Visualization of proteomics data using R and bioconductor.

Data visualization plays a key role in high-throughput biology. It is an essential tool for data exploration allowing to shed light on data structure and patterns of interest. Visualization is also of paramount importance as a form of communicating data to a broad audience. Here, we provided a short overview of the application of the R software to the visualization of proteomics data. We present a summary of R's plotting systems and how they are used to visualize and understand raw and processed MS-based proteomics data.LG was supported by the European Union 7th Framework Program (PRIME-XS project, grant agreement number 262067) and a BBSRC Strategic Longer and Larger grant (Award BB/L002817/1). LMB was supported by a BBSRC Tools and Resources Development Fund (Award BB/K00137X/1). TN was supported by a ERASMUS Placement scholarship.This is the final published version of the article. It was originally published in Proteomics (PROTEOMICS Special Issue: Proteomics Data Visualisation Volume 15, Issue 8, pages 1375–1389, April 2015. DOI: 10.1002/pmic.201400392). The final version is available at http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/pmic.201400392/abstract

Selected problems of strength analysis of Koepe pulleys in hoisting machines by the FEM method

Linopędnie maszyn wyciągowych są jednymi z najistotniejszych elementów górniczych wyciągów szybowych. Ze względu na ich istotność w bezpieczeństwie użytkowania dąży się do doskonalenia ich metod obliczeń. W artykule przedstawiono wybrane zagadnienia analizy wytrzymałościowej linopędni przeprowadzone metodą elementów skończonych. Zdefiniowano statyczne i dynamiczne warunki brzegowe. Modelowanie dynamicznych warunków brzegowych omówiono na podstawie autorskiej metody obliczeń obciążeń linopędni. Wyniki obliczeń numerycznych MES zweryfikowano z pomiarami na obiektach rzeczywistych.Koepe pulleys of the hoisting machines are the most important components of mine shaft hoists. As they are important element of shaft hoisting system safety, the method for improvement of their calculations is necessary. The selected problems of Koepe pulley strength analyses by the FEM method are given. Static and dynamic boundary conditions are defined. Modelling of dynamic boundary conditions are discussed basing on the method for Koepe pulley load calculations developed by the authors. The results FEM numerical calculations were verified by the measurements taken on the real objects

Thermal load to exhaust system of mining diesel drives in the aspect of using the catalytic reactor

W artykule przedstawiono wyniki symulacji numerycznych, z wykorzystaniem metod CFD (Computational Fluid Dynamics), przepływu spalin przez reaktor katalityczny zabudowany w układzie wylotowym górniczego napędu spalinowego. Symulacje przeprowadzono pod kątem analizy wpływu zabezpieczenia temperaturowego powierzchni zewnętrznych układu na rozkład temperatury w rdzeniu katalitycznym.The results of numerical simulation of exhaust gases flow through catalytic reactor installed in the exhaust system of mining diesel drive, using the Computational Fluid Dynamics method is presented in the paper. The simulation was made to analyze impact of protection against excessive temperature of external surface of the system on temperature distribution in catalytic core

Numerical analyses of vibrations of conveyance in one-end mine shaft hoist

W artykule przedstawiono wyniki analiz numerycznych drgań wzdłużnych naczynia wyciągowego górniczego wyciągu szybowego jednokońcowego. Analizy wykonano w odniesieniu do parametrów ruchu rzeczywistego wyciągu szybowego wyposażonego w maszynę bębnową podczas głębienia szybu. Przeprowadzono adaptację modelu matematycznego ogólnego górniczego wyciągu szybowego dwunaczyniowego do potrzeb wyciągu jednonaczyniowego. Model zweryfikowano na podstawie wyników badań na obiekcie rzeczywistym, a następnie przeanalizowano wpływ parametrów hamowania bezpieczeństwa na wartość uzyskiwanego opóźnienia naczynia oraz linopędni.Results of numerical analyses of longitudinal vibrations of conveyance of one-end mine shaft hoist are given. The analyses were made with reference to the parameters of real operation of shaft hoist equipped with drum machine during shaft sinking. The mathematical model of two-conveyance mine shaft hoist was adapted to the requirements of single-conveyance shaft hoist. The model was verified by comparison with the results from test on real object, then an impact of parameters of safety braking on deceleration of conveyance and Koepe pulley is analyzed

Present condition and directions of development of Safe Trans Design (STD) system aiding engineering work at auxiliary mine transport planning

W artykule przedstawiono modułowy system wspomagania projektowania transportu kopalnianego STD (Safe Trans Design), opracowany w Instytucie Techniki Górniczej KOMAG, wdrożony i stosowany w Jastrzębskiej Spółce Węglowej S.A. Scharakteryzowano jego poszczególne moduły tematyczne w tym: konfigurator kolejek podwieszonych, moduł obliczeń trakcyjnych oraz moduł analiz kolizyjności 2D. Omówiono kierunki przyszłych prac nad rozwojem systemu.Safe Trans Design (STD) modular system aiding designing of mine transport, which was developed at the KOMAG Institute of Mining Technology, and implemented and used at Jastrzebska Coal Company, JSC, is presented. Its thematic modules, including configurator of suspended monorails, traction calculations module and module for 2D collision analyses, are characterized. Directions of future work on development of the system are discussed

Methods and tools aiding the development of safe technical means for transportation of materials and people

W Laboratorium Metod Wirtualnego Prototypowania ITG KOMAG od szeregu lat prowadzone są prace mające na celu rozwój narzędzi programowych oraz rozwój metod w zakresie wirtualnego prototypowania systemów mechanicznych. W artykule przedstawiono metodę wspomagania projektowania układów pomocniczego transportu kopalnianego oraz metodę służącą do analizy kolizyjności na trasach transportu pomocniczego z użyciem kolejek podwieszonych i spągowych. Zaprezentowano również metody numeryczne stosowane do oceny rozwiązań konstrukcyjnych zawiesi i złączy tras kolejek podwieszonych, ciągników manewrowych oraz kabin operatorów.Work aiming at a development of software tools and methods for virtual prototyping of mechanical systems has been carried out in the Laboratory of Virtual Prototyping Methods at the KOMAG Institute of Mining Technology for many years. Method supporting the designing the auxiliary mine transportation systems and method for analysis of collision possibility on routes of auxiliary transportation by suspended monorails and floor-mounted railways, are presented. Numerical methods used in assessment of design solutions of suspensions and connections of suspended monorails routes, manoeuvring drivetrains and operators' cabins are also given

Numerical analysis of impact load of arch yielding support

Bumping is one of the natural hazards that occur in Polish collieries. It is a common phenomenon but difficult to predict and very often it causes huge losses in mining equipment and roadway structure. Death of miners working underground is most severe result of bumping. To reduce or even to eliminate results of bumping, especially fatal cases, many safety measures have been used. Frame of arch support is one of the measures applied to reduce dangerous results of bumping. Simulation test ofimpact load of arch yielding support was presented in the paper. The simulation of support load was realized in two stages. Static load of frame of yielding arch support was simulated at the first stage. Among others simulation of assembly of arch support components was carried out. Non-linear simulation, including contact phenomena, was conducted for that purpose. First stage of the task was realized in MSC.Marc/Mentat software Structure of yielding arch support was dynamically loaded at the second stage. The forcing corresponded to real dynamic loads that werefound in mine workings. Second stage of the task was realized in MSC.Dytran software The results of simulations carried out at the KOMAG Institute of Mining Technology were compared with the results of tests of arch supports, which were realized at the Central Mining Institute

Some aspects of IR temperature measurements of a disc during experimental investigations of disc brakes

Przedstawiono wybrane wyniki badań hamulca tarczowego na stanowisku laboratoryjnym. W trakcie doświadczeń mierzone były główne parametry procesu hamowania oraz rozkłady temperatury w klocku i na powierzchni tarczy hamulcowej za pomocą kamery termowizyjnej. Zebrane dane pomiarowe stanowią materiał do weryfikacji modeli matematycznych przy numerycznej symulacji działania tego typu hamulców. Głównym tematem tej pracy jest analiza zmian współczynnika emisyjności powierzchni tarczy w warunkach prowadzenia eksperymentów. Znajomość stwierdzonych prawidłowości jest przydatna przy planowaniu i prowadzeniu tego typu badań.Selected results of testing a disc brake on the laboratory stand, Fig. 1, are presented. There were measured the parameters of braking mechanics as well as the temperature distribution in a brake block and on the disc surface. The temperature distribution was determined with use of an infrared camera. The obtained measurement data were used for verification of the mathematical models for numerical simulations of brakes operation. The problems in determination of the disc surface emissivity coefficient and the character of its changeability during experiments at different braking parameters, Figs. 58, were the objectives of the project. The measurements of the emissivity coefficient on the entire disc surface were taken repeatedly, Figs. 2, 3. A correlation between the disc emissivity coefficient and the mechanical parameters of braking was found. Despite the fact that these correlations are qualitative rather than quantitative, they are interesting from the point of view of identification of the braking process as well as of planning such experiments. During the measurements, some interesting practical experience in the field of infrared measurements of temperature of the surface of not high emissivity coefficient was gained. In the project an isothermal protective screen was applied to normalize the radiation impact of the environment on the measurements, Figs 1, 4

Computer aided process of configuration and evaluation of auxiliary mining transport means

W artykule omówiono modułowy system wspomagania projektowania pomocniczego transportu kopalnianego STD (ang. Safe Trans Design) w wersji 2.0, opracowany w Instytucie Techniki Górniczej KOMAG i wdrożony w kopalniach Jastrzębskiej Spółki Węglowej SA. Przedstawiono założenia i strukturę systemu oraz omówiono jego moduły: konfigurator zespołów transportowych, moduł obliczeń trakcyjnych i moduł analizy kolizyjności 2D. System STD stosowany jest w pracach projektowych dotyczących górniczych układów transportowych z wykorzystaniem kolejek podwieszonych i spągowych. Przedstawiono możliwości obliczeń dynamicznych oddziaływania kolejek podwieszonych na trasę jezdną w świetle najnowszych przepisów.The article discusses the STD (Safe Trans Design) modular support system in version 2.0, developed in KOMAG Institute of Mining Technology and implemented in the mines of Jastrzębska Spółka Węglowa SA. The assumptions and structure of the system and its modules have been discussed: the configurator of suspended monorail, the traction calculation module and the 2D collision analysis module. The STD system is used in design works related to mining transport systems with the use of suspended monorails and floor-mounted railways. The possibilities of dynamic calculations of the impact of suspended monorails on the arch road support in the light of the latest regulations are presented