Uma ferramenta WEB para identificação e visualização de sequências repetitivas em lócus gênico de animais e plantas.

Sequências repetitivas (SR) em lócus gênico de animais e plantas podem estar envolvidas em diversos fenômenos biológicos, como interferência por RNAi (Fire et al., 1998) e trans-splicing (Di Segni et al., 2008). A maioria das SR localiza-se em regiões de introns e, usualmente, seus estudos envolvem apenas sequências de mRNA, sendo necessário a estrutura intron-exon dos genes. Desta forma, é preciso realizar um mapeamento dos genes em seu respectivo genoma de referência para identificação de quatro tipos de SR: repetição reversa e complementar, repetição direta e complementar, repetição reversa e repetição direta. Este trabalho apresenta uma ferramenta WEB, chamada RepGraph, a qual integra algoritmos e ferramentas de bioinformática para identificar os pares que formam cada tipo de SR e uma representação gráfica para ilustrar sua relação em dois lócus gênicos.Trabalho apresentado na V Mostra de Trabalhos de Estagiários e Bolsistas, Campinas, out. 2009

Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks.

Trans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human experimental evidence??, we have developed a methodology that successfully identified 16 hybrid mRNAs which might be instances of interchromosomal trans-splicing. Each hybrid mRNA is formed by a trans-spliced region (TSR), which was successfully mapped either onto known genes or onto a human endogenous retrovirus (HERV-K) transcript which supports their transcription. The existence of these hybrid mRNAs indicates that trans-splicing may be more widespread than believed. Furthermore, non-canonical splice site patterns suggest that infrequent splicing sites may occur under special conditions, or that an alternative trans-splicing mechanism is involved. Finally, our candidates are supposedly from normal tissue, and a recent study has reported that trans-splicing may occur not only in malignant tissues, but in normal tissues as well. Our methodology can be applied to 5'-UTR, coding sequences and 3'-UTR in order to find new candidates for a posteriori experimental confirmation

Um modelo orientado a objetos para o cálculo da estimativa da área acessível a solvente.

Estimativa da ASA. Descrição do método utilizado. Modelo orientado a objetos proposto.bitstream/CNPTIA/10655/1/doc46.pdfAcesso em: 29 maio 2008

Reconstructing the whole mitochondrial DNA (mtDNA) from nuclear genome.

In several eukaryotic organisms, the nuclear genome has several partial copies of the mitochondrial DNA (mtDNA). These copies are called NUMTs (NUclear MiTochondrial DNA) and they have been known since 1967 when the first evidence of them were reported in the mouse nuclear genome. Despite almost fifty years have passed, the reason of their very existence remains controversial. However, their presence has been confirmed in an increasing number of genomes. The NUMts could be only another DNA idiosyncrasy, but they actually represent a serious issue for important application such as genome bar coding. There are many open questions about them.X-meeting 2015

Is our immune system a powerful vaccine factory?

Supplement 1, article e20200468. Letter to the Editor

Dilepton and Photon Emission Rates from a Hadronic Gas

We analyze the dilepton and photon emission rates from a hadronic gas using chiral reduction formulas and a virial expansion. The emission rates are reduced to pertinent vacuum correlation functions, most of which can be assessed from experiment. Our results indicate that in the low mass region, the dilepton and photon rates are enhanced compared to most of the calculations using chiral Lagrangians. The enhancement is further increased through a finite pion chemical potential. An estimate of the emission rates is also made using Haag's expansion for the electromagnetic current. The relevance of these results to dilepton and photon emission rates in heavy-ion collisions is discussed.Comment: 7 pages, LaTeX using revTeX, 6 figures imbedded in text. Figures slightly changed, text left unchange

Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms - SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação de informações coincidentes.SBIAgro 2009

Uma nova proposta para se obter Tandem Repeats em sequências genômicas.

Este trabalho apresenta um novo algoritmo, chamado ConvolutionTR, de propósito geral, para se obter todos os TR, qualquer que seja o tamanho, em uma sequência de tamanho arbitrário, mas finito. Uma das vantagens deste algoritmo é que não necessita de estrutura de dados complexas e também não necessita de uma grande quantidade de memória para ser executado. Além disso, tem tempo de execução um pouco menor que os algoritmos similares, conforme poderá ser visto nos resultados a serem mostrados neste trabalho.bitstream/item/114254/1/comt217.pd

Dilepton and Photon Emission Rates from a Hadronic Gas III

We extend our early analyses of the dilepton and photon emission rates from a hadronic gas to account for strange mesons using a density expansion. The emission rates are reduced to vacuum correlation functions using three-flavor chiral reduction formulas, and the latters are assessed in terms of empirical data. Using a fire-ball, we compare our results to the low and intermediate mass dilepton data available from CERN. Our results suggest that a baryon free hadronic gas does not account for the excess of low mass dielectrons observed at CERES but do well in accounting for the intermediate dimuons at HELIOS. The same observations apply to the recent low and high $p_t$ dielectron rates from CERES.Comment: 12 pages LaTeX, 11 eps figure

Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms – SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação de informações coincidentes