North American Natural Gas Model Impact of Cross-Border Trade with Mexico

Natural gas as a source of energy has attracted a lot of interest as its emissions rate and price are lower than other fossil fuel energy sources. In the U.S., natural gas-fired power generation has been rising, as coal has declined as a share of the fuel mix. Likewise, Mexico recently launched its energy reform with focus on greatly expanding use of natural gas over other fossil fuels, primarily in the energy sector, by opening the market to private investors. These recent economic and policy changes, along with increasing gas production in the U.S. (shale gas boom) are likely to drive the natural gas market in North America in a new direction. For instance, the Annual Energy Outlook 2015 describes the U.S. for the first time as a net exporter of natural gas (via pipelines and LNG) by 2017. In order to study the current North American gas market with its new regulations like the Mexican energy reform, this paper presents the North American Natural Gas Market Model(NANGAM). We propose a long-term partial-equilibrium model of the United States, Mexican, and Canadian gas markets. NANGAM considers more granular details regarding market regions and pipelines in Mexico than other existing models, allows for endogenous infrastructure expansion, and is built in five year time-steps up to 2040, considering three seasons (low, high, and peak demand) for each time-step. NANGAM is calibrated using up-to-date data, which reflects current gas market trends, such as the increasing U.S. shale gas production. Using NANGAM, we assess the implications of the Mexican energy reform using a set of ad-hoc future scenarios. Results from the model show that, in the case of disappointing development of natural gas production in Mexico, the census region US7 (Texas and adjacent states) is the most affected, reaching an increase of natural gas production of up to 12% by 2040 compared to baseline projections

Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças.

O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos preditos das EST-Contigs com os processos biológicos que incluíram resposta de defesa e apoptose e com funções moleculares como ligação a nucleotídeo e atividade de transdutor de sinais. Esses e outros termos encontrados são comprovadamente relacionados com a atuação de genes de resistência no mecanismo de defesa da planta

Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café.

Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs

The Parkinsonian mimetic, 6-OHDA, impairs axonal transport in dopaminergic axons

6-hydroxydopamine (6-OHDA) is one of the most commonly used toxins for modeling degeneration of dopaminergic (DA) neurons in Parkinson's disease. 6-OHDA also causes axonal degeneration, a process that appears to precede the death of DA neurons. To understand the processes involved in 6-OHDA-mediated axonal degeneration, a microdevice designed to isolate axons fluidically from cell bodies was used in conjunction with green fluorescent protein (GFP)-labeled DA neurons. Results showed that 6-OHDA quickly induced mitochondrial transport dysfunction in both DA and non-DA axons. This appeared to be a general effect on transport function since 6-OHDA also disrupted transport of synaptophysin-tagged vesicles. The effects of 6-OHDA on mitochondrial transport were blocked by the addition of the SOD1-mimetic, Mn(III)tetrakis(4-benzoic acid)porphyrin chloride (MnTBAP), as well as the anti-oxidant N-acetyl-cysteine (NAC) suggesting that free radical species played a role in this process. Temporally, microtubule disruption and autophagy occurred after transport dysfunction yet before DA cell death following 6-OHDA treatment. The results from the study suggest that ROS-mediated transport dysfunction occurs early and plays a significant role in inducing axonal degeneration in response to 6-OHDA treatment

Mapa parcial de ligação gênica em Coffea arabica L.

Em uma população F2 de 215 indivíduos, originária do cruzamento entre cafeeiros "Híbrido de Timor" (H445-46) e "Catuaí" (2143-235) foram analisados 102 marcadores RAPD. Com estes, foi confeccionado um mapa parcial em que 89 marcadores se posicionaram em 14 grupos de ligação. Treze marcadores não se ligaram a nenhum grupo formado. Houve distorção de segregação para 54 marcas. O mapa cobriu parte do genoma, mas novas marcas devem ser encontradas para saturação dos intervalos e formação de novos grupos

Diversidade genética de genótipos de café canéfora por meio de marcadores microssatélites.

O germoplasma de café canéfora (Coffea canephora), cultivado comercialmente ou conservado nas instituições brasileiras de pesquisa agropecuária, apresenta ampla variabilidade fenotípica, todavia são escassos os estudos que comparam acessos de diferentes coleções. Assim, esse trabalho objetivou avaliar a diversidade genética do germoplasma de C. canephora oriundo de distintas instituições de pesquisa, usando marcadores microssatélites. Foram avaliados 128 acessos de C. canephora, conservados na Estação Experimental da Embrapa Rondônia, em Ouro Preto do Oeste-RO, provenientes dos Bancos de Germoplasma (BAGs) do lAC (43 acessos), EPAMIG/UFV (11 acessos), INCAPER (39 acessos) e de coletas em áreas de cultivo no próprio Estado (35 acessos). Acessos de C. racemosa, C. eugenioides, C. liberica, C. arábica e Híbrido de Timor foram incluídas na analise. Foram utilizados 22 primers microssatélites desenvolvidos a partir das seqüencias do Projeto Brasileiro do Genoma Café. A dissimilaridade entre os acessos foi calculada por meio do índice de coincidência não-ponderado e representada em dendrograma, baseado no método UPGMA. Por meio dos microssatélites foi detectado elevado nível de polimorfismo, o que permitiu a individualização de todos os acessos. As demais espécies analisadas formaram um grupo a parte. Entre os acessos de C. canephora, verificou-se a formação de dois grupos, sendo o primeiro composto por gen6tipos do tipo Conilon e o segundo por genótipos do tipo Robusta. Os acessos do INCAPER e da Embrapa Rondônia formaram dois subgrupos dentro do grupo Conilon, sendo que a diversidade no BAG da Embrapa Rondônia foi maior do que no BAG do INCAPER. No grupo dos Robustas, foi observada ampla diversidade, não havendo distinção entre as coleções do lAC e da EPAMIG/UFV. A técnica de microssatélites possibilitou um satisfatório entendimento da diversidade genética entre os acessos de diferentes coleções, mostrando-se essencial para complementar estudos de caracterização de germoplasma de Coffea canephora

Genetic characterization of an elite coffee germplasm assessed by gSSR and EST-SSR markers.

Coffee is one of the main agrifood commodities traded worldwide. In 2009, coffee accounted for 6.1% of the value of Brazilian agricultural production, generating a revenue of US$6 billion. Despite the importance of coffee production in Brazil, it is supported by a narrow genetic base, with few accessions. Molecular differentiation and diversity of a coffee breeding program were assessed with gSSR and EST-SSR markers. The study comprised 24 coffee accessions according to their genetic origin: arabica accessions (six traditional genotypes of C. arabica), resistant arabica (six leaf rust-resistant C. arabica genotypes with introgression of Híbrido de Timor), robusta (five C. canephora genotypes), Híbrido de Timor (three C. arabica x C. canephora), triploids (three C. arabica x C. racemosa), and racemosa (one C. racemosa). Allele and polymorphism analysis, AMOVA, the Student t-test, Jaccard?s dissimilarity coefficient, cluster analysis, correlation of genetic distances, and discriminant analysis, were performed. EST-SSR markers gave 25 exclusive alleles per genetic group, while gSSR showed 47, which will be useful for differentiating accessions and for fingerprinting varieties. The gSSR markers detected a higher percentage of polymorphism among (35% higher on average) and within (42.9% higher on average) the genetic groups, compared to EST-SSR markers. The highest percentage of polymorphism within the genetic groups was found with gSSR markers for robusta (89.2%) and for resistant arabica (39.5%). It was possible to differentiate all genotypes including the arabica-related accessions. Nevertheless, combined use of gSSR and EST-SSR markers is recommended for coffee molecular characterization, because EST-SSRs can provide complementary information

Comparative study of different molecular markers for classifying and establishing genetic relationshps in Coffea Canephora.

The genetic variability characterization of the accessions of the germplasm collection, using molecular markers, is being applied as a complementary strategy to the traditional approaches to redefine the plant genetic resources. In this study, we compared the informativeness and efficiency of the molecular markers RAPD, AFLP and SSR in the analysis of 94 accessions of Coffea canephora germplasm held by the breeding program of the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Rondonia State, Brazil. For this, we considered the marker?s discriminatory power and level of polymorphism detected and also the genetic relationships and clustering (dendrogram) analysis. The RAPD marker yielded low-quality data and problems in the discrimination of some accessions, being less recommended for genetic studies of C. canephora . The SSRs had a higher level of information content and yielded high-quality data, while AFLP was the most efficient marker system because of the simultaneous detection of abundant polymorphism markers per few reactions. Our results indicate that AFLP and SSR, allies to the intrinsic characteristics of each technique, are the most suitable molecular markers for genetic studies of C. canephora .However, the choice of AFLP or SSR in the species characterization should be made in agreement with some characteristics that are discussed in this work

Identificação de cromossomo artificial de bactéria contendo gene de resistência a doenças em cafeeiro.

O estudo e a caracterização de fatores genéticos de resistência são importantes para ampliar os conhecimentos da interação planta-patógeno. O marcador molecular CARF 005, identificado em trabalho anterior, é capaz de identificar um fragmento de gene de resistência a doenças presente em genótipos de cafeeiro resistentes a ferrugem, principal doença da cultura. Neste trabalho, o CARF 005 foi utilizado para fazer o screening de uma biblioteca BAC de Coffea arabica com 56.832 clones. Foram identificados dois clones contendo o fragmento do gene de resistência. Após o sequenciamento, esses poderão ser usados para estudo da estrutura do gene e, eventualmente, em obtenção de plantas transgênicas para auxiliar programas de melhoramento