Transposição de marcadores microssatélites derivados de mamona em tungue.

Entre as culturas oleaginosas, o tungue é uma alternativa de grande potencial econômico para o sul do Brasil por apresentar elevado rendimento de óleo. Embora genótipos introduzidos no Estado tenham demonstrado adaptação, é fundamental desenvolver um programa de melhoramento genético para a cultura, a fim de oferecer cultivares mais produtivas. Uma forma eficiente de auxiliar os programas de melhoramento é a análise da variabilidade genética por meio de marcadores moleculares. Muitos estudos têm mostrado que grande parte dos marcadores SSR encontrados numa espécie podem ser transferidos para espécies correlatas. Tanto a mamona (Ricinus communis L.) como o tungue (Aleurites fordii), pertencem à família Euphorbiaceae, o que pode facilitar a transposição de primers microssatélites de mamona para tungue. O presente trabalho teve como objetivo testar a transposição de marcadores microssatélites do genoma de mamona para tungue. Foram utilizados 74 pares de primers sintetizados a partir do genoma da mamona. Os resultados demonstram ser possível utilizar marcadores microssatélites em genótipos de tungue desenvolvidos a partir do genoma de mamona

SNP discovery in three South American freshwater characiformes species by deep sequencing of Reduced Representation Libraries (RRL).

This represents the first report of a large-scale effort to identify SNP markers for Pacu and Pirapitinga species, useful for prospecting species-specific SNPs for species-purity certification of commercial Tambaqui broodstocks.PE026

SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries.

Tambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the tambaqui genome was sequenced with a depth of >100 reads. A total of 993.935 SNPs were observed with read depths >60 (median: 438) and minor allele frequencies >0.05 (MAF 0.05-0.15: 94.102 SNPs; 0.15-0.25: 326.575; 0.25-0.35: 255.967; 0.35-0.45: 215.054; 0.45-0.50: 102.237).This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications.PAG 2016. Pôster P0484

SNP discovery in the South American Frehwater fish tambaqui (Colossoma macroponum) by deep sequenciang of reduced representation libraries.

P0484

Caracterização genética de caprinos Moxotó e Canindé por meio de microssatélites de DNA.

O Nordeste do Brasil possui o maior plantel caprino do País, quase sempre associado à agricultura familiar e a sistemas de produção pouco tecnificados. O ambiente natural onde o caprino do nordeste está inserido é o semi-árido, áreas geralmente impróprias para a produção pecuária intensiva. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar as raças caprinas naturalizadas Moxotó e Canindé por meio de marcadores de microssatélite. Os animais avaliados pertencem ao Núcleo de Conservação da Embrapa Caprinos. O DNA extraído foi amplificado mediante a reação em cadeia polimerase (PCR), em multiplex e genotipados através do programa Fragment Profile (Amersham Biosciences). A heterosigozidade esperada sob equilíbrio de Hardy-Weinberg (HE) foi calculada através do programa TFPGA (Miller, 1997). Todos os loci analisados foram considerados polimórficos (H>0,5). O número de alelos observado demonstra haver diversidade dentro da população. O valor de FST atribui 7% da variação existente a diversidade entre população e heterogeneidade dentro das populações (FIS=0,26) dentro do rebanho de conservação. A distância genética (Nei, 1978) entre as raças Moxotó e Canindé foi de 0,377