Estatística em biologia molecular: o passado, o presente e o futuro

Vivemos na era mais mensurável da história. Na era do petabyte (1000 terabytes) o desafio não é mais o armazenamento de dados, é dar-lhes sentido. Sendo esta a era da revolução dos dados, a respetiva análise torna-se parte integrante de várias ciências. Por exemplo, a biologia molecular deixa de ser uma ciência onde os biólogos estudam um gene de cada vez, para passar a produzir milhares (agora milhões) de medições por amostra para analisar. Além disso, ao contrário da análise do ADN, que é estática, a análise da expressão genética é dinâmica, uma vez que nos vários tecidos expressam-se genes diferentes. O geneticista John Craig Venter, sequenciava organismos isolados, mas com o aparecimento de novas tecnologias e computadores com elevada capacidade de memória, que permitem a análise de dados bastante complexos, passou a estudar ecossistemas inteiros: sequenciação dos microorganismos do oceano, desde 2003, e do ar, desde 2005. A complexidade dos dados é ainda potenciada pelas novas tecnologias que, ao surgirem, são ainda pouco exploradas, produzindo dados com mais ruído dos que as anteriores. Esta complexidade e grau de variabilidade fazem com que a estatística seja um importante e inequívoco contributo na análise. Na realidade, o papel da estatística na biologia molecular vai além de uma mera intervenção. Trata-se de um pilar indissociável desta ciência! A estatística tem vindo a conquistar o seu espaço nesta nova área, tornando-se uma componente essencial de mérito reconhecido

Turismo de saúde: análise da procura das unidades de saúde privadas do Algarve para realização de tratamentos médicos

Dissertação de mest., Marketing, Faculdade de Economia, Univ. do Algarve, 2012Na presente dissertação discute-se a problemática dos tratamentos médicos na área turística. O principal objetivo da investigação foi perceber qual a situação da região algarvia face a este novo complemento ao setor do turismo e a viabilidade de uma aposta neste setor por parte das unidades hoteleiras, hospitalares e entidades responsáveis pela promoção do setor do turismo na região. Da investigação empírica conclui-se que o turismo médico em Portugal e, em particular no Algarve, está agora a dar os primeiros passos. Não é por acaso que só agora, com a Revisão do Plano Estratégico Nacional para o Turismo 2013-2015, divulgado em setembro de 2012, o produto emergente do turismo médico configura como uma das apostas que deverá ser efetuada na região do Algarve. Por este motivo, é necessário perceber como se pode potenciar o emergir deste novo produto. Os resultados obtidos permitiram fazer uma caracterização do turismo médico, das suas necessidades e dos aspetos a ter em consideração para fazer a aposta neste novo produto na região do Algarve. A investigação revelou o seguinte: Existem unidades hospitalares privadas, que há vários anos decidiram fazer uma aposta por si só no turismo médico; Existem unidades hoteleiras, que percebem a necessidade de fazer esta aposta, mas que ainda não estão totalmente preparadas para receber os turistas provenientes deste produto; Há uma deficiente comunicação/divulgação da infraestrutura existente na área médica e na promoção conjunta do turismo médico na região; Há necessidade de maior articulação entre todos os intervenientes nesta área. O turismo médico poderá ser um produto complementar ao turismo de «sol e praia» já existente e bem implementado na região. Não deve ser encarado como um substituto de todos os produtos já existentes, mas sim como um complemento, pois só desta forma se poderá afirmar no contexto internacional. É na sequência destas conclusões, que se apresenta esta análise da procura e oferta existente no Algarve

Sentimentos de Paranóia e de Vergonha nos Sem-Abrigo

A população “sem-abrigo” e todos os problemas envolventes, como a pobreza e a exclusão social apresentam uma complexidade cada vez mais inquietante e preocupante na nossa sociedade. O fenómeno multifacetado dos sem-abrigo constitui um grave problema social. A pertinência deste estudo prende-se com a escassez de investigação relativa à população sem-abrigo e perceber melhor a sua complexidade, nomeadamente no que respeita à caracterização psicológica dos indivíduos sem-abrigo. Neste sentido, o presente estudo tem como objectivo conhecer melhor esta população através da recolha de informação relativa aos seus receios, valores, prazeres, percepção do motivo da sua situação, consumo de substâncias psicotrópicas, contacto com a família e amigos. Paralelamente pretendemos avaliar os sentimentos de vergonha (em função de experiências negativas precoces), de paranóia e emoções negativas (depressão, ansiedade e stress) nesta população específica e analisar a relação entre estas variáveis. A amostra é constituída por 56 sujeitos na condição de sem-abrigo, com uma média de idade de 40,86 e de 7 anos de escolaridade, sendo a maioria (n=49) do sexo masculino. O protocolo de avaliação, para além do questionário psicossocial desenvolvido para o efeito, incluía ainda escalas para medir a Depressão, Ansiedade e Stress (DASS-21), Vergonha Externa (OAS), Vergonha Interna (ISS) e Paranóia (GPS). Os dados do nosso estudo permitiram pôr em evidência algumas das dificuldades mais significativas dos sem-abrigo, nomeadamente, as rupturas dos laços familiares, o desemprego e a toxicodependência entre outros. Constatámos que os sem-abrigo da nossa amostra apresentam valores médios mais elevados de paranóia, vergonha externa e interna, quando comparados com os valores da população normal. Verifica-se ainda que quando mais escolarizada é a nossa amostra, menor sintomatologia depressiva e relacionada com o stress apresenta. Encontrámos correlações significativas positivas e moderadas entre as variáveis em estudo. Dada a escassez de investigação em indivíduos sem-abrigo, e apesar das limitações inerentes a este estudo, esperamos ter dado um contributo para alargar o conhecimento deste complexo fenómeno, nomeadamente no que respeita à caracterização psicológica destes indivíduos. / The homeless population and all the related issues such as poverty and social exclusion are a complex and increasingly worrying concern of our society. The multifaceted phenomenon of homelessness is a serious social problem. The relevance of this study relates to the scarcity of research on the homeless population and to better understand its complexity, particularly the psychological characteristics of the homeless individuals. As such, this study aims to better understand this population by collecting information on their fears, values, pleasures, perception of the reason for their situation, consumption of psychotropic substances, contact with family and friends. Simultaneously we intend to evaluate the feelings of shame (due to early negative experiences), paranoia and negative emotions (depression, anxiety and stress) in this specific population as well as analyse the relationship between these variables. The study sample is based on 56 individuals in the condition of homelessness, mostly male (n = 49), with an average age of 40.86 and 7 years of schooling. In addition to the psychological questionnaire developed for this purpose, the evaluation protocol also included scales to measure Depression, Anxiety and Stress (DASS-21), External Shame (OAS), Internal Shame (ISS) and Paranoia (GPS). The data in our study allowed to highlight some of the most significant problems of homelessness, including disruption of family ties, unemployment, drug abuse and others. We learnt that the homeless in our sample have a higher average number of paranoia, internal and external shame, when compared to the normal population. We have also found that the more educated our sample is, the less are the depressive symptoms and stress-related features. Among the studied variables, we have found significant positive and moderate correlations. Given the scarcity of research on homeless individuals and despite the limitations of this study, we hope to have contributed to increase the knowledge on this complex phenomenon, especially concerning the psychological characterization of these individuals

Questões de raça e de género no trabalho escultório de Mary Edmonia Lewis

Tese de mestrado, Cultura e Comunicação, Universidade de Lisboa, Faculdade de Letras, 2013Esta tese tem a finalidade de dar a conhecer a vida e obra da escultora norte-americana Mary Edmonia Lewis (1844-1907), que foi a primeira artista de ascendência afro-americana e nativo-americana a alcançar reconhecimento público no panorama social e artístico norte-americano do século XIX. No primeiro capítulo, tratei de dar uma visão geral do âmbito histórico-social dos E.U.A com o propósito de contextualizar a época em que esta artista viveu para deste modo compreender quais as principais condicionantes com que se teve de debater. No segundo capítulo, reflecti sobre a retórica da escultura neo-clássica para contextualizar o projecto artístico de Edmonia Lewis, com enfoque nas suas três obras mais importantes: Marriage of Hiawatha (1866); Forever Free (The Morning of Liberty) (1867) e The Death of Cleopatra (1875). Para concluir, no terceiro capítulo, apresentei as ramificações artísticas da obra de Edmonia Lewis, evidentes no trabalho de: Meta Vaux Warrick Fuller (1877-1968), Barbara Chase-Riboud (1939-) e Varnette Honeywood (1951-2010).Abstract: This thesis has as main purpose the intention to reveal the life and artwork of the North-American sculptor Mary Edmonia Lewis (1844-1907), who was the first artist of African-American and Native-American descent to achieve public recognition in the social and artistic fields of the XIX century. In the first chapter of this thesis, I give an overall view of the historical and social fields of the E.U.A in the XIX century in order to contextualize and understand better the era and circumstances in which Lewis lived, and also the problems she had to face during her lifetime and career. In the second chapter, I reflected about the main issues concerning the neoclassical sculpture in order to contextualize Edmonia Lewis’s artwork. Also in this chapter, I analyzed Lewis’s most important sculptures: The Marriage of Hiawatha (1866), Forever Free (The Morning of Liberty) (1867) and The Death of Cleopatra (1875). In the last chapter, I revealed Edmonia Lewis’s artistic ramifications which are present in the artworks of Meta Vaux Fuller (1877-1968), Barbara Chase-Riboud (1939-) and Varnette Patricia Honeywood (1951-2010)

Integration planning of freight deliveries into passenger bus networks: exact and heuristic algorithms

With the increasing population living in cities, a growing number of small daily urban freight deliveries are performed, typically by private companies. Recently, more environmentally friendly urban logistics services have emerged to mitigate the negative effects of such activities. One example is the integration of freight deliveries into bus networks, traditionally dedicated to passenger transportation, to perform urban logistics activities within cities. In this paper, the integration of the freight delivery process into the urban bus passenger network is addressed where freight parcels are dropped by clients at bus hubs located outside the city center, transported by bus services from the hub to bus stops located in the city center, and delivered to the destination address by a last mile operator. Since bus vehicles supporting both passenger and freight flows need to be physically adapted, the aim is to support the decision-maker to select the minimum number of bus services that must be adapted for freight transportation. The optimization problem considers the freight demand uncertainty in terms of number of freight parcels, destination address, delivery time windows and last mile operator constraints which are modelled by a set of demand scenarios. An exact method based on an integer linear programming (ILP) and two heuristic algorithms based on a greedy randomized adaptive search procedure (GRASP) are proposed. The results show that the proposed optimization methods are efficient, giving valuable insights to stakeholders, in the fields of policy and practice, for the strategic decision of selecting the minimum number of buses to be physically adapted for freight transportation. In particular, the results show that all proposed optimization methods are of interest in practice since the type of problem instances for which each method is more efficient is clearly identified in the obtained computational results. Moreover, in the early stages of the integrated passenger and freight flows service, the impact on the required number of adapted bus services is mainly given by the last mile operator capacity of delivering freight from bus hubs to final parcel destinations, while the other factors (delivery time windows and distributions parcel destination addresses) do not have a significant impact on the required number of bus services.publishe

Evolução da infeção por neisseria gonorrhoeae em Portugal: avaliação da incidência nos últimos trinta anos

Gonorreia é uma doença sexualmente transmissível (DST) que pode infetar homens e mulheres. É provocada pela bactéria Neisseria gonorrhoeae, que infeta exclusivamente o Homem. Pode causar infeções nos órgãos genitais, reto e garganta. De acordo com os dados publicados em 2008 pela Organização Mundial de Saúde (OMS), é uma infeção muito comum, especialmente entre os jovens idades 15-24 anos. Qualquer pessoa sexualmente ativa pode ser infetado com gonorreia através de relações sexuais desprotegidas. Alguns homens com gonorreia podem não apresentar sintomas. As mulheres com gonorreia também podem não ter sintomas e, quando presentes, podem ser confundidos com uma infeção vaginal ou das vias urinárias. Em ambos os sexos a infeção pode irradiar pelo organismo causando meningite, endocardite ou artrite. Objetivo: Analisar a evolução da incidência da gonorreia em Portugal nas últimas 3 décadas (1980 a 2013). Metodologia: Foram analisados retrospetivamente os dados da incidência disponíveis na base de dados do Centralized Information System for Infectious Diseases (CISID) da Organização Mundial de Saúde (OMS), relativamente a Portugal e três países do sul da europa (Espanha, Itália e Grécia). Resultados: A análise dos dados em Portugal evidenciou que a média da taxa de incidência da gonorreia nos últimos 33 anos é de 2.1 ± 2.28 (por 100.000 habitantes), sendo que o valor máximo encontrado corresponde a 8.83 (1980) e mínimo de 0.27 (2004). Comparativamente com os países do sul da europa, Portugal é um dos países com menor incidência. Em termos de evolução temporal assiste-se a uma decréscimo acentuado até ao ano de 2004, a partir do qual se verifica uma relativa inflexão desta tendência. Esta é verificada também, e de forma semelhante, nos restantes países analisados. Conclusão: A evolução temporal verificada numa fase inicial do período em estudo poderá justificar-se pela implementação acentuada de programas e medidas preventivas das infeções sexualmente transmissíveis. A partir de 2004/2005 a tendência crescente poderá estar relacionada com o abrandamento dessas medidas. Outro fator potencialmente associado poderá ser a mobilidade populacional verificada nos últimos tempos. A continuidade desta tendência poderá constituir um grave problema de saúde pública.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Arrow Plot: a new graphical tool for selecting up and down regulated genes and genes differentially expressed on samples subgroups

Background: A common task in analyzing microarray data is to determine which genes are differentially expressed across two (or more) kind of tissue samples or samples submitted under experimental conditions. Several statistical methods have been proposed to accomplish this goal, generally based on measures of distance between classes. It is well known that biological samples are heterogeneous because of factors such as molecular subtypes or genetic background that are often unknown to the experimenter. For instance, in experiments which involve molecular classification of tumors it is important to identify significant subtypes of cancer. Bimodal or multimodal distributions often reflect the presence of subsamples mixtures. Consequently, there can be genes differentially expressed on sample subgroups which are missed if usual statistical approaches are used. In this paper we propose a new graphical tool which not only identifies genes with up and down regulations, but also genes with differential expression in different subclasses, that are usually missed if current statistical methods are used. This tool is based on two measures of distance between samples, namely the overlapping coefficient (OVL) between two densities and the area under the receiver operating characteristic (ROC) curve. The methodology proposed here was implemented in the open-source R software. Results: This method was applied to a publicly available dataset, as well as to a simulated dataset. We compared our results with the ones obtained using some of the standard methods for detecting differentially expressed genes, namely Welch t-statistic, fold change (FC), rank products (RP), average difference (AD), weighted average difference (WAD), moderated t-statistic (modT), intensity-based moderated t-statistic (ibmT), significance analysis of microarrays (samT) and area under the ROC curve (AUC). On both datasets all differentially expressed genes with bimodal or multimodal distributions were not selected by all standard selection procedures. We also compared our results with (i) area between ROC curve and rising area (ABCR) and (ii) the test for not proper ROC curves (TNRC). We found our methodology more comprehensive, because it detects both bimodal and multimodal distributions and different variances can be considered on both samples. Another advantage of our method is that we can analyze graphically the behavior of different kinds of differentially expressed genes. Conclusion: Our results indicate that the arrow plot represents a new flexible and useful tool for the analysis of gene expression profiles from microarrays

Influence of reconstruction parameters for FBP in semiquantification of brain studies with 123I-FPCIT

Brain dopamine transporters imaging by Single Photon Emission Tomography (SPECT) with 123I-FP-CIT has become an important tool in the diagnosis and evaluation of parkinsonian syndromes, since this radiopharmaceutical exhibits high affinity for membrane transporters responsible for cellular reabsorption of dopamine on the striatum. However, Ordered Subset Expectation Maximization (OSEM) is the method recommended in the literature for imaging reconstruction. Filtered Back Projection (FBP) is still used due to its fast processing, even if it presents some disadvantages. The aim of this work is to investigate the influence of reconstruction parameters for FBP in semiquantification of Brain Studies with 123I-FPCIT compared with those obtained with OSEM recommended reconstruction

Avaliação da dor em utentes internados com atroplastia total da anca: Intervenções dos enfermeiros

A dor é um sintoma com grande prevalência no internamento hospitalar, sendo responsável pelo sofrimento e incapacidade dos doentes. Lidar com as vivências de dor de um doente é uma das particularidades do trabalho diário dos enfermeiros. É portanto a estes que cabe uma observação contínua dos doentes, adoção de medidas para alívio da dor, assim como deteção e despiste de efeitos secundários que possam aparecer. Objetivos: Identificar quais as dificuldades dos enfermeiros na observação/avaliação da dor e conhecer as atitudes tomadas pelos mesmos para o alívio da dor no pós-operatório em doentes submetidos a atroplastia total do joelho e da anca. Metodologia: Através de um estudo quantitativo observacional descritivo transversal tendo sido aplicado um questionário a 18 enfermeiros que exercem a sua atividade no serviço de ortopedia no Hospital de São Pedro de Vila Real. Resultados: Constatou-se que quanto à adoção de medidas para o alívio da dor a totalidade dos enfermeiros não sente dificuldade. Dos inquiridos, 50% usa frequentemente medidas farmacológicas, 44% usa medidas não farmacológicas frequentemente. Apenas 11% dos inquiridos respondeu que usava sempre medidas não farmacológicas, tais como massagem, exercícios, relaxamento, distração, posicionamento e termoterapia. Conclusão: A adoção das medidas não farmacológicas no controlo da dor apresentam bastante eficácia, principalmente como adjuvantes a medidas farmacológicas. A aplicação destas medidas trás resultados positivos e têm como principal vantagem serem pouco dispendiosas.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Estabelecimento do perfil metabolómico volátil da urina e saliva, como estratégia não-invasiva, para a deteção de potenciais biomarcadores de diferentes tipos de cancro

Com este trabalho pretendeu-se estabelecer o perfil metabolómico volátil de amostras de fluidos biológicos, nomeadamente saliva e urina, de pacientes com cancro da mama e do pulmão e de indivíduos saudáveis (grupo controlo), utilizando a Microextração em Fase Sólida em modo headspace (HS-SPME) seguida de Cromatografia Gasosa acoplada à Espectrometria de Massa (GC-MS). Efetuou-se a comparação entre os perfis voláteis dos grupos estudados com o objetivo de identificar metabolitos que possam ser considerados como potenciais biomarcadores dos tipos de cancro em estudo. De modo a otimizar a metodologia extrativa, HS-SPME, foram avaliados os diferentes parâmetros experimentais com influência no processo extrativo. Os melhores resultados foram obtidos com a fibra CAR/PDMS, usando um volume de 2 mL de saliva acidificada, 10% NaCl (m/v) e 45 minutos de extração a uma temperatura de 37±1°C. Para a urina foi utilizada a mesma fibra, 4 mL de urina acidificada, 20% NaCl (m/v) e 60 minutos de extração a 50±1°C. Nas amostras de saliva e urina, foram identificados 243 e 500 metabolitos voláteis respetivamente, sendo estes pertencentes a diferentes famílias químicas. Posteriormente, utilizou-se a análise discriminante por mínimos quadrados parciais (PLS-DA) que permitiu observar uma boa separação entre os grupos controlo e oncológicos. Nas amostras salivares o grupo de pacientes com cancro da mama foi maioritariamente caracterizado pelo metabolito ácido benzeno carboxílico e o grupo de pacientes com cancro do pulmão pelo ácido hexanóico. Na urina o grupo de pacientes com cancro da mama foi maioritariamente caracterizado pelo metabolito 1-[2-(Isobutiriloxi)-1-metiletil]-2,2-dimetilpropil 2-metilpropanoato e o grupo de pacientes com cancro do pulmão pelo o-cimeno. Além da metodologia PLS-DA foi realizada a validação cruzada de monte carlo (MCCV) tendo-se obtido uma elevada taxa de classificação, sensibilidade e especificidade o que demonstra a robustez dos dados obtidos