Ectopic olfactory receptors detecting composition in non-olfactory cells containing the marker and a kit containing the same

본 발명은 비후각세포에 포함된 이소성 후각수용체를 검출하기 위한 마커 검출용 조성물 및 이를 포함하는 키트에 관한 것으로, 보다 상세하게는 비후각세포에서 발현하는 이소성 후각수용체를 높은 민감도로 체계적이고 손쉽게 선별할 수 있는 효과적인 방법이며, OMP를 이용한 이소성 후각수용체의 선별에 유용한 도구가 될 수 있다.OMP 유전자의 mRNA 수준을 측정하기 위한 서열번호 91로 표시되는 전방 프라이머 및 서열번호 92로 표시되는 후방프라이머를 포함하는, 비후각세포에 포함된 이소성 후각수용체를 검출하기 위한 마커 검출용 조성물

Olfactory Receptor expressed in pancreatic islets and Prevention or Therapeutic agents of Diabetes Using Modulation of Olfactory Receptor in Pancreatic Islets

본 발명은 췌장에서 발현되는 후각 수용체 및 췌장소도 후각수용체 기반 글루카곤 조절을 이용한 당뇨병 예방 또는 치료제에 관한 것으로, 본 발명은 췌장의 α-세포에서 후각수용체가 발현되는 것을 확인하고, 상기 후각수용체의 리간드에 의해 췌장 세포 내 칼슘이온 동원(intracellular Ca2+ mobilization)이 조절되고, 최종적으로 췌장의 글루카곤(glucagon) 분비를 조절할 수 있으며, 실제 당뇨병과 같은 높은 글루코오스 상태에서 췌장의 후각수용체를 처리하였을 때, 글루카곤 분비가 감소하는 것을 확인하였으므로, 췌장의 후각수용체 특이적 리간드는 대사성 질환의 예방 또는 치료용 조성물로 유용하게 사용할 수 있다.(a) 췌장 유래 세포에 후각수용체를 특이적으로 인식하는 리간드 후보물질을 처리하는 단계;(b) 리간드 후보물질 처리 후 췌장 유래 세포 내 칼슘 이온(Ca2+) 농도를 측정하는 단계; 및 (c) 칼슘 이온의 농도를 증가시키는 물질을 선별하는 단계;를 포함하는 췌장의 글루카곤 분비 조절을 위한 후각수용체 리간드 선별방법

Screening method for selection of Ectopic olfactory receptor in non-olfactory cells

본 발명은 비후각세포에 포함된 이소성 후각수용체를 선별하는 스크리닝 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 비후각세포에서 발현하는 이소성 후각수용체를 높은 민감도로 체계적이고 손쉽게 선별할 수 있는 효과적인 방법이며, 후각신호전달 유전자를 이용한 이소성 후각수용체의 선별에 유용한 도구가 될 수 있다.(1) 비후각세포를 선별하는 단계;(2) 상기 단계에서 선별된 방광, 위, 십이지장 및 췌장으로 이루어지는 군에서 선택되는 어느 하나 이상의 비후각세포로부터 후각신호전달 유전자인 OMP(olfactory marker protein, 후각 마커단백질)의 mRNA 발현 수준 또는 상기 OMP가 코딩하는 단백질의 수준을 측정하는 단계;(3) 상기 OMP의 mRNA 발현 수준 또는 상기 OMP가 코딩하는 단백질의 수준을 후각세포로부터 해당 유전자의 발현 수준 또는 단백질 수준과 비교하는 단계;(4) 후각신호전달 유전자인 OMP가 발현된 비후각세포에서 이소성 후각수용체의 발현을 확인하기 위하여, 서열번호 31 및 32로 구성되는 프라이머 세트를 이용하여 핵산분석법을 수행하는 단계; 및(5) 상기 단계에서 확인한 이소성 후각수용체의 염기서열 또는 아미노산 서열과 후각세포에서 발현된 후각수용체의 염기서열 또는 아미노산 서열을 대비하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 비후각세포에서 이소성 후각수용체를 선별하는 스크리닝 방법

Method for rapid design of valid high-quality primers and probes for multiple target genes in qPCR experiments

본 발명은 다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 세트와 프루브 세트를 한꺼번에 빠르게 설계할 수 있도록 한 방법에 관한 것으로서, 상기 방법은, 대규모 DNA 서열 데이터베이스에 대한 하둡 기반의 오프라인 연산을 통해 가능한 모든 유전자 쌍에 대해 특이성 조건을 만족하는 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 추출하는 제 1 단계; 상기 제 1단계에서 추출한 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 이용하여 특이성 검사를 할 수 있는 색인 구조를 메인 메모리 상에서 구성하는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 구성된 색인 구조를 이용하여 사용자에 의해 주어진 다수의 목표 유전자들의 각각을 검출할 수 있는 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 유효한 프라이머 집합과 프루브 집합을 온라인 연산을 통해 빠르게 검색한 후, 각 표적 유전자를 위한 최적의 프라이머 쌍과 프루브만을 선별하여 웹 페이지로 출력하는 제3 단계를 포함한다.대규모 DNA 서열 데이터베이스에 대한 하둡 기반의 오프라인 연산을 통해 가능한 모든 유전자 쌍에 대해 특이성 조건을 만족하는 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 추출하는 제 1 단계;상기 제 1단계에서 추출한 후보 프라이머 집합과 프루브 집합을 이용하여 특이성 검사를 할 수 있는 색인 구조를 메인 메모리 상에서 구성하는 제 2 단계; 상기 제 2 단계에서 구성된 색인 구조를 이용하여 사용자에 의해 주어진 다수의 목표 유전자들의 각각을 검출할 수 있는 싱글/페어 필터링 제약조건들을 만족하는 유효한 프라이머 집합과 프루브 집합을 온라인 연산을 통해 빠르게 검색한 후, 각 표적 유전자를 위한 최적의 프라이머 쌍과 프루브만을 선별하여 웹 페이지로 출력하는 제3 단계를 포함하는 다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 세트와 프루브 세트를 동시에 디자인하는 방법

다수의 목표 유전자를 검출할 수 있는 특이성 조건을 만족하는 유효한 primer 세트와 probe 세트를 한꺼번에 빠르게 설계할 수 있는 웹 기반 시스템

<p id=1. A method of designing a valid primer pair satisfying a specificity condition, the method comprising: receiving a query language associated with a gene and primer-related filtering conditions;searching for an identifier of at least one base sequence from a provided genetic information index based on the query language;searching for at least one candidate primer from a provided candidate primer set index to satisfy the specificity condition based on the identifier of the at least one base sequence;filtering the at least one candidate primer based on the filtering conditions; andproviding information about a primer pair satisfying the query language and the filtering conditions based on a result of the filtering

Method for rapid design of valid high-quality primers and probes for multiple target genes in qPCR experiments

본 발명은 유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하고, 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하고, 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하고, 필터링 제약조건들에 기초하여, 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하고, 필터링 결과에 기초하여, 질의어 및 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공할 수 있다.유전자에 관한 질의어 및 프라이머에 관한 필터링 제약조건들을 수신하는 단계;상기 질의어에 기초하여, 미리 구비된 유전자 정보 색인으로부터 적어도 하나의 염기 서열의 식별자를 검색하는 단계;상기 적어도 하나의 염기 서열의 식별자에 기초하여, 특이성 조건을 만족하도록 미리 구비된 후보 프라이머 집합의 색인으로부터 적어도 하나의 후보 프라이머를 검색하는 단계;상기 필터링 제약조건들에 기초하여, 상기 적어도 하나의 후보 프라이머를 필터링하는 단계; 및상기 필터링 결과에 기초하여, 상기 질의어 및 상기 필터링 제약조건들을 만족하는 프라이머 쌍에 관한 정보를 제공하는 단계를 포함하는, 특이성 조건을 만족하는 유효한 프라이머 쌍을 디자인하는 방법

A method for the thorough design of valid and target-specific primers for large-scale DNA sequence database

본 발명은 주어진 서열 데이터베이스에 대해 사용자에 의해 주어진 여러 필터링 제약조건들을 만족하고 그 특이성(Specificity)이 검증된 유효한 모든 커버리지(Coverage)의 프라이머쌍들을 디자인하는 방법에 관한 것으로, 주어진 DNA 서열 데이터베이스 상에 존재하는 모든 적합한 프라이머 쌍들을 빠짐없이 구하며, 커버리지(coverage)가 1인 프라이머들 뿐만 아니라 커버리지가 1보다 큰 프라이머들도 모두 구함으로써, 사용자가 결과 프라이머들 중 생물학적 실험의 성공률이 높은 프라이머들을 쉽게 선택할 수 있도록 프라이머 랭킹을 부여할 수 있도록 한 것이다.주어진 DNA 서열 데이터베이스를 받아 모든 가능한 최소길이와 최대길이 사이를 갖는 후보 프라이머들의 부분서열들을 추출하는 제1 단계; 상기 제1 단계에서 추출된 후보 프라이머들의 부분 서열들에 대해, 입력받은 Single Filtering 조건들을 적용하여 조건을 만족하지 않는 프라이머의 부분 서열을 제외하는 제2 단계;상기 제1 단계에서 추출된 후보 프라이머들의 부분 서열들인 Map1과, 상기 제2 단계에서 얻어진 Single Filtering 조건들을 통과한 후보 프라이머의 부분 서열 세트인 Map2를 페어조인을 하여 Map1의 프라이머와 Map2의 프라이머가 5&apos; 끝부분을 제외하고 나머지 부분이 동일하면, Map2의 프라이머를 제거하는 제3 단계; 상기 제3 단계에서 Single Filtering 조건들을 통과한 후보 프라이머의 부분 서열인 Map2를 기 설정된 5&apos; Cross-Hybridization Filtering 조건을 통과시켜, 통과된 후보 프라이머를 상기 Map1의 프라이머와 페어조인을 하여 Map1의 프라이머와 상기 5&apos; Cross-Hybridization Filtering 조건을 통과한 프라이머가 주어진 불일치치수(#mismatch)를 제외한 나머지가 동일하면, 상기 5&apos; Cross-Hybridization Filtering 조건을 통과한 프라이머를 제거하는 제4 단계; 상기 제4 단계 결과에서 여전히 남아있는 General Cross-Hybridization Filtering조건을 위반하는 False-Positive 프라이머들을 제거하는 제5 단계; 상기 제5 단계 결과에서 남아 있는 프라이머를 포워드 프라이머 세트와 리버스 프라이머 세트로 나누고, 나누어진 포워드 및 리버스 프라이머 세트에 대해 셀프조인을 위한 기 설정된 필터링 조건들을 적용하여 조건을 만족하지 않는 프라이머를 제외하는 제6 단계; 및 상기 제 6 단계를 통과한 프라이머 쌍들에 대해 패널티 점수를 계산하여 같은 sidset 그룹 내에서 패널티 점수에 따라 순차 정렬하는 제7 단계를 포함하는 대규모 DNA 시퀀스 데이터베이스에 대해 특이성 조건을 만족하는 유효한 모든 프라이머들을 디자인하는 방법

METHOD FOR THOROUGHLY DESIGNING VALID AND RANKED PRIMERS FOR GENOME-SCALE DNA SEQUENCE DATABASE

A method for designing all coverage of valid primer pairs, which satisfy various filtering constraints provided by users with respect to a given sequence database and has validated specificity to given sequences, is provided. By screening all suitable primer pairs present on a given DNA sequence database without omitting any one primer pair and also screening all primers having a coverage of 1 or more as well as primers having a coverage of 1, a user can be allowed to give rankings to the primers in order to easily select the primers having a high success rate in biological experiments from the resulting primers.1. A method for designing all coverage of valid primers which satisfies the conditions for specificity to large-scale DNA sequences in a large-scale DNA sequence database, comprising: receiving a given DNA sequence database to extract partial sequences for candidate primers having all possible lengths between the minimum length and the maximum length (operation 1);excluding the primers which do not satisfy input single filtering conditions when the candidate primers extracted in operation 1 are subjected to the single filtering conditions (operation 2);pair-joining Map1, which includes all the possible partial sequences obtained in operation 1, and Map2, which includes candidate primer sets satisfying the single filtering conditions obtained in operation 2, and removing the primers for Map2 when the primers for Map1 and Map2 have the same sequences other than the 5′ termini thereof (operation 3);pair-joining Map1, which includes all the possible partial sequences obtained in operation 1, and Map2, which includes candidate primer sets satisfying the single filtering conditions and 5′ cross-hybridization filtering conditions obtained in operation 3, and removing the primers for Map2 when the primers for Map1 the same sequences as the primers for Map2 except the sequences having a given mismatch number (#mismatch) (operation 4);removing false-positive primers which still remain from the results of operation 4 and do not satisfy general cross-hybridization filtering conditions (operation 5);dividing the primers remaining from the results of operation 5 into forward primer sets and reverse primer sets and excluding the primers which do not satisfy the filtering conditions for self-join calculation when the divided forward and reverse primer sets are subjected to the filtering conditions (operation 6); andcalculating penalty scores for the primer pairs passing operation 6, and sorting the primer pairs in the same sidset group according to the calculated penalty scores (operation 7)