Xây dựng phương pháp sàng lọc đột biến gen RB1 thông qua mRNA

Retinoblastoma (Rb) is a malignant tumor of the retina, occurring usually in children before age five. The heritable form acounting for about 40% of Rb making genetic analysis of RB1 gene is a important part of disease management. In previous study, we have successfully employed a method of direct sequencing for RB1 mutation screening from genomic DNA. However, given the large size of this gene and no reported mutation hotspots, the testing can be costly and time consuming method. To overcome this problem, we have developed a method to detect mutation from RB1 mRNA. Total RNA was isolated from blood leukocytes of a healthy individual and a Rb patient, cDNA was subsequently synthesized using reverse-transcriptase PCR. Whole cDNA of RB1 was amplified using six specific primer pairs and sequenced by Sanger method. The PCR products from healthy individual were showed as six specific bands on the agarose gel and could be used as the standard pattern of the normally spilced transcripts. Those of PCR products were sequenced successfuly and data can be aligned with the reference sequence of RB1 cDNA on the Genebanhk to identify nucleotide variants.  We also identified an upnormal splicing of RB1 gene in the Rb patient haboring a c. G1960C mutation at the end of the exon 19 by amplification of  the RB1 cDNA fragments. Hence using RB1 mRNA test can reveal not only the silent/pathogenic mutations in the coding region of RB1, but also mutations that affect the normal spilcing of RB1 mRNA. This method reduces cost and time, can be used as the first step of RB1 analysis in Rb patients.Ung thư nguyên bào võng mạc (retinoblastoma, Rb) là bệnh ung thư võng mạc ác tính ở trẻ em thường được phát hiện ở trẻ dưới 5 tuổi. Dạng di truyền xuất hiện ở khoảng 40% bệnh nhân UTNBVM cho thấy các phân tích di truyền gen RB1 là một phần quan trọng trong công tác quản lý kiểm soát bệnh. Trong nghiên cứu trước đây, chúng tôi đã sử dụng thành công phương pháp sàng lọc đột biến gen RB1 bằng kỹ thuật giải trình tự gen từ nguồn DNA hệ gen. Tuy nhiên, với kích thước gen lớn lại không có các điểm nóng về đột biến gen được xác định nên việc sàng lọc gen trở nên đắt đỏ và tốn thời gian. Nhằm khắc phục nhược điểm đó, nghiên cứu này tiến hành xây dựng phương pháp sàng lọc đột biến gen RB1 thông qua mRNA. RNA tổng số được tách từ mẫu máu tươi của một người khỏe mạnh và cDNA được tổng hợp thông qua quá trình phiên mã ngược. Toàn bộ vùng mã hóa của gen RB1 được khuếch đại bằng sáu cặp mồi đặc hiệu và giải trình tự bằng phương pháp Sanger. Ở người khoẻ mạnh, sản phẩm PCR từ cDNA là sáu băng đặc hiệu trên bản điện di gel agarose và có thể được dùng như kiểu mẫu chuẩn của bản phiên mã trải qua quá trình cắt nối bình thường của mRNA. Các sản phẩm PCR này được giải trình tự thành công và dữ liệu nhận được có thể so sánh với trình tự mRNA của gen RB1 trên ngân hàng gen. Chúng tôi cũng đã xác định được sự phân cắt bất thường của bản sao gen RB1 ở bệnh nhân mang đột biến c.G1960C tại nucleotide cuối cùng trên exon 19 bằng cách khuếch đại các đoạn cDNA. Như vậy, phương pháp phân tích mRNA của gen RB1 có thể phát hiện không chỉ các đột biến gây bệnh hay đột biến câm trong vùng mã hoá mà còn phát hiện được cả các đột biến gây ảnh hưởng tới quá trình cắt nối của phân tử mRNA. Phương pháp này giúp giảm giá thành, thời gian xét nghiệm và có thể được sử dụng như là bước sàng lọc đầu tiên khi xét nghiệm gen cho bệnh nhân

BƯỚC ĐẦU XÁC ĐỊNH HÀM LƯỢNG MỘT SỐ KIM LOẠI NẶNG TRONG MÔI TRƯỜNG NƯỚC SÔNG HỒNG

Environment quality, especially aquatic environment is increasingly being interested. TThis paper presents the initial results of the monthly observations for the period from January 2012 to December 2012 on some heavy metal contents in the Red River system at the four hydrological stations in Ha Noi, Hoa Binh, Vu Quang and Yen Bai. The monitoring results showed that heavy metal concentrations in the Red River water varied in a high range: Cu: 10 – 80 mg/l; Zn: 2 – 88 mg/l; Cr: 0,2 – 5,1 mg/l; Pb: 2  - 107 mg/l; Cd: : 2 – 12 mg/l; Mn: 2 - 35 mg/l; Fe: 160 – 950 mg/l. Most of the mean values of heavy metal contents at the four monitoring sites were lower than the ones of  the Vietnamese standard limits for surface water quality, QCVN 08:2008/BTNMT. However, at several time during the observation period, the contents of some heavy metals such as Fe, Cd and Pb exceeded the Vietnamese standard limits. The results shows that the water quality of the Red River needs more be frequently and systhematically observe

Hiệu quả các nhóm mô hình học sâu trong bài toán phát hiện phương tiện giao thông

Các mô hình phát hiện đối tượng dựa trên mạng nơ-ron tích chập đang phát triển liên tục và được áp dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực, đặc biệt là trong hệ thống giao thông thông minh. Trong nghiên cứu này, các kỹ thuật học sâu đã được áp dụng, đặc biệt là các mô hình phát hiện phương tiện giao thông trong thời gian thực: dựa trên “anchor” (điển hình như mô hình You Only Look Once - YOLO), dựa trên “keypoint”(điển hình như mô hình CenterNet), và dựa trên “transformer”(điển hình như mô hình Detection Transformers - DETR). Các mô hình đã được tinh chỉnh và huấn luyện thông qua kỹ thuật học chuyển tiếp để cải thiện khả năng phát hiện phương tiện giao thông. Kết quả của các thử nghiệm đã chỉ ra rằng mô hình YOLO đạt được độ chính xác cao nhất (98,3%) với thời gian thực thi là 11,7 ms. Trong khi đó, mô hình DETR thực hiện thời gian thực thi nhanh nhất (2,3 ms), nhưng độ chính xác thấp nhất (62,4%). Mô hình CenterNet là lựa chọn tốt nhất (94,11% - 8 ms) vì cân đối được giữa độ chính xác và thời gian thực thi, có thể được sử dụng trong các ứng dụng thời gian thực

Địa chí vùng Tây Hồ

1099 tr. : minh họa ; 24 cm