On the thermodynamics of DNA in the Peyrard-Bishop-Dauxois model

Based on the direct method of molecular dynamics, the temperature dependence of energy, partition function, entropy and free energy, describing the first-order phase transition, is calculated for the classical Peyrard-Bishop-Dauxois model of the DNA molecule. It is shown that without taking into account the quantum freezing of the degrees of freedom at low temperatures, the relationship between these quantities is not determined. An estimation was given for the number of bubbles in homogeneous DNA chains: PolyA/PolyT and PolyG/PolyC.Comment: 4 pages, 2 figure

Об алгоритме расщепления носителя для индуцированных кодов

In the paper, the analysis of the stability of the McEliece-type cryptosystem on induced codes for key attacks is examined. In particular, a model is considered when the automorphism group is trivial for the base code C, on the basis of which the induced code Flq ⊗ C is constructed. In this case, as shown by N. Sendrier in 2000, there exists such a mapping, called a complete discriminant, by means of which a secret permutation that is part of the secret key of a McEliece-type cryptosystem can be effectively found. The automorphism group of the code Flq ⊗ C is nontrivial, therefore there is no complete discriminant for this code. This suggests a potentially high resistance of the McEliece-type cryptosystem on the code Flq ⊗ C. The algorithm for splitting the support for the code Flq ⊗ C is constructed and the efficiency of this algorithm is compared with the existing attack on the key of the McElice type cryptosystem based on the code Flq ⊗ C.В 2000 г. Н. Сендриер показал, что если для линейного [n, k, d]-кода C(⊆ Fnq ) длины n и размерности k с кодовым расстоянием d группа автоморфизмов PAut(C) этого кода тривиальна, то может быть построен детерминированный алгоритм расщепления носителя, позволяющий для кода D, перестановочно-эквивалентного коду C, найти такую перестановку σ, что σ(C) = D. Этот алгоритм, в частности, может быть применен для осуществления атаки на ключ кодовой криптосистемы типа Мак-Элиса на коде C. Целью настоящей работы является построение и анализ алгоритма расщепления носителя для кода Flq ⊗ C, индуцированного кодом C, l ∈ N. Так как группа автоморфизмов PAut(Flq ⊗ C) нетривиальна даже в случае, когда группа автоморфизмов базового кода C тривиальна, то это позволяет предположить потенциально высокую стойкость криптосистемы типа Мак-Элиса на коде Flq ⊗C к атаке на основе расщепления носителя. В работе строится алгоритм расщепления носителя для кода Flq ⊗ C и сравнивается эффективность этого алгоритма с имеющейся атакой на ключ криптосистемы типа Мак-Элиса на основе кода Flq ⊗ C

Трансплантация легких при первичной легочной артериальной гипертензии: особенности периоперационного периода

Lung transplantation (LT) for idiopathic pulmonary arterial hypertension (IPAH) now is the only radical treatment of this disease.Aim: to analyze own experience of performing LT in patients with IPAH.Materials and methods. 8 adult IPAH patients, who underwent LT between 2014 and october 2018, were included. In 7 of 8 patients undergoing bilateral lung transplantation on intraoperative venoarterial extracorporeal membrane oxygenation (VA ECMO) with prolongation into the postoperative period.Results. VA ECMO support was prolonged into postoperative period 6 and 7 days respectively in 2 (25,0%) patients and 3 days in 6 (75,0%) patients. Hospital mortality in IPAH patients was 1.Conclusions. Own experience demonstrates that LT is an effective method of treatment in patients with IPAH. Hospital, 1- and 3-year survival rates for the patient collective were 87.5, 75.0 and 75.0% respectively.Первичная легочная артериальная гипертензия (ПЛАГ) – необратимое заболевание, единственным методом радикального лечения которого является трансплантация легких (ТЛ).Цель исследования: анализ собственного опыта выполнения ТЛ у пациентов с ПЛАГ.Материалы и методы. В исследование включили 8 взрослых реципиентов, которым была выполнена ТЛ в период с 2014-го по октябрь 2018 г. Всем реципиентам была выполнена двусторонняя последовательная трансплантация легких. У 7 из 8 реципиентов ТЛ осуществляли в условиях периферической ВА ЭКМО.Результаты. В послеоперационном периоде первичная дисфункция 3-й степени по классификации ISHLT развилась у 2 (25,0%) из 8 реципиентов, которая проявилась невозможностью прекращения ВА ЭКМО. Общая продолжительность применения ЭКМО у этих пациентов (n = 2) составила 6 и 7 суток. У других 6 (75,0%) реципиентов проявления ранней дисфункции пересаженных легких не носили столь напряженного характера (2-я степень по классификации ISHLT), и продолжительность послеоперационной ВА ЭКМО составила 3 суток. Госпитальная летальность у реципиентов легких, оперированных по поводу ЛАГ, составила 1 наблюдение.Заключение. Собственный опыт демонстрирует, что ТЛ является эффективной лечебной мерой у пациентов с ПЛАГ с показателями госпитальной, 1- и 3-летней выживаемости соответственно 87,5; 75,0 и 75,0%

Morpholino Gene Knockdown in Adult Fundulus heteroclitus: Role of SGK1 in Seawater Acclimation

The Atlantic killifish (Fundulus heteroclitus) is an environmental sentinel organism used extensively for studies on environmental toxicants and salt (NaCl) homeostasis. Previous research in our laboratory has shown that rapid acclimation of killifish to seawater is mediated by trafficking of CFTR chloride channels from intracellular vesicles to the plasma membrane in the opercular membrane within the first hour in seawater, which enhances chloride secretion into seawater, thereby contributing to salt homeostasis. Acute transition to seawater is also marked by an increase in both mRNA and protein levels of serum glucocorticoid kinase 1 (SGK1) within 15 minutes of transfer. Although the rise in SGK1 in gill and its functional analog, the opercular membrane, after seawater transfer precedes the increase in membrane CFTR, a direct role of SGK1 in elevating membrane CFTR has not been established in vivo. To test the hypothesis that SGK1 mediates the increase in plasma membrane CFTR we designed two functionally different vivo-morpholinos to knock down SGK1 in gill, and developed and validated a vivo-morpholino knock down technique for adult killifish. Injection (intraperitoneal, IP) of the splice blocking SGK1 vivo-morpholino reduced SGK1 mRNA in the gill after transition from fresh to seawater by 66%. The IP injection of the translational blocking and splice blocking vivo-morpholinos reduced gill SGK1 protein abundance in fish transferred from fresh to seawater by 64% and 53%, respectively. Moreover, knock down of SGK1 completely eliminated the seawater induced rise in plasma membrane CFTR, demonstrating that the increase in SGK1 protein is required for the trafficking of CFTR from intracellular vesicles in mitochondrion rich cells to the plasma membrane in the gill during acclimation to seawater. This is the first report of the use of vivo-morpholinos in adult killifish and demonstrates that vivo-morpholinos are a valuable genetic tool for this environmentally relevant model organism