USO DE GENES CANDIDATOS NO TAMANHO DA LEITEGADA

A suinocultura no Brasil ocupa lugar de destaque na produção de alimentos para consumo interno, e também para exportação. Os avanços ocorridos na genética na área da suinocultura podem ser considerados como fatores primordiais para que a mesma viesse a se mostrar como um importante setor da agropecuária brasileira. As características reprodutivas são essenciais para o desenvolvimento da produção, dentre essas, uma que se mostra bastante importante é o tamanho da leitegada. O uso de genes candidatos pode ser um método promissor na questão reprodutiva de suínos. Vários genes têm sido testados para este fim, como o gene receptor do estrogênio, a proteína 4 de ligação a retinol (RBP4), o receptor da melatonina, o gene receptor da prolactina. E ainda outros genes de caráter importante na reprodução dos animais domésticos, como a Prostaglandina Endoperoxidase Sintetase 2, o gene ligado ao hormônio fator de crescimento epidérmico (EGF) e o hormônio folículo estimulante beta (FSHß). O uso de genes candidatos se faz necessário já que os mesmos são ferramentas potentes para a seleção de genótipos superiore

SEQUENCIAMENTO DO EXON I DO GENE DO HORMÔNIO DO CRESCIMENTO (GH) EM CODORNAS

O hormônio do crescimento (GH) é um hormônio sintetizado e secretado pela hipófise e está envolvido em uma série de processos fisiológicos importantes. Há relatos de polimorfismo no gene GH e associado com a produção de leite, ovos, carne, além de algumas características relacionadas à reprodução. Neste estudo, foi observada alta homologia entre o fragmento seqüenciado em uma linhagem de codorna de corte e os fragmentos depositados no GenBank, sendo verificadas mutações pontuais como transversões e transições, além de deleções e inserções de bases.  No exon I, na região 5´UTR, foram observados polimorfismos que podem ser utilizados em estudo de associação com características de interesse econômico

Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a Specialized Diazotrophic Endophyte of Tropical Grasses

The molecular mechanisms of plant recognition, colonization, and nutrient exchange between diazotrophic endophytes and plants are scarcely known. Herbaspirillum seropedicae is an endophytic bacterium capable of colonizing intercellular spaces of grasses such as rice and sugar cane. The genome of H. seropedicae strain SmR1 was sequenced and annotated by The Paraná State Genome Programme—GENOPAR. The genome is composed of a circular chromosome of 5,513,887 bp and contains a total of 4,804 genes. The genome sequence revealed that H. seropedicae is a highly versatile microorganism with capacity to metabolize a wide range of carbon and nitrogen sources and with possession of four distinct terminal oxidases. The genome contains a multitude of protein secretion systems, including type I, type II, type III, type V, and type VI secretion systems, and type IV pili, suggesting a high potential to interact with host plants. H. seropedicae is able to synthesize indole acetic acid as reflected by the four IAA biosynthetic pathways present. A gene coding for ACC deaminase, which may be involved in modulating the associated plant ethylene-signaling pathway, is also present. Genes for hemagglutinins/hemolysins/adhesins were found and may play a role in plant cell surface adhesion. These features may endow H. seropedicae with the ability to establish an endophytic life-style in a large number of plant species

<b>Método não-invasivo na obtenção de DNA de búfalos</b> - DOI: 10.4025/actascianimsci.v30i4.4839 <b>Non-invasive method for buffalo DNA extraction</b> - DOI: 10.4025/actascianimsci.v30i4.4839

O objetivo do trabalho foi comparar dois diferentes protocolos de extração de DNA de pelos de búfalos (<em>Bubalus bubalis</em>) e comparar três regiões de coleta de material (nuca, paleta direita e testa). Foram utilizados quatro búfalos com três repetições por animal e por região. No protocolo 1, foi utilizada a técnica do fenol-clorofórmio e no protocolo 2, a técnica de extração com CTAB. O protocolo 2 apresentou maior média de concentração de DNA para as amostras de pelos. Em relação ao local de retirada dos pelos, não foram encontradas diferenças significativas, porém nota-se que a região da testa dos animais apresentou maior concentração de DNA quando extraído com CTAB. Com relação à praticidade de utilização dos dois métodos avaliados, o protocolo 2, além de ter apresentado maior concentração de DNA, apresentou menor tempo de execução, 3h 50 min., além de evitar a utilização de mais um reagente tóxico, como é o caso do fenol. Por esse motivo, sugere-se que a coleta seja efetuada na região da testa, levando-se em consideração a praticidade e a acessibilidade aos pelos e sugere-se também a aplicação do protocolo de extração de DNA com CTAB, pela praticidade e pelo menor tempo de execução.<br>The objective of this paper was to compare two different protocols for DNA extraction from buffalo (<em>Bubalus bubalis</em>) fur. Also, three sites for the fur source (back of the head, right shoulder and forehead) were compared. For the experiments, four animals were used and three replicates for each site on each animal were performed. For protocol 1, the phenol chloroform technique was used, and the CTAB extraction technique was used for protocol 2. Protocol 2 resulted in a higher average of DNA concentration for the fur samples. Considering the body region from where the fur was extracted, there were no significant differences in DNA concentration. However, the forehead showed a higher concentration when extracted with CTAB. Considering the ease of use for each protocol, protocol 2, in addition to presenting greater concentrations of DNA, took less time to be performed — three hours and fifty minutes, and did not require another toxic reagent, such as phenol. For this reason, it is recommended that the material be extracted from the forehead, asit is an easy site to access the fur. The recommended protocol for DNA extraction is with CTAB, because of its practicality and lower execution time

Polymorphism in the BIEC2-808543 locus and its association with growth curve in Brasileiro de Hipismo horse breed

Our objective was to evaluate whether the single nucleotide polymorphism (SNP) BIEC2-808543, identified in some horse breeds, also occurs in the Brasileiro de Hipismo (BH) breed. In addition, we verified if this SNP is related to the growth curve profile of these animals for the variables body mass, height at withers, and height at croup, using nonlinear mixed models. For the DNA isolation, we collected blood samples from 167 young BH horses. We obtained the genotypes of these animals using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism technique. For the association studies of this polymorphism with the growth curve in foals, we selected three traits: body mass, height at withers, and height at croup. Polymorphism C/T exists in BH horses and is significantly associated with the evaluated traits. Animals that presented the TT genotype were smaller and lighter when compared with animals of the CT and CC genotypes. By the Akaike information criterion, the model that best described the growth curve for the body mass variable is the Brody model associated with the power of the mean variance function. For the height at withers variable, the best-fit model was von Bertalanffy, adjusted without polymorphism effect in parameter b, associated with the asymptotic variance. For the height at croup trait, the model that best described the growth curve was Brody model, associated with asymptotic variance. This polymorphism represents a good molecular marker. Nonlinear models are promising for describing growth curves in horses, particularly by the possibility of associating SNP effects to model parameter

<strong>Uso da bioinformática na diferenciação molecular da <em>Entamoeba histolytica</em> e <em>Entamoeba díspar</em></strong> - DOI: 10.4025/actascihealthsci.v30i2.2375 <b>Molecular discrimination of <em>Entamoeba histolytica</em> and <em>Entamoeba dispar</em> by bioinformatics resources</b> - DOI: 10.4025/actascihealthsci.v30i2.2375

Amebíase invasiva, causada por <em>Entamoeba histolytica</em>, é microscopicamente indistinguível da espécie não-patogênica <em>Entamoeba dispar</em>. Com auxílio de ferramentas de bioinformática, objetivou-se diferenciar <em>Entamoeba histolytica</em> e <em>Entamoeba dispar</em> por técnicas moleculares. A análise foi realizada a partir do banco de dados da <em>National Center for Biotechnology Information</em>; pela pesquisa de similaridade de sequências, elegeu-se o gene da cisteína sintase. Um par de <em>primer</em> foi desenhado (programa <em>Web Primer</em>) e foi selecionada a enzima de restrição <em>TaqI</em> (programa <em>Web Cutter</em>). Após a atuação da enzima, o fragmento foi dividido em dois, um com 255 pb e outro com 554 pb, padrão característico da <em>E. histolytica</em>. Na ausência de corte, o fragmento apresentou o tamanho de 809 pb, referente à <em>E. dispar</em>.<br>Under microscopic conditions, the invasive <em>Entamoeba histolytica</em> is indistinguishable from the non-pathogenic species <em>Entamoeba dispar</em>. In this way, the present study was carried out to determine a molecular strategy for discriminating both species by the mechanisms of bioinformatics. The gene cysteine synthetase was considered for such a purpose by using the resources of the National Center for Biotechnology Information data bank in the search for similarities in the gene sequence. In this way, a primer pair was designed by the Web Primer program and the restriction enzyme TaqI was selected by the Web Cutter software program. The DNA fragment had a size of 809 bp before cutting, which is consistent with <em>E. dispar</em>. The gene fragment was partitioned in a first fragment with 255 bp and a second one with 554 bp, which is similar to the genetic characteristics of <em>E. histolytica</em>

Uso da bioinformática na diferenciação molecular da Entamoeba histolytica e Entamoeba díspar = Molecular discrimination of Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar by bioinformatics resources

Amebíase invasiva, causada por Entamoeba histolytica, é microscopicamente indistinguível da espécie não-patogênica Entamoeba dispar. Com auxílio de ferramentas de bioinformática, objetivou-se diferenciar Entamoeba histolytica e Entamoeba dispar por técnicasmoleculares. A análise foi realizada a partir do banco de dados da National Center for Biotechnology Information; pela pesquisa de similaridade de sequências, elegeu-se o gene da cisteína sintase. Um par de primer foi desenhado (programa Web Primer) e foi selecionada a enzima de restrição TaqI (programa Web Cutter). Após a atuação da enzima, o fragmento foi dividido em dois, um com 255 pb e outro com 554 pb, padrão característico da E. histolytica. Na ausência de corte, o fragmento apresentou o tamanho de 809 pb, referente à E. dispar.<br><br>Under microscopic conditions, the invasive Entamoeba histolytica is indistinguishable from the non-pathogenic species Entamoeba dispar. In this way, the present study was carried out to determine a molecular strategy for discriminating both species by the mechanisms of bioinformatics. The gene cysteine synthetase was consideredfor such a purpose by using the resources of the National Center for Biotechnology Information data bank in the search for similarities in the gene sequence. In this way, a primer pair was designed by the Web Primer program and the restriction enzyme TaqI was selected by the Web Cutter software program. The DNA fragment had a size of 809 bpbefore cutting, which is consistent with E. dispar. The gene fragment was partitioned in a first fragment with 255 bp and a second one with 554 bp, which is similar to the genetic characteristics of E. histolytica