A bioinformática na identificação de genes

Com o objectivo de identificar genes, avaliaram-se nove EST (“Expressed Sequence Tag”) de uma biblioteca de cDNA de Trichoderma harzianum. Numa primeira etapa, as ESTs foram sequenciadas, sendo as sequências analisadas com programas bioinformáticos de análise de similaridade em bancos de dados, utilizando ferramentas como Blast P e Fasta X. Identificaram-se duas ESTs que se enquadravam nos objectivos, sendo uma delas a EST-1279, usada para a completa elucidação do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados com os códigos de acesso AM774154. O gene lip2 de Trichoderma harzianum sequenciado apresenta 1992 pb, sendo a sua ORF (“open reading frame”) constituída por 1215 nucleótidos. Estão sequenciados 550 pb da região do promotor e 229 pb do terminador

Caracterização de genes através de recursos bioinformáticos

Após descodificação da fase de leitura aberta de um gene, uma série de ferramentas bioinformáticas podem ser utilizadas para a caracterização da sequência deduzida da proteína. Uma pesquisa no website do Expasy Proteomics Server (http://expasy.org/tools) e uma sequência nucleotídica permitem-nos identificar e caracterizar proteínas, identificar motivos, padrões e perfis, inferir a sua estabilidade, localização celular ou função, fazer as predições das estruturas secundária e terciária, procurar sequências similares depositadas em bases de dados e compará-las, estabelecer relações filogenéticas. Neste caso usámos a ORF ("open reading frame") do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados da EMBL com o número de acesso AM774154.1. A proteína codificada por lip2 tem 404 aminoácidos, massa molecular calculada de 44604,3 Dalton e ponto isoeléctrico global calculado de 5,0. É considerada estável. Uma pesquisa efectuada na base integrada InterproScan incluiu lip2 na família das lipases com serina no centro activo (PROSITE PS00120, posição 210-219), e na das lipases_classe3 (Pfam PF01746, posição 131-190) com uma probabilidade de 1,4.e-31. http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/ A sua estrutura primária está de acordo com o consenso G-x-S-x-G, descrito como centro activo de lipases, inserido na sequência consenso de lipases com serina no centro activo: [LIV]-{KG}-[LIVFY]-[LIVMST]-G-[HYWV]-S-{YAG}-G-[GSTAC]. Os primeiros 25 aminoácidos constituem uma sequência sinal, que sugere a entrada desta proteína no retículo endoplasmático, e uma localização extracelular. No que respeita a modificações pós-traducionais, entre outras, a proteína codificada por lip2 apresenta três possíveis sítios de N-glicosilação, quatro sítios prováveis de N-miristoilação, um de palmitoilação e 28 sítios potenciais de fosforilação. A palmitoilação aumenta a superficie hidrofóbica e a afinidade para os substratos e desempenha um papel importante no transporte de proteína

Da leitura ao reconto oral: práticas pedagógicas com crianças com necessidades educativas especiais

A presente dissertação é assumida como um hino ao défice cognitivo dos alunos que, frequentemente, são tidos como incapazes de atingirem os objectivos que nos propomos. Através da leitura e interpretação do texto O Nabo Gigante, as nossas crianças têm assim oportunidade de revelar a capacidade de fazerem inferências altas ou baixas relacionadas com o texto em questão. A partir do modelo de Giasson e Irwin, poderá o educador aperceber-se do sentido e profundidade que o aluno confere ao interagir com o texto lido, ou seja que tipo de acomodação ou resolução no acto de compreensão.This essay is assumed as an anthem to the cognitive deficits of students who are often seen as incapable of achieving the goals proposed. Through the reading and comprehension of the text O Nabo Gigante, our children are able to prove their ability to make inferences related to the text in question. From the model of Giasson and Irwin, the educator can understand the meaning and depth that the student confers by interacting with the text read, that is, what type of accommodation or resolution in the act of understanding

A Cobrança de Receita na Câmara Municipal de Loures

Neste Relatório tenho a intenção de dar a conhecer as atividades realizadas durante o Estágio no Departamento de Planeamento Financeiro e Aprovisionamento (DPFA) da Câmara Municipal de Loures. O Estágio tem como objetivo desenvolver uma necessidade pessoal de aprendizagem e ao mesmo tempo, a nível profissional colmatar algumas lacunas a nível da Cobrança de Receita Municipal no referido Departamento. Parece-me, pertinente examinar as questões do Poder Local e das Finanças Públicas Locais, como suporte teórico deste Relatório, uma vez que o Estágio foi realizado numa autarquia local e teve como base a respetiva cobrança de receita financeira do Município de Loures. Durante o Estágio, foram analisados vários documentos relacionados com a Cobrança de Receita, tendo como objetivo o apuramento dos valores recebidos na Divisão Financeira, utilizando informação disponibilizada pela área de compromissos e receita. Utilizei durante o Estágio várias ferramentas informáticas como: aplicação da Medidata, Edubox e Faturação Diversa. Na concretização deste Estágio foi possível perceber que a Cobrança de Receita Municipal é fundamental para o desenvolvimento de toda a atividade desse município

Isolation and analysis of lip2 gene from Trichoderma harzianum

PTDC/AGR-AAM/67628/2006 - dentification, characterization and role of molecular factors associated with the mechanisms of infection of Fagaceae species by Phytophthora cinnamomiThe genus Trichoderma is cosmopolitan in soils, wood decomposition and plant material. Species of Trichoderma are often dominant components of the soil microflora in various habitats. This is due to different metabolic capacity of the Trichoderma species and its aggressive competitiveness in nature. The genus Trichoderma are frequently used in biological control because of its antagonist ability of phytopathogenic fungi. The mechanisms employed by Trichoderma spp. to antagonize other fungi are competition (for space and / or nutrients), antibiosis and microparasites, while in the latter case, involved lytic enzymes such as proteases, glucanases, chitinases and lipases. Some of these proteins have a large agricultural potential, especially as active components of new formulations of fungicides. Trichoderma harzianum Rifai (Ascomycota, Hypocreales, Hypocreaceae) is a filamentous fungus, asexual, commonly isolated of tropical soil of plant material, rhizosphere ecosystems and decomposing organic material a ratio of 101-103 spores per gram of soil (Figure 1)

Relação entre acento e entoação numa variedade do Português europeu continental

Com a pesquisa que seguidamente se apresenta, damos conta de resultados parciais obtidos no âmbito do projecto AMPER - Atlas Multimédia Prosodique de l'Espace Roman. Pretendemos, em particular, avaliar a relação entre o acento lexical e o acento frásico em estruturas sintácticas simples, complementando as análises acústicas usuais - contorno de F0 duração e energia das vogais produzidas - com o objectivo de detectar a relevância destes parâmetros para a caracterização da relação entre o acento e a entoação no Português Europeu

Isolation and phylogenetic analysis of two actin genes from Phytophthora cinnamomi

Actins, as the essential component of cellular microfilament, are ubiquitous and highly conserved proteins that play key roles in several basic functions of organism such as cytoskeleton morphology, cell division, cell motility, cellular signal transduction, cellular interaction and organelle movements, as well as locomotion, phagocytosis, endocytosis and exocytosis . Actins are highly conserved structural proteins, found in all eukaryotes. So, actin gene sequences are used as tools in scientific research, for example, for phylogenetic analysis. Actin in Phytophthora infestans is encoded by at least two genes, in contrast to unicellular and filamentous fungi (Candida albicans, Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Kluyveromyces lactis and Filobasidiella neoformans) where there is a single gene. These genes (designated actA and actB) have been isolated from a genomic library of P. infestans. Phytophthora cinnamomi is a host-nonspecific, soilborne, pathogen of many plant species. In Portugal it is most important as a pathogen of chestnut trees. The purpose of this study was to clone and determine the phylogenetic retionships evidencided by Phytophthora cinnamomi actins. In order to isolate the actin genes, P. cinnamomi was grown in cellophane-PDA medium and genomic DNA was used as a template in PCR amplification reactions combining degenerate primers Act1, Act2, Act3 and Act4. PCR fragments were purified, cloned into pGEM-T vector and transformants were selected. Complete open reading frames (ORFs) of act1 and act2 genes were achieved by HE-TAIL PCR, and submitted to EMBL databases (Accession numbers AM412175.1 and AM412176.1). Act1 has an 1128bp ORF, encoding a deduced protein of 375aa and 41,972kDa. Act2 ORF has 1083bp and encodes a deduced protein of 360aa and 40,237kDa. Deduced amino acid sequences were analyzed using FASTA programs from EMBL databases. Act1 showed a 98.9% identity with P. melonis actB, 94.4% with P. megasperma actin and 96.0% with P. infestans actin2. Act2 showed a 98.9% identity with Pythium splendens actin and 98.6% with P. brassicae actinA.COMBATINTA/SP2.P11/02 Interreg IIIA – Cross-Border Cooperation Spain-Portugal; Identification, characterization and role of molecular factors associated with the mechanisms of infection of Fagaceae species by Phytophthora cinnamomi” (PTDC/AGRAAM/67628/2006) FC

Modification of neurobehavioral effcts of Mercury By a genetic polymorphism of coproporphyrinogen oxidase in children

Mercury (Hg) is neurotoxic, and children may be particularly susceptible to this effect. A current major challenge is the identification of children who may be uniquely susceptible to Hg toxicity because of genetic disposition. We examined the hypothesis that CPOX4, a genetic variant of the heme pathway enzyme coproporphyrinogen oxidase (CPOX) that affects susceptibility to mercury toxicity in adults, also modifies the neurotoxic effects of Hg in children. Five hundred seven children, 8–12 years of age at baseline, participated in a clinical trial to evaluate the neurobehavioral effects of Hg from dental amalgam tooth fillings in children. Subjects were evaluated at baseline and at 7 subsequent annual intervals for neurobehavioral performance and urinary mercury levels. Following the completion of the clinical trial, genotyping assays for CPOX4 allelic status were performed on biological samples provided by 330 of the trial participants. Regression modeling strategies were employed to evaluate associations between CPOX4 status, Hg exposure, and neurobehavioral test outcomes. Among girls, few significant CPOX4-Hg interactions or independent main effects for Hg or CPOX4 were observed. In contrast, among boys, numerous significant interaction effects between CPOX4 and Hg were observed spanning all 5 domains of neurobehavioral performance. All underlying dose-response associations between Hg exposure and test performance were restricted to boys with the CPOX4 variant, and all of these associations were in the expected direction where increased exposure to Hg decreased performance. These findings are the first to demonstrate genetic susceptibility to the adverse neurobehavioral effects of Hg exposure in children. The paucity of responses among same-age girls with comparable Hg exposure provides evidence of sexual dimorphism in genetic susceptibility to the adverse neurobehavioral effects of Hg in children and adolescents.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Avaliação de diferenças bioquímicas entre indivíduos diabéticos com e sem variantes patogénicas causadores de MODY. (PO 47)

A diabetes tipo MODY (Maturity-onset diabetes of the young) é um tipo de diabetes causada por mutações em um único gene. Existe 14 genes associados a essa doença, no entanto, a maioria dos casos de MODY é causada por alterações nos genes GCK, HNF1A, HNF1B e HNF4A. Cada subtipo desta patologia apresenta características fenotípicas, metabólicas e complicações para a saúde distintas o que exige uma adequação terapêutica diferente. Contudo a grane maioria dos casos de MODY é erroneamente diagnosticada como diabetes tipo 1 ou tipo 2, o que prejudica o diagnóstico do doente. O objetivo deste trabalho consiste na caracterização bioquímica dos participantes do Estudo Molecular de diabetes tipo MODY com base nos valores de glicémia e hemoglobina A1c inicial, indicados nos inquéritos do estudo, pelos médicos que os referenciaram, para perceber se estes valores são ou não um bom indicador de diabetes tipo MODY. Para tal foram analisados os valores de 76 participantes do estudo, com e sem mutação. Para análise estatística dos valores utilizou-se o Rstudio. Com os testes de Shapiro e Wilcox para avaliou-se e distribuição das amostras, bem como as diferenças entre os dois grupos. Os resultados desta análises não revelaram diferença estatística significativa (valor p=0.5) entre os valores de glicémia inicial dos participantes do estudo com mutação e sem mutação, nem com os valores de hemoglobina A1c (valor p= 0.19). Os resultados apresentados sustentam o argumento de que não é possível identificar corretamente pacientes com diabetes tipo MODY apenas com base nos resultados bioquímicos da glicémia e da hemoglobina A1c e que o diagnóstico genético é essencial para que o conceito de medicina personalizada seja uma realidade acessível aos pacientes diabéticos em Portugal.N/