ANÁLISE COMPARATIVA DE PERFIS LONGITUDINAIS DE AFLUENTES DO RIO TIBAGI (PR)

O presente artigo faz uma análise morfométrica comparativa entre 12 afluentes localizados ao longo de um percurso de 108 km da porção média e alta do rio Tibagi (PR), com o objetivo de localizar anomalias ligadas à neotectônica. Os rios foram divididos de acordo com seu substrato rochoso, e as maiores anomalias foram identificadas nos cursos do Gr Itararé, que podem estar associadas às estruturas ou falhas ativas

USO E OCUPAÇÃO DO SOLO NO RIO PARAGUAI SUPERIOR

A análise da evolução do uso e ocupação do solo foi realizada a partir de referências bibliográficas e análise multitemporal de imagens de satélite. A abordagem efetuada permitiu analisar os anos de 1977 e 2007 evidenciando os valores de todas as classes. Foi observado que a área de vegetação diminuiu para menos de um terço em 2007. As áreas de pastagem ocupavam um quarto da área e passaram a um décimo dela ao longo dos trinta anos estudados, enquanto as áreas de agricultura aumentaram de um décimo para quase um terço

IDENTIFICAÇÃO DE ANOMALIAS DE DRENAGEM NO ALTO/MÉDIO TIBAGI, PR, POR MEIO DO ÍNDICE RELAÇÃO DECLIVIDADE-EXTENSÃO – RDE

O presente artigo faz uma análise do perfil longitudinal de um segmento de 108km do alto/médio Tibagi, situado entre os municípios de Tibagi (PR) e Telêmaco Borba (PR) e da aplicação do Índice RDE, com o objetivo de identificar áreas anômalas. O segmento geral foi dividido em 27 trechos, dos quais foram obtidas 12 anomalias de 2º ordem, sendo 8 moderadas, 2 altas e 2 altíssimas. Das 2 altíssimas, 1 ainda não possui um motivo anômalo aparente, o que pode indicar a existência de neotectônica

A ANÁLISE MORFOMÉTRICA DA BACIA HIDROGRÁFICA DO CÓRREGO ÁGUA DA MARILENA: UMA CONTRIBUIÇÃO PARA À GESTÃO AMBIENTAL DAS BACIAS HIDROGRÁFICAS DO EXTREMO NOROESTE DO ESTADO DO PARANÁ

A bacia hidrográfica como unidade territorial tem sido tomada como célula básica do planejamento e gerenciamento ambiental. Neste intuito, apresenta-se os resultados do estudo desenvolvido na bacia do Córrego Água da Marilena a partir do pressuposto geossistêmico (BERTRAND, 2007) e dos parâmetros morfométricos (CHRISTOFOLETTI, 1980) no sentido de auxiliar as tomadas de decisões na sua área de drenagem e subsidiar à gestão ambiental de bacias hidrográficas no extremo Noroeste do Estado do Paraná

Kinase Inhibitor Profile For Human Nek1, Nek6, And Nek7 And Analysis Of The Structural Basis For Inhibitor Specificity

Human Neks are a conserved protein kinase family related to cell cycle progression and cell division and are considered potential drug targets for the treatment of cancer and other pathologies. We screened the activation loop mutant kinases hNek1 and hNek2, wild-type hNek7, and five hNek6 variants in different activation/phosphorylation statesand compared them against 85 compounds using thermal shift denaturation. We identified three compounds with significant Tm shifts: JNK Inhibitor II for hNek1(Ä262-1258)-(T162A), Isogranulatimide for hNek6(S206A), and GSK-3 Inhibitor XIII for hNek7wt. Each one of these compounds was also validated by reducing the kinases activity by at least 25%. The binding sites for these compounds were identified by in silico docking at the ATP-binding site of the respective hNeks. Potential inhibitors were first screened by thermal shift assays, had their efficiency tested by a kinase assay, and were finally analyzed by molecular docking. Our findings corroborate the idea of ATP-competitive inhibition for hNek1 and hNek6 and suggest a novel non-competitive inhibition for hNek7 in regard to GSK-3 Inhibitor XIII. Our results demonstrate that our approach is useful for finding promising general and specific hNekscandidate inhibitors, which may also function as scaffolds to design more potent and selective inhibitors.20111761191Rubin, G.M., Yandell, M.D., Wortman, J.R., Gabor Miklos, G.L., Nelson, C.R., Hariharan, I.K., Fortini, M.E., Fleischmann, W., Comparative genomics of the eukaryotes (2000) Science, 287, pp. 2204-2215Johnson, L.N., Lowe, E.D., Noble, M.E., Owen, D.J., The Eleventh Datta Lecture. The structural basis for substrate recognition and control by protein kinases (1998) FEBS Lett., 430, pp. 1-11Hanks, S.K., Eukaryotic protein kinases (1991) Curr. Opin. Struct. Biol., 1, pp. 369-383Jeffrey, P.D., Russo, A.A., Polyak, K., Gibbs, E., Hurwitz, J., Massagué, J., Pavletich, N.P., Mechanism of CDK activation revealed by the structure of a cyclinA-CDK2 complex (1995) Nature, 376, pp. 313-320Yamaguchi, H., Hendrickson, W.A., Structural basis for activation of human lymphocyte kinase Lck upon tyrosine phosphorylation (1996) Nature, 384, pp. 484-489Canagarajah, B.J., Khokhlatchev, A., Cobb, M.H., Goldsmith, E.J., Activation mechanism of the MAP kinase ERK2 by dual phosphorylation (1997) Cell, 90, pp. 859-869Hubbard, S.R., Crystal structure of the activated insulin receptor tyrosine kinase in complex with peptide substrate and ATP analog (1997) EMBO J, 16, pp. 5572-5581Fry, A.M., O'Regan, L., Sabir, S.R., Bayliss, R., Cell cycle regulation by the NEK family of protein kinases (2012) J. Cell Sci., 125, pp. 4423-4433Meirelles, G.V., Perez, A.M., Souza, E.E., Basei, F.L., Papa, P.F., Melo Hanchuk, T.D., Cardoso, V.B., Kobarg, J., "Stop Ne(c)king around": How systems biology can help to characterize the functions of Nek family kinases from cell cycle regulation to DNA damage response (2014) World J. Biol. Chem., 5, pp. 141-160Fry, A.M., Mayor, T., Meraldi, P., Stierhof, Y.D., Tanaka, K., Nigg, E.A., C-Nap1, a novel centrosomal coiled-coil protein and candidate substrate of the cell cycle-regulated protein kinase Nek2 (1998) J. Cell Biol., 141, pp. 1563-1574Quarmby, L.M., Mahjoub, M.R., Caught nek-ing: Cilia and centrioles (2005) J. Cell Sci., 118, pp. 5161-5169Meirelles, G.V., Silva, J.C., Mendonça, Y.A., Ramos, C.H., Torriani, I.L., Kobarg, J., Human Nek6 is a monomeric mostly globular kinase with an unfolded short N-terminal domain (2011) BMC Struct. Biol., 11, p. 12Belham, C., Roig, J., Caldwell, J.A., Aoyama, Y., Kemp, B.E., Comb, M., Avruch, J., A mitotic cascade of NIMA family kinases. Nercc1/Nek9 activates the Nek6 and Nek7 kinases (2003) J. Biol. Chem., 278, pp. 34897-34909Yin, M.J., Shao, L., Voehringer, D., Smeal, T., Jallal, B., The serine/threonine kinase Nek6 is required for cell cycle progression through mitosis (2003) J. Biol. Chem., 278, pp. 52454-52460Yissachar, N., Salem, H., Tennenbaum, T., Motro, B., Nek7 kinase is enriched at the centrosome, and is required for proper spindle assembly and mitotic progression (2006) FEBS Lett., 580, pp. 6489-6495Kim, S., Lee, K., Rhee, K., NEK7 is a centrosomal kinase critical for microtubule nucleation (2007) Biochem. Biophys. Res.Commun., 360, pp. 56-62Roig, J., Mikhailov, A., Belham, C., Avruch, J., Nercc1, a mammalian NIMA-family kinase, binds the Ran GTPase and regulates mitotic progression (2002) Genes Dev., 16, pp. 1640-1658Upadhya, P., Birkenmeier, E.H., Birkenmeier, C.S., Barker, J.E., Mutations in a NIMA-related kinase gene, Nek1, cause pleiotropic effects including a progressive polycystic kidney disease in mice (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, pp. 217-221Liu, S., Lu, W., Obara, T., Kuida, S., Lehoczky, J., Dewar, K., Drummond, I.A., Beier, D.R., A defect in a novel Nek-family kinase causes cystic kidney disease in the mouse and in zebrafish (2002) Development, 129, pp. 5839-5846Chen, J., Li, L., Zhang, Y., Yang, H., Wei, Y., Zhang, L., Liu, X., Yu, L., Interaction of Pin1 with Nek6 and characterization of their expression correlation in Chinese hepatocellular carcinoma patients (2006) Biochem. Biophys. Res. Commun., 341, pp. 1059-1065Chen, Y., Chen, P.L., Chen, C.F., Jiang, X., Riley, D.J., Never-in mitosis related kinase 1 functions in DNA damage response and checkpoint control (2008) Cell Cycle, 7, pp. 3194-3201Lee, M.Y., Kim, H.J., Kim, M.A., Jee, H.J., Kim, A.J., Bae, Y.S., Park, J.I., Yun, J., Nek6 is involved in G2/M phase cell cycle arrest through DNA damage induced phosphorylation (2008) Cell Cycle, 7, pp. 2705-2709Innocenti, P., Cheung, K.M., Solanki, S., Mas-Droux, C., Rowan, F., Yeoh, S., Boxall, K., Hardy, T., Design of potent and selective hybrid inhibitors of the mitotic kinase Nek2: Structure-activity relationship, structural biology, and cellular activity (2012) J. Med. Chem., 55, pp. 3228-3241Solanki, S., Innocenti, P., Mas-Droux, C., Boxall, K., Barillari, C., Van Montfort, R.L., Aherne, G.W., Hoelder, S., Benzimidazole inhibitors induce a DFG-out conformation of never in mitosis gene A-related kinase 2 (Nek2) without binding to the back pocket and reveal a nonlinear structure-activity relationship (2011) J. Med. Chem., 54, pp. 1626-1639Whelligan, D.K., Solanki, S., Taylor, D., Thomson, D.W., Cheung, K.M., Boxall, K., Mas-Droux, C., Grummitt, C.G., Aminopyrazine inhibitors binding to an unusual inactive conformation of the mitotic kinase Nek2: SAR and structural characterization (2010) J. Med. Chem., 53, pp. 7682-7698Srinivasan, P., ChellaPerumal, P., Sudha, A., Discovery of novel inhibitors for Nek6 protein through homology model assisted structure based virtual screening and molecular docking approaches (2014) Sci. World J., 2014. , ID: 967873Rellos, P., Ivins, F.J., Baxter, J.E., Pike, A., Nott, T.J., Parkinson, D.M., Das, S., Shen, Q.Y., Structure and regulation of the human Nek2 centrosomal kinase (2007) J. Biol. Chem., 282, pp. 6833-6842Westwood, I., Cheary, D.M., Baxter, J.E., Richards, M.W., Van Montfort, R.L., Fry, A.M., Bayliss, R., Insights into the conformational variability and regulation of human Nek2 kinase (2009) J. Mol. Biol, 386, pp. 476-485Richards, M.W., O'Regan, L., Mas-Droux, C., Blot, J.M., Cheung, J., Hoelder, S., Fry, A.M., Bayliss, R., An autoinhibitory tyrosine motif in the cell-cycleregulated Nek7 kinase is released through binding of Nek9 (2009) Mol. Cell, 36, pp. 560-570Geromichalos, G.D., Importance of molecular computer modeling in anticancer drug development (2007) J. Buon., 12, pp. S101-S118Vedadi, M., Niesen, F.H., Allali-Hassani, A., Fedorov, O.Y., Finerty, P.J., Jr., Wasney, G.A., Yeung, R., Berglund, H., Chemical screening methods to identify ligands that promote protein stability, protein crystallization, and structure determination (2006) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, pp. 15835-15840Lengauer, T., Rarey, M., Computational methods for biomolecular docking (1996) Curr. Opin. Struct. Biol., 6, pp. 402-406Fedorov, O., Marsden, B., Pogacic, V., Rellos, P., Müller, S., Bullock, A.N., Schwaller, J., Knapp, S., A systematic interaction map of validated kinase inhibitors with Ser/Thr kinases (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, pp. 20523-20528Roberge, M., Berlinck, R.G., Xu, L., Anderson, H.J., Lim, L.Y., Curman, D., Stringer, C.M., Vincent, I., High-throughput assay for G2 checkpoint inhibitors and identification of the structurally novel compound isogranulatimide (1998) Cancer Res, 58, pp. 5701-5706Jiang, X., Zhao, B., Britton, R., Lim, L.Y., Leong, D., Sanghera, J.S., Zhou, B.B., Roberge, M., Inhibition of Chk1 by the G2 DNA damage checkpoint inhibitor isogranulatimide (2004) Mol. Cancer Ther., 3, pp. 1221-1227De Castro, E., Sigrist, C.J.A., Gattiker, A., Bulliard, V., Langendijk-Genevaux, P.S., Gasteiger, E., Bairoch, A., Hulo, N., ScanProsite: Detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins (2006) Nucleic Acids Res., 34, pp. W362-W365Gavrin, L.K., Saiah, E., Approaches to discover non-ATP site kinase inhibitors (2013) Med. Chem. Commun., 4, pp. 41-51Oliveira, S.H., Ferraz, F.A., Honorato, R.V., Xavier-Neto, J., Sobreira, T.J., De Oliveira, P.S., KVFinder: Steered identification of protein cavities as a PyMOL plugin (2014) BMC Bioinform., 15, p. 197Meirelles, G.V., Lanza, D.C.F., Silva, J.C., Bernachi, J.S., Leme, A.F.P., Kobarg, J., Characterization of hNek6 Interactome Reveals an Important Role for Its Short N-Terminal Domain and Colocalization with Proteins at the Centrosome (2010) J. Proteome Res., 9, pp. 6298-6316Trott, O., Olson, A.J., AutoDockVina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading (2010) J. Comput. Chem., 31, pp. 455-46

CORRELAÇÃO GENÉTICA, FENOTÍPICA E AMBIENTAL EM CARACTERÍSTICAS DE CRESCIMENTO DE BOVINOS DA RAÇA NELORE VARIEDADE MOCHA

The objective of this work was estimate the genetic correlations, environmental and phenotypic on the birth weight (WB) and on the 205 (W205), 365 (W365) and 550 (W550) days of age, in animals of the polled nellore breed from Bahia state. The analyses were carried out by software MTDFREML. The genetic correlations were 0.08 (WB and W205), 0.00 (WB and W365), - 0.14 (WB and W550), 0.90 (W205 and W365), 0.81 (W205 and W550) and 0.97 (W205 and W550). The environmental correlations were 0.12 (WB and W205), 0.11 (WB and W365) and 0.16 (WB and W550), 0.35 (W205 and W365), 0.13 (W205 and W550) and 0.54 (W365 and W550). The phenotypic correlations were 0.09 (WB and W205), 0.05 (WB and W365), 0.00 (WB and W550), 0.75 (W205 and W365), 0.65 (W205 and W550) and 0.87 (W365 and W550). The birth weight presented weak genetic, environmental, and phenotypic associations with the others weighting. On the other hand, the values gotten for the genetic correlations between the other weighting, indicates that the selection for weight in young ages will promote changes on the future weights of the animal.O objetivo deste trabalho foi estimar as correlações genéticas, fenotípicas e ambientais sobre os pesos ao nascimento (PN) e aos 205 (P205), 365 (P365) e 550 (P550) dias de idade, em animais da raça Nelore Mocha, criados no estado da Bahia. As análises bi-características foram realizadas através do programa MTDFREML. As correlações genéticas foram iguais a 0,08 (PN e P205), 0,00 (PN e P365), - 0,14 (PN e P550), 0,90 (P205 e P365), 0,81, (P205 e P550) e 0,97 (P365 e P550). As correlações ambientais foram 0,12 (PN e P205), 0,11 (PN e P365), 0,16 (PN e P550), 0,35 (P205 e P365), 0,13 (P205 e P550) e 0,54 (P365 e P550). Os valores obtidos para as correlações fenotípicas foram 0,09 (PN e P205), 0,05 (PN e P365), 0,00 (PN e P550), 0,75 (P205 e P365) 0,65 (P205 e P550) e 0,87 (P365 e P550). O peso ao nascimento apresentou ausência de associações genéticas, ambientais e fenotípicas com as demais pesagens. Por outro lado, os valores obtidos para as correlações genéticas entre as outras pesagens, indicam que a seleção para peso em idades jovens deverá promover mudanças nos pesos posteriores dos animais

Quantificação do carbono das substâncias húmicas em diferentes sistemas de uso do solo e épocas de avaliação.

A quantificação do carbono nas diferentes frações da matéria orgânica do solo (MOS) torna-se necessária devido ao interesse de se conhecer o potencial de captura e armazenamento do carbono nos diferentes sistemas de uso do solo. O objetivo deste trabalho foi quantificar o carbono das substâncias húmicas em diferentes sistemas de uso do solo e épocas de avaliação e correlacioná-lo com algumas propriedades químicas e físicas do solo. Os sistemas selecionados foram: preparo convencional (PC-milho/feijão), plantio direto (PD-berinjela/milho), consórcio maracujá/Desmodium sp, cultivo com figo e sistema agroflorestal. As amostras de solo foram coletadas em duas profundidades (0-5 e 5-10 cm) e épocas (17/11/2005–verão e 23/6/2006-inverno). Foi determinado o carbono orgânico total (COT) e realizado o fracionamento químico da MOS, quantificando-se o carbono da fração humina (C-HUM), fração ácido húmico (C-FAH) e fração ácido fúlvico (C-FAF). O C-HUM constituiu a maior parte do COT, havendo correlação significativa com o COT em todos os sistemas avaliados e estações. Analisando o C-FAH foi possível identificar alterações no solo relacionadas aos sistemas de uso, na profundidade de 0-5 cm e no verão, destacando-se o PD com os maiores teores. Com o C-FAF ocorreu este mesmo comportamento, mas na profundidade de 5-10 cm e no inverno, destacando-se o PC com maiores valores. Foram verificadas correlações significativas entre Valor S, Valor T e DMP em todos os sistemas, com exceção da área de PC. O PD aumenta os teores de C-FAH, nas duas profundidades e nas duas estações, quando comparado ao PC do solo

Defoliation of strawberry mother plants for the production of runner tips

The objective of this work was to determine the sink-source relationships and their effects on the number and growth of runner tips of 'Camino Real' strawberry stock plants. Three types of sources were evaluated: one defoliation at 96 days after planting (DAP), two defoliations at 50 and 96 DAP, and mother plants without defoliation. Four types of sink were accessed: runner tips collected weekly and monthly, four stolons with rooted runner tips in pots, and four freely-grown stolons. A completely randomized experimental design was used in a split-plot arrangement, with four replicates. The source types were placed in the plots, and sink types in the subplots. The number of runner tips, the crown diameter, and the dry matter mass were determined. Number and growth of tips were higher on plants without defoliation, and decreased 44.7% on twice-defoliated mother plants. The two-defoliation management did not reduce runner tip dry matter mass only on plants with rooted stolons, which produced runner tips 50% heavier. Defoliation of mother plants bearing rooting stolons can be used to reduce their growth, without reducing the emission and growth of runner tips