Bakteriyel Vajinal Mikrobiyotanın Metagenomik Yaklaşımla Tanımlanması

Amaç: Bu çalışmanın amacı, alem düzeyinden tür düzeyine kadar farklı taksonomik seviyelerde yüksek verimli yeni nesil dizileme ve metagenomik yaklaşım kullanarak 38 Türk kadınının vajinal bakteriyel mikrobiyotasını belirlemektir. Gereç ve Yöntem: Yeditepe Üniversitesi Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Kliniği’nde Haziran 2021’de DNA/RNA koruma toplama tüplerine vajinal sürüntü örnekleri (n=38) alındı ve ZymoBIOMICS DNA miniprep kiti ile DNA ekstraksiyonu yapıldı. Hastaların yaşı, medeni durumu, ön tanı ve anamnez durumu ile ilgili bilgiler toplandı. Vajinal mikrobiyotayı belirlemek için 16S rRNA amplikon DNA dizilimi kullanılarak metagenomik bir yaklaşım uygulandı. Bulgular: Vajinal örneklerde baskın filum Firmicutes’i Proteobacteria, Actinobacteria, Tenericutes, Fusobacteria ve Synergistetes izledi. Lactobacillus en fazla bulunan “cins düzeyinde bakteri” olup onu Prevotella, Enterobacter, Gardnerella ve Dialister izledi. Vajinal sürüntü örneklerinde tür düzeyinde Lactobacillus iners baskın bulundu, bunu Gardnerella vaginalis, Enterobacter tabaci, Prevotella timonensis, Prevotella bivia ve Lactobacillus jensenii izledi. Kanonik uyum analizi (CCA), filum düzeyinde Proteobacteria ve Fusobacteria’nın en yüksek yüzdelerle evli/bekar değişkeni ile ilişkili olduğunu, ancak Actinobacteria ve Tenericutes’in yaş değişkeni ile ilişkili olduğunu gösterdi. Campylobacter, Atopobium, Enterobacter ve Lactococcus en yüksek yüzdelerle evli/bekar değişkeni ile ilişkili bulunurken, Anaerococcus, Streptococcus, Sutterella ve Veillonella en yüksek yüzdelerle yaşla ilişkili bulundu. Ayrıca, CCA, Campylobacter ureolyticus, Lb. jensenii ve Atopobium vajinae türlerinin evli/bekar değişkeni ile en yüksek yüzdelerle ilişkilendirirken, Lactobacillus johnsonii ve G. vaginalis en yüksek yüzdelerle yaş değişkeninde ilişkili bulundu. Sonuç: Vajinal hastalıklar hala önemli bir halk sağlığı sorunudur. Son yıllarda teknolojik gelişmeler sayesinde daha derinlemesine çalışılan vajinal mikrobiyotanın sanıldığından daha karmaşık olduğu keşfedilmiştir. Bu bulguları doğrulamak ve geliştirmek için daha fazla hasta araştırmasına ihtiyaç vardır

Comparison of Total Antibiotic Consumption of European Union Countries and Türkiye in the Period 2010-2021: Rational Drug Use and the Effects of the Pandemic

Introduction: Many initiatives are being implemented worldwide to reduce antibiotic consumption; however, the comparative analysis of these initiatives and their effectiveness in the face of large-scale variables such as pandemics are not thoroughly examined. In this regard, this study aims to analyze the total antibiotic consumption trends in the ATC group J01 in Türkiye and European countries, explore the differences between countries, and investigate the impact of the recent pandemic on changes in antibiotic consumption data. Materials and Methods: ATC group J01 total antibiotic consumption (hospital + community) data of Türkiye and 19 European countries between 2010 and 2021 were concatenated and compared. Data from the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) and the Turkish Medicines and Medical Devices Agency (TITCK) were used for the study. Antibiotic consumption data was represented in terms of defined daily dose (DDD) per 1000 patients per day. Results: Despite having the highest antibiotic consumption during the period in focus, Türkiye showed a statistically significant (p= 0.05) decrease with antibiotic consumption data of 41.43 defined daily doses (DDD) per 1000 patients per day between 2010-2015 and 32.24 DDD per 1000 patients per day between 2016-2021. In 2021, when the COVID-19 pandemic was in effect, antibiotic consumption in Europe dropped to 14.91 defined daily doses (DDD) per 1000 patients per day, the lowest level between 2010 and 2021, while in Türkiye it dropped to 24.39 defined daily doses (DDD) per 1000 patients per day recorded in 2020 and increased to 26.97 defined daily doses (DDD) per 1000 patients per day recorded in 2021. Conclusion: Rational drug use practices were effective in reducing antibiotic consumption in Türkiye. However, the trend was disrupted with the 2021 consumption data, indicating a deviation from the previous progress. In contrast, European countries displayed variations in antibiotic consumption levels, but overall, they experienced a decrease in consumption during the COVID-19 pandemic