Phylogenetic analysis of influenza A(H1N1)pdm viruses isolated in Ukraine during the 2009–2010 pandemic season

Aim. To perform the phylogenetic analysis of segments, encoding hemagglutinin and neuraminidase of A(H1N1) pdm influenza viruses, isolated in Ukraine. Methods. In this study the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR), sequencing and phylogenetic analysis methods were used. Results. Key mutations in amino acid sequences of proteins of Ukrainian pandemic influenza isolates were analyzed. High genetic similarity of Ukrainian and foreign pandemic isolates (99 %) was observed. Conclusions. The stability of Ukrainian isolates genes during 2009–2010 pandemic season was shown.Мета. Здійснити філогенетичний аналіз сегментів, кодуючих гемаглютинін та нейрамінідазу пандемічних вірусів грипу A(H1N1) pdm, виділених в Україні. Методи. Полімеразно-ланцюгова реакція у реальному часі (real-time RT-PCR), секвенування і філогенетичний аналіз. Результати. Проаналізовано ключові мутації в амінокислотних послідовностях поверхневих антигенів досліджуваних вірусів. Виявлено високу генетичну подібність (99 %) українських ізолятів до вірусів, виділених в інших країнах. Висновки. Показано стабільність генів українських ізолятів протягом пандемічного сезону 2009–2010 рр.Цель. Осуществить филогенетический анализ сегментов, кодирующих гемагглютинин и нейраминидазу пандемических вирусов гриппа A(H1N1)pdm, выделенных в Украине. Методы. Полимеразная цепная реакция в реальном времени (real-time RT-PCR), секвенирование и филогенетический анализ. Результаты. Проанализированы ключевые мутации в аминокислотных последовательностях поверхностных антигенов исследуемых вирусов. Выявлено высокое генетическое сходство (99 %) украинского изолятов и вирусов, выделенных в других странах. Выводы. Показана стабильность генов украинских изолятов во время пандемического сезона 2009–2010 гг

Restriction analysis and differentiation of Ukrainian strains of infectious bursal disease virus

The infectious bursal disease virus (IBDV) had a great influence on poultry industry since emergence of very virulent strains in 1980s. The virus leads to immunosuppression and high mortality. There are many different vaccines against IBDV, so characterization of field strains is needed. Aim. To characterize and differentiate vaccine and field virus strains using restriction analysis. Methods. RNA was extracted using sorption method. After reverse transcription, DNA was amplified using PCR with specific primers to VP2 gene. The obtained amplicons were digested with a set of restriction enzymes (MvaI, MboI, SspI, BspMI, SacI, BstEII). Results. The restriction profile of eight vaccine strains was described and 120 bursa samples from infected birds were analyzed. Most of the analyzed virus isolates had restriction profiles similar to vaccine strains. Vaccine strains belonging to the same group in terms of attenuation had a similar restriction profile. Four field isolates have been classified as vvIBDV. They were differentiated from vaccine strains by the presence of SspI and the absence of BstEII sites. Restriction analysis is appropriate to differentiate vaccine and field IBDV isolates. Conclusion. Our approach can be used to monitor vvIBDV in poultry farms.Вірус інфекційної бурсальної хвороби (ІБХ) став актуальним для птахівництва з моменту появи високовірулентних штамів в середині 80-х років ХХ ст. Вони призводять до імуносупресивного стану тварин та високої смертності. З огляду на велику різноманітність вакцин, необхідною є харакетристика польових ізолятів, виявлених у господарстві. Мета. Охарактеризувати та диференціювати вакцинні та польові штами вірусу за допомогою методу рестрикційного аналізу. Методи. Виділення РНК здійснювали сорбційним методом, здійснювали постановку зворотної транскрипції та ПЛР із використанням специфічних праймерів до гену VP2. Отримані амплікони піддавали рестрикції MvaI, MboI, SspI, BspMI, SacI, BstEII. Результати. У роботі було охарактеризовано рестрикційний профіль восьми вакцинних штамів та проаналізовано 120 зразків бурс відібраних від уражених вірусом ІБХ птахів. Більшість проаналізованих ізолятів за рестрикційним профілем були подібними до вакцинних штамів. Вакцинні штами, що належали до однієї групи за рівнем атенуації мали одинаковий рестрикціний профіль. Для чотирьох було показано наявність сайтів SspІ та відсутність сайту BstEІІ, що дає підставу віднести їх до високовірулентих штамів вірусу ІБХ. Висновки. Рестрикційний аналіз дає змогу диференціювати вакцинні та польові ізоляти вірусу ІБХ. Даний підхід можна використовувати для моніторингу ситуації на господарстві за даним збудником.Вирус инфекционной бурсальной болезни (ИББ) стал актуальным для птицеводства с момента появления высоко-вирулентных штаммов в середине 80-гг ХХ в. Они приводят к иммуносупрессивном состоянию животных и высокой смертности. Учитывая большое разнообразие вакцин, необходима харакетристики полевых изолятов, выявленных в хозяйстве. Цель. Охарактеризовать и дифференцировать вакцинные и полевые штаммы вируса с помощью метода рестрикционного анализа. Методы. РНК с образцов экстрагировали сорбционным методом, осуществляли постановку обратной транскрипции и ПЦР с использованием специфических праймеров к гену VP2. Полученные ампликоны подвергали рестрикции MvaI, MboI, SspI, BspMI, SacI, BstEII. Результаты. В работе были охарактеризованы рестрикционные профили 8 вакцинных штаммов и проанализированы 120 образцов бурс отобранных от пораженных вирусом ИБХ птиц. Большинство проанализированных изолятов за рестрикционым профилем были подобны вакцинным штаммам. Вакцинные штаммы, принадлежащие к одной группе по уровню аттенуации имели одинаковый рестрикционный профиль. Для четырех изолятов было показано наличие сайтов SspI и отсутствие сайта BstEII, что дает основание отнести их к высоковирулентым штаммам вируса ИББ. Выводы. Рестрикционный анализ позволяет дифференцировать вакцинные и полевые изоляты вируса ИББ. Данный подход можно использовать для мониторинга ситуации в хозяйстве по данному возбудителю

Characterization of vaccine and field IBDV strains in Ukraine for proper vaccine selection for disease prevention

Infectious bursal disease virus (IBDV) causes a highly contagious disease in young chickens and is distributed worldwide. Primary viral antigen is VP2. The VP2 gene contains hypervariable re-gion (VP2 HRV). Mutations in this region lead to emergence of antigenically different IBDV strains. For IBDV prevention, vaccination is used. The efficacy of vaccination depends on the ge-netic closeness of field and vaccine strains. Aim of the study was to analyze nucleotide sequence of different vaccine and field strains of IBDV circulating in Ukrainian poultry farms. Methods. In this study 11 vaccine strains and 16 field isolates were used. RNA was extracted using a magnetic separation method, reverse transcription was carried out and PCR was performed using specific primers to the VP2 gene. Obtained amplicons were used for sequencing. Phylogenetic and amino acid analysis was performed with MEGA 6 software. Results. 11 vaccine strains formed 5 phy-logenetic clusters. Cluster I represented strains GM97, 228E and MB/20. Cluster II contained mild vaccine strains LC-75 and D78. Intermediate strains Winterfield-2512 and Lukert formed cluster III. ‘Hot’ vaccine strains MB and MB/3 formed cluster IV. Cluster V was represented by strains MB/5 and V877. After addition of 16 Ukrainian field strains the tree structure remained the same. 8 isolates clustered together with ‘hot’, 5 – with intermediate, and 3 – with mild vaccine strains. Amino acid analyses confirmed antigenic closeness among vaccine and field strains of the same cluster. Conclusion. The obtained data can be used for the vaccine selection for IBD pre-vention in each particular poultry farm of Ukraine.Вірус інфекційної бурсальної хвороби (ІБХ) викликає висококонтагіозне захворювання курчат та поширений у всьому світі. Головним антигеном є білок VP2. Ген VP2 містить гіперваріабельний регіон, мутації в якому призводять до появи нових антигенних варіантів вірусу ІБХ. Для попередження інфікування використовують вакцинацію, ефективність якої залежить від генетичної спорідненості вакцинних та польових штамів вірусу. Мета. проаналізувати нуклеотидну послідовність різних вакцинних та польових штамів вірусу ІБХ, поширених в господарствах України. Методи. У дослідженні було використано 11 вакцинних та 16 польових штамів вірусу ІБХ. РНК виділяли методом магнітної сорбції, здійснювали реакцію зворотної транскрипції та постановку ПЛР із специфічними праймерами до гену VP2. Амплікони секвенували, нуклеотидну та амінокислотну послідовність аналізували за допомогою програми MEGA 6. Результати. 11 вакцинних штамів формували 5 кластерів. Кластер І містив штами GM97, 228E та MB/20. Кластер ІІ бус сформований м’якими штамами LC-75 та D78. Середні штами Winterfield-2512 та Lukert формували кластер ІІІ. «Гарячі» штами MB та MB/3 містились у кластері IV. Кластер V містив штами MB/5 та V877. Після включення 16 польових ізолятів, виявлених в Україні, структура дерева не змінилась. Вісім з них групувалися разом з «гарячими», 5 – з середніми та 3 – з м’якими вакцинними штамами. Порівняння амінокислотних послідовностей підтвердило антигенну спорідненість штамів, що знаходились в одному кластері. Висновки. Отримані результати можуть бути використані для підбору вакцин для профілактики ІБХ в кожному окремому господарстві України.Вирус инфекционной бурсальной болезни (ИББ) вызывает высококонтагиозное заболевание цыплят и распространен во всем мире. Главным антигеном вируса является белок VP2. Ген VP2 содержит гипервариабельный регион, мутации в котором приводят к появлению новых антигенных вариантов вируса ИББ. Для предупреждения инфицирования используют вакцинацию, эффективность которой зависит от генетического родства вакцинных и полевых штаммов вируса. Цель. проанализировать нуклеотидную последовательность различных вакцинных и полевых штаммов вируса ИББ, распространенных в хозяйствах Украины. Методы. В исследовании были использованы 11 вакцинных и 16 полевых штаммов вируса ИББ. РНК выделяли методом магнитной сорбции, осуществляли реакцию обратной транскрипции и постановку ПЦР со специфическими праймерами к гену VP2. Ампликоны секвенировали, нуклеотидную и аминокислотную последовательность анализировали с помощью программы MEGA 6. Результаты. 11 вакцинных штаммов формировали 5 кластеров. Кластер I содержал штаммы GM97, 228E и MB/20. Кластер II был сформирован мягкими штаммами LC-75 и D78. Средние штаммы Winterfield-2512 и Lukert формировали кластер ІІІ. «Горячие» штаммы MB и MB/3 содержались в кластере IV. Кластер V содержал штаммы MB/5 и V877. После включения 16 полевых изолятов, выявленных в Украине, структура дерева не изменилась. Восемь из них группировались вместе с «горячими», 5 – средними и 3 – мягкими вакцинными штаммами. Сравнение аминокислотных последовательностей подтвердило антигенное родство штаммов, находящихся в одном кластере. Выводы. Полученные результаты могут быть использованы для подбора вакцин для профилактики ИБХ в каждом отдельном хозяйстве Украины

Partial sequencing and phylogenetic analysis of Soybean mosaic virus isolated in Ukraine

The aim of the present study isto compare the biological and molecular properties of Ukrainian soybean mosaic virus (SMV) isolates with those of known strains or isolates from other countries, and to trace their possible origin. The methods of mechanical inoculation, reverse transcription polymerase chain reaction, DNA sequencing and phylogenetic analysis have been used. Results. Five SMV isolates have been collected and biologically purified from breeding plots in Vinnitsa region of Ukraine. It has been found that all these isolates show the same reaction patterns when infecting 11 differential soybean cultivars. Phylogenetic analysis of sequences of the coat protein coding region and P1 coding region revealed strong genetic relationships between representative Ukrainian (UA1Gr) and SMV-VA2 isolates which together were sorted in one clade with G2 strain. The investigation of sequence identity showed that different genomic regions of SMV were under different evolutionary constraints. Conclusions. SMV, isolated in Ukraine for the first time, belongs to the G2 strain group that is widespread in North America. The SMV isolates obtained in this work may be employed in the Ukrainian national breeding programs to create soybean with durable virus resistance. Keywords: Soybean mosaic virus, Potyvirus, Glycine max, nucleotide sequences, phylogenetic analysis.Мета. Порівняти молекулярно-біологічні властивості українських ізолятів вірусу мозаїки сої (ВМС) із властивостями відомих закордонних ізолятів цього вірусу, а також прослідкувати їхнє можливе походження. Методи. Механічна інокуляція, полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією, секвенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. На селекційних ділянках у Вінницькій області відібрано та в подальшому очищено п’ять ізолятів ВМС. Показано, що всі досліджувані ізоляти ВМС проявляють однаковий спектр реакцій на 11 диференціюючих сортах сої. Філогенетичний аналіз нуклеотидних та відповідних амінокислотних послідовностей генів СР і Р1 продемонстрував високу філогенетичну спорідненість між репрезентативним українським (UA1Gr) та американським (VA2) ізолятами ВМС, які увійшли до одного кластеру із штамом G2. Результати порівняння нуклеотидних послідовностей підтвердили припущення стосовно того, що різні ділянки геному ВМС перебувають під неоднаковим еволюційним тиском. Висновки. Виділені в Україні ізоляти ВМС належать до штамової групи G2 і, ймовірно, походять з території Північної Америки. На нашу думку, отримані в даній роботі ізоляти ВМС актуально використовувати у вітчизняних селекційних програмах для створення вірусостійких сортів сої. Ключові слова: вірус мозаїки сої, потівірус, Glycine max, послідовності нуклеотидів, філогенетичний аналіз.Цель. Сравнить молекулярно-биологические свойства украинских изолятов вируса мозаики сои (ВМС) со свойствами известных иностранных изолятов этого вируса, а также проследить их возможное происхождение. Методы. Механическая инокуляция, полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией, секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. На селекционных участках в Винницкой области отобраны и в последующем очищены пять изолятов ВМС. Показано, что все изучаемые изоляты демонстрируют одинаковый спектр реакций на 11 дифференцирующих сортах сои. Филогенетический анализ нуклеотидных и соответствующих аминокислотных последовательностей генов СР и Р1 выявил высокий уровень филогенетического родства между репрезентативным украинским (UA1Gr) и американским (VA2) изолятами ВМС, вошедшими в один кластер со штаммом G2. Результаты сравнения нуклеотидных последовательностей подтвердили предположенипе о том, что разные участки генома ВМС находятся под различным эволюционным давлением. Выводы. Выделенные в Украине изоляты ВМС принадлежат к штаммовой группе G2 и, вероятно, являются привнесенными с территории Северной Америки. На наш взгляд, полученные в данной работе изоляты ВМС актуально использовать в отечественных селекционных программах для создания вирусоустойчивых сортов сои. Ключевые слова: вирус мозаики сои, потивирус, Glycine max, последовательности нуклеотидов, филогенетический анализ

Nucleotide and amino acid sequences of a coat protein of an Ukrainian isolate of Potato virus Y: comparison with homologous sequences of other isolates and phylogenetic analysis

Aim. Identification of the widespread Ukrainian isolate(s) of PVY (Potato virus Y) in different potato cultivars and subsequent phylogenetic analysis of detected PVY isolates based on NA and AA sequences of coat protein. Methods. ELISA, RT-PCR, DNA sequencing and phylogenetic analysis. Results. PVY has been identified serologically in potato cultivars of Ukrainian selection. In this work we have optimized a method for total RNA extraction from potato samples and offered a sensitive and specific PCR-based test system of own design for diagnostics of the Ukrainian PVY isolates. Part of the CP gene of the Ukrainian PVY isolate has been sequenced and analyzed phylogenetically. It is demonstrated that the Ukrainian isolate of Potato virus Y (CP gene) has a higher percentage of homology with the recombinant isolates (strains) of this pathogen (approx. 98.8– 99.8 % of homology for both nucleotide and translated amino acid sequences of the CP gene). The Ukrainian isolate of PVY is positioned in the separate cluster together with the isolates found in Syria, Japan and Iran; these isolates possibly have common origin. The Ukrainian PVY isolate is confirmed to be recombinant. Conclusions. This work underlines the need and provides the means for accurate monitoring of Potato virus Y in the agroecosystems of Ukraine. Most importantly, the phylogenetic analysis demonstrated the recombinant nature of this PVY isolate which has been attributed to the strain group O, subclade N:O.Мета. Виявлення українських ізолятів Y вірусу картоплі (PVY) у різних сортах картоплі і їхній наступний філогенетичного аналіз на основі нуклеотидних і амінокислотних послідовностей білка оболонки. Методи. ІФА, ЗТ-ПЛР, секвенування ДНК і філогенетичний аналіз. Результати. У зразках картоплі вітчизняної селекції методом ІФА ідентифіковано PVY. Оптимізовано процес виділення РНК та розроблено тест-систему на базі ПЛР для діагностики українських ізолятів PVY. Секвеновано ділянку гена капсидного білка українського ізоляту та здійснено філогенетичний аналіз. Встановлено, що зазначений ген демонструє вищий ступінь гомології з генами капсидних білків рекомбінантних ізолятів (штамів) (98,8–99,8 % гомології для нуклеотидних і амінокислотних послідовностей). Український ізолят перебуває в окремому кластері разом з рекомбінантними ізолятами із Сирії, Ірану та Японії і має з ними спільне походження. Висновки. В результаті роботи визначено засоби для точного моніторингу вірусу картоплі в агроекосистемах України. Філогенетичний аналіз продемонстрував рекомбінантну природу досліджуваного ізоляту PVY, який раніше був приписаний до групи штамів О, субклади N:О.Цель. Выявление украинских изолятов Y вируса картофеля (PVY) в различных сортах картофеля и их последующий филогенетический анализ на основе нуклеотидных и аминокислотных последовательностей белка оболочки. Методы. ИФА, ОТ-ПЦР, секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. В образцах картофеля отечественной селекции методом ИФА идентифицирован PVY. Оптимизирован процесс выделения РНК и разработана тест-система на базе ПЦР для диагностики украинских изолятов PVY. Секвенирован участок гена капсидного белка украинского изолята и проведен филогенетический анализ. Показано, что указанный ген демонстрирует высокую степень гомологии с генами капсидных белков рекомбинантных изолятов (штаммов) (98,8–99,8 % гомологии для нуклеотидных и аминокислотных последовательностей). Украинский изолят находится в отдельном кластере вместе с рекомбинантными изолятами из Сирии, Ирана и Японии и имеет с ними общее происхождение. Выводы. В результате работы определены средства для точного мониторинга вирусов картофеля в агроэкосистемах Украины. Филогенетический анализ продемонстрировал рекомбинантную природу исследуемого изолята PVY, который ранее был приписан к группе штаммов О, субклады N:O

Influence of small miscuts on self-ordered growth of Ge nanoislands

Using high-resolution X-ray diffraction (HRXRD), we have investigated lateral ordering the nanoislands formed from Ge wetting layer of various thicknesses deposited on a strained Si₁₋xGex sublayer. We observed that the high lateral ordering degree is initiated by ordered modulation of non-uniform deformation fields. This modulation is induced by small (∼0.3°) misorientation of Si substrate from [001] direction. Finally, we show that the miscut can be the source of perfectly ordered nanoisland arrays in two dimensions when the growth is performed on the strained SiGe (001) sublayer. The effect of substrate miscut can be amplified tuning the deviation of buffer layer surface from [001] growth direction via increasing the Ge content

Characterization of vaccine and field IBDV strains in Ukraine for proper vaccine selection for disease prevention

Infectious bursal disease virus (IBDV) causes a highly contagious disease in young chickens and is distributed worldwide. Primary viral antigen is VP2. The VP2 gene contains hypervariable re-gion (VP2 HRV). Mutations in this region lead to emergence of antigenically different IBDV strains. For IBDV prevention, vaccination is used. The efficacy of vaccination depends on the ge-netic closeness of field and vaccine strains. Aim of the study was to analyze nucleotide sequence of different vaccine and field strains of IBDV circulating in Ukrainian poultry farms. Methods. In this study 11 vaccine strains and 16 field isolates were used. RNA was extracted using a magnetic separation method, reverse transcription was carried out and PCR was performed using specific primers to the VP2 gene. Obtained amplicons were used for sequencing. Phylogenetic and amino acid analysis was performed with MEGA 6 software. Results. 11 vaccine strains formed 5 phy-logenetic clusters. Cluster I represented strains GM97, 228E and MB/20. Cluster II contained mild vaccine strains LC-75 and D78. Intermediate strains Winterfield-2512 and Lukert formed cluster III. ‘Hot’ vaccine strains MB and MB/3 formed cluster IV. Cluster V was represented by strains MB/5 and V877. After addition of 16 Ukrainian field strains the tree structure remained the same. 8 isolates clustered together with ‘hot’, 5 – with intermediate, and 3 – with mild vaccine strains. Amino acid analyses confirmed antigenic closeness among vaccine and field strains of the same cluster. Conclusion. The obtained data can be used for the vaccine selection for IBD pre-vention in each particular poultry farm of Ukraine.Вірус інфекційної бурсальної хвороби (ІБХ) викликає висококонтагіозне захворювання курчат та поширений у всьому світі. Головним антигеном є білок VP2. Ген VP2 містить гіперваріабельний регіон, мутації в якому призводять до появи нових антигенних варіантів вірусу ІБХ. Для попередження інфікування використовують вакцинацію, ефективність якої залежить від генетичної спорідненості вакцинних та польових штамів вірусу. Мета. проаналізувати нуклеотидну послідовність різних вакцинних та польових штамів вірусу ІБХ, поширених в господарствах України. Методи. У дослідженні було використано 11 вакцинних та 16 польових штамів вірусу ІБХ. РНК виділяли методом магнітної сорбції, здійснювали реакцію зворотної транскрипції та постановку ПЛР із специфічними праймерами до гену VP2. Амплікони секвенували, нуклеотидну та амінокислотну послідовність аналізували за допомогою програми MEGA 6. Результати. 11 вакцинних штамів формували 5 кластерів. Кластер І містив штами GM97, 228E та MB/20. Кластер ІІ бус сформований м’якими штамами LC-75 та D78. Середні штами Winterfield-2512 та Lukert формували кластер ІІІ. «Гарячі» штами MB та MB/3 містились у кластері IV. Кластер V містив штами MB/5 та V877. Після включення 16 польових ізолятів, виявлених в Україні, структура дерева не змінилась. Вісім з них групувалися разом з «гарячими», 5 – з середніми та 3 – з м’якими вакцинними штамами. Порівняння амінокислотних послідовностей підтвердило антигенну спорідненість штамів, що знаходились в одному кластері. Висновки. Отримані результати можуть бути використані для підбору вакцин для профілактики ІБХ в кожному окремому господарстві України.Вирус инфекционной бурсальной болезни (ИББ) вызывает высококонтагиозное заболевание цыплят и распространен во всем мире. Главным антигеном вируса является белок VP2. Ген VP2 содержит гипервариабельный регион, мутации в котором приводят к появлению новых антигенных вариантов вируса ИББ. Для предупреждения инфицирования используют вакцинацию, эффективность которой зависит от генетического родства вакцинных и полевых штаммов вируса. Цель. проанализировать нуклеотидную последовательность различных вакцинных и полевых штаммов вируса ИББ, распространенных в хозяйствах Украины. Методы. В исследовании были использованы 11 вакцинных и 16 полевых штаммов вируса ИББ. РНК выделяли методом магнитной сорбции, осуществляли реакцию обратной транскрипции и постановку ПЦР со специфическими праймерами к гену VP2. Ампликоны секвенировали, нуклеотидную и аминокислотную последовательность анализировали с помощью программы MEGA 6. Результаты. 11 вакцинных штаммов формировали 5 кластеров. Кластер I содержал штаммы GM97, 228E и MB/20. Кластер II был сформирован мягкими штаммами LC-75 и D78. Средние штаммы Winterfield-2512 и Lukert формировали кластер ІІІ. «Горячие» штаммы MB и MB/3 содержались в кластере IV. Кластер V содержал штаммы MB/5 и V877. После включения 16 полевых изолятов, выявленных в Украине, структура дерева не изменилась. Восемь из них группировались вместе с «горячими», 5 – средними и 3 – мягкими вакцинными штаммами. Сравнение аминокислотных последовательностей подтвердило антигенное родство штаммов, находящихся в одном кластере. Выводы. Полученные результаты могут быть использованы для подбора вакцин для профилактики ИБХ в каждом отдельном хозяйстве Украины

Partial sequencing and phylogenetic analysis of Soybean mosaic virus isolated in Ukraine

The aim of the present study isto compare the biological and molecular properties of Ukrainian soybean mosaic virus (SMV) isolates with those of known strains or isolates from other countries, and to trace their possible origin. The methods of mechanical inoculation, reverse transcription polymerase chain reaction, DNA sequencing and phylogenetic analysis have been used. Results. Five SMV isolates have been collected and biologically purified from breeding plots in Vinnitsa region of Ukraine. It has been found that all these isolates show the same reaction patterns when infecting 11 differential soybean cultivars. Phylogenetic analysis of sequences of the coat protein coding region and P1 coding region revealed strong genetic relationships between representative Ukrainian (UA1Gr) and SMV-VA2 isolates which together were sorted in one clade with G2 strain. The investigation of sequence identity showed that different genomic regions of SMV were under different evolutionary constraints. Conclusions. SMV, isolated in Ukraine for the first time, belongs to the G2 strain group that is widespread in North America. The SMV isolates obtained in this work may be employed in the Ukrainian national breeding programs to create soybean with durable virus resistance. Keywords: Soybean mosaic virus, Potyvirus, Glycine max, nucleotide sequences, phylogenetic analysis.Мета. Порівняти молекулярно-біологічні властивості українських ізолятів вірусу мозаїки сої (ВМС) із властивостями відомих закордонних ізолятів цього вірусу, а також прослідкувати їхнє можливе походження. Методи. Механічна інокуляція, полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією, секвенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. На селекційних ділянках у Вінницькій області відібрано та в подальшому очищено п’ять ізолятів ВМС. Показано, що всі досліджувані ізоляти ВМС проявляють однаковий спектр реакцій на 11 диференціюючих сортах сої. Філогенетичний аналіз нуклеотидних та відповідних амінокислотних послідовностей генів СР і Р1 продемонстрував високу філогенетичну спорідненість між репрезентативним українським (UA1Gr) та американським (VA2) ізолятами ВМС, які увійшли до одного кластеру із штамом G2. Результати порівняння нуклеотидних послідовностей підтвердили припущення стосовно того, що різні ділянки геному ВМС перебувають під неоднаковим еволюційним тиском. Висновки. Виділені в Україні ізоляти ВМС належать до штамової групи G2 і, ймовірно, походять з території Північної Америки. На нашу думку, отримані в даній роботі ізоляти ВМС актуально використовувати у вітчизняних селекційних програмах для створення вірусостійких сортів сої. Ключові слова: вірус мозаїки сої, потівірус, Glycine max, послідовності нуклеотидів, філогенетичний аналіз.Цель. Сравнить молекулярно-биологические свойства украинских изолятов вируса мозаики сои (ВМС) со свойствами известных иностранных изолятов этого вируса, а также проследить их возможное происхождение. Методы. Механическая инокуляция, полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией, секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. На селекционных участках в Винницкой области отобраны и в последующем очищены пять изолятов ВМС. Показано, что все изучаемые изоляты демонстрируют одинаковый спектр реакций на 11 дифференцирующих сортах сои. Филогенетический анализ нуклеотидных и соответствующих аминокислотных последовательностей генов СР и Р1 выявил высокий уровень филогенетического родства между репрезентативным украинским (UA1Gr) и американским (VA2) изолятами ВМС, вошедшими в один кластер со штаммом G2. Результаты сравнения нуклеотидных последовательностей подтвердили предположенипе о том, что разные участки генома ВМС находятся под различным эволюционным давлением. Выводы. Выделенные в Украине изоляты ВМС принадлежат к штаммовой группе G2 и, вероятно, являются привнесенными с территории Северной Америки. На наш взгляд, полученные в данной работе изоляты ВМС актуально использовать в отечественных селекционных программах для создания вирусоустойчивых сортов сои. Ключевые слова: вирус мозаики сои, потивирус, Glycine max, последовательности нуклеотидов, филогенетический анализ

The state of the hepatobiliary system in children of Chernivtsy city who suffered from "chemical intoxication alopecia"

Проведено порівняльний аналіз даних клініко-параклінічного обстеження печінки та жовчовивідних шляхів у дітей, які перенесли «хімічну інтоксикаційну алопецію» («ХІА») під час гострого періоду захворювання та впродовж подальших десяти років диспансерного спостереження. Відзначені суттєві зміни, що підтверджують формування патології функціонального та органічного характеру, пов'язаної з відхиленнями у системах імунітету та антиоксидантного захисту організму. Зроблено висновок, що комплекс реабілітаційних заходів лікування дітей із екозалежною патологією повинен включати методи обов'язкової корекції функціонального стану печінки та жовчовивідних шляхів у співставленні з нормалізацією основних регуляторних систем організму.We have performed a comparative analysis of findings of a clinico-paraclnical examination of the bile passages of the children who suffered from "chemical intoxication alopecia" ("CIA") during the acute period of disease and further ten years of the follow-up observation. Considerable changes, confirming the formation of pathology of a functional and organic character, connected with a deviation in the systems of immunity and the antioxydant defense of the body have been determined. We have arrived to a conclusion to the effect that a complex of rehabilitation measures concerning the treatment of children with eco-dependent pathology should include methods of obligatory correction of the functional state of the liver and bile passages in comparison with normalization of the chief regulating system of the body