Expeditionsrapport SPRAS 2020-2021

I rapporten presenteras resultat från de två första åren (2020 och 2021) av den svenska delen av den internationella surveyen Sprat Acoustic Survey (SPRAS-Swe,) i Östersjön. Surveyen har pågått sedan 2001, men Sveriges deltagande började först 2020 efter leveransen av Sveriges nya forskningsfartyg R/V Svea. Expeditionens huvudsyfte är att ta fram fiskerioberoende data på förekomst i antal av skarpsill och sill. Dessa data tillsammans med andra nationers data utgör en grund i bestånduppskattningsarbetet som görs inom ICES arbetsgrupp WGBFAS. Vår målsättning är att testa möjligheten att se SPRAS-Swe som en ekosystemsurvey vilket innebär att utöver den datainsamling som krävs enligt manual även samla in annan typ av data för att öka kunskapen kring ekosystemet Östersjön. Målet är också att utveckla insamlings- och analysmetoder för att på sikt minska dödligheten av fisk

Expeditionsrapport SPRAS 2022 : Ekosystemundersökning i Östersjön

Denna rapport presenterar resultat för Östersjön 2022 från den svenska delen av den internationella undersökningen Sprat Acoustic Survey (SPRAS-Swe). Den internationella undersökningen har pågått sedan 2001, men Sveriges deltagande började först 2020 i och med leveransen av Sveriges nya forskningsfartyg R/V Svea. Undersöknigens syfte är att samla in fiskerioberoende data för beräkning av mängden skarpsill och sill i Östersjön. Det sammanställda resultatet utgör grunden för arbetet med beståndskattning av sill och skarpsillinom ICES arbetsgrupp WGBFAS. I en pilotstudie har vi därtill undersökt möjligheten att utnyttja SPRAS-Swe som en ekosystemexpedition vilket inneburit att utöver den datainsamling som krävs för arbetet med beståndsskattning av sill och skarpsill (WGBFAS) även registrera andra typer av insamlade data för att öka kunskapen kring ekosystemet Östersjön. Ytterligare en målsättning har varit att utveckla insamlings- och analysmetoder för att på sikt minska dödligheten av fisk i samband med vetenskapliga undersökningar

Expeditionsrapport kusttrålundersökningen 2020

Den årliga kusttrålundersökningen längs den västsvenska skärgården sträcker sig från utsjöbanken Fladen i Kattegatt i söder till Singlefjorden vid norska gränsen i norr. Undersökningen har utförts årligen sedan 2001 med syftet är att inventera artsammansättningen och rekryteringen hos fisk i allmänhet samt förekomst av stor torsk i synnerhet. Kusttrålundersökningen tillför också grundläggande data avseende indikatorer för kustfiskarter inom ramen för arbetet med Havsmiljödirektivet. År 2020 utfördes kusttrålningen under 9 dagar mellan den 31 augusti och 10 september. Totalt trålades 33 stationer varav 8 låg i utsjön och 25 vid kusten. Endast en torsk över 40 cm fångades, dock var längdfördelningen av torsk över 20 cm per timme högre än vid föregående år, både vid kusten och i utsjön

Ecosystem mapping in the Central Arctic Ocean (CAO) during the MOSAiC Expedition

As a result of global warming, the marine ecosystem around the North Pole, the Central Arctic Ocean (CAO), is in fast transition from a permanently to a seasonally ice-covered ocean. The sea-ice loss will enable summer access to the CAO for non-icebreaking ships, including fishery vessels, in the near future. However, the lack of knowledge on the CAO ecosystem impedes any assessment of the sustainability of potential future fisheries in the CAO. Taking a precautionary approach, nine countries and the EU established in 2021 the Agreement to Prevent Unregulated High Seas Fisheries in the Central Arctic Ocean, which a.o. includes mapping and monitoring of the CAO ecosystem before any commercial fishery is initiated. To reduce the existing lack of knowledge, the EFICA Consortium participated, together with ca. 250 on-board scientists, in sampling and data collection of ecosystem data during four legs of the international MOSAiC expedition in 2019-2020. This report describes the field work performed by the EFICA scientists using water-column acoustics, deep-sea video recording, and fish and eDNA sampling for targeting zooplankton and fish. Further ecosystem data (physical, chemical and biological) were collected by the EFICA scientists in collaboration with other scientists on-board. Together with this report, a metadata database containing lists of all collected samples and data that are relevant for future fishery assessment studies was delivered to the European Commission

Rapport för 2018 års kusttrålningsundersökning av kustnära fiskbestånd längs den svenska västkusten

Kusttrålningar har genomförts längs svenska kusten i Västerhavet sedan 2001. En huvudsaklig målsättning sedan starten har varit att övervaka utvecklingen av lokala bestånd och kustkomponenter av bestånd för ett urval av fiskarter med särskild fokus på torsk. Sedan 2009 är provtagningen fokuserad till kustavsnittet med skärgård mellan Fladen banken i söder och Singlefjorden i norr och sedan 2013 är provtagningen anpassad för att även övervaka fisksamhällets utveckling för Havsmiljödirektivet vad det gäller biologisk mångfald och marina näringsvävar. Årets kusttrålning genomfördes den 3-13 september 2018 då sammanlagt 32 trålstationer besöktes i norra Västerhavet. I kustområden gjordes 24 tråldrag och i utsjön gjordes åtta tråldrag. Fångsterna av torsk längs kusten under 2018 låg i stort sätt på samma låga nivå som föregående år. Förekomsten av stor könsmogen torsk längs kusten var fortsatt mycket låg; den största torsken som fångades i kustområdena under 2018 var 56 cm lång och fångades i Askeröfjorden. Fångsterna av torsk i utsjön under 2018 indikerar i jämförelse med 2017 års provtagning en fortsatt minskning. Fångsterna av torsk i utsjön 2018 var de lägsta som registrerats sedan provtagningen började. Vitling är en av de vanligaste fiskarterna som fångas i kusttrålningen under de senaste åren (2013-2018). De negativa trenderna för vitling både i utsjön och i kustområdena fortsatte under 2018 på samma sätt som under 2017. Fångstnivåerna för kolja i kustområdena var på en liknande nivå som under 2017 års kusttrålning samtidigt som koljan i utsjön befann sig på den lägsta nivå som registrerats sedan kusttrålningen startade. Generellt, vad det gäller torskfiskar så utgjordes fångsterna nästan uteslutande av juvenil fisk. Två arter av rocka fångades – knaggrocka och klorocka. Totalt fångades 48 olika fiskarter

Unexpected fish and squid in the central Arctic deep scattering layer

The retreating ice cover of the Central Arctic Ocean (CAO) fuels speculations on future fisheries. However, very little is known about the existence of harvestable fish stocks in this 3.3 million–square kilometer ecosystem around the North Pole. Crossing the Eurasian Basin, we documented an uninterrupted 3170-kilometer-long deep scattering layer (DSL) with zooplankton and small fish in the Atlantic water layer at 100- to 500-meter depth. Diel vertical migration of this central Arctic DSL was lacking most of the year when daily light variation was absent. Unexpectedly, the DSL also contained low abundances of Atlantic cod, along with lanternfish, armhook squid, and Arctic endemic ice cod. The Atlantic cod originated from Norwegian spawning grounds and had lived in Arctic water temperature for up to 6 years. The potential fish abundance was far below commercially sustainable levels and is expected to remain so because of the low productivity of the CAO

Analysis of host-pathogen gene association networks reveals patient-specific response to streptococcal and polymicrobial necrotising soft tissue infections

Background: Necrotising soft tissue infections (NSTIs) are rapidly progressing bacterial infections usually caused by either several pathogens in unison (polymicrobial infections) or Streptococcus pyogenes (mono-microbial infection). These infections are rare and are associated with high mortality rates. However, the underlying pathogenic mechanisms in this heterogeneous group remain elusive. Methods: In this study, we built interactomes at both the population and individual levels consisting of host-pathogen interactions inferred from dual RNA-Seq gene transcriptomic profiles of the biopsies from NSTI patients. Results: NSTI type-specific responses in the host were uncovered. The S. pyogenes mono-microbial subnetwork was enriched with host genes annotated with involved in cytokine production and regulation of response to stress. The polymicrobial network consisted of several significant associations between different species (S. pyogenes, Porphyromonas asaccharolytica and Escherichia coli) and host genes. The host genes associated with S. pyogenes in this subnetwork were characterised by cellular response to cytokines. We further found several virulence factors including hyaluronan synthase, Sic1, Isp, SagF, SagG, ScfAB-operon, Fba and genes upstream and downstream of EndoS along with bacterial housekeeping genes interacting with the human stress and immune response in various subnetworks between host and pathogen. Conclusions: At the population level, we found aetiology-dependent responses showing the potential modes of entry and immune evasion strategies employed by S. pyogenes, congruent with general cellular processes such as differentiation and proliferation. After stratifying the patients based on the subject-specific networks to study the patient-specific response, we observed different patient groups with different collagens, cytoskeleton and actin monomers in association with virulence factors, immunogenic proteins and housekeeping genes which we utilised to postulate differing modes of entry and immune evasion for different bacteria in relationship to the patients’ phenotype.publishedVersio

Baltic International Fish Survey Working Group (WGBIFS)

The Baltic International Fish Survey Working Group (WGBIFS) plans, coordinates, and imple-ments demersal trawl surveys and hydroacoustic surveys in the Baltic Sea including the Baltic International Acoustic Survey (BIAS), the Baltic Acoustic Spring Survey (BASS), and the Baltic International Trawl Surveys (BITS) in the 1st and 4th quarter on an annual basis. The group com-piles results from these surveys and provides the herring, sprat, cod and flatfish abundance in-dices for the Baltic Fisheries Assessment Working Group (WGBFAS) to use as tuning fleets. In 2023, WGBIFS completed the following tasks: (1) compiled survey results from 2022 and the first half of 2023, (2) planned and coordinated all Baltic fish stocks assessment relevant surveys for the second half of 2023 and the first half of 2024, (3) updated the common survey manuals according to decisions made during the annual WGBIFS meeting. Data from the recent BITS was added to the ICES Database of Trawl Surveys (DATRAS). The Tow-Database was corrected and updated. The Access-databases for aggregated acoustic data and the ICES database of acoustic-trawl surveys for disaggregated data were updated. All countries registered collected litter ma-terials to DATRAS. The area coverage and the number of control hauls in the BASS, BIAS and GRAHS in 2022 were considered to be appropriate to the calculation of tuning indices and the data can be used for the assessment of Baltic herring and sprat stocks. The number of valid hauls accomplished during the 4th quarter 2022 and 1st quarter 2023 BITS were considered by the group as appropriate to tuning series and the data can be used for the assessment of Baltic and Kattegat cod and flatfish stocks. BIAS and BASS survey sampling variance calculation questions were discussed and standard deviation for Central Baltic herring acoustic index series calculated. In comparison exercises between the StoX survey computational method and traditional IBAS calculation methods it was found that the StoX project, developed for the WGBIFS, has small methodological differences compared to the standard calculation method used by the group, as specified in the Manual for the International Baltic Acoustic Surveys (IBAS), and is thereby caus-ing a small difference in the total number of herring and sprat., The work with transition to a more transparent calculation software (e.g. StoX) will continue during the next period with more thorough analysis of calculation methodologies. A further comparison exercise between the StoX method and traditional Gulf of Riga Herring Survey calculation method was performed using data from 11 last years. It showed no major differences in herring total abundance estimates for most of the years. However, notable differ-ences were in the age compositions of those two methods. Some errors and differences in input data (uploaded into the ICES database) were found and therefore the further analysis was post-poned until these issues are fixed. WGBIFS is planning to continue with analogical comparison exercises in the coming years before the final transition to a transparent reproducible pathway into the ICES Transparent Assessment Framework (TAF) can be done. Work towards transitioning to TAF will continue during the next 3-year period until all methodological and database differences are resolved. Inquiries from other ICES expert groups were discussed and addressed