Variabilidad morfológica y de la aloenzima malato deshidrogenasa en poblaciones peruanas del gasterópodo intermareal Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767)

Variabilidad morfológica y de la aloenzima malato deshidrogenasa en poblaciones peruanas del gasterópodo intermareal Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767) Stramonita haemastoma presenta una amplia distribución en una gran diversidad de ambientes reflejando una alta variabilidad en su morfología y a nivel aloenzimático, tanto dentro como entre poblaciones. En este estudio, 11 poblaciones de la zona norte, centro y sur del Perú fueron colectadas para el análisis de 14 caracteres de la morfología externa de la concha; mientras que 4 poblaciones fueron consideradas para el análisis de la aloenzima malato deshidrogenasa (Mdh), a lo largo de una diversidad de hábitats de acuerdo a la temperatura superficial del mar (TSM), exposición al oleaje y corrientes marinas. A nivel morfológico, altas correlaciones fueron observadas entre longitud y peso total. Mayores longitudes fueron observadas en poblaciones expuestas a altas TSM y de alta variabilidad genética. Esto fue atribuido a una mayor actividad, capacidad de fijación a sustrato y en consecuencia a un mayor fitness de los organismos. Además, la mayor diferenciación poblacional estuvo influenciada por la variabilidad en la relación entre la longitud total y de la abertura de la boca (índice Ltt/Lb) sobretodo entre los organismos de la zona norte. Entre los caracteres cualitativos de influencia ambiental, el desarrollo de tubérculos estuvo relacionado con el nivel de exposición al oleaje. Una diferenciación marcada de las poblaciones del norte se observó a nivel de la coloración y de la variabilidad aloenzimática. A nivel aloenzimático, existe una alta heterocigosidad (Ho 0,14) en el total de las poblaciones de S. haemastoma. El índice de fijación de Wright mostró un alto flujo génico (FST 0,06) entre las poblaciones, mientras que una divergencia de individuos en relación a las poblaciones (FIS 0,154) y al total de las poblaciones (FIT 0,210). Variaciones en el número y frecuencias alélicas estuvieron relacionadas con diferencias en la TSM.Morphological and malate dehydrogenase allozyme variability in Peruvian populations of the intertidal gastropod Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767) Stramonita haemastoma has a wide distribution in a high environmental diversity, showing a high morphological and allozyme variability, within and between populations. In this study, 11 populations form the north, central and south of Peru were collected, for the analysis of 14 morphological traits of the external shell; whereas 4 populations were considered for the analysis of the malate dehydrogenase (Mdh) allozyme, along a diversity of habitats according to the sea surface temperature (SST), wave exposure and marine currents. Morphologically, high correlations were observed between total length and weight. Higher lengths were observed in populations exposed to high SST and of high genetic variability. This was related to a higher activity, fixation capacity to the substrate and in consequence a higher fitness of the organisms. A better population differentiation was influenced by the total – aperture lengths index (Ltt/Lb), moreover for the north zone. Among the qualitative traits with environmental influence, the growth of nodules was related with the wave exposure level. A wide differentiation of the northern populations was related to the shell color and the allozyme variability. At the allozyme evaluation, a high heterozygosis (Ho 0.14) was observed in the total of S. haemastoma populations. Wright’s index fixation showed a high gene flow among populations (FST 0.06), a divergence of individuals relative to the populations (FIS 0.154) and to the total of populations (FIT 0.210). Variations in the allelic number and frequencies were related with the SST differencesTesi

Aplicación de dos biomarcadores para el análisis de lesiones en el DNA de bivalvos marinos

This work describes the standardization of Micronucleus Assay (MN) and Comet Assay techniques used for the evaluation of the DNA damage on marine bivalves. These techniques are important because they can evaluate the early stress response caused by pollutant agents and environmental changes. Branchial tissues of Semimytilus algosus and Aulacomya ater were used for in vivo and in vitro treatments. Tissues were exposed to the mutagenetic agents Mitomicine C in concentrations of 0,02; 0,04 and 0,06 x 10-6 M and H2 O2 in concentration of 100 μM evaluated at 1, 3, 6, 24 and 48 h. Different solutions for the tissue collection and cell isolation were evaluated, obtaining more cell viability with cold CMFS pH 7,3 saline solution. Micronucleus Assay were modified in the obtaining of suspension cell, we used 0,9% Sodium citrate hipotonic solution, fixation in methanol for seconds after the spread and dyed with 2% Giemsa. The Alkaline Comet Assay protocol described by Wilson et al. (1998) was standardized modifying the single-cell suspension embedded in LMP Agarose (1% in Kenny solution, pH 7,5), the exposure at lysing solution (pH 10 with DMSO and Triton) with changes from 1 to 16 h, electrophoresis in alkaline solution pH 13,7 and dyed with Ethidium bromide and Silver nitrate for agarose gels. Changes made at both techniques allowed us to obtain a high cell number with a defined morphology, recognizing macrolessions like the MN formation and nuclear aberrations, and the qualitative determination of microlessions observed by the fragmentation and migration of the DNA.El presente trabajo describe la estandarización de las técnicas del Test de Micronúcleo (MN) y Ensayo Cometa para la evaluación del daño en el DNA de bivalvos marinos. La importancia de estas técnicas radica en que permiten evaluar la respuesta temprana al estrés ocasionado por agentes contaminantes y cambios ambientales. Tejidos branquiales de Semimytilus algosus y Aulacomya ater fueron utilizados para tratamientos in vivo e in vitro. Los tejidos fueron expuestos a los agentes mutagénicos Mitomicina C en concentraciones de 0,02; 0,04 y 0,06 x 10-6 M y H2 O2 en una concentración de 100 μM con tiempos de evaluación de 1, 3, 6, 24 y 48 h. Diferentes soluciones para la colecta del tejido y aislamiento celular fueron evaluados obteniendo una mayor viabilidad celular en la solución salina CMFS, pH 7,3; en frío. El Test de Micronúcleo se modificó en la forma de obtener el disgregado celular, realizando la hipotonización en Citrato de sodio 0,9%, fijación en metanol por segundos posterior al frotis y la tinción con Giemsa 2%. La estandarización del Ensayo Cometa Alcalino, descrita por Wilson et al. (1998), se realizó modificando la suspensión celular en agarosa LMP (1% en solución Kenny, pH 7,5), la exposición a solución de lisis (pH 10 con DMSO y Tritón) con variaciones en el tiempo de 1 a 16 h, y la electroforesis en solución alcalina pH 13,7 y tinción con Bromuro de etidio y Nitrato de plata para geles de agarosa. Los cambios realizados en ambas técnicas permitieron obtener un alto número celular con morfología definida, observándose macrolesiones como la formación de MN y aberraciones nucleares, y la determinación cualitativa de microlesiones observadas por fragmentación y migración del DNA

Occurrence of scuticociliatosis in the flounder Paralichthys adspersus caused by Miamiensis avidus, in Peru

La escuticociliatosis es una enfermedad causada por ciliados del orden Scuticociliatida los cuales se caracterizan por su alto potencial para invadir al huésped, significando un serio problema en la acuicultura marina. El presente trabajo describe la infección con escuticociliados en lenguado Paralichthys adspersus en cautiverio. Los signos externos e internos de la infección incluyen zonas necróticas en el tegumento, abundante mucosidad, abultamiento de la cavidad visceral con acumulación de líquido ascítico, necrosis de las fibras musculares, licuefacción del cerebro, entre otros. Se identificó y caracterizó molecularmente al parásito ciliado como M. avidus, utilizando secuencias de gen mitocondrial citocromo oxidasa I (COI), y de los genes nucleares β-tubulina y la región de la subunidad menor rRNA 18S, mostrando una sinonimia con P. dicentrarchi. Todas las lesiones estuvieron invadidas de ciliados. A nivel histológico, se detectaron ciliados en casi todos los tejidos siendo el cerebro el órgano más parasitado. Los ejemplares infectados, acompañados de infecciones bacterianas secundarias predominantemente por Vibrio alginolyticus, después de un periodo de letargia mueren.The Scuticociliatosis, a disease caused by ciliates from the order Scuticociliatida characterized by their high potential to invade the host, is a serious problem in marine aquaculture. This paper describes scuticociliatosis infection in farmed flounder Paralichthys adspersus. External and internal signs of infection include necrotic areas in the tegument, abundant mucus, swelling of the visceral cavity with ascitic fluid accumulation, necrotic muscle fibers and brain liquefaction, among others. The ciliate parasite was molecularly identified and characterized as M. avidus, using sequences of mitochondrial gene cytochrome oxidase I (COI), and nuclear genes β-tubulin and the region of the small subunit 18S rRNA, showing synonymy with P. dicentrarchi . All lesions were infested by ciliates. Histologically, ciliates are detected in almost all tissues being the brain the organ more parasitized. The infected specimens associated with secondary bacterial infections, predominantly Vibrio alginolyticus, died after a lethargy period

Aplicación de dos biomarcadores para el análisis de lesiones en el DNA de bivalvos marinos

El presente trabajo describe la estandarización de las técnicas del Test de Micronúcleo (MN) y Ensayo Cometa para la evaluación del daño en el DNA de bivalvos marinos. La importancia de estas técnicas radica en que permiten evaluar la respuesta temprana al estrés ocasionado por agentes contaminantes y cambios ambientales. Tejidos branquiales de Semimytilus algosus y Aulacomya ater fueron utilizados para tratamientos in vivo e in vitro. Los tejidos fueron expuestos a los agentes mutagénicos Mitomicina C en concentraciones de 0,02; 0,04 y 0,06 x 10-6 M y H2 O2 en una concentración de 100 μM con tiempos de evaluación de 1, 3, 6, 24 y 48 h. Diferentes soluciones para la colecta del tejido y aislamiento celular fueron evaluados obteniendo una mayor viabilidad celular en la solución salina CMFS, pH 7,3; en frío. El Test de Micronúcleo se modificó en la forma de obtener el disgregado celular, realizando la hipotonización en Citrato de sodio 0,9%, fijación en metanol por segundos posterior al frotis y la tinción con Giemsa 2%. La estandarización del Ensayo Cometa Alcalino, descrita por Wilson et al. (1998), se realizó modificando la suspensión celular en agarosa LMP (1% en solución Kenny, pH 7,5), la exposición a solución de lisis (pH 10 con DMSO y Tritón) con variaciones en el tiempo de 1 a 16 h, y la electroforesis en solución alcalina pH 13,7 y tinción con Bromuro de etidio y Nitrato de plata para geles de agarosa. Los cambios realizados en ambas técnicas permitieron obtener un alto número celular con morfología definida, observándose macrolesiones como la formación de MN y aberraciones nucleares, y la determinación cualitativa de microlesiones observadas por fragmentación y migración del DNA

Genetic variability of Peruvian Alpacas (Vicugna pacos) by using microsatellite markers.

Objetivo: Determinar la variabilidad genética y evaluar la utilidad de microsatélites (STR) en la determinación de paternidad en alpacas blancas huacaya, pertenecientes al Centro Piloto de Mejoramiento Genético Munay Paqocha y el Fundo Itita, de la Sociedad Peruana de Criadores de Alpacas y Llamas (SPAR) Puno. Realizar la genotipificación y selección de marcadores STR útiles para la asignación de paternidad y parentesco. Metodología: Se evaluaron 10 marcadores STR a partir de ADN aislado de sangre y de folículos pilosos de 183 individuos colectados al azar procedentes de dos rebaños. Resultados y Conclusiones: Se observó un alto nivel de variabilidad alélica en el total de individuos analizados, y la presencia de alelos exclusivos entre poblaciones, con frecuencias menores al 1,5% en los loci LCA37, LCA90, LCA5, VOLP92, YWLL36, YWLL44 y YWLL08. Se propone la incorporación de tres marcadores adicionales, VOLP92, LCA94 y LCA90 para los análisis de variabilidad genética en alpacas. Los valores de FIS (0,016), y FST (0,003) reflejaron bajo niveles de endogamia. El rebaño del Fundo Itita presentó una mayor Ho (0,858) respecto a la He (0,848), mientras que por el contrario el rebaño del Centro Munay Paqocha presentó un menor valor de la Ho (0,815) respecto a la He (0,848), con una tendencia al déficit de heterocigotos. Los 10 marcadores presentaron una probabilidad de exclusión de parentesco adecuada, con un valor superior al 99,9%, cuando se conoce el genotipo de ambos padres, y un poder de discriminación mayor a 0,90. Además, se alcanzó un valor PEC de 0,999 considerando solo los marcadores YWLL08, YWLL44, LCA37, YWLL36, LCA8; siendo YWLL08 el de mayor valor (0,885). La prueba de filiación permitió detectar mayores errores de asignación de maternidad (13,04%) y paternidad (30,4%) en el rebaño del Fundo Itita, en comparación a Munay Paqocha con errores de designación de maternidad de 7,69% y de paternidad de 17,95%, concluyendo que este centro posee un mejor registro de empadres

Characterizing Industrial and Artisanal Fishing Vessel Catch Composition Using Environmental DNA and Satellite-Based Tracking Data

The decline in wild-caught fisheries paired with increasing global seafood demand is pushing the need for seafood sustainability to the forefront of national and regional priorities. Validation of species identity is a crucial early step, yet conventional monitoring and surveillance tools are limited in their effectiveness because they are extremely time-consuming and require expertise in fish identification. DNA barcoding methods are a versatile tool for the genetic monitoring of wildlife products; however, they are also limited by requiring individual tissue samples from target specimens which may not always be possible given the speed and scale of seafood operations. To circumvent the need to individually sample organisms, we pilot an approach that uses forensic environmental DNA (eDNA) metabarcoding to profile fish species composition from the meltwater in fish holds on industrial and artisanal fishing vessels in Ecuador. Fish identified genetically as present were compared to target species reported by each vessel’s crew. Additionally, we contrasted the geographic range of identified species against the satellite-based fishing route data of industrial vessels to determine if identified species could be reasonably expected in the catch.publishedVersio

A genomic approach for the identification of population management units for the dolphinfish (Coryphaena hippurus) in the eastern Pacific

In the Tropical Eastern Pacific dolphinfish (TEP) Corypahena hippurus is part of commercial, recreational, and artisanal fisheries and is also caught incidentally by the tuna purse-seine and longline fisheries. Defining the existence of differenced populations in exploited species for being considered independent management units is crucial for conservation plans. However, there is a great uncertainty about the species population genetic structure across the TEP. To investigate it and to identify possible management units for conservation purposes this study was carried out, based on two SNPs datasets of 3867 and 3220 SNPs for young of the year (YOY) and adult individuals, respectively, obtained through NGS protocols. Sampling covered the species’ range distribution in the Tropical Eastern Pacific and was structured into YOY and adult individuals in order to discard the effects of migrating individuals into sampled locations. Our results revealed slight but significant differences among locations occupying the latitudinal limits of the species distribution at transitional areas between tropical and subtropical waters. These areas are characterized by strong seasonal variations in sea surface temperature and limit the prevalence of populations in these extremes. Genetic differences also seem to be related to spatial separation of locations as the northernmost (Los Cabos) and southernmost (Peru) locations including a set of oceanic samples, showed the highest levels of genetic differentiation. Whereas were detected barriers to gene flow among spatially separated locations for YOY individuals probably related to site fidelity, clear limitations to gene flow between Mexico and Central America locations were observed probably related to oceanic circulation in the area. Design management strategies in countries where the dolphinfish is explored is of primary interest to preserve genetic resources. It is necessary to define the existence of genetic differences of populations for species that are highly dependent on environmental factors limiting its distributional range as is the case of the dolphinfish