EBV Genome Mutations and Malignant Proliferations

The Epstein-Barr virus (EBV) is a DNA virus with a relatively stable genome. Indeed, genomic variability is reported to be around 0.002%. However, some regions are more variable such as those carrying latency genes and specially EBNA1, -2, -LP, and LMP1. Tegument genes, particularly BNRF1, BPLF1, and BKRF3, are also quite mutated. For a long time, it has been considered for this ubiquitous virus, which infects a very large part of the population, that particular strains could be the cause of certain diseases. However, the mutations found, in some cases, are more geographically restricted rather than associated with proliferation. In other cases, they appear to be involved in oncogenesis. The objective of this chapter is to provide an update on changes in viral genome sequences in malignancies associated with EBV. We focused on describing the structure and function of the proteins corresponding to the genes mentioned above in order to understand how certain mutations of these proteins could increase the tumorigenic character of this virus. Mutations described in the literature for these proteins were identified by reporting viral and/or cellular functional changes as they were described

Front Microbiol

Since 2021, 3 variants of concern (VOC) have spread to France, causing successive epidemic waves. To describe the features of Alpha, Delta and Omicron VOC circulation in the Nouvelle-Aquitaine region, France, between February 2021 and February 2022. Data from the three university hospitals (UH) of Nouvelle-Aquitaine were used to describe regional SARS-CoV-2 circulation (RT-PCR positive rates and identified VOC) as well as its consequences (total number of hospitalizations and admissions in intensive care unit). They were analyzed according to the predominant variant and compared with national data. A total of 611,106 SARS-CoV-2 RT-PCR tests were performed in the 3 Nouvelle-Aquitaine UH during the study period. The 37,750 positive samples were analyzed by variant-specific RT-PCR or whole-genome sequencing. In 2021, Alpha VOC was detected from week 5 until week 35. Delta became the most prevalent variant (77.3%) in week 26, reaching 100% in week 35. It was replaced by Omicron, which was initially detected week 48, represented 77% of positive samples in week 52 and was still predominant in February 2022. The RT-PCR positive rates were 4.3, 4.2, and 21.9% during the Alpha, Delta and Omicron waves, respectively. The ratio between intensive care unit admissions and total hospitalizations was lower during the Omicron wave than during the two previous waves due to the Alpha and Delta variants. This study highlighted the need for strong regional cooperation to achieve effective SARS-CoV-2 epidemiological surveillance, in close association with the public health authorities

La vaccination (histoire et conséquences épidémiologiques)

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Intérêt des probiotiques dans le traitement de la vaginose bactérienne

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Le point sur les infections à rotavirus, papillomavirus et virus de la varicelle et du zona, et leur prévention par la vaccination

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Les infections humaines à virus chikungunya (état des lieux)

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Bilan des méningites et encéphalites à entérovirus diagnostiquées en 2005-2006 au Centre Hospitalier Universitaire de Limoges

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Clostridium difficile (analyse d'un cluster de gènes codant pour des protéines de surface)

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Réactivation de l'herpèsvirus humain de type 6 (HHV-6) (outils de détection et mécanismes moléculaires)

L'herpèsvirus humain de type 6 (HHV-6) est un virus très répandu qui reste dans l'organisme sous une forme latente après la primo-infection. Cette latence virale est entrecoupée d'épisodes de réactivation, s'accompagnant d'une production de nombreuses particules infectieuses. La réactivation semble anodine chez le sujet sain, mais peut être très grave dans différents contextes d'immunodépression, notamment après transplantation, A l'heure actuelle, les mécanismes permettant le maintien de la latence ou à l'inverse ceux entraînant la réactivation sont inconnus. L'objectif de ce travail de thèse était double. Dans un premier temps, des outils moléculaires permettant la détection de la multiplication d'HHV-6 ont été développés. Pour cela une technique de quantification par PCR en temps réel a été mise au point. De même la détection des ARNm du virus associés à sa réplication par une RT-PCR a été réalisée. Afin de tester ces outils de détection dans un contexte de réactivation, elles ont été appliquées à des prélèvements sanguins de patients transplantés. Les deux méthodes se sont alors révélées efficace pour mettre en évidence la réactivation d'HHV-6. Puis dans un deuxième temps, l'effet de l'expression du facteur de transcription NF- B sur la transcription des gènes très précoces du virus a été recherché. Pour cela, un super-répresseur de NF- B (I BaMut) a été transfecté dans des cellules favorables à la croissance virale. En inhibant la voie canique de signalisation de NF- B, une diminution de la réplication du virus, mise en évidence par une baisse de la transcription des ARNm viraux à l'aide d'une technique de RT-PCR quantitative et par une réduction du nombre de cellules en immunofluorescence, a été observée. Un rôle important du facteur de transcription NF- B dans la multiplication du virus HHV-6 a ainsi été démontréLIMOGES-BU Sciences (870852109) / SudocSudocFranceF

Rechutes d'infections à clostridium difficile (étude clinique sur 3 ans au CHU de Limoges)

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