Phân tích đặc điểm chuỗi polypeptide NA(N1) của một số chủng virus cúm A/H5N1 gây bệnh ở gia cầm thu thập các năm 2004 - 2009 tại Việt Nam

Antigenic polypeptide neuraminidase (NA) of the avian influenza virus A/H5N1 strains possess a highly variable property at the -NH2 terminal, and this is one of the antigenic variation during evolution. The entire nucleotide sequence (1350 bp) of the neuraminidase (NA) coding for 449 deduced amino acids from 11 A/H5N1 strains isolated in different regions of Vietnam were obtained for comparative analysis. The obtained results revealed that the NA nucleotide sequence for 11 A/H5N1 strains  in this study is 1350 bp in length remaining unchanged since 2003; this was resulted by deletion of 60 nucleotides (20 amino acids) from the fragment of strains isolated prior 2003 (1410 bp NA (N1) gene translated for a peptide of 469 amino acids). There were some drift mutations observed in amino acids sequence of NA derived from the strains collected in 2008 and 2009. Based on twelve major variation sites in NA sequences, 24 strains were clarified to three groups: group I: 2008 - 2009; group II: 2006-2007 and group III: 2004 - 2005. Possibly the NA has evolution time by time to possess several important variations that involved in its pathogenicity in order to easily invade, exist and replicate in humans and animals (HPAI, highly pathogenic avian influenza).Protein kháng nguyên neuraminidase (NA) của các chủng virus cúm A/H5N1 có đặc tính đột biến cao ở phần đầu chuỗi polypeptide (đầu -NH2), đó cũng là một trong những đặc điểm quan trọng của virus cúm gia cầm với sự thay đổi kháng nguyên theo thời gian. Toàn bộ chuỗi nucleotide (1350 bp) và amino acid (449 aa) của gen NA (N1) ở 11 chủng cúm A/H5N1 phân lập phân lập tại các vùng/miền trong cả nước các năm 2004 - 2009 được thu nhận và phân tích so sánh. Phân tích đặc điểm amino acid của 11 chủng này với các chủng đại diện một số địa phương Việt Nam và thế giới, cho thấy, độ dài gen N1 từ năm 2003 đến nay là 1350 bp, đã có sự co ngắn lại do bị xóa đi 60 nucleotide tương ứng 20 amino acid trong gen so với các chủng từ năm 2003 trở về trước. Thành phần amino acid cũng đã có đột biến xảy ra ở một số chủng năm 2008 và 2009. Mười hai vị trí sai khác amino acid giữa các chủng so sánh đã phân định 24 chủng thành 3 nhóm chính: nhóm 2008 - 2009; nhóm 2006 - 2007 và nhóm 2004 - 2005. Như vậy, có thể gen N1 đã có hiện tượng đột biến quan trọng để tạo nên sản phẩm gen N1 có chức năng đặc hiệu cao nhất thích hợp với tính gây bệnh trên người và động vật (HPAI, highly pathogenic avian influenza) ngày càng gia tăng ở virus cúm A/H5N1