An Efficient Algorithm For Chinese Postman Walk on Bi-directed de Bruijn Graphs

Sequence assembly from short reads is an important problem in biology. It is known that solving the sequence assembly problem exactly on a bi-directed de Bruijn graph or a string graph is intractable. However finding a Shortest Double stranded DNA string (SDDNA) containing all the k-long words in the reads seems to be a good heuristic to get close to the original genome. This problem is equivalent to finding a cyclic Chinese Postman (CP) walk on the underlying un-weighted bi-directed de Bruijn graph built from the reads. The Chinese Postman walk Problem (CPP) is solved by reducing it to a general bi-directed flow on this graph which runs in O(|E|2 log2(|V |)) time. In this paper we show that the cyclic CPP on bi-directed graphs can be solved without reducing it to bi-directed flow. We present a ?(p(|V | + |E|) log(|V |) + (dmaxp)3) time algorithm to solve the cyclic CPP on a weighted bi-directed de Bruijn graph, where p = max{|{v|din(v) - dout(v) > 0}|, |{v|din(v) - dout(v) < 0}|} and dmax = max{|din(v) - dout(v)}. Our algorithm performs asymptotically better than the bidirected flow algorithm when the number of imbalanced nodes p is much less than the nodes in the bi-directed graph. From our experimental results on various datasets, we have noticed that the value of p/|V | lies between 0.08% and 0.13% with 95% probability

Genome Sequence of Klebsiella oxytoca M5al, a Promising Strain for Nitrogen Fixation and Chemical Production

Klebsiella oxytoca is an important microorganism for nitrogen fixation and chemical production. Here, we report an annotated draft genome of K. oxytoca strain M5al that contains 5,256 protein-coding genes and 95 structural RNAs, which provides a genetic basis for a better understanding of the physiology of this species

Resistencia y tenacidad de morteros con virutas de cuero

En los últimos años se han desarrollado con interés creciente, estudios para el aprovechamiento y disposición de residuos en materiales de la construcción. En este trabajo se presenta un estudio experimental sobre las propiedades de morteros que incorporan un residuo sólido de la industria del cuero conocido con el nombre de “Virutas”, evaluando los efectos que las mismas provocan sobre la deformabilidad del material y cuantificando el aporte en tenacidad que estas proveen, tanto en morteros como en hormigones. Se realiza un estudio comparativo con un mortero sin virutas, incluyendo ensayos de impacto por caída libre y la determinación del comportamiento tensión - deformación en ensayos de flexión y compresión. Además se incluyen medidas de resistencia a tracción por compresión diametral, absorción y densidad

Reacción Álcali – Sílice en hormigones con ceniza de cáscara de arroz residual

Desde 2006 el LEMIT-CIC ha desarrollado proyectos de investigación conjunta con el Centro de Tecnología, Departamento de Estruturas e Construção Civil (GEPECON/UFSM Universidade Federal de Santa María, Brasil) y la Universidad de la República (UDELAR, Montevideo, Uruguay) sobre el uso en hormigón de ceniza de cáscara de arroz residual (CCA). La CCA es una adición mineral de gran interés en varios países en desarrollo. Para obtener una buena puzolana la cáscara de arroz necesita ser quemada bajo un proceso de temperatura controlada y molida en forma previa a su incorporación al hormigón. Bajo otras condiciones se obtiene una CCA residual de menor calidad, pero la misma puede ser mejorada mediante molienda (CCAM). Con el fin de simplificar el procesamiento de la CCA, se demostró en el proyecto conjunto que es posible producir hormigones estructurales empleando la CCA residual sin realizar la molienda previa (CCAN), adaptando el proceso de mezclado del hormigón de forma tal de optimizar el tamaño de partículas de la ceniza. De este modo se ve favorecido el uso de CCA en zonas cercanas a los sitios de producción. Sin embargo, dado que la CCA posee sílice amorfa y cristobalita en su composición, se pueden producir reacciones deletéreas con el cemento portland ante la presencia de álcalis y condiciones ambientales propicias. Este artículo describe los estudios realizados en el LEMIT sobre el desarrollo de la reacción álcali - sílice (RAS) en morteros y hormigones preparados con CCAN y CCAM. Se discuten los resultados de las expansiones medidas en morteros y hormigones, de las propiedades mecánicas y de estudios de campo sobre prototipos. El trabajo muestra que cuando se emplea CCAN existen riesgos de fisuración conforme el contenido de álcalis y el tipo de ligante empleado.Since 2006, the LEMIT-CIC has developed research projects together with the Centro de Tecnología, Departamento de Estruturas e Construção Civil (GEPECON/UFSM Universidade Federal de Santa Maria, Brasil) and the Universidad de la República (UDELAR, Montevideo, Uruguay) on the use of residual rice-husk ash (RHA) in concrete. The RHA is a supplementary cementing material of great interest in many developing countries. To obtain a good pozzolan the rice-husk needs to be burnt at a controlled temperature and ground before incorporating in concrete. In other conditions a residual RHA is obtained with a lower quality, but it can be improved by grinding (GRHA). As a way to simplify RHA processing, it was demonstrated in the performed joint projects that it is possible to produce structural concretes incorporating residual RHA without previous grinding (NRHA), adapting concrete mixing process to optimize the ash particle size. In this way the use of RHA nearby where it is produced can be enhanced. Nevertheless as RHA has siliceous vitreous minerals and cristobalite, deleterious reactions with portland cement can take place when alkalis and certain environmental conditions are present. This paper describes the studies performed at LEMIT on the development of alkali - silica reaction (ASR) in mortars and concretes prepared with NRHA and GRHA. Results of mortar and concrete expansions, mechanical properties, and field studies on prototypes are discussed. The research shows that when using NRHA there can be risks of cracking according to the alkali content and binders used

Draft genome sequence of Colletotrichum acutatum sensu lato (Colletotrichum fioriniae)

In addition to its economic impact, Colletotrichum acutatum sensu lato is an interesting model for molecular investigations due to the diversity of host-determined specialization and reproductive lifestyles within the species complex. The pathogen Colletotrichum fioriniae forms part of this species complex and causes anthracnose in a wide range of crops and wild plants worldwide. Some members of this species have also been reported to be entomopathogenic. Here, we report the draft genome sequence of a heterothallic reference isolate of C. fioriniae (strain PJ7). This sequence provides a range of new resources that serve as a useful platform for further research in the field

Elección del tipo y dosis de superfluidificante para el diseño de hormigones de alta performance

En la actualidad la elección de las proporciones y características de los materiales componentes para el diseño de mezclas de hormigón excede ampliamente la definición de las cantidades de áridos, agua y cemento. El tecnológo dispone de múltiples alternativas que incluyen diversos tipos de cementos, aditivos químicos, incorporación de adiciones minerales, etc. Esto resulta particularmente más complejo en la elaboración y diseño de Hormigones de Alta Performance, donde además de ser indispensable el empleo de superfluidificantes se suman la necesidad de optimizar los contenidos de cemento y de la pasta, como así también la posibilidad de ser combinados con otros aditivos químicos y muchas veces adiciones como la microsílice. En este trabajo se muestra la aplicación del cono de Marsh para estudiar la fluidez en pastas con el propósito de analizar la respuesta de los principales tipos de superfluidificantes al ser combinados con diferentes ligantes. Se incluyen experiencias con cementos portland de diferente finura, cementos con filler calcáreo y mezclas de cementos con distintos tipos o contenidos de adiciones minerales como puzolanas naturales o microsílices de diferente procedencia. El procedimiento aparece como un camino a seguir para el ajuste y diseño de este tipo de hormigones

Exploring single-sample SNP and INDEL calling with whole-genome de novo assembly

Motivation: Eugene Myers in his string graph paper (Myers, 2005) suggested that in a string graph or equivalently a unitig graph, any path spells a valid assembly. As a string/unitig graph also encodes every valid assembly of reads, such a graph, provided that it can be constructed correctly, is in fact a lossless representation of reads. In principle, every analysis based on whole-genome shotgun sequencing (WGS) data, such as SNP and insertion/deletion (INDEL) calling, can also be achieved with unitigs. Results: To explore the feasibility of using de novo assembly in the context of resequencing, we developed a de novo assembler, fermi, that assembles Illumina short reads into unitigs while preserving most of information of the input reads. SNPs and INDELs can be called by mapping the unitigs against a reference genome. By applying the method on 35-fold human resequencing data, we showed that in comparison to the standard pipeline, our approach yields similar accuracy for SNP calling and better results for INDEL calling. It has higher sensitivity than other de novo assembly based methods for variant calling. Our work suggests that variant calling with de novo assembly be a beneficial complement to the standard variant calling pipeline for whole-genome resequencing. In the methodological aspects, we proposed FMD-index for forward-backward extension of DNA sequences, a fast algorithm for finding all super-maximal exact matches and one-pass construction of unitigs from an FMD-index. Availability: http://github.com/lh3/fermi Contact: [email protected]: Rev2: submitted version with minor improvements; 7 page

The underestimated role of pest pentatomid parasitoids in Southern South America.

Stink bugs are pests of economic importance of extensive crops (commodities) in the Neotropics, particularly in Southern South America. They are abundant, have a broad geographical distribution, and cause severe damage. Main species include the Neotropical brown-stink bug, Euschistus heros (F.), the red-banded stink bug, Piezodorus guildinii (Westwood), the Southern green stink bug, Nezara viridula (L.), the green-belly stink bugs, Dichelops furcatus (F.), and D. melacanthus (Dallas), and the brown-winged stink bug, Edessa meditabunda (F.). The management of these pest species on crops is complex because they can cause economic damage in low numbers, and it is difficult to control by the commonly used insecticides. Therefore, biological control appears as the most important tactic to be implemented in stink bug management programs. Among the many natural enemies present on the various agroecosystems, egg parasitoids (Hymenoptera) and parasitoids of adult stink bugs (Diptera and Hymenoptera) are the most promising groups to be exploited as biological control agents of pest species. Despite attempts in the past, implementation of biological control of stink bugs on major commodities in Southern South America still remains at a low level of adoption, and its high potential is, generally, underestimated. In this review article, we present extensive data from the literature on the two main groups of biological control agents referred above. Moreover, we discuss ways to promote biological control as the most important tactic to manage stink bugs in Southern South America. Keywords Heteroptera · Pentatomidae · Adult parasitoids · Egg parasitoids · Southern South Americ

Study of silane layers grown on steel and characterized using ellipsometry at different wavelengths and incidence angles

Films of gmercap to propyltri methoxysilane are prepared by hydrolysis, condensation and curing at 80 oC. The optical indices, n, k and the thickness d are calculated using the ellipsometry technique.Aprogramme is developed to fit a wide set of ellipsometricï andï data in the visible optical region 400 nm < ë < 600 nm. An increase in the optical absorption k is detected for the lower concentration ofMPTMS attributed to light absorption from the pores.Fil: Seré, Pablo Ricardo. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ingeniería; ArgentinaFil: Zerbino, Jorge Omar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Fisicoquímicas Teóricas y Aplicadas. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Investigaciones Fisicoquímicas Teóricas y Aplicadas; ArgentinaFil: Maltz, Alberto Leonardo. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Departamento de Matemáticas; ArgentinaFil: Deya, Marta Cecilia. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ingeniería; ArgentinaFil: Elsner, Cecilia Ines. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ingeniería; ArgentinaFil: Di Sarli, Alejandro Ramón. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comisión de Investigaciones Científicas. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Investigaciones en Tecnología de Pinturas; Argentin

Evolución tecnológica del hormigón visto empleado en estructuras, monumentos y esculturas

Las piedras naturales han sido los materiales de construcci&oacute;n m&aacute;s utilizados desde la antig&uuml;edad sin olvidar los ladrillos secados al sol o cocidos que muchas civilizaciones los emplearon en sus construcciones. A fines del siglo XIX, el hormig&oacute;n aparece como una nueva alternativa de inter&eacute;s. En la actualidad se lo aplica en estructuras portantes de formas complejas y hasta en premoldeados con fines ornamentales. No solamente se lo utiliza por las propiedades mec&aacute;nicas y por lo tanto estructurales que brinda, sino tambi&eacute;n por la apariencia que puede alcanzar. La variedad de terminaciones encontraron en el hormig&oacute;n cualidades apropiadas para difundir su uso en monumentos y esculturas, por lo cual se exigieron determinadas calidades que no siempre se obtienen directamente. El presente trabajo tiene como objetivo analizar aspectos vinculados con la apariencia del hormig&oacute;n en obras arquitect&oacute;nicas. En primer lugar se resume la evoluci&oacute;n y propiedades que han permitido su elecci&oacute;n convirti&eacute;ndolo en el material m&aacute;s utilizado en la construcci&oacute;n. Luego se presentan experiencias sobre la influencia de las propiedades en estado fresco, en las terminaciones superficiales y una metodolog&iacute;a para analizar el color. Finalmente a modo de ejemplo, se resumen los principales defectos que se pueden producir y la forma de disminuirlos y se muestran ejemplos donde se encontraron en monumentos y esculturas realizadas con hormig&oacute;n.Tópico 6: Patrimonio Urbano de los siglos XVIII al XX. Técnicas de Limpieza y de Conservación