Utilización de la Espectrometría de Masas MALDI‐TOF en epidemiología bacteriana. Estudio comparativo con técnicas de epidemiología molecular en Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus resistente a meticilina y Legionella pneumophila

[ES]La espectrometría de masas (EM) es una técnica muy usada desde hace años para la identificación de moléculas. Las primeras aplicaciones se dieron a principio de los años 40, en el análisis químico de mezclas de hidrocarburos en la industria del petróleo. Posteriormente, se usó para elucidar compuestos orgánicos, y más tarde para la determinación de estructuras de polipéptidos, proteínas y otros biopolímeros de alto peso molecular. Se fundamenta en la separación de partículas (moleculares o atómicas) por diferencia de masa. El análisis se lleva a cabo en aparatos llamados espectrómetros de masas en cuatro fases: ionización de la muestra, aceleración de los iones por un campo eléctrico, dispersión de iones según su masa y carga, y detección de iones y producción de señal eléctrica. El uso de la EM en la identificación de bacterias está documentado desde 1975 por Anhatt y colaboradores. La primera publicación que demostró el éxito de la EM por desorción-ionización por láser asistida por una matriz (MALDI), fue en los años 80 por Tanaka, Karas y Hillenkamp. El principio fundamental de MALDI-TOF gira en torno a la rapidez de la volatilización de la muestra embebida en una matriz que absorbe la radiación ultravioleta, seguido de un analizador de tiempo de vuelo. Muchos grupos de investigación han señalado su habilidad para obtener un único espectro desde bacterias intactas, y extractos células bacterianas. La reproducibilidad de los espectros se controla mediante la estandarización de condiciones experimentales, ya que autores como Hettick y colabores, han demostrado que los perfiles generados por esta metodología pueden variar significativamente con cambios en la preparación de la muestra. Siendo así, se mantienen invariables la matriz usada, los protocolos de extracción de proteínas y las condiciones de cultivo de bacterias. El uso de perfiles proteómicos mediante la producción de patrones espectrales constituye una buena alternativa los esquemas de identificación basada en la bioquímica o genoma; pudiéndose identificar hasta el momento desde microorganismos gram positivos (Staphylococcus spp, Streptococcus grupo viridans, Listeria spp,…), gram negativos (Neisseria spp, Burkholderia spp,…), micobacterias, hongos levaduriformes, hongos filamentosos, hasta algunos genotipos del virus de la hepatitis C. Una vez expuesta la utilidad para la identificación de microorganismo, y dadas sus amplias ventaja, como alta sensibilidad, precisión, velocidad de adquisición de datos, mínimo coste de consumibles, simplicidad de uso y ahorro de tiempo entre otros. Se plantea ampliar las aplicaciones de EM MALDI-TOF, al estudio de biomarcadores únicos de patógenos como Acinetobacter baumannii, Staphylococcus auresus resistente a meticilina (SAMR), y Legionella pneumophila. En comparación con las técnicas basadas en el análisis del ADN. Dada las características de sencillez, rapidez y reproducibilidad de la EM MALDI-TOF, es posible considerar la posibilidad de su aplicación en la detección de clones y/o líneas clonales entre aislados de la misma especie. Por lo general, la EM MALDI-TOF genera perfiles proteicos relativamente complejos, en los que sólo los picos más característicos y estables a nivel de género o de especie se utilizan para la identificación de los microorganismos. Cabe la posibilidad de que el resto de picos sean no obstante característicos a niveles inferiores al de especie, permitiendo así establecer una categorización de proximidad filogenética entre los aislados paralela a la que se establece ahora por métodos de epidemiología molecular. Este trabajo pretende explorar las posibilidades de desarrollar una herramienta novedosa que, a partir de los datos generado por la EM MALDI-TOF, permita una clasificación filogenética de los microorganismos similar a los métodos de referencia establecidos en epidemiologia molecular (PFGE, MLST y Rep-PCR). Conclusiones: 1. La EM MALDI-TOF demostró ser equiparable a las técnicas establecidas como referencia, PFEG y Rep-PCR, en el estudio de la proximidad entre aislamientos clínicos de Acinetobacter baumannii. 2. Esta agrupación parece además mantenerse de forma bastante robusta con independencia de la metodología estadística y de minería de datos utilizadas, que introducen solamente diferencias menores en la jerarquización. 3. Dadas las discrepancias entre las publicaciones, se imponen estudios más amplios con el fin de determinar la fiabilidad del método a mayor escala, y la posible influencia, no estudiada de los medios, condiciones y tiempos de cultivo en los resultados obtenidos. 4. La jerarquización obtenida en aislamientos de Legionella pneumophila serogrupo 1 se ajusta mucho menos a la jerarquización obtenida por métodos moleculares. 5. Las diferentes estrategias de minería de datos utilizadas alteran sólo moderadamente la jerarquización, que en ningún caso se aproxima a las obtenidas por métodos moleculares. 6. Discrepamos de lo publicado por Fujinami con respecto a la utilidad de esta metodología para la jerarquización de Legionella, al menos con la estrategia de minería de datos usada. Cabe la posibilidad de que otros software diseñados específicamente puedan aproximarse más a la jerarquización molecular. 7. Los datos obtenidos tampoco sugieren que se trate de una metodología útil, en este momento y con el software utilizado, para la jerarquización de S. aureus resistente a meticilina. La clasificación obtenida discrepa sensiblemente de la obtenida mediante MLST con todas las aproximaciones bioinformáticas utilizadas. 8. Se requieren todavía amplios estudios para valorar la posible utilización de esta tecnología para la jerarquización de microorganismos, incidiendo probablemente en una protocolización exhaustiva de medios, tiempos y condiciones de cultivo, así como de la aproximación bioinformática utilizada, que probablemente tendrá que ser diferente para distintos grupos de microorganismos

Un estudio muestra la eficacia de composts de residuos agroindustriales para reducir enfermedades de las plantas

Algunos residuos agroindustriales ya compostados y usados como sustratos pueden presentar supresividad a distintas enfermedades de las plantas. Algunos de estos sustratos son el compost de corcho (usado solo o mezclado con cascarilla de arroz), orujo de uva compostado, alperujo con residuo de desmotadora (2/3, v/v) compostado y posteriormente formulado con cascarilla de arroz (1/1, v/v) y sustrato de champiñón agotado compostado y mezclado con turba (1/1, v/v). Esta supresividad se ha evaluado en ensayos con inoculación artificial de patógenos y posterior evaluación del desarrollo de cada enfermedad, siendo el compost de orujo de uva maduro el que mejores resultados presenta.Ministerio de Ciencia y Tecnología AGL 2002-04313, 2005-08137, 2008-05414 y 2010-21982Junta de Andalucía P06-AGR-0231

Identification of Brucella by MALDI-TOF Mass Spectrometry. Fast and Reliable Identification from Agar Plates and Blood Cultures

BACKGROUND: MALDI-TOF mass spectrometry (MS) is a reliable method for bacteria identification. Some databases used for this purpose lack reference profiles for Brucella species, which is still an important pathogen in wide areas around the world. We report the creation of profiles for MALDI-TOF Biotyper 2.0 database (Bruker Daltonics, Germany) and their usefulness for identifying brucellae from culture plates and blood cultures. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We created MALDI Biotyper 2.0 profiles for type strains belonging to B. melitensis biotypes 1, 2 and 3; B. abortus biotypes 1, 2, 5 and 9; B. suis, B. canis, B ceti and B. pinnipedialis. Then, 131 clinical isolates grown on plate cultures were used in triplicate to check identification. Identification at genus level was always correct, although in most cases the three replicates reported different identification at species level. Simulated blood cultures were performed with type strains belonging to the main human pathogenic species (B. melitensis, B. abortus, B. suis and B. canis), and studied by MALDI-TOF MS in triplicate. Identification at genus level was always correct. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: MALDI-TOF MS is reliable for Brucella identification to the genus level from culture plates and directly from blood culture bottles

Correction : Chaparro et al. Incidence, Clinical Characteristics and Management of Inflammatory Bowel Disease in Spain: Large-Scale Epidemiological Study. J. Clin. Med. 2021, 10, 2885

The authors wish to make the following corrections to this paper [...]

Incidence, Clinical Characteristics and Management of Inflammatory Bowel Disease in Spain : Large-Scale Epidemiological Study

(1) Aims: To assess the incidence of inflammatory bowel disease (IBD) in Spain, to describe the main epidemiological and clinical characteristics at diagnosis and the evolution of the disease, and to explore the use of drug treatments. (2) Methods: Prospective, population-based nationwide registry. Adult patients diagnosed with IBD-Crohn's disease (CD), ulcerative colitis (UC) or IBD unclassified (IBD-U)-during 2017 in Spain were included and were followed-up for 1 year. (3) Results: We identified 3611 incident cases of IBD diagnosed during 2017 in 108 hospitals covering over 22 million inhabitants. The overall incidence (cases/100,000 person-years) was 16 for IBD, 7.5 for CD, 8 for UC, and 0.5 for IBD-U; 53% of patients were male and median age was 43 years (interquartile range = 31-56 years). During a median 12-month follow-up, 34% of patients were treated with systemic steroids, 25% with immunomodulators, 15% with biologics and 5.6% underwent surgery. The percentage of patients under these treatments was significantly higher in CD than UC and IBD-U. Use of systemic steroids and biologics was significantly higher in hospitals with high resources. In total, 28% of patients were hospitalized (35% CD and 22% UC patients, p < 0.01). (4) Conclusion: The incidence of IBD in Spain is rather high and similar to that reported in Northern Europe. IBD patients require substantial therapeutic resources, which are greater in CD and in hospitals with high resources, and much higher than previously reported. One third of patients are hospitalized in the first year after diagnosis and a relevant proportion undergo surgery

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Semilleros de Investigación 2016

El Instituto Unidad de Investigaciones Jurídico-Sociales Gerardo Molina, Unijus, promueve y apoya el desarrollo e implementación de programas y proyectos que aporten al conocimiento de la realidad nacional e internacional y de las instituciones jurídicas, políticas y sociales. Por tal motivo, es fundamental el apoyo constante a la formación de semilleros de investigación en la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales de la Sede Bogotá, así como la consolidación de los semilleros ya existentes. Mediante la Convocatoria n.° 30 de 2016 fueron seleccionadas dieciocho propuestas de investigación integradas por un total de sesenta estudiantes, vinculados a un total de trece grupos de investigación. Este número de Investigaciones en Construcción se divide en cuatro secciones temáticas: 1) investigaciones sobre el posconflicto, desde sus multiples matices; 2) conflictividades y derechos ambientales con estudios de caso en diversos puntos de la geografía nacional; 3) asuntos sociojurídicos referentes a temáticas propias de nuestra realidad social; y 4) análisis de problemáticas del país y de las regiones desde la perspectivas política y de las políticas públicas. De este modo, se demuestra el interes continuo de la academia y sus integrantes por las problematicas sociales, determinando el modo en que las teorías jurídicas y políticas pueden contribuir a la construcción de nuevas propuestas para su solución. La presente publicación está compuesta por los artículos que resultaron de los proyectos aprobados.Sección I. Víctimas del conflicto armado colombiano en tránsito a sujetos democráticos: el derecho a la verdad como eje reparador (2011-2016) Grupo de investigación Colectivo de Estudios Poscoloniales/Decoloniales en América Latina, Colectivo (Copal). En este artículo, se analiza el contenido esencial del derecho a la verdad, para determinar si los mecanismos establecidos en la Ley 1448 de 2011 y en el “Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto Armado y la Construcción de una Paz Estable y Duradera” cumplen los estándares internacionales y si garantizan el derecho a la verdad para las víctimas. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Camilo Alberto Borrero García. Conflictividad territorial en el Catatumbo. Un horizonte intercultural por construir Grupo de investigación Relaciones Interétnicas y Minorías Culturales. Este artículo realiza una aproximación a las conflictividades interculturales originadas por el choque de las territorialidades campesinas e indígenas presentes en la región del Catatumbo (Norte de Santander). Para ello, se identifican los actores que habitan y disputan este territorio, caracterizando la problemática desde sus diferentes variables y los condicionantes que impiden el desarrollo del proyecto intercultural propuesto. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Edgar Alberto Novoa (q. e. p. d.). La representación de las Farc-ep en la prensa colombiana. Análisis de las noticias de El Tiempo y El Espectador en el marco de los diálogos de paz en La Habana (2012-2016) Grupo de investigación Cultura Jurídico-Política, Instituciones y Globalización. Este artículo analiza el discurso de los medios masivos de comunicación en Colombia, puntualmente de la prensa escrita (El Tiempo y El Espectador). Se realiza un acercamiento al conflicto armado con las Farc-ep y el papel de los medios de comunicación y se reflexiona en torno al papel que estos tienen en la representación de los diversos actores políticos frente a la sociedad civil. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Oscar Eduardo Mejía Quintana. Democracia e insurgencia. Una mirada a las propuestas para la reconfiguración de la democracia de dos movimientos insurgentes armados (eln y m-19) en Colombia entre 1979 y 2016 Grupo de investigación Seguridad y Defensa. Estudia las propuestas para la reconfiguración de la democracia en Colombia de dos movimientos insurgentes armados (eln y m-19) entre 1979 y 2016. Mediante una revisión documental de archivo, y el estudio interpretativo de los discursos existentes, recopila entrevistas e historias de vida de militantes de estos grupos, reconstruyendo las críticas a la democracia en Colombia hechas por el eln y el m-19. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Carlos Medina Gallego. Reparación de víctimas en el sistema de la Corte Penal Internacional: obstáculos y deficiencias Grupo de investigación Grupo de Estudios Penales, Conflicto y Política Criminal. Este artículo busca identificar la participación de las víctimas, las formas de reparación y la relación de la Corte Penal Internacional con los Estados, con el fin de identificar sus obstáculos y deficiencias. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor José Francisco Acuña Vizcaya.Sección ii Conflictividad ambiental urbana y de aguas en Bogotá Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales (Gidca). Este trabajo investiga los conflictos ambientales redistributivos en la ciudad de Bogotá, centrándose en las diversas maneras de apropiación, acceso y goce del agua. Con este fin, este análisis se sustenta en una indagación teórica y en un estudio de casos en las localidades de Ciudad Bolívar, Suba y San Cristóbal. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gregorio Mesa Cuadros. Conflictividad ambiental en La Guajira: derecho al agua Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales (Gidca). Esta investigación busca determinar las principales falencias de los proyectos implementados por el Gobierno nacional, que no han permitido superar la crisis ambiental en La Guajira, situación que afecta los derechos fundamentales de los ciudadanos, principalmente el derecho fundamental al agua. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gregorio Mesa Cuadros. Consecuencias ambientales de las actividades mineras de carbón en Tibú, Norte de Santander, en el periodo 2002-2015 Grupo de Investigación en Derechos Colectivos y Ambientales (Gidca). El posicionamiento de la minería, como pilar fundamental de la economía colombiana en los últimos gobiernos, y la preocupación por las consecuencias ambientales de la minería y la extracción de recursos energéticos son los temas abordado en este artículo. Esta investigación toma como caso de estudio el municipio de Tibú en Norte de Santander. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Gregorio Mesa Cuadros.Sección iii Análisis sobre la implementación de la oralidad en la administración de justicia en el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina Grupo de investigación de Relaciones Interétnicas y Minorías Culturales. El trabajo de campo realizado en Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina pretendió conocer las dificultades de la implementación de la oralidad en la administración de justicia en ese departamento y las estrategias para mitigar el impacto del bilingüismo en las distintas instancias judiciales del circuito de San Andrés. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Edgar Alberto Novoa Torres (q. e. p. d.). Hacia una aproximación económico-jurídica de la maternidad subrogada y su regulación Semillero La maternidad subrogada en Colombia. Por medio de un enfoque jurídico-económico se realiza un análisis de la maternidad subrogada, como técnica de reproducción humana asistida, una práctica social no regulada normativamente en el Estado colombiano; así como la concepción de la familia y los constructos sociales de las relaciones cotidianas. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección de los profesores Luis Arturo Suárez Pacheco y Marcela González Sandoval. Responsabilidad médica: un estudio desde la jurisprudencia de la Corte Suprema de Justicia, la Corte Constitucional y el Consejo de Estado Grupo de Investigación para la Articulación del Derecho Civil y los Derechos Económicos Sociales y Culturales, Giadesc. Con este estudio se aborda la discusión de la responsabilidad médica, tanto cívil como estatal, dada desde el ámbito de las altas Cortes del sistema jurídico colombiano, buscando la compresión conceptual de la responsabilidad médica, tanto como sus implicaciones y potencialidades. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor José Guillermo Castro Ayala. La interpenetración de la justicia transicional y la justicia ordinaria: estudio orientado a la complejidad sobre la seguridad jurídica y el debido proceso Semillero La interpretación de la justicia transicional y la justicia ordinaria. Con este artículo se estudia cómo la Jurisdicción Especial para la Paz (jep) cumplí- ria, o no, con la materializar el derecho a la justicia de las víctimas del conflicto armado colombiano. Asimismo, indaga los modos en que el Estado deberá garantizar tanto los derechos de las víctimas como los de los victimarios que se sometan a ella. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Héctor Henrique Quiroga Cubillos. Inconstitucionalidad del artículo 6° de la Ley 1121 del 2008 de teletrabajo, por la vulneración de principios de derecho laboral contenidos en la Constitución Política de Colombia Grupo de investigación Escuela de Justicia Comunitaria (ejcun). Este artículo analiza el teletrabajo, como una nueva modalidad de empleo en Colombia y sus posibles beneficios en la expansión del empleo, pero también los retos de su implementación y las afectaciones laborales que implicaría. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Edgar Ardila Amaya. Discursos mediáticos sobre el delito de cuello blanco Grupo de investigación Escuela de investigación en criminología mediática, justicia penal y política criminal “Luis Carlos Pérez”. Desde un análisis criminológico, este artículo aborda las lógicas y discursos mediáticos que subyacen a los delitos de cuello blanco, particularmente al desfalco de Interbolsa. Para este análisis, se tomaron las noticias de dos medios colombianos, en el periodo 2012- 2013, en razón de la importancia que estos dieron a este caso. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Estanislao Escalante Barreto. Derecho administrativo para el posconflicto: hacia una administración transicional Grupo de investigación Derecho Constitucional y Derechos Humanos. En este artículo se realiza una revisión de los conceptos de administración pública y se define una administración para la transición, así como las posibles consecuencias de su implementación, en el contexto de los acuerdos de paz entre el Gobierno nacional y las Farc-ep y de ejecución de lo acordado en La Habana, Cuba. Este semillero estuvo bajo la dirección del profesor Andrés Abel Rodríguez Villabona.Sección IV ¿Por qué TransMilenio en Bogotá está en crisis? Grupo de Investigación Presidencialismo y Participación. Hace un análisis de la implementación del sistema de buses de tránsito rápido (btr) en Bogotá —mediante la creación de la empresa de transporte Tercer Milenio TransMilenio s. a.— y los problemas que este presenta: alto precio de los pasajes, ineficacia para satisfacer la demanda creciente, protestas, bloqueos, largas filas, problemas de corrupción, entre otros. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Miguel Angel Herrera Zgaib. Impactos económicos, políticos y jurídicos de la crisis de la caída de los precios del petróleo desde 2014 en Colombia, Argentina y Venezuela Grupo de Investigación Grupo de Estudio Economía Digna (Geed). Con esta investigación se analiza el impacto de la crisis en los sectores político, econó- mico y judicial de estos países en el el periodo 2012-2016, tomando el caso de Colombia, Venezuela y Argentina, países que dependen de la producción de hidrocarburos, en especial del petróleo. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Daniel Alberto Libreros Caicedo. Diagnóstico de implementación del Código País de Mejores Prácticas Corporativas: el mejoramiento de la arquitectura de control y el problema de la agencia en las juntas directivas Grupo de Investigación Arbitraje Nacional e Internacional (ani). Esta investigación se centra en un diagnóstico de la implementación de las medidas recomendadas por el Código de Mejores Prácticas Corporativas Colombia (Código País) en las entidades emisoras de valores. El semillero de investigación estuvo bajo la dirección del profesor Fredy Andréi Herrera Osorio

Reducing the environmental impact of surgery on a global scale: systematic review and co-prioritization with healthcare workers in 132 countries

Abstract Background Healthcare cannot achieve net-zero carbon without addressing operating theatres. The aim of this study was to prioritize feasible interventions to reduce the environmental impact of operating theatres. Methods This study adopted a four-phase Delphi consensus co-prioritization methodology. In phase 1, a systematic review of published interventions and global consultation of perioperative healthcare professionals were used to longlist interventions. In phase 2, iterative thematic analysis consolidated comparable interventions into a shortlist. In phase 3, the shortlist was co-prioritized based on patient and clinician views on acceptability, feasibility, and safety. In phase 4, ranked lists of interventions were presented by their relevance to high-income countries and low–middle-income countries. Results In phase 1, 43 interventions were identified, which had low uptake in practice according to 3042 professionals globally. In phase 2, a shortlist of 15 intervention domains was generated. In phase 3, interventions were deemed acceptable for more than 90 per cent of patients except for reducing general anaesthesia (84 per cent) and re-sterilization of ‘single-use’ consumables (86 per cent). In phase 4, the top three shortlisted interventions for high-income countries were: introducing recycling; reducing use of anaesthetic gases; and appropriate clinical waste processing. In phase 4, the top three shortlisted interventions for low–middle-income countries were: introducing reusable surgical devices; reducing use of consumables; and reducing the use of general anaesthesia. Conclusion This is a step toward environmentally sustainable operating environments with actionable interventions applicable to both high– and low–middle–income countries

Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030