnologia, CC. Biomèdiques i Estadística. Les pràctiques d’aquests graus havien utilitzat fins el curs passat un aplicatiu desenvolupat en Java pel propi grup. L’experiència adquirida utilitzant exams en un projecte d’innovació PMID a l'assignatura Disseny d'Experiments de quart curs del grau de CC Biomèdiques ens va animar a substituir la nostre anterior plataforma per la combinació “exams” i Sweave per tal de dissenyar una col·lecció de preguntes individualitzades (una mateixa pregunta pot tenir moltes variants, cadascuna amb diferents dades associades). La col·lecció de preguntes s’importa al banc de preguntes de Moodle i després s’integren en qüestionaris del campus. El campus virtual s’encarrega de subministrar aleatòriament a cada estudiant una d’aquestes variants i de corregir automàticament les respostes. Seguint aquesta tecnologia s’han confeccionat una vintena de qüestionaris equivalents en prestacions i facilitat d’ús a les activitats on-line dels projectes tradicionals Statmedia. Aprofitant el canvi tecnològic s’han revisat els continguts de totes les pràctiques. Els avantatges respecte a la situació anterior són: 1) Sweave és molt conegut entre els usuaris de R i facilita la creació i modificació de les pràctiques per part dels professors “creadors” de material, 2) la gestió d’usuaris, terminis d’activitats i notes queda resolta pel propi campus virtual i simplifica notablement la tasca d’administració dels professors del grup d’innovació Statmedia. Els estudiants han realitzat les pràctiques i complimentat els formularis sense incidències remarcables malgrat el doble canvi de tecnologia i de continguts. El resultat global ha estat molt satisfactori i estem disposats en un proper projecte PMID a dissenyar amb exams totes les activitats on-line dels cursos que imparteixi el grup.Projecte 2014PID‐UB/05

Quantitative risk assessment of norovirus and adenovirus for the use of reclaimed water to irrigate lettuce in Catalonia

Wastewater is an important resource in water-scarce regions of the world, and its use in agriculture requires the guarantee of acceptable public health risks. The use of fecal indicator bacteria to evaluate safety does not represent viruses, the main potential health hazards. Viral pathogens could complement the use of fecal indicator bacteria in the evaluation of water quality. In this study, we characterized the concentration and removal of human adenovirus (HAdV) and norovirus genogroup II (NoV GII), highly abundant and important viral pathogens found in wastewater, in two wastewater treatment plants (WWTPs) that use different tertiary treatments (constructed wetland vs conventional UV, chlorination and Actiflo® treatments) for a year in Catalonia. The main objective of this study was to develop a Quantitative Microbial Risk Assessment for viral gastroenteritis caused by norovirus GII and adenovirus, associated with the ingestion of lettuce irrigated with tertiary effluents from these WWTPs. The results show that the disease burden of NoV GII and HAdV for the consumption of lettuce irrigated with tertiary effluent from either WWTP was higher than the WHO recommendation of 10−6 DALYs for both viruses. The WWTP with constructed wetland showed a higher viral reduction on average (3.9 and 2.8 logs for NoV GII and HAdV, respectively) than conventional treatment (1.9 and 2.5 logs) but a higher variability than the conventional WWTP. Sensitivity analysis demonstrated that the input parameters used to estimate the viral reduction by treatment and viral concentrations accounted for much of the model output variability. The estimated reductions required to reach the WHO recommended levels in tertiary effluent are influenced by the characteristics of the treatments developed in the WWTPs, and additional average reductions are necessary (in WWTP with a constructed wetland: A total of 6.7 and 5.1 logs for NoV GII and HAdV, respectively; and in the more conventional treatment: 7 and 5.6 logs). This recommendation would be achieved with an average quantification of 0.5 genome copies per 100 mL in reclaimed water for both viruses. The results suggest that the analyzed reclaimed water would require additional treatments to achieve acceptable risk in the irrigation of vegetables with reclaimed water

Computer-Assisted assessment in open-ended activities through the analysis of traces: A Proof of concept in statistics with R Commander

Open-ended tasks are common in Science, Technology, Engineering and Mathematics (STEM) education. However, as far as we know, no tools have been developed to assist in the assessment of the solution process of open-ended questions. In this paper, we propose the use of analysis of traces as a tool to address this need. To illustrate this approach, we developed a modified version of R Commander that collects traces of students' actions and described a way to analyze them by using regular expressions. We used this tool in an undergraduate introductory statistics course. The traces were analyzed by comparing them to predefined problem-solving steps, arranged by the instructor. The analyses provide information about the time students spent on the activity, their work intensity and the choices they made when solving open-ended questions. This automated assessment tool provides grades highly correlated to those obtained by a traditional test and traditional grading scheme

Generación automática de cuestionarios Moodle con el paquete exams de R

Se presenta como se puede generar automáticamente cuestionarios Moodle usando el paquete exams de R usando informes dinámicos con latex y R

Informe Final: Projecte 2020PID-UB/017

Projecte: 2020PID-UB/017En aquest projecte s’ha explorat i utilitzat les eines del paquet d’R exams per tal de generar activitats personalitzades per als alumnes de l’assignatura de Disseny d’Experiments del grau interuniversitari UB-UPC d’Estadística. El paquet exams permet crear qüestionaris que incorporen preguntes de tipus test, numèriques o una barreja d’ambdues. Mitjançant codi R es poden generar aleatòriament diferents conjunts de dades i possibles respostes de tal manera i així els qüestionaris siguin únics per a cada alumne. Una altra avantatge que ofereix el paquet exams és que en integrar-se al Moodle un cop finalitzat el qüestionari la nota queda integrada automàticament a la base de dades de qualificacions. A més, l’alumne veu immediatament la nota i quins errors ha comès i les solucions de cada resposta. Tot i que els professors no teníem experiència prèvia amb el paquet exams, no ha sigut difícil confeccionar les preguntes ni tampoc integrar-les a la plataforma del campus virtual a través del Moodle. Al contrari, aquest procés ha resultat senzill i no hem trobat cap dificultat tècnica. L’alumnat ha respost de forma positiva, i han trobat gratificant el fet de saber la nota i els errors que havien comés en acabar el qüestionari. Per aquest motiu, creiem que l’ús del paquet exams com a part de la docència de l’assignatura és molt positiva i planegem continuar usant-lo tot explorant noves funcionalitats que ofereixi aquesta eina. Per últim, pensem que la utilització d’exams es podria estendre també a altres assignatures de anàlisis de dades i d’altres graus, com de fet s’està realitzant a l’assignatura de Disseny d’Experiments i Anàlisis de Dades (DEAD) del grau de Biomedicin

Microbiological contamination of conventional and reclaimed irrigation water: evaluation and management measures

The wide diversity of irrigation water sources (i.e., drinking water, groundwater, reservoir water, river water) includes reclaimed water as a requested measure for increasing water availability, but it is also a challenge as pathogen exposure may increase. This study evaluates the level of microbial contamination in different irrigation waters to improve the knowledge and analyses management measures for safety irrigation. Over a one-year period, the occurrence of a set of viruses, bacteria and protozoa, was quantified and the performance of a wetland system, producing reclaimed water intended for irrigation, was characterized. Human fecal pollution (HAdV) was found in most of the irrigation water types analysed. Hepatitis E virus (HEV), an emerging zoonotic pathogen, was present in groundwater where porcine contamination was identified (PAdV). The skin-carcinoma associated Merkel cell polyomavirus (MCPyV), was found occasionally in river water. Noroviruses were detected, as expected, in winter, in river water and reclaimed water. Groundwater, river water and reservoir water also harboured potential bacterial pathogens, like Helicobacter pylori, Legionella spp. and Aeromonas spp. that could be internalized and viable inside amoebas like Acanthamoeba castellanii, which was also detected. Neither Giardia cysts, nor any Cryptosporidium oocysts were detected. The wetland system removed 3 Log10 of viruses and 5 Log10 of bacteria, which resembled the river water quality. Irrigation waters were prone to variable contamination levels and according to the European guidance documents, the E. coli (EC) levels were not always acceptable. Sporadic detection of viral pathogens as NoV GII and HAdV was identified in water samples presenting lower EC than the established limit (100MNP/100 mL). When dealing with reclaimed water as a source of irrigation the analysis of some viral parameters, like HAdV during the peak irrigation period (summer and spring) or NoV during the coldest months, could complement existing water management tools based on bacterial indicators