Expressão diferencial de genes relacionados ao metabolismo de cálcio e fósforo em poedeiras com diferentes níveis de desempenho.

Resumo: Cálcio (Ca) e Fósforo (P) são minerais essenciais na nutrição de poedeiras, participam em muitas funções metabólicas e na formação da casca do ovo. Níveis inadequados desses elementos podem resultar em perdas significativas na qualidade dos ovos, vida produtiva e bem estar de poedeiras. Portanto, utilizando a técnica de RNA-Seq, objetivou-se analisar o perfil de expressão gênica relacionada a mecanismos homeostáticos de Ca e P fornecidos na dieta de poedeiras. Para isso, foram utilizadas 27 amostras do duodeno, de três grupos de poedeiras que receberam diferentes níveis na dieta de Ca:P e apresentaram diferentes desempenhos produtivos: alto (4.71% Ca e 0.21% P), baixo (3.29% Ca e 0.49% P) e grupo controle (Ca 4% e 0,35% P). Considerando todas as comparações entre os grupos, um total 107 genes foram diferencialmente expressos (DE, FDR < 0.05) no duodeno. Destes, pode-se destacar FGF7, MYLK, CAB39L, ILIRLI, PKIA, CAV1, COL3A1 e TNIP3. Nenhum desses havia sido previamente associado com a regulação de Ca:P na dieta de poedeiras. A identificação desses genes é importante para a melhor compreensão de mecanismos envolvidos na modulação e no uso eficiente desses minerais na dieta das galinhas. Abstract: Calcium (Ca) and phosphorus (P) are essential minerals in laying hens nutrition, participating in many metabolic functions, including eggshell formation. Inadequate levels of these elements can result in significant losses in egg quality, productive life and welfare of the laying hens. Therefore, using the RNA-Seq analysis, the gene expression profile related to Ca and P homeostatic mechanisms in the diet of laying hens was evaluated. To this, 27 duodenum samples from three groups of laying hens that received different levels of Ca:P in the diet and had different productive performances: high (4.71% Ca and 0.21% P), low (3.29% Ca and 0.49% P) and control group (Ca 4% and 0.35% P) were used. Considering all comparisons among groups, 107 genes were differentially expressed (DE, FDR < 0.05) in the duodenum. Of these, the FGF7, MYLK, CAB39L, ILIRLI, PKIA, CAV1, COL3A1 and TNIP3 can be highlighted. None of them had been previously associated with Ca:P regulation. The identification of these candidate genes is important to improve the understanding of the mechanisms involved with the modulation and the efficient use of these minerals in the chicken diet

Identificação e caracterização de variantes funcionais no transcriptoma de duodeno em poedeiras.

Resumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas, pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8, NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura. Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo para um melhor entendimento da genômica funcional de aves. Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets in new approaches other than differentially expression analysis. One of them is the functional variants identification that has become an alternative way to prospect polymorphisms in several species. Since there are few studies using RNA-seq to find variants in chickens, this study aimed to identify and to characterize the presence of functional variants in the laying hens? duodenum transcriptome. To this, chicken duodenal transcriptome data were used for variant detection using GATK software. The identified variants were annotated using Ensembl's Variant Effect Predictor (VEP) tool. A total of 119,046 variants were found in the evaluated transcriptomes, where 106,644 were existing (89.6%) and 12,402 (10.4%) were novel variants. Among them, it is possible to highlight some missense mutations with deleterious effects predicted in the TNFRSF10B, DHX8, NRDC and SSPN genes that are in QTL regions for several traits of interest to poultry industry. Our data constitute a source of knowledge in the chicken genetic variability, contributing to a better understanding on its functional genomics