XÂY DỰNG PROBE ĐỂ KHAI THÁC VÀ CHỌN GEN MÃ HÓA XYLAN 1-4 BETA XYLOSIDASE TỪ DỮ LIỆU GIẢI TRÌNH TỰ DNA METAGENOME

Theo phân loại của CAZy, xylan 1-4 beta xylosidase thuộc họ glycoside hydrolase (GH) 1, 3, 31, 39, 43,51, 52, 54, 116, 120. Trong nghiên cứu này, probe được xây dựng dựa trên các trình tự axit amin của enzyme này từ mỗi họ GH đã được nghiên cứu trong thực nghiệm. Các trình tự thu thập để xây dựng probe đảm bảo cùng có nguồn gốc từ vi khuẩn, có các thông tin chi tiết về hoạt tính enzyme, nhiệt độ và pH hoạt động tối ưu. Kết quả các họ GH1, GH3 chỉ tìm được duy nhất 01 trình tự, GH52 tìm được 3 trình tự và GH43 tìm được 11 trình tự đáp ứng các tiêu chí thu thập. Với kết quả tìm kiếm này, chỉ có duy nhấthọ GH43 có đủ số lượng trình tự đáng tin cậy để xây dựng probe. Probe của họ GH43 có độ dài là 507 amino acid, trong đó chứa toàn bộ 7 amino acid hoàn toàn giống nhau ở các trình tự, 32 vị trí giống nhau ở đa số các trình tự và có 30 vị trí giống nhau ở một số trình tự, với độ bao phủ thấp nhất là 60% và độ tương đồng thấp nhất là 30%, điểm tối đa là 17. Sử dụng probe này đã khai thác được 25 trình tự mã hóa xylan 1-4 beta xylosidase từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh vật sống tự do trong ruột mối. So sánh với kết quả chú giải gen dựa trên dữ liệu KEGG của BGI chỉ có 20 trình tự trùng nhau. Kết quả ước đoán cấu trúc bậc ba của các trình tự cho thấy tất cả các trình tự có chỉ số điểm tối đa khi so sánh với probe bằng BLASTP cao trên 100 đều có cấu trúc giống với cấu trúc của xylosidase đã được nghiên cứu. Như vậy, probe này có thể sử dụng để khai thác gen beta - xylosidase từ dữ liệu metagenome khi sử dụng chỉ số điểm tối đa trên 10

NGHIÊN CỨU CỐ ĐỊNH TẾ BÀO NẤM MEN ỨNG DỤNG TRONG LÊN MEN CỒN TỪ RỈ ĐƯỜNG

Các điều kiện cố định tế bào nấm men phù hợp cho quá trình lên men cồn từ rỉ đường bằng phương pháp lên men liên tục đã được khảo sát, bao gồm nồng độ Na-alginate, nồng độ CaCl2, tốc độ dòng chảy tạo hạt, mật độ tế bào trong dung dịch gel. Ngoài ra đã đánh giá được việc tái sử dụng tế bào nấm men cố định trong lên men cồn trên môi trường rỉ đường qua 4 lần lên men. Kết quả cho thấy điều kiện cố định tế bào thích hợp là nồng độ chất mang Na-alginate 3 %, nồng  độ  dung  dịch  tạo  gel CaCl2    2 %, mật  độ  giống  thích  hợp  trong  dịch  chất mang  109  tế bào/ml gel, tốc độ dòng chảy tạo hạt tế bào cố định cho hệ thống tạo hạt 24 kim (đường kính hạt 0,5 cm) là  200 ml/phút. Ngoài ra kết quả đánh giá lên men cho thấy sau 4 lần lên men thì hạt tế bào cố định tái sử dụng vẫn có hoạt lực khá tốt, nồng độ cồn tạo ra chỉ giảm nhẹ (từ 11 %v /v xuống 10,5 % v/v) so với lần đầu sử dụng

XÂY DỰNG BỘ TIÊU CHÍ VÀ ĐÁNH GIÁ ĐẶC ĐIỂM NÔNG SINH HỌC CÂY ĐỊA LIỀN (KAEMPFERIA GALANGAL) TẠI THỪA THIÊN HUẾ

Tóm tắt: Nghiên cứu được tiến hành từ tháng 9 năm 2017 đến tháng 8 năm 2018. Bước đầu đã xây dựng được bộ tiêu chí đánh giá đặc điểm nông sinh học cây địa liền với 30 chỉ tiêu định tính và 18 chỉ tiêu định lượng bao gồm mức độ biểu hiện, điểm đánh giá, thời điểm và phương pháp đánh giá cho mỗi chỉ tiêu. Giống địa liền trồng ở Thừa Thiên Huế có những đặc điểm nổi bật như sau: Thời gian từ trồng đến thu hoạch khoảng 270 ngày; chiều cao cây đạt 17,8 cm, đường kính tán lá đạt 19,6 cm/cây, số lá xanh trên cây đạt 3,0 lá, chiều dài lá đạt 12,8 cm, chiều rộng lá đạt 8,5 cm, bẹ lá màu nhạt, sắc tố antoxyanin của lá và chồi mầm trung bình, lá xanh đậm; hoa có 4 cánh màu trắng, vòi nhụy màu tím, chiều dài cánh hoa đạt   2,7 cm, chiều rộng cánh hoa đạt 3,3 cm; số nhánh trên bụi củ ở năm thứ nhất đạt 12,6 nhánh và ở năm thứ hai đạt 18,1 nhánh, đường kính bụi củ đạt 22,3 cm, đường kính nhánh củ đạt 2,1 cm, chiều dài nhánh củ đạt 4,6 cm, khối lượng nhánh củ đạt 15,9 g, khối lượng bụi củ năm thứ nhất đạt 271,4 g và năm thứ hai đạt 361,9 g, vỏ củ trơn và có màu xám vàng, thịt củ màu trắng ngà; cây có khả năng chịu hạn khá và chịu úng kém.Từ khóa: địa liền, đánh giá, đặc điểm nông sinh học, Thừa Thiên Hu

BIỂU HIỆN GEN XBXS14 MÃ HÓA XYLAN 1,4-Β-XYLOSIDASE CÓ NGUỒN GỐC TỪ VI KHUẨN RUỘT MỐI COPTOTERMES GESTROI TRONG TẾ BÀO ESCHERICHIA COLI ROSETTA (DE3)

Khung đọc mở GL0112518 gồm 1077 nucleotide (còn gọi là Xbxs14) mã hóa xylan 1,4-β-xylosidase kiềm đã được khai thác từ dữ liệu giải trình tự DNA metagenome của vi sinh trong ruột mối. Gen được tổng hợp nhân tạo và gắn vào vector pET22b(+) để tiến hành biểu hiện enzyme dạng tái tổ hợp cho đánh giá tính chất nzyme. Kết quả cho thấy gen được biểu hiện tốt trong ba chủng E. coli BL21, Rosetta (DE3) và JM109 (DE3), trong đó hai chủng E. coli BL21, Rosetta (DE3) thu được sinh khối lớn nhưng hầu hết enzyme nằm ở pha không tan. Bằng cách thay đổi điều kiện biểu hiện bao gồm nồng độ chất cảm ứng IPTG, nhiệt độ nuôi cấy biểu hiện gen và thời gian thu mẫu, một phần nhỏ enzyme đã được biểu hiện ở dạng tan. Điều kiện thích hợp cho việc biểu hiện Xbxs14 trong chủng E. coli Rosetta (DE3) là nuôi cấy lắc trong môi trường LB, cảm ứng ở IPTG 0,05 mM, nhiệt độ 20oC trong 2 ngày. Enzyme tái tổ hợp được biểu hiện ở pha tan (soluble fraction) có hoạt tính của xylosidase, phân cắt liên kết β(1→4) glycoside ở cơ chất pNPX tạo màu vàng đặc trưng của nitrophenyl. Trong 1 lít môi trường nuôi cấy thu được 3,15 U enzyme

THỰC TRẠNG HỢP TÁC, LIÊN KẾT TRONG SẢN XUẤT VÀ TIÊU THỤ LÚA HỮU CƠ Ở XÃ THỦY PHÙ, THỊ XÃ HƯƠNG THỦY, THỪA THIÊN HUẾ

Tóm tắt: Nghiên cứu này đánh giá thực trạng hợp tác, liên kết của nông hộ trong sản xuất và tiêu thụ lúa hữu cơ tại xã Thủy Phù, thị xã Hương Thủy, Thừa Thiên Huế. Số liệu sơ cấp được thu thập thông qua khảo sát 60 hộ sản xuất lúa hữu cơ bằng bảng hỏi bán cấu trúc. Kết quả nghiên cứu cho thấy rằng khoảng 80% lúa hữu cơ được tiêu thụ thông qua hợp đồng, tỉ lệ hộ thực hiện theo hợp đồng chiếm tỉ lệ 98%. Liên kết giữa nông hộ sản xuất lúa hữu cơ là liên kết miệng, chưa chặt chẽ; liên kết này thực hiện chủ yếu thông qua trao đổi thông tin về kỹ thuật sản xuất; việc trao đổi thông tin về đầu vào và đầu ra chưa được nông hộ quan tâm. Liên kết giữa hộ với doanh nghiệp được thực hiện qua qua hợp đồng và khá chặt chẽ. Ngoại trừ điều khoản về xử lý rủi ro, các điều khoản về giá cả, phương thức thanh toán, số lượng và chất lượng sản phẩm, và phương thức giao nhận được đánh giá khá chặt chẽ trong hợp đồng. Các dịch vụ đầu vào, đầu ra và giá cả sản phẩm trong liên kết sản xuất và tiêu thụ lúa hữu cơ ở vùng nghiên cứu tốt hơn so với sản xuất lúa thường. Từ khóa: nông hộ trồng lúa, hợp tác, liên kết, hợp đồng, lúa hữu cơ 

PHÂN TÍCH HỆ PHIÊN MÃ VÀ SÀNG LỌC MỘT SỐ GEN GIẢ ĐỊNH LIÊN QUAN TỚI TÍNH TRẠNG TĂNG TRƯỞNG Ở TÔM SÚ (PENAEUS MONODON)

Tôm sú (Penaeus monodon) là loài thủy sản nuôi trồng đem lại nguồn lợi lớn cho quốc gia. Trong những năm gần đây, xuất khẩu tôm sú có thể đạt gần một tỷ USD/năm. Tuy nhiên, các dữ liệu về hệ gen và hệ phiên mã của tôm sú còn hạn chế khiến cho việc nghiên cứu phục vụ cho việc chọn tạo giống với những tính trạng quan trọng như tăng trưởng nhanh, kháng bệnh còn gặp nhiều khó khăn. Giải trình tự và phân tích hệ phiên mã tôm sú sẽ cung cấp các dữ liệu quan trọng cho công tác chọn giống tôm sú. Trong nghiên cứu này, từ gói dữ liệu giải trình tự thế hệ mới mô cơ và mô gan tụy tôm sú thu nhận từ vùng biển Bắc Trung Bộ Việt Nam, chúng tôi đã đánh giá, tiền xử l. và lắp ráp de novo hệ phiên mã, tinh sạch và thu được 17.406 unigene với kích thước trung bình là 403,06 bp, N50 là 402 bp. Toàn bộ các unigene trong hệ phiên mã tinh sạch được chú giải với 4 cơ sở dữ liệu khác nhau và đã sàng lọc được 51 unigene liên quan đến tính trạng tăng trưởng. Phân tích biểu hiện cho thấy 16.148 unigene có sự biểu hiện khác biệt giữa mô cơ và mô gan tụy. Những kết quả này sẽ là nguồn dữ liệu hữu ích về hệ phiên mã tôm sú và có thể được áp dụng cho nhiều nghiên cứu tiếp theo đặc biệt trong việc sàng lọc các chỉ thị phân tử liên kết với những tính trạng có . nghĩa kinh tế quan trọng ở tôm sú

ĐÁNH GIÁ THỰC TRẠNG SẢN XUẤT HÀNH TĂM (ALLIUM SCHOENOPRASUM) TRÊN CÁC VÙNG ĐẤT CÁT VEN BIỂN TỪ NĂM 2010 ĐẾN 2014 TẠI QUẢNG TRỊ

Nghiên cứu của chúng tôi được tiến hành nhằm đánh giá thực trạng, phát hiện những hạn chế tạo cơ sở cho việc đề xuất các giải pháp hữu hiệu thúc đẩy phát triển sản xuất ném trên đất cát ven biển tỉnh Quảng Trị bền vững. Kết quả nghiên cứu cho thấy: 1) Diện tích trồng ném củ của các hộ đạt 232,4-486,9 m2/hộ (2010) và tăng lên 349,7-785,3 m2/hộ (2014). Năng suất ném giữa các nhóm hộ năm 2010 là 265,9-315,8 kg/sào và tăng lên 294,3-319,7 kg/sào năm 2014; 2) Thời vụ trồng ném từ 01/9 đến 20/9 và mật độ trồng 84-118 củ/m2; 3) Đa số các hộ bón thúc phân dưới 5 lần/vụ, phun thuốc bảo vệ thực vật dưới 3 lần/vụ, làm cỏ trên 3 lần/vụ và không tưới nước cho ném; 4) Sâu bệnh hại chính trên cây ném năm 2012-2014 là Stemphylium botrysum, Sclerotium rolfsii, Erwinia carotovora, Spedoptera exigua và Spedoptera litura; 5) Trên cùng diện tích, nhóm hộ giàu-khá sử dụng phân hữu cơ và phân đạm nhiều hơn nhóm hộ nghèo nhưng chi phí thuốc bảo vệ thực vật thấp hơn. Nhóm hộ giàu-khá chủ yếu bảo quản ném củ sau thu hoạch 3-6 tháng rồi bán (79,5%) còn nhóm hộ nghèo chủ yếu bán ném cây (65,6%); 6) Mỗi ha ném cho lãi ròng 156,16 triệu đồng/ha, cao gấp từ 3,5-5,0 lần so với nhiều cây trồng khác như khoai lang, đậu đỗ, dưa các loại