Le fil d’Ariane du patrimoine

Dans la région Sud-Ouest du Burkina Faso, en pays lobi, deux lieux remarquables, distants de quelques kilomètres, sont en cours de patrimonialisation. Le premier est le musée ethnographique de Gaoua qui rassemble depuis les années 1990 une collection d'objets et de photographies dans un ancien bâtiment colonial. Grâce à une mise en scène des objets et des images, l'exposition évoque l’identité interethnique du « pays lobi ». Le second, situé sur la commune de Loropéni, est consacré à la conservation d'une forteresse en ruine construite au environ du XIe siècle. L'aspect monumental et fort ancien du site, ainsi que son classement en 2009 sur les listes du patrimoine mondial de l'Unesco, le distinguent comme un haut lieu de l'identité nationale. Sur un même territoire coexistent ainsi deux registres patrimoniaux, dont cet article rend compte afin d’analyser le fil d’Ariane qui les relie.In the southwest part of Burkina Faso, in the lobi's country, two remarkable places, only distant of a few kilometers, are in the process of heritagisation. The first is the ethnographic Gaoua's museum. It gathers a collection of pieces and photos together since 1990 years ago, in an old colonial home. By staging material and pictures, the exhibition displays the interethnic identity of the lobi’s country. The second, in Loropéni's district, is dedicated to the conservation of the fortress ruins builds around the 11th century. The site's appearance, monumental and very old, its inscription on the UNESCO’s listing of world heritage in 2009, makes it a high place for a national identity. This paper discusses two approaches of heritagisation, to analyze the Ariadne’s thread that connects them

Les troubles du comportement, la compétence sociale et la pratique d’activités physiques chez les adolescents

Les problèmes de comportement constituent une préoccupation importante en milieu scolaire. Un des principaux moyens d’intervention utilisés est l’entraînement aux habiletés sociales. L’efficacité de ce type d’initiatives est modeste en ce qui a trait au transfert, au maintien et à la généralisation de l’apprentissage de nouveaux comportements. L’objectif de cette étude est de comparer les profils d’élèves, avec et sans troubles du comportement, autour de différentes variables associées aux habiletés sociales, à l’adaptation psychosociale, à la pratique d’activités physiques et à certaines habitudes de vie à la santé. En partant des résultats de l’analyse, les auteurs proposent de nouvelles pistes d’intervention dans le cadre de programmes d’entraînement aux habiletés sociales s’adressant aux élèves en difficulté de comportement.Behaviour problems are an important concern in the school milieu. One of the principal means of intervention is that of social skills training. These types of initiatives have resulted in only modest efficacy regarding the transfer, the maintenance and the generalization of learning new behaviours. The object of this study is to compare profiles of students with and without behaviour problems with regards to different variables associated with social skills, to psychosocial adaptation, to the practice of physical activities, and to certain healthy life habits. From an analysis of the results, the authors propose new directions for intervention within the frame of social skill training programs for students with behaviour difficulties.Los problemas de comportamiento representan una preocupación importante en el ámbito escolar. Uno de los principales medios de intervención utilizados es la incitación a las habilidades sociales. La eficacia de este tipo de iniciativas es poco significante referente a la transferencia, al mantenimiento y a la generalización del aprendizaje de comportamientos nuevos. Este estudio tiene por objetivo comparar los perfiles de alumnos, con y sin trastornos de comportamiento, en torno a distintas variables asociadas a las habilidades sociales, a la adaptación psicosocial, a la práctica de actividades físicas y a ciertos hábitos de vida relacionados con la salud. A partir de los resultados del análisis, los autores proponen nuevas pistas de intervención a través de programas de entrenamiento a las habilidades sociales, dirigidos a alumnos con problemas de comportamiento

NEXT GENERATION SEQUENCING IN HUMAN DISEASES

Over the past years, Next-Generation Sequencing (NGS) has become an effective and accurate tool for the détection of potential causes and for the better understanding of human genetic diseases. Here, I applied bioinformatics analysis of NGS data to shed new light on the biology of two very différent types of diseases, ocular melanomas and Mendelian diseases. For each patient, we sequenced either the coding régions of the genes, by means of Whole-Exome Sequencing (WES), or the full genome, by means of Whole-Genome Sequencing (WGS), this latter giving more complété and more diverse genetics altérations, compared to WES. In the first part, I exploit the WGS data to understand the genetic causes of two subtypes of ocular melanomas, Uveal Melanoma (UM) and Conjunctival Melanoma [CM), both characterized by an overall high rate of metastatic transformation and mortality. Via the full genome sequencing of 2 patients with CM, we highlighted the presence of a high number of somatic mutations with a majority of cytosine to tyrosine (C>T) substitutions, specifically found at the 3' end of pyrimidine dinucleotide. They are classical features of UV light mutational signature. From a cohort of 34 patients with UM, we determined the genomic landscape of UM, which is very distinct from CM. More specifically, we detailed four classes of UM, depending on specific genetic altérations, corresponding to large copy number variants and mutations in driver genes (BAP1, EIF1AX, and SF3BT), which could be useful to infer a potential metastatic development. In the second part, I was dealing with genomic analysis of rare inherited Mendelian diseases, more specifically with retinal degenerations and skeletal or metabolic disorders. I developed bioinformatics procédures aimed at detecting the variations present in the WES or the WGS data of patients of interest. Then, I set up in silico analyses to identify the disease-causing candidate DNA variants and to reduce the overall noise, which is rather abundant in ail NGS-based approaches. These tools allowed us to discover two new developmental syndromes [caused by HSPA9 and NANS), to characterize four genes causing retinal degeneration (CEP78 and TTLL5), a skeletal phenotype [ASAH1) and a multisystem disorder (NBAS). -- Ces dernières années, le séquençage à haut débit (en anglais « Next-Generation Sequencing » - NGS) est devenu un outil efficace et précis pour la détection des causes potentielles des maladies génétiques humaines. Durant ma thèse, j'ai appliqué des analyses bioinformatiques pour étudier deux types de maladies bien différentes, les mélanomes oculaires et les maladies mendéliennes. Pour chaque patient, nous avons séquencé soit les régions codantes des gènes via la technique de « Whole Exome Sequencing » (WES), soit le génome en entier via du « Whole Genome Sequencing » (WGS). En comparaison au WES, le WGS donne des informations plus précises et plus complexes sur toutes les altérations génétiques. D'une part, j'ai cherché à comprendre les causes génétiques de deux mélanomes oculaires, le Mélanome de l'Uvée (UM) et le Mélanome de la Conjonctive (CM), caractérisés par un taux élevé de métastases et un faible pronostic vital. En séquençant le génome de deux patients atteints de CM, j'ai mis en avant la présence d'un très grand nombre de mutations somatiques ; avec une majorité de substitutions de cytosine en tyrosine (C>T), trouvées spécifiquement du côté 3' des couplets de pyrimidine. Ce sont des modifications caractéristiques de l'action des rayons ultra-violets. A partir d'une cohorte de 34 patients atteints d'UM, j'ai déterminé les bases génomiques de ce cancer, très différentes de celles de CM. J'ai notamment détaillé quatre classes d'UM, chacune ayant des altérations génétiques spécifiques, consistant en de larges variations du nombre de copies et des mutations dans des gènes « drivers » (BAP1, EIF1AX, et SF3B1), ce qui pourrait être utile pour prédire des potentiels développements métastatiques. D'une autre part, j'ai étudié des maladies mendéliennes rares, plus particulièrement les dégénérations rétiniennes ainsi que les maladies du squelette et métaboliques. J'ai développé des pipelines bioinformatiques détectant les variations génétiques présentes dans le WES ou le WGS de nos patients. J'ai ensuite mis en place des analyses in-silico pour identifier les variantes pouvant potentiellement expliquer la maladie, tout en réduisant les faux positifs, qui sont très fréquents en NGS. Ces outils m'ont permis de découvrir, avec mes collaborateurs, deux nouveaux syndromes développementaux (causés par les gènes HSPA9 et NANS] et de caractériser quatre autres gènes causant une dégénérescence rétinienne (CEP78 et TTLL5), une maladie squelettique (ASAH1) et une maladie multi-systémique (NBAS)

L’adaptation psychosociale des élèves en trouble de comportement agissant comme médiateurs

Cet article analyse certaines variables susceptibles d’influencer le développement psychosocial de quinze élèves médiateurs identifiés comme étant en trouble de comportement. Les participants sont âgés de 9 à 12 ans et fréquentent une école spécialisée. Ils ont été évalués sur des aspects comportementaux, socioaffectifs et sociocognitifs et ont pratiqué la médiation pendant une année scolaire. Les résultats indiquent une augmentation significative de l’anxiété chez les médiateurs qui ont effectué un plus grand nombre de médiations. De plus, les médiations non réussies auraient un effet négatif sur le niveau de satisfaction personnelle des filles médiatrices alors que les garçons seraient moins sensibles à cet aspect. Enfin, des pistes d’intervention sont proposées pour orienter la sélection, la formation et la supervision de ces élèves médiateurs.This article provides an analysis of certain variables likely to influence the psychosocial development of fifteen student mediators identified as having a behaviour problem. The participants included children aged nine to twelve years, attending a special school. These students, who practiced mediation during the school year, were evaluated on various aspects of behaviour, as well as socio-affective and socio-cognitive aspects. The results show a significant increase in anxiety for those mediators who participated in a larger number of mediations. As well, those mediations that failed had a negative effect on the level of personal satisfaction of the female mediators while the males were less sensitive to this aspect. Finally, new directions for intervention are proposed in order to guide the selection, training, and supervision of mediator students.Este artículo analiza algunas variables susceptibles de influir sobre el desarrollo psicosocial de quince alumnos mediadores identificados como teniendo algún trastorno de comportamiento. Los participantes tienen entre nueve y doce años de edad y atienden una escuela especializada. Fueron evaluados sobre aspectos comportamentales, socioafectivos y sociocognitivos y practicaron la mediación durante un año escolar. Los resultados indican un aumento significativo de la ansiedad en los mediadores que han realizado un número más importante de mediaciones. Además, las mediaciones sin éxito tendrían un efecto negativo en el nivel de satisfacción personal de las niñas mediadoras mientras los niños estarían menos sensibles a este aspecto. Se proponen algunas pistas de intervención para orientar la selección, la formación y la supervisión de estos alumnos mediadores.In diesem Artikel werden bestimmte Variablen untersucht, welche u. U. die psychosoziale Entwicklung von 15 Schülern, die als Vermittler identifiziert wurden und Verhaltensstörungen aufwiesen, beeinflussen. Die Schüler und Schülerinnen waren zwischen 9 und 12 Jahre alt und besuchten eine Sonderschule. Sie wurden auf Grund von verhaltensspezifischen, sozioaffektiven und soziokognitiven Aspekten ausgewählt und haben sich während eines Schuljahres als Vermittler betätigt. Die Ergebnisse ließen erkennen, dass sich die Angstgefühle bei den Vermittlern mit der Anzahl der Vermittlungsinitiativen erhöhte. Die nicht erfolgreichen Vermittlungen hatten einen negativen Einfluss auf den individuellen Zufriedenheitsgrad der weiblichen Vermittler, während bei den Jungen in diesem Bereich kaum nennenswerte Veränderungen festgestellt wurden. Am Schluss des Artikels werden Vorschläge gemacht, um Auswahl, Ausbildung und Überwachung der Vermittler zu verbessern

Functional chromatin features are associated with structural mutations in cancer.

BACKGROUND: Structural mutations (SMs) play a major role in cancer development. In some cancers, such as breast and ovarian, DNA double-strand breaks (DSBs) occur more frequently in transcribed regions, while in other cancer types such as prostate, there is a consistent depletion of breakpoints in transcribed regions. Despite such regularity, little is understood about the mechanisms driving these effects. A few works have suggested that protein binding may be relevant, e.g. in studies of androgen receptor binding and active chromatin in specific cell types. We hypothesized that this behavior might be general, i.e. that correlation between protein-DNA binding (and open chromatin) and breakpoint locations is common across divergent cancers. RESULTS: We investigated this hypothesis by comprehensively analyzing the relationship among 457 ENCODE protein binding ChIP-seq experiments, 125 DnaseI and 24 FAIRE experiments, and 14,600 SMs from 8 diverse cancer datasets covering 147 samples. In most cancers, including breast and ovarian, we found enrichment of protein binding and open chromatin in the vicinity of SM breakpoints at distances up to 200 kb. Furthermore, for all cancer types we observed an enhanced enrichment in regions distant from genes when compared to regions proximal to genes, suggesting that the SM-induction mechanism is independent from the bias of DSBs to occur near transcribed regions. We also observed a stronger effect for sites with more than one protein bound. CONCLUSIONS: Protein binding and open chromatin state are associated with nearby SM breakpoints in many cancer datasets. These observations suggest a consistent mechanism underlying SM locations across different cancers

Genomic and transcriptomic landscape of conjunctival melanoma.

Conjunctival melanoma (CJM) is a rare but potentially lethal and highly-recurrent cancer of the eye. Similar to cutaneous melanoma (CM), it originates from melanocytes. Unlike CM, however, CJM is relatively poorly characterized from a genomic point of view. To fill this knowledge gap and gain insight into the genomic nature of CJM, we performed whole-exome (WES) or whole-genome sequencing (WGS) of tumor-normal tissue pairs in 14 affected individuals, as well as RNA sequencing in a subset of 11 tumor tissues. Our results show that, similarly to CM, CJM is also characterized by a very high mutation load, composed of approximately 500 somatic mutations in exonic regions. This, as well as the presence of a UV light-induced mutational signature, are clear signs of the role of sunlight in CJM tumorigenesis. In addition, the genomic classification of CM proposed by TCGA seems to be well-applicable to CJM, with the presence of four typical subclasses defined on the basis of the most frequently mutated genes: BRAF, NF1, RAS, and triple wild-type. In line with these results, transcriptomic analyses revealed similarities with CM as well, namely the presence of a transcriptomic subtype enriched for immune genes and a subtype enriched for genes associated with keratins and epithelial functions. Finally, in seven tumors we detected somatic mutations in ACSS3, a possible new candidate oncogene. Transfected conjunctival melanoma cells overexpressing mutant ACSS3 showed higher proliferative activity, supporting the direct involvement of this gene in the tumorigenesis of CJM. Altogether, our results provide the first unbiased and complete genomic and transcriptomic classification of CJM

AutoMap is a high performance homozygosity mapping tool using next-generation sequencing data.

Homozygosity mapping is a powerful method for identifying mutations in patients with recessive conditions, especially in consanguineous families or isolated populations. Historically, it has been used in conjunction with genotypes from highly polymorphic markers, such as DNA microsatellites or common SNPs. Traditional software performs rather poorly with data from Whole Exome Sequencing (WES) and Whole Genome Sequencing (WGS), which are now extensively used in medical genetics. We develop AutoMap, a tool that is both web-based or downloadable, to allow performing homozygosity mapping directly on VCF (Variant Call Format) calls from WES or WGS projects. Following a training step on WES data from 26 consanguineous families and a validation procedure on a matched cohort, our method shows higher overall performances when compared with eight existing tools. Most importantly, when tested on real cases with negative molecular diagnosis from an internal set, AutoMap detects three gene-disease and multiple variant-disease associations that were previously unrecognized, projecting clear benefits for both molecular diagnosis and research activities in medical genetics

Mutations in the heat-shock protein A9 (HSPA9) gene cause the EVEN-PLUS syndrome of congenital malformations and skeletal dysplasia.

We and others have reported mutations in LONP1, a gene coding for a mitochondrial chaperone and protease, as the cause of the human CODAS (cerebral, ocular, dental, auricular and skeletal) syndrome (MIM 600373). Here, we delineate a similar but distinct condition that shares the epiphyseal, vertebral and ocular changes of CODAS but also included severe microtia, nasal hypoplasia, and other malformations, and for which we propose the name of EVEN-PLUS syndrome for epiphyseal, vertebral, ear, nose, plus associated findings. In three individuals from two families, no mutation in LONP1 was found; instead, we found biallelic mutations in HSPA9, the gene that codes for mHSP70/mortalin, another highly conserved mitochondrial chaperone protein essential in mitochondrial protein import, folding, and degradation. The functional relationship between LONP1 and HSPA9 in mitochondrial protein chaperoning and the overlapping phenotypes of CODAS and EVEN-PLUS delineate a family of "mitochondrial chaperonopathies" and point to an unexplored role of mitochondrial chaperones in human embryonic morphogenesis