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The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance
INTRODUCTION
Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic.
RATIONALE
We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs).
RESULTS
Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants.
CONCLUSION
Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century
Urétrocystoscopie ambulatoire au service d’Urologie/Andrologie de l’Hôpital Général Grand Yoff de Dakar
But de l’étude: Déterminer le profil des patients ayant subi une urétrocystoscopie et d’en décrire les indications, résultats et les gestes complémentaires réalisés.
Patients et méthodes: Il s’agit d’une étude descriptive rétrospective des patients ayant subi une urétrocystoscopie en ambulatoire au service d’Urologie et Andrologie de l’Hôpital Général Grand Yoff de Dakar. Les caractéristiques démographiques des patients, les indications, les résultats et les gestes complémentaires de l’examen ont été saisis et analysées dans Epi Info 7 version 3.5.3. Nous avons fait des statistiques descriptives.
Résultats: Sur 655 patients ayant subi une urétrocystoscopie, il y’avait 403 hommes et 252 femmes (sex ratio:1,6). L’âge moyen des patients était de 47,44 ans et 27,94% des patients étaient dans la tranche d’âge [40-60 ans]. Les principales indications de l’examen étaient l’hématurie (31,49%), les troubles urinaires du bas appareil (26,44%). Les résultats étaient dominés par les tumeurs de vessie (18,2%), l’hypertrophie prostatique (12,4%), les cystopathies (8,2%) et les lésions bilharziennes (8,1%). Une tumeur de vessie a été trouvée dans 26,45% des cas d’hématurie.
Conclusion: L’urétroystoscopie est un examen important surtout en pathologie tumorale. L’hématurie en était la principale indication mettant en évidence surtout les tumeurs de vessie et l’hypertrophie prostatique mais aussi les pathologies inflammatoires de la vessie
Amputation Totale de La Verge: A Propos de Trois Observations
But: présenter les aspects anatomocliniques, étiologiques et prendre en charge les amputations de verge dans le service d’urologie.
Observations: il s’agissait de trois observations cliniques. Les patients étaient âgés de 25 ans, 18 ans et 30 ans. Le motif de consultation était l’amputation totale de la verge. Le délai de consultation était de 2 heures (n = 2) et 24 heures (n = 1). L’étiologie était criminelle (n = 2) et psychogène (n = 1). L’extrémité distale de la verge amputée était emportée par les bourreaux ou dissimulée par le patient. La prise en charge consistait en: un parage, la confection d’un méat urétral, la pose d’une sonde urétrovésicale. Un accompagnement par psychothérapie était nécessaire.
Conclusion: qu’elle soit d’origine criminelle ou psychogène, l’amputation totale du pénis est rarissime. Les conséquences sont urinaires, sexuelles et psychogènes. La prise en charge doit être multidisciplinaire
Tumeur de Buschke-Löwenstein: à propos de 8 cas et revue de la littérature
Objectifs: présenter les caractéristiques cliniques, anatomopathologiques et la prise en charge de la tumeur de Buschke-Löwenstein (TBL) à l’Hôpital Général de Référence Nationale (HGRN) de N’Djaména au Tchad
Sujets et Méthodes: étude prospective descriptive colligeant 8 patients porteurs d’une TBL de mai 2009 à juin 2012. Les variables étudiées étaient cliniques, paracliniques, thérapeutiques et évolutives. Le traitement consistait à faire une « cautérisation-exérèse » sous anesthésie locale ou rachianesthésie selon l’étendue de la lésion. Pour les lésions vulvaires, un pansement gras séparant les lèvres était fait. Le port de la sonde urinaire était nécessaire pour tous les patients.
Résultats: huit patients étaient pris en charge, deux femmes gestantes et six hommes. L’âge moyen était de 28,8 ans avec des extrêmes de 18 et 60 ans. Un patient était séropositif pour le VIH et la syphilis. Un seul patient avait présenté une récidive après 5 mois nécessitant une seconde « cautérisation-exérèse » avec succès. L’analyse histologique de la pièce avait conclu à une TBL. Les 2 gestantes avaient accouché par voie basse et les fœtus n’étaient pas contaminés.
Conclusion: La TBL est une pathologie relativement fréquente qui affecte des patients jeunes des 2 sexes au service d’urologie. La « cautérisation-exérèse » est le meilleur traitement
La lithiase du bas appareil urinaire : Aspects diagnostiques et thérapeutiques à l’Hôpital de la Mère et de l’Enfant (HME) à N’Djamena (Tchad)
Objectif: rapporter les aspects épidémiologiques cliniques et thérapeutiques de la lithiase du bas appareil urinaire de l’enfant à l’Hôpital de la mère et de l’enfant à N’Djamena(Tchad).
Patients et méthodes: Il s’agit d’une étude descriptive portant sur 130 cas de lithiase du bas urinaire colligés sur 44 Mois allant d’avril 2011 à décembre 2014, réalisée au service de la chirurgie pédiatrique de l’Hôpital de la Mère et de l’Enfant de N’Djamena. Les paramètres d’étude étaient l’âge, le sexe, les antécédents, les caractéristiques cliniques et para clinique, le traitement institué et le résultat du traitement. Nous avons fait des calculs de fréquence et de moyenne.
Résultats: La moyenne d’âge dans notre étude était de 5,25±2,52 ans (1 ; 14 ans). La tranche d’âge de 1-5 ans était la plus atteinte avec une fréquence de 57%. Le sex ratio était de 25/1. Les lithiases étaient survenues toute l’année, avec 2 pics de fréquence aux mois chauds de mars et mai. La majorité de nos patients résidait dans la zone sahélienne (92%) contre 7% en zone désertique à bas niveau socio-économique. A l’examen des urines, les germes pathogènes étaient retrouvés chez 31 patients soit 26,2%. La lithiase du bas appareil urinaire représentait 95,58% des cas. La cystolithotomie était réalisée dans 100% des cas dont 33 cas soit 25,4% après refoulement de la lithiase de l’urètre dans la vessie. La chirurgie à ciel ouvert a été le seul traitement avec une morbidité de 3,7% et une mortalité nulle.
Conclusion: La lithiase du bas appareil urinaire est fréquente. La chirurgie à ciel ouvert est la seule méthode thérapeutique qui est pratiquée dans notre contexte. Faute d’une recherche étiologique réelle, la prise en charge correcte des lithiases reste limitée
Report of Radical Prostatectomy at the Urology Department of the Hopital General de Grand Yoff (HOGGY)
Goal: To show the importance of radical prostatectomy and to evaluate the carcinogenic and functional results of radical prostatectomy (RP) at the Department of Urology of the Hôpital General de Grand Yoff.Patients and Methods: This is a retrospective descriptive study involving 52 patients that had prostate cancer and had gone through RP. The study was held at the Department of Urology of the Hôpital General de Grand Yoff in Dakar over a period of 9 years starting from 1st January 2005 to 31st December 2014. The parameters covered in this study included: Age, existence or non-existence of history of prostate cancer in siblings, circumstances of diagnosis, clinical examination, diagnostic data with histology, therapeutic aspects and prognosis. All data was analyzed using CSPro and EXCEL software with the level of significance at (p < 0.005).Results: The average age of our patients was 61.2 years, ranging between the ages of 50 years and 69 years. In total, 51 patients had a preoperative Gleason score. Amongst them, 26 patients had well differentiated tumors (3+3 =6) and 7 patients had poorly differentiated tumors (4+4 =8) whilst 18 patients showed intermediate tumor differentiation between the two preceding groups (3+4 =7).Histological examination of the specimen among the patients with a preoperative Gleason score of 7 (3 + 4), only 4 of the predicted patients had a definite score of 7 (4 + 3) while 1 patient had a Gleason score of 8. Postoperative Gleason score was evaluated only in 23 of the patients. Post-operative complications included 30 cases of urinary incontinence (56%), one case of ED in 20 cases (37%) and ureteral-bladder stenosis in 4 cases (7%). Biochemical recurrence (BR) was found in 11 patients. We noted clinical recurrence (CR) in 4 of the patients. Among patients with an RB, the resection margins were positive in 2 patients and lymph node invasion in 2 patients. It was equally noted that there was a seminal vesicle invasion in 5 patients in the biochemical recurrence.In the 31 patients being followed up, quality of life was evaluated. Among patients with erectile dysfunction, 15 patients (48.4%) had good erectile functioning while 16 patients (51.6%) were evaluated as satisfactory. Continence was good in 11 patients (38.7%), average in 16 patients (51.6%) and poor in 3 patients (9.7%).Conclusion: Radical prostatectomy gives patients a better chance for cure. The proposition for a PSA of the patients over 50 years of age would increase early diagnosis and would improve the prognosis of the cancer
MORTALITE ET MORBIDITE PRECOCES APRES ADENOMECTOMIE PROSTATIQUE PAR VOIE TRANSVESICALE
Objectif Evaluer la mortalité et la morbidité précoces après adénomectomie prostatique par voie transvésicale.
Patients et Méthodes Nous avons réalisé une étude descriptive pro-spective de Mars à Juin 1997. Quatre-vingt quatorze patients ont été inclus. Tous les patients ont fait l'objet d'une évaluation clinique comportant un toucher rectal; ils ont également béné-ficié d'une échographie prostatique sus-pubienne. Le bilan pré-opératoire a comporté un dosage de la créatininémie et un bilan complet de l'hémostase. L'adénomectomie prostatique selon la technique de Hrynstchack a été pratiquée chez tous les patients. Le suivi post-opératoire a consisté en un examen clinique quotidien; les patients ont ensuite été revus à 1 mois puis à 3 mois. Les incidents et accidents per-opératoires et post-opératoires ont été notés. Résultats La moyenne d'âge de nos patients était de 70,5 ans avec des extrêmes de 53 et 93 ans. Le volume moyen de la prostate mesuré à l'échographie était de 95,5 cc avec des extrêmes de 33 et 324 cc. Avant l'intervention, 54% des patients étaient porteurs de sonde. Une cure simultanée de hernie a été réalisée dans 19% des cas. La durée moyenne de l'intervention était inférieure à une heure dans 63% des cas. Aucun patient n'a été transfusé en per-opératoire. Le délai moyen de port de sonde en post opératoire était de huit jours avec des extrêmes de deux et 17 jours. La morbidité post-opératoire se résumait en un abcès de paroi dans 19% des cas, une fistule vésico-cutanée dans 15% des cas et une orchiépididymite aiguë dans 5% des cas. Nous avons également noté une pollakiurie dans 18% des cas, une dysurie dans 8% des cas et une impériosité mictionnelle dans 3,2% des cas. La mortalité a été estimée à 2,14% des cas.
Conclusion Si la mortalité après adéno-mectomie prostatique est faible, la morbidité reste élevée. Cette dernière, dominée par les complications infectieuses, est due aux larges indications de la chirurgie ouverte dans un environnement opératoire parfois précaire. C'est dire la nécessité de développer la chirurgie par voie endoscopique.
Early Mortality and Morbidity after Open Transvesical Prostatectomy for BPH
Objective To assess early mortality and morbidity after open prostatectomy for BPH.
Patients and Methods We performed a prospective and descriptive study covering the period of March to June 1997. Ninety-four documented cases were studied. Intraoperative evaluation included assessment of serum creatinine and haemostasis. All patients underwent transvesical prostatectomy. Patients were followed up on a daily basis until they were discharged from the hospital; after that they were followed up at one month and three months.
Results Mean patient age was 70,5 years (range 53 93 years). The mean volume of the prostate as measured by suprapubic ultrasonography was 83.5 cc (range 32 324 cc). A simultaneous repair of inguinal hernia was done in 19% of the cases. Postoperative complications included wound infection (19%), vesico-cutaneous fistula (15%) and acute orchi-epididymitis (5%). The overall mortality rate was 2,14%.
Conclusion The morbidity rate after open prostatectomy for BPH is still high. The complications are dominated by infection due to the wide-spread indication of open surgery in precarious surgical environments. There is a need for the development of transurethral resection of the prostate.
African Journal of Urology Vol.8(1) 2002: 20-2
Bilateral Spermatocyte Seminoma: A Case Report
Spermatocyte seminoma is rare pathologic presentation of testicular cancer. We report a case of bilateral testicular seminoma in an 18-year-old man with thoracolumbar metastases. He presented with large, bilateral painless scrotal masses with a normal appearance of the scrotal skin. He also had thoracolumbar gibbus, and flaccid paraplegia that has been evolving for a month. Bilateral orchiectomy was performed but the patient died before adjuvant treatment