Selection of nitrogen-fixing deficient Burkholderia vietnamiensis strains by cystic fibrosis patients: involvement of nif gene deletions and auxotrophic mutations

Burkholderia vietnamiensis is the third most prevalent species of the Burkholderia cepacia complex (Bcc) found in cystic fibrosis (CF) patients. Its ability at fixing nitrogen makes it one of the main Bcc species showing strong filiations with environmental reservoirs. In this study, 83% (29 over 35) of the B. vietnamiensis CF isolates and 100% of the environmental ones (over 29) were found expressing the dinitrogenase complex (encoded by the nif cluster) which is essential in N 2 fixation. Among the deficient strains, two were found growing with ammonium chloride suggesting that they were defective in N 2 fixation, and four with amino acids supplements suggesting that they were harbouring auxotrophic mutations. To get insights about the genetic events that led to the emergence of the N 2 -fixing defective strains, a genetic analysis of B. vietnamiensis nitrogen-fixing property was undertaken. A 40-kb-long nif cluster and nif regulatory genes were identified within the B. vietnamiensis strain G4 genome sequence, and analysed. Transposon mutagenesis and nifH genetic marker exchanges showed the nif cluster and several other genes like gltB (encoding a subunit of the glutamate synthase) to play a key role in B. vietnamiensis ability at growing in nitrogen-free media. nif cluster DNA probings of restricted genomic DNA blots showed a full deletion of the nif cluster for one of the N 2 -fixing defective strain while the other one showed a genetic organization similar to the one of the G4 strain. For 17% of B. vietnamiensis clinical strains, CF lungs appeared to have favoured the selection of mutations or deletions leading to N 2 -fixing deficiencies.Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/75167/1/j.1462-2920.2007.01240.x.pd

What is bacterial colonisation of cystic fibrosis children toothbrushes?

Pseudomonas aeruginosa or Staphylococcus aureus toothbrushes contamination in cystic fibrosis (CF) patients is unknown. The objective of this pilot study was to determine prevalence of those germs on toothbrushes of CF and healthy children, and define if toothbrushes may be involved in pulmonary infection

Bacterial colonization status of cystic fibrosis children's toothbrushes: a pilot study

Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus toothbrush contamination in cystic fibrosis (CF) is unknown. This pilot study aimed to determine their prevalence and the potential involvement of toothbrushes in pulmonary infection. Methods. Toothbrush bacteriological analysis for children aged 8–18 years was conducted on 27 CF patients, 15 healthy siblings, and 15 healthy children from the general population. Results : S. aureus was detected on 22% of the patients’ toothbrushes, and 13% of healthy children's toothbrushes and P. aeruginosa on 15% of patients’ toothbrushes and 0–13% of healthy children's toothbrushes. There was no statistical correlation between pulmonary colonization and toothbrush contamination. P. aeruginosa genotyping showed two identical clones on the patients’ toothbrushes and in their sputum, and between one patient's sputum and his sibling's toothbrush. Conclusion : S. aureus and P. aeruginosa can colonize CF patients’ toothbrushes. The impact on pulmonary colonization remains unknown. Toothbrush decontamination methods need to consider these bacteria in CF patients

Etude microbiologique et évaluation de l'efficacité de l'antibiothérapie intra-veineuse des exacerbations infectieuses à P. aeruginosa chez des adultes atteints de mucoviscidose ou d'autres pathologies respiratoires obstructives chroniques

Les objectifs de notre travail, portant sur des patients atteints de pathologies respiratoires chroniques obstructives (bronchectasies d'origine mucoviscidosiques ou non) et colonisés à P. aeruginosa, étaient d'évaluer d'une part l'efficacité, d'autre part l'impact écologique d'une antibiothérapie intra-veineuse dans le traitement d'un épisode d'exacerbation infectieuse. L'efficacité a été évaluée sur les plans clinique et paraclinique en suivant l'évolution des paramètres d'exploration fonctionnelle respiratoire et des marqueurs d'inflammation et d'infection (CRP, polynucléose). L'évaluation microbiologique comprenait (à l'inclusion, puis à J15, 3 mois, et 6 mois du début de la cure antibiotique), un ECBC avec numération bactérienne (permettant d'évaluer l'impact sur la colonisation à P. aeruginosa, et de rechercher l'apparition de bactéries multi-résistantes), l'analyse de la sensibilité aux antibiotiques (antibiotype), et le typage des souches de P. aeruginosa successivement isolées (sérotype et génotype par ERIC-PCR). De plus, les souches des différents patients ont été comparées entre elles, afin de déterminer l'existence d'éventuelles transmissions croisées. Notre étude, même si elle porte sur un petit nombre de patients, est cohérente avec les études publiées sur les patients atteints de mucoviscidose sur le plan de la répartition des mécanismes de résistance, et des sérotypes de P. aeruginosa, répartition qui n'a pas été étudiée pour les patients atteints de DDB non mucoviscidosiques. Le nombre de patients présentant une céphalosporinase, une résistance à l'imipénème, ou une résistance à la tobramycine était significativement plus élevé dans la mucoviscidose que dans les DDB. Par contre, la fréquence des résistances à la ciprofloxacine était similaire dans les 2 populations. Sur le plan de l'efficacité thérapeutique, l'amélioration des paramètres spirométriques et inflammatoires est quasi constante au décours de l'antibiothérapie intra-veineuse, mais l'amélioration microbiologique est quant à elle très inconstante. La ciprofloxacine PO utilisée en bithérapie avec un antibiotique IV, donne des résultats équivalents à l'administration d'une assocation ß-lactamine-aminoside, préconisée par le jury de la conférence de consensus sur la prise en charge des patients atteints de mucoviscidose. La similitude des génotypes ERIC des isolats successifs d'un même patient confirme la chronicité des colonisations. La comparaison des souches des différents patients n'a montré que très peu de similitudes, ce qui a priori écarte la présence d'une souche hautement transmissible à la différence de ce qui a été décrit au Royaume-Uni dans certains services.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Antigénurie pneumococcique par méthode immunochromatographique (évaluation médico-économique au CHU de Toulouse chez l'adulte de plus de 18 ans)

Les limites des méthodes de microbiologie conventionnelle pour diagnostiquer les pneumopathies communautaires acquises à pneumocoque ont rendu nécessaire le développement de nouvelles techniques de diagnostic rapide. Le test immunochromatographique ICT Streptococcus pneumoniae Binax NOW® qui détecte la présence du polysaccharide C dans les urines, a été mis en place au CHU de Toulouse dès 2001 et son évaluation fait l'objet du présent travail. Sur une première période d'étude (2002-2004), nous avons comparé les performances de ce test par rapport aux résultats des cultures bactériologiques usuelles chez 278 patients. De plus, pour les patients présentant des résultats positifs du test (n=32 patients), les éléments cliniques, radiologiques, et la CRP on été analysés. Puis nous avons étudié l'évolution des prescriptions et du taux de positivité du test dans les différents services de l'hôpital sur la période 2002-2004 et l'année 2007. Enfin, nous avons voulu apprécier l'impact économique de la réalisation de ce test. Sur la première période de l'étude, la sensibilité du test établie par rapport aux hémocultures a été de 76% (VPP 43%) et la spécificité de 93% (VPN 97%). Alors que la sensibilité du test établie par rapport au diagnostic final (grâce aux données biocliniques) s'est avérée à 82,8% (VPP 93,5%). Le gain diagnostique par rapport aux analyses bactériologiques a été de 40% et montre que c'est un test utile en supplément des cultures. De plus, lorsque le test a été positif en même temps que les hémocultures, il a permis un gain de temps dans l'établissement du diagnostic chez 5/13 patients. Sur les deux périodes de l'étude, nous avons pu constater que le nombre de prescriptions du test avait doublé chaque année, depuis 2003, mais qu'inversement le taux de positivité a diminué évoquant la nécessité de réévaluer les indications dans certains services prescripteurs. Enfin, l'établissement rapide du diagnostic de pneumopathie par le test ICT S.p. a permis une adaptation thérapeutique vers une antibiothérapie plus ciblée sur le pneumocoque dans 7/10 cas permettant un bénéfice en terme de coût économique et écologique.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Diagnostic moléculaire des infections a Nocardia SPP. à partir des échantillons biologiques par PCR-ELISA

Les bactéries appartenant au genre Nocardia sont des bactéries filamenteuses et ramifiées à coloration de gram positive appartenant à l'ordre des Actinomycétales. Elles sont responsables d'infections graves, pulmonaires, cérébrales ou cutanées, essentiellement chez l'immunodéprimé. En raison du risque de dissémination, l'isolement et l'identification rapide et précise des bactéries est impérative. Toutefois, l'isolement en primoculture d'une Nocardia peut prendre 2 à 3 semaines et son identification phénotypique plusieurs semaines supplémentaires. A partir de la technique de Southern-blot proposée par Couble et al., 2005, nous avons développé une technique de diagnostic moléculaire par PCR-ELISA permettant, en une dizaine d'heures seulement, une détection spécifique du genre Nocardia dans les échantillons biologiques avec une sensibilité de 103 UFC/mL.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocSudocFranceF

Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) et mucoviscidose en France (approche clinico-épidémiologique à partir de 118 souches isolées des sécrétions trachéo-bronchiques de 111 patients)

TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocTOULOUSE3-BU Santé-Allées (315552109) / SudocSudocFranceF

Use of Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis for Identification of Ralstonia and Pandoraea Species: Interest in Determination of the Respiratory Bacterial Flora in Patients with Cystic Fibrosis

The recovery of Ralstonia and Pandoraea species from respiratory tract cultures of patients with cystic fibrosis has recently been reported. These species are difficult to identify, and especially to differentiate from Burkholderia cepacia complex organisms, with classical methods. The discriminatory power of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) within the two genera was assessed by comparing the restriction profiles of reference strains of each species by using a panel of six enzymes already proven suitable for the identification of Burkholderia species. ARDRA provided differentiation of all the Ralstonia species tested and of Pandoraea norimbergensis. Pandoraea species P. pnomenusa, P. sputorum, P. pulmonicola, and P. apista were not discriminated to the species level. This method allowed the identification of five clinical isolates recovered from French cystic fibrosis patients as Ralstonia mannitolilytica