Overcoming ambiguities in classical and quantum correlation measures

We identify ambiguities in the available frameworks for defining quantum, classical, and total correlations as measured by discordlike quantifiers. More specifically, we determine situations for which either classical or quantum correlations are not uniquely defined due to degeneracies arising from the optimization procedure over the state space. In order to remove such degeneracies, we introduce a general approach where correlations are independently defined, escaping therefore from a degenerate subspace. As an illustration, we analyze the trace-norm geometric quantum discord for two-qubit Bell-diagonal states.Comment: 5 pages, 2 figures. v2: Minor corrections. Published versio

Geometric classical and total correlations via trace distance

We introduce the concepts of geometric classical and total correlations through Schatten 1-norm (trace norm), which is the only Schatten p-norm able to ensure a well-defined geometric measure of correlations. In particular, we derive the analytical expressions for the case of two-qubit Bell-diagonal states, discussing the superadditivity of geometric correlations. As an illustration, we compare our results with the entropic correlations, discussing both their hierarchy and monotonicity properties. Moreover, we apply the geometric correlations to investigate the ground state of spin chains in the thermodynamic limit. In contrast to the entropic quantifiers, we show that the classical correlation is the only source of 1-norm geometric correlation that is able to signaling an infinite-order quantum phase transition.Comment: v2: published versio

Fungos associados a podridão penduncular em mangueira irrigada no submedio São Francisco e eficiencia de fungicidas in vitro e in vivo.

Fungos associados à podridão peduncular foram identificados e a eficiência de fungicidas foi avaliada

Detecção de céluas viáveis de listeria monocytogenes por EMA-PCR.

Listeria monocytogenes é considerada um dos maiores problemas de segurança alimentar, sendo que um baixo número de células pode ser capaz de iniciar a infecção em pessoas susceptíveis. Vários kits, baseados em análises de DNA, permitem a detecção desta bactéria, porém estes testes apresentam limitações uma vez que qualquer molécula de DNA alvo, tanto de células viáveis quanto de células mortas presentes numa amostra, pode ser amplificada. O corante EMA (Brometo de Etídeo Monoazida) tem sido recentemente utlizado para discriminar células viáveis de inviávies para análise em PCR.O EMA liga-se covalentemente ao DNA de células mortas impedindo a sua amplificação pela DNA Polimerase.O objetivo deste trabalho foi determinar a concentração de EMA necessária para inibir a amplificação de DNA de células iniviáveis de L. monocytogenes sem inibir a amplificação de DNA de células viáveis, por PCR convencional. Concentrações variadas da solução estoque de EMA (0; 0,13; 0,25; 0,5; 1 ; 3 e 5 ug/mL) foram adicionadas em microtubos contendo 500 ul de 108 células viáveis ou inviáveis de L. monocytogenes ATCC 7644 (tratamento térmico de 98 oC/20 minutos). Os microtubos foram expostos à luz (650 W) para ativação e fotólise do EMA e em seguida foi realizada a extração de DNA e PCR. O DNA foi extraído após tratamentos subsequentes das células com proteases e fervura. As reações de amplificação continham 200 ng de DNA, 40 pmoles de cada primer (LM1 e LM2 que amplificam um fragmento de 702 pb do gene hlyA), 25 mM de cada dNTPs, 50 mM de MgCl2, Tampão de PCR 1 X e 1U de Taq DNA Polimerase. Os produtos da amplificação foram analisados em gel de agarose 1,5% e corados em brometo de etídeo. Os resultados obtidos mostram que a amplificação do DNA alvo de células inviáveis foi completamente inibida quando estas foram tratadas com EMA à concentração de 1 ug/mL. As células viáveis de L. monocytogenes foram tratadas com EMA até a concentração de 5 ug/mL e a amplificação ocorreu em todos os tratamentos. Conclui-se que, por análise em PCR convencional, a concentração de EMA necessária para inibir a amplificação de DNA de células inviáveis de L. monocytogenes sem inibir a amplificação de células viáveis é de 1 ug/mL.Sendo assim, esta técnica pode ser usada para detecção apenas de células viáveis de L. monocytogenes presente numa amostra

Uso de brometo de etídeo monoazida e PCR em tempo real para detecção de células viáveis de listeria monocytogenes.

A análise de PCR em Tempo Real está sendo cada vez mais utilizada para detecção e quantificação de patógenos em amostras de alimentos, uma vez que gera resultados mais rápidos e específicos. A restrição para um uso mais amplo desta técnia é que devido a sua alta sensibilidade, os teste identificam o DNA de células mortas, tornando-o inadequado para fins de diagnóstico. Para contornar este problema tem sido proposto o uso do corante Brometo de Etídeo Monoazida (EMA) para discriminar células viáveis de células mortas. Em estudos preliminares foi verificado que EMA inibe amplificação de células inviáveis de Listeria monocytogenes, por PCR convencional. O objetivo deste estudo foi padronizar a técnica EMA-PCR em Tempo Real para detecção de células viáveis de L. monocytogenes. Foram construídos primers e sonda TaqMan específicos para L. monocytogenes e o gene prfA foi utilizado como seqüência alvo. Foram avaliadas várias espécies de Listeria, sendo que houve amplificação apenas de L. monocytogenes indicando especificidade da amplificação e L. monocytogenes ATCC 7644 foi selecionada para os testes de EMA-PCR. Concentrações variadas de EMA foram adicionadas a microtubos com 108 células viáveis ou inviáveis de L. monocytogenes (tratamento térmico de 98 oC/20 minutos) e estes foram expostos à luz (650 W) por 15 minutos para ativação e fotólise do EMA. Em segida, foi realizada a extração de DNA e PCR em Tempo Real. O DNA foi extraído após tratamentos subseqëntes das células com proteases e fervura. A reação de amplificação foi preparada com TaqMan Universal Master Mix 1X (Applied Biosystem), 250 ng de DNA, 400 nM de cada primer e 400 nM de sonda. A concentração de 6 ug/mL de EMA foi necessária para inibir a amplificação de DNA de células inviáveis de L. monocytogenes sendo que nesta concentração não houve interferência na amplificação de DNA de células viáveis. Após a definição desta concentração, o tratamento das células com 6 ug/mL de EMA foi realizado novamente, porém os microtubos foram expostos à luz por diferentes períodos de tempo para otimização do tempo de exposição à luz. O tempo de 5 minutos foi necessário para a completa fotólise de EMA. A técnica EMA-PCR em Tempo Real apresenta-se como uma ferramenta eficiente na detecção de apenas células viáveis de L. monocytogenes presentes numa amostra

Identificação de seqüências expressas etiquetadas (ESTs) envolvidas na interação de arroz e do fungo causador da brusone (Magnaphorte grisea).

Considerando que um dos requisitos primordiais para o uso das novas ferramentas biotecnológicas é a identificação de genes, duas bibliotecas subtrativas foram construídas utilizando-se mRNA isolado de folhas de arroz infectadas por M. grisea, com o objetivo de construir um banco de ESTs visando analisar a expressão de genes induzidos ou suprimidos durante a interação patógeno-hospedeiro. Ate o presente momento, 1232 ESTs foram geradas e a análise das mesmas, utilizando métodos computacionais, encontra-se em andamento. Adicionalmente, a fornecer informações do modelo de expressão de genes de defesa do arroz, este estudo disponibilizará genes para estudos de genômica funcional e desta maneira poderá elucidar o mecanismo de resistência da planta a este fungo.Coordenação geral: Maria Fátima Grossi de Sá