Schémas régionaux de cohérence écologique : les questionnements, les méthodes d’identification utilisées, les lacunes

Après avoir rappelé le contexte et les objectifs de la trame verte et bleue, sa mise en ½uvre est rapidement décrite dans ses trois niveaux spatiaux (national, régional et local). Une analyse de l’état d’avancement et des méthodes d’identification des réservoirs de biodiversité et des corridors dans les régions est proposée. Les lacunes et difficultés récurrentes observées débouchent sur les propositions pour que la recherche s’implique dans l’étape suivante : l’évaluation dans six ans des schémas régionaux de cohérence écologique (SRCE). / After the context and objectives of the Green and blue frame, its implementation is quickly described in its three spatial levels (national, regional and local). An analysis of the state of progress and identification methods of core area of biodiversity and corridors in the regions is proposed. Observed recurring difficulties and deficiencies lead to proposals to ensure that research is involved in the next step: the assessment within six years of the Regional ecological coherence scheme (regional ecological network)

Prise en compte de la biodiversité dans les projets d'aménagement : comment améliorer la commande des études environnementales ?

La meilleure prise en compte de la biodiversité, notamment de la nature ordinaire, du fonctionnement des écosystèmes et de la Trame verte et bleue renforce les exigences sur les études d'impact et les mesures compensatoires dans les projets d'aménagement et dans les documents d'urbanisme. Ceci nécessite de disposer de données environnementales suffisantes et pertinentes pour évaluer les impacts d'un projet. A partir d'études sur la biodiversité en ville et sur l'impact des infrastructures de transport, nous identifions les manques ou problèmes dans la formulation des besoins d'inventaires ou de recueil de données naturalistes. Nous proposons des pistes d'amélioration des relations et des attentes réciproques entre aménageurs et fournisseurs de données naturalistes au sens large. / Better biodiversity integration (in particular daily life nature and ecosystems functioning) strengthen impact studies requirement, compensatory measures and ecological network (Trame verte et bleue) integration into both fitting out projects and town planning documents. This requires numerous and relevant environmental data in order to evaluate project possible impacts. Based on cities biodiversity studies and transportation facilities impact, we point out gaps or problems in inventory needs or natural data recollection formulation. We provide ideas for better relations and better mutual expectations between planners and natural data providers

Mesures compensatoires des atteintes à l’environnement dans les projets d’infrastructures : de nouvelles exigences réglementaires pour une amélioration des pratiques ?

La compensation des impacts résiduels des aménagements sur les milieux naturels prévue par la loi depuis 1976 n’est pas toujours bien appliquée.La réglementation s'est renforcée et avec elle, s'imposent désormais de nouvelles exigences techniques qui complexifient les dossiers et accentuent la pression foncière.Mais il reste à combler des lacunes importantes pour améliorer la prise en compte de la biodiversité et des services écosystémiques. / Developers should set up biodiversity offsets after they have avoided and reduced their impacts since 1976 but it is not always well enforced.The regulation is reinforced and new technical requirements are now necessary that complex files and enhance the land pressure.But it remains to fill important gaps to improve taking care of biodiversity and ecosystem services

Efficacité des corridors : qu’en savons-nous vraiment ?

La trame verte et bleue et toutes les politiques de préservation et de restauration de réseaux écologiques identifient la fragmentation comme un facteur majeur de dégradation du fonctionnement des paysages. Elles y remédient par la préservation de corridors permettant de restaurer des connexions entre habitats pour les espèces. Issue de l’écologie du paysage, la notion de corridor s’est modifiée dans le vocabulaire de la trame verte et bleue. Les connaissances écologiques sur le rôle des corridors ne permettent pas forcément de répondre aux attentes des décideurs politiques mais confortent un certain nombre d’enjeux (déplacement des espèces notamment pour permettre l’adaptation au changement climatique, services écosystémiques…). L’apport scientifique à la mise en ½uvre de corridors reconnectant des espaces auparavant isolés sera de pouvoir proposer des protocoles permettant d’évaluer l'efficacité de la construction de passage à faune sur des infrastructures anciennes qui en étaient dépourvues et avaient donc fragmenté des habitats. / The Trame verte et bleue and preservation and restoration of ecological networks policies identify fragmentation as a major factor of degradation of landscapes functions. Preservation of corridors aims to restore connections between habitats for species. The concept of corridors, developed by landscape ecology research, is changed when used for ecological network. Ecological knowledge on the role of corridors do not necessarily answer the expectations of policy makers but are consistent with a number of issues (moving species particular to enable the adaptation to climate change, ecosystem services..). The scientific contribution to the implementation of corridors reconnecting spaces previously isolated (by infrastructure) will be to propose protocols for assessing the achievement of these transparency rehabilitation operations

Apports de la technologie LIDAR dans l’objectivation écologique d’un territoire en amont d’un projet d’aménagement : aide à la caractérisation de l’habitat de l’Outarde canepetière dans la ZPS des Costières de Nîmes

International audienceDans le cadre du programme de recherche INTERMOPES1, des investigations ont été menées sur les technologies qui permettraient d’améliorer la caractérisation d’habitat d’espèces afin de développer des méthodes et outils d’objectivation écologiques du territoire. Le poster que nous proposons présentera les résultats d’une expérimentation réalisée avec un LIDAR terrestre dans le but d’analyser et de cartographier finement les hauteurs de végétation et de relier les informations acquises avec la présence de mâles ou de femelles d’Outardes canepetière. L’objectif de ces travaux est d’affiner les connaissances sur la répartition de l’oiseau dans le paysage de la Zone de Protection Spéciale des Costières de Nîmes (France) et de développer une méthode généralisable d’analyse instrumentée des potentialités écologiques d’un paysage

Robust physical methods that enrich genomic regions identical by descent for linkage studies: confirmation of a locus for osteogenesis imperfecta

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The monogenic disease osteogenesis imperfecta (OI) is due to single mutations in either of the collagen genes ColA1 or ColA2, but within the same family a given mutation is accompanied by a wide range of disease severity. Although this phenotypic variability implies the existence of modifier gene variants, genome wide scanning of DNA from OI patients has not been reported. Promising genome wide marker-independent physical methods for identifying disease-related loci have lacked robustness for widespread applicability. Therefore we sought to improve these methods and demonstrate their performance to identify known and novel loci relevant to OI.</p> <p>Results</p> <p>We have improved methods for enriching regions of identity-by-descent (IBD) shared between related, afflicted individuals. The extent of enrichment exceeds 10- to 50-fold for some loci. The efficiency of the new process is shown by confirmation of the identification of the Col1A2 locus in osteogenesis imperfecta patients from Amish families. Moreover the analysis revealed additional candidate linkage loci that may harbour modifier genes for OI; a locus on chromosome 1q includes COX-2, a gene implicated in osteogenesis.</p> <p>Conclusion</p> <p>Technology for physical enrichment of IBD loci is now robust and applicable for finding genes for monogenic diseases and genes for complex diseases. The data support the further investigation of genetic loci other than collagen gene loci to identify genes affecting the clinical expression of osteogenesis imperfecta. The discrimination of IBD mapping will be enhanced when the IBD enrichment procedure is coupled with deep resequencing.</p

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Analyse de l'article« Comment la gestion de la végétation des bords de route affecte-t-elle la diversité des plantes vasculaires et des invertébrés ? une revue systématique », Jakobsson et al., 2018, Environmental Evidence

Les bords de route et autoroutes sont généralement occupés par de la végétation semée, plantée ou naturelle et gérés pour assurer la sécurité routière (notamment ce qui concerne la visibilité pour les conducteurs). Par définition les routes constituent un réseau et sont donc depuis quelques années identifiées comme pouvant contribuer aux réseaux écologiques et à la Trame Verte et Bleue. Est-ce que des preuves existent pour étayer cette hypothèse ? Des chercheurs suédois ont analysé les articles pertinents publiés sur le rôle de la gestion des bords de route sur la biodiversité et leur rôle de corridor

Charte Natura 2000 du site FR8201738 :Milieux alluviaux, pelouses steppiques et pessières du bassin de Bourg-d'Oisans

[Departement_IRSTEA]GT [TR1_IRSTEA]SET / DYMONCharte du site Natura 2000 listant les engagements contractuels possibles hors contrat natura 2000 et mesure agroenvironnementales