ОПЫТ ПРИМЕНЕНИЯ ТЕХНОЛОГИИ «ТБ-ТЕСТ» («БИОЧИП-ИМБ», РОССИЯ) В ДИАГНОСТИЧЕСКОМ АЛГОРИТМЕ

The article analyzes the results of using TB-Test technology (Biochip-IMB, Russia) within the diagnostic procedure for testing clinical specimens with the purpose of tuberculosis diagnostics and drug susceptibility testing in Ural Research Institute of Phthisiopulmonology. The use of this test system is feasible if there are at least 102 cells of tuberculous mycobacteria in 1 ml of the specimen, and there is a high level of multiple drug resistance in the region; and within 2-4 days one test allows detecting mutations associated with resistance to main first and second line TB drugs and performing intraspecific typing of mycobacteria, which is needed for epidemiological monitoring and detection of cases with nosocomial superinfection.Проанализированы результаты включения технологии «ТБ-ТЕСТ» («БИОЧИП-ИМБ», Россия) в алгоритм исследования клинического материала для диагностики туберкулеза и определения лекарственной устойчивости возбудителя в Уральском НИИ фтизиопульмонологии. Использование данной тест-системы целесообразно при наличии не менее 102 клеток микобактерий туберкулеза (МБТ) в 1 мл диагностического материала и высоком уровне множественной лекарственной устойчивости возбудителей в регионе и позволяет за один тест в течение 2-4 дней выявить мутации, ассоциированные с устойчивостью МБТ к основным препаратам 1-го и 2-го рядов, а также провести внутривидовое типирование возбудителя, что необходимо в целях эпидемиологического мониторинга и установления случаев нозокомиальной суперинфекции

Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolate, nonBeijing group, circulating in Ural region

A total of 80 Mycobacterium tuberculosis isolates, nonBeijing genotype from newly detectedTB patients, living in Ural region of Russia, were studied by using MIRU-VNTR typing and spoligotyping.Mutations associated with resistance to isoniazid and rifampicin were detected by microchip technology («TB-Biochip»). The discrimination powers of 15 locus MIRU-VNTR genotyping and spoligotyping were 0,99 and 0,97 respectively. Some MIRU-VNTR clusters may contain isolates with different spoligotypes and may differ in drug mutation. Predominant groups of isolates accordingto MIRU-VNTR data were LAM(31,25%) nUral(26,25%).Методами MIRU-VNTRn сполиготипирования проведено генотипирование 80 изолятов Mycobacterium tuberculosis гpyппы nonBeijing, выделенных от вновь выявленных больных туберкулезом легких - жителей Уральского региона. Мутации, обуславливающие лекарственную устойчивость к рифампицину и изониазиду, были определены тест-системой «ТБ-Биочип». Дискриминирующие способности 15-локусного MIRU-VNTR типирования и сполиготипирования составили 0,99 и 0,97 соответственно. Некоторые VNTR-кластеры могут содержать изоляты различающиеся сполиготипами и спектром мутаций устойчивости к рифампицину и изониазиду. Среди изолятов non-Beijing, по данным MIRU-VNTR типирования,преобладали представители генетических групп: LAM(31.25%) и Ural(26,25%)

The problem for testing tuberculocidal regimes of disinfectants

The results of comparative study of sensitivity to disinfectants of Mycobacteria are given in the article. The results of our study showed that saprophytic MycobacteriumB-5 strain, which had been used for evaluation of tuberculocidal activity of new disinfectants to 2010, is the least resistant than pathogenic mycobacterial species. Therefore in Russia in 2010 M. terrae has been included as atest-Mycobacteria.M. terrae ismore adequate to M. tuberculosis, isolated from ТВ patientsbecause of being resistant to disinfectants.The results of comparative study of sensitivity to disinfectants of Mycobacterium B-5,M. terrae and M. tuberculosisof different genetic families are given in the article. It has been established that MycobacteriumB-5and M. Terraeis less resistance to some disinfectants as compared to genetic families of MBTsuch as Beijing, Ural, Unknown. The tuberculocidal regimeeffectiveness developed with the help M. terraeis to be confirmed by M. tuberculosis.Представлены результаты сравнительной оценки чувствительности микобактерий к воздействию дезсредств (ДС). Показано, что применявшийся до 2010 г. в РФ для отработки туберкулоцидных режимов применения ДС тест-штамм Mycobacterium В-5, является менее резистентным к воздействию ДС, чем патогенные микобактерии. В связи с этим, в 2010 году качестве тест-микобактерий в РФ введен штамм М. terrae kak адекватный по устойчивости клиническим штаммам М. tuberculosis. В статье приводятся результаты сравнительной оценки чувствительности к ДСтест-штаммов Mucobacterium В-5, М. terrae и штаммов М. tuberculosis разных генетических семейств, выделенных от больных туберкулезом. Установлено, что к некоторым ДС не только Mucobacterium В-5, но и М. terrae уступают по устойчивости таким генетическим кластерам М. tuberculosis как Ural, Beijing, Unknown. Следовательно, эффективность туберкулоцидных режимов ДС, в том числе разработанных на М. terrae, желательно подтверждать в отношении клинических штаммов М. Tuberculosis

Генетические особенности возбудителя туберкулеза в Уральском федеральном округе России

The article presents molecular genetic description of isolates of Mycobacterium tuberculosis of 178 new patients and 78 patients who had been previously treated obtained in 2009-2011 on the territory of Urals. PCR in real time and MIRU-VNTR typing of 15 loci detected prevalence of M. tuberculosis of Beijing genotype in the both groups of patients, however the part of Beijing isolates was significantly higher in the group of patients who had been previously treated compared to new patients: 80.8% versus 55.1% (p = 0.0002). IS6110-RFLP-typing showed that the majority of Beijing isolates belonged to B0 clone, clinically and epidemiologically significant in Russia. It was found out that M. tuberculosis Beijing carrying mutations rpoB Ser531→Leu and katG Ser315→Thr played the major role in MDR tuberculosis transmission in Urals. Non-Beijing group was represented by isolates of various spoligotypes and MIRU-VNTR types among which the representatives of the following globally common genetic groups prevailed: LAM (LAM9, T5_RUS), URAL (Н3), Haarlem (H1, X), Т (Т1).Представлена молекулярно-генетическая характеристика изолятов Mycobacterium tuberculosis, полученных в 2009-2011 гг. на территории Урала от 178 ранее не леченных и 78 ранее леченных больных туберкулезом. ПЦР в режиме реального времени и MIRU-VNTR-типирование по 15 локусам выявили доминирование M. tuberculosis генотипа Beijing в обеих группах пациентов, однако доля изолятов Beijing у ранее леченных больных существенно превышала таковую в группе ранее не леченных больных: 80,8% против 55,1% (p = 0,0002). IS6110-RFLP-типирование доказало принадлежность большинства изолятов Beijing к эпидемиологически и клинически значимому в России клону В0. Установлено, что M. tuberculosis Beijing, несущие мутации rpoB Ser531→Leu и katG Ser315→Thr, играют ключевую роль в распространении туберкулеза с МЛУ возбудителя на Урале. Группа non-Beijing была представлена изолятами различных сполиготипов и MIRU-VNTR-типов, среди которых преобладали представители нескольких глобально-распространенных генетических групп LAM (LAM9, T5_RUS), URAL (Н3), Haarlem (H1, X), Т (Т1)

ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ M. TUBERCULOSIS В ЯМАЛО-НЕНЕЦКОМ АВТОНОМНОМ ОКРУГЕ

.

Генетические детерминанты устойчивости МБТ к рифампицину, не включенные в состав отечественных молекулярно-генетических тест-систем

The objective: to study the genetic determinants of rifampicin resistance of Mycobacterium tuberculosis by sequencing the RRDR rpoB gene.Subjects and Methods. The study included 651 M. tuberculosis isolates that were tested for drug suceptibility (DST) by genotypic methods (gDST) TB-TEST (BIOCHIP-IMB, Russia), and Amplitube-MDR-RV (NPK Sintol, Russia) and phenotypic methods (phDST): the absolute concentration method, BACTEC MGIT 960 system, and Sensititre Myco TB kit. Sanger RRDR sequencing of the rpoB gene was performed for 20 isolates with discrepancies in the results of phDST and gDST.Results. As a result of sequencing, two variants of mutations in the RRDR region of the rpoB gene were found, which were not detected by TB-TEST and Amblitub MDR-RV test systems, however were strongly associated with rifampicin resistance of Mycobacterium tuberculosis. The most common variant was the insertion of three nucleotides (TTC) encoding the amino acid phenylalanine at position 434 of the codon (1296-1300insTTC).Цель исследования: изучить генетические детерминанты лекарственной устойчивости МБТ к рифампицину путем секвенирования RRDR гена rpoB.Материалы и методы. В исследование включен 651 изолят M. tuberculosis, тесты на лекарственную устойчивость (ТЛЧ) которых были проведены генотипическими методами (гТЛЧ): TB-TEST (БИОЧИП-ИМБ, Россия) и «Амплитуб-МЛУ-РВ»(НПК Синтол, Россия) и фенотипическими методами (фТЛЧ): метод абсолютных концентраций, система BACTEC MGIT 960, набор Sensititre Myco TB. Для 20 изолятов с расхождениями результатов фТЛЧ и гТЛЧ проведено секвенирование методом Сэнгера RRDR гена rpoB.Результаты. В результате секвенирования обнаружено два варианта мутаций в регионе RRDR гена rpoB, которые не детектируются тест-системами ТБ-ТЕСТ и Амблитуб МЛУ-РВ, но достоверно ассоциированы с устойчивостью МБТ к рифампицину. Наиболее распространенным вариантом явилась вставка трех нуклеотидов (TTC), кодирующих аминокислоту фенилаланин в позиции 434 кодона (1296-1300insTTC)

EXPERIENCE OF USING TB-TEST TECHNOLOGY (BIOCHIP-IMB, RUSSIA) WITHIN THE DIAGNOSTIC PROCEDURE

The article analyzes the results of using TB-Test technology (Biochip-IMB, Russia) within the diagnostic procedure for testing clinical specimens with the purpose of tuberculosis diagnostics and drug susceptibility testing in Ural Research Institute of Phthisiopulmonology. The use of this test system is feasible if there are at least 102 cells of tuberculous mycobacteria in 1 ml of the specimen, and there is a high level of multiple drug resistance in the region; and within 2-4 days one test allows detecting mutations associated with resistance to main first and second line TB drugs and performing intraspecific typing of mycobacteria, which is needed for epidemiological monitoring and detection of cases with nosocomial superinfection

Mycobacterium tuberculosis Load in Host Cells and the Antibacterial Activity of Alveolar Macrophages Are Linked and Differentially Regulated in Various Lung Lesions of Patients with Pulmonary Tuberculosis

Tuberculosis (TB) is a disease caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection with the formation of a broad range of abnormal lung lesions within a single patient. Although host–pathogen interactions determine disease outcome, they are poorly understood within individual lesions at different stages of maturation. We compared Mtb load in a tuberculoma wall and the lung tissue distant from tuberculomas in TB patients. These data were combined with an analysis of activation and bactericidal statuses of alveolar macrophages and other cell subtypes examined both in ex vivo culture and on the histological sections obtained from the same lung lesions. The expression of pattern recognition receptors CD14, CD11b, and TLR-2, transcription factors HIF-1α, HIF-2α, and NF-κB p50 and p65, enzymes iNOS and COX-2, reactive oxygen species (ROS) biosynthesis, and lipid production were detected for various lung lesions, with individual Mtb loads in them. The walls of tuberculomas with insufficient inflammation and excessive fibrosis were identified as being the main niche for Mtb survival (single or as colonies) in non-foamy alveolar macrophages among various lung lesions examined. The identification of factors engaged in the control of Mtb infection and tissue pathology in local lung microenvironments, where host–pathogen relationships take place, is critical for the development of new therapeutic strategies