Probing DNA conformational changes with high temporal resolution by Tethered Particle Motion

The Tethered Particle Motion (TPM) technique informs about conformational changes of DNA molecules, e.g. upon looping or interaction with proteins, by tracking the Brownian motion of a particle probe tethered to a surface by a single DNA molecule and detecting changes of its amplitude of movement. We discuss in this context the time resolution of TPM, which strongly depends on the particle-DNA complex relaxation time, i.e. the characteristic time it takes to explore its configuration space by diffusion. By comparing theory, simulations and experiments, we propose a calibration of TPM at the dynamical level: we analyze how the relaxation time grows with both DNA contour length (from 401 to 2080 base pairs) and particle radius (from 20 to 150~nm). Notably we demonstrate that, for a particle of radius 20~nm or less, the hydrodynamic friction induced by the particle and the surface does not significantly slow down the DNA. This enables us to determine the optimal time resolution of TPM in distinct experimental contexts which can be as short as 20~ms.Comment: Improved version, to appear in Physical Biology. 10 pages + 10 pages of supporting materia

Desempenho agronômico e estabilidade fenotípica de híbridos de sorgo granífero.

O sorgo granífero é uma das culturas que vêm apresentando significativo aumento de produtividade e área plantada no Brasil, com isso vem a importância de cultivares com rendimento estável. O trabalho teve o objetivo de avaliar o rendimento de grãos e a interação entre genótipos e ambiente (GxA) de 25 híbridos simples de sorgo granífero, em distintos ambientes. Para o estudo, foram conduzidos sete experimentos: um em Acreúna-GO, um em Itumbiara-GO, três com diferentes saturações por alumínio, em Sete Lagoas-MG, um em Vilhena-RO e um em Teresina-PI. Os experimentos seguiram o delineamento de blocos casualizados, com três repetições. Os genótipos avaliados foram: 0307401; 0090061; 0307363; 0307343; 0090035; 0307509; 0307421; 0307511; 0307541; 0577393; 0144015; 0307167; 0144013; 0307689; 9920045; 0307561; 307671; 0577337; 0441347 e 0577335, esses provenientes do programa de melhoramento genético da Embrapa Milho e Sorgo e as cultivares comerciais 1G220; Dow 822; BRS 308; 1G150 e BRS 310. Para a avaliação estatística, foi realizada a análise de variância e teste F. Para a realização de comparações múltiplas de médias, foi realizado o teste de Scott & Knott (1974) e a estabilidade fenotípica foi mensurada pela análise de Annicchiarico (1992). O rendimento de grãos foi dependente do ambiente. Os híbridos 0307689, 0307671, 1G220 0307343, 1G150, 0307363, BRS 308, 0009061, 9920045, BRS 310, 0307541 0441347, 0144015, 0307421 e 0307401,obtiveram destaque, por possuírem rendimento de grãos superior à média geral (4,10 t.ha-1) e apresentaram maior estabilidade fenotípica, considerando todos os ambientes

Sorgo sacarino em diferentes arranjos de plantas e localidades de Minas Gerais, Brasil.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a produtividade e a qualidade do caldo de cultivares de sorgo sacarino em diferentes arranjos de plantas. Foram instalados experimentos em três localidades no estado de Minas Gerais, Brasil. Em cada local, o experimento foi conduzido conforme o delineamento experimental em blocos casualizados, em esquema fatorial 2 x 4 x 4 x 3 com quatro repetições, sendo duas cultivares (BRS 506 e BRS 507), quatro densidades de plantas (100, 140, 180 e 220 mil plantas ha-1), quatro espaçamentos entre linhas (50, 70, 90 e 110 cm) e três localidades do estado de Minas Gerais (Nova Porteirinha, Leme do Prado e Jaíba). Foram analisados altura das plantas, produtividade de massa fresca, massa do caldo e Brix do caldo. O aumento da população proporciona maiores produtividade de massa fresca e massa do caldo nas duas cultivares. A localidade afeta a produtividade de massa fresca e a massa do caldo e o Brix do sorgo sacarino independente do arranjo de plantas. A redução do espaçamento proporciona maiores produtividade de massa fresca e massa do caldo em função do local

Desempenho agronômico de híbridos de sorgo granífero cultivados na safrinha em Sete Lagoas.

Em diversas regiões do Brasil as condições climáticas possibilitam o cultivo de duas safras anuais, sendo a segunda denominada de safrinha e se caracteriza muitas vezes pela ocorrência de restrição hídrica durante o período de desenvolvimento da cultura, necessitando assim, do cultivo de espécies que possuam características de resistência a seca, como exemplo, sorgo e milheto. No presente trabalho objetivou-se avaliar o desempenho de híbridos de sorgo granífero cultivados na safrinha de 2010 em Sete Lagoas-MG. Para tanto foi instalado um experimento com 25 híbridos de sorgo granífero no delineamento em blocos ao acaso com três repetições. Após realização do teste de análise de variância foi realizado o agrupamento dos genótipos por meio do teste de Scott-Knott para as características florescimento, altura, peso de panícula e peso de grãos. A análise de peso de grãos gerou três grupos de médias, em que os híbridos pertencentes ao grupo de maior produção produziram em média 61 sacas/ha, valor bem expressivo para produtividade de sorgo em safrinha, uma vez que a média brasileira é de aproximadamente 50 sacas/ha